# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136.399 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.572 0.199 0.112 0.054 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 E 0.207 0.158 0.173 0.173 0.163 0.067 0.029 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 3 I 0.057 0.032 0.041 0.101 0.171 0.176 0.140 0.151 0.078 0.039 0.010 0.004 0.002 0.001 4 V 0.126 0.146 0.144 0.238 0.169 0.090 0.045 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.523 0.174 0.122 0.080 0.047 0.026 0.014 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 R 0.147 0.120 0.162 0.202 0.187 0.097 0.043 0.020 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 7 E 0.419 0.211 0.146 0.092 0.059 0.035 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 8 D 0.302 0.196 0.154 0.128 0.112 0.052 0.025 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 9 G 0.183 0.138 0.131 0.164 0.145 0.102 0.061 0.035 0.020 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 10 S 0.094 0.096 0.105 0.140 0.189 0.140 0.094 0.055 0.045 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 11 W 0.034 0.025 0.037 0.082 0.103 0.146 0.148 0.130 0.102 0.080 0.064 0.027 0.015 0.006 12 L 0.033 0.030 0.039 0.071 0.105 0.134 0.160 0.119 0.112 0.063 0.060 0.045 0.017 0.012 13 V 0.018 0.008 0.013 0.018 0.027 0.057 0.079 0.135 0.137 0.156 0.166 0.105 0.065 0.018 14 D 0.043 0.041 0.056 0.080 0.121 0.102 0.126 0.141 0.106 0.066 0.043 0.040 0.021 0.013 15 G 0.018 0.011 0.017 0.035 0.054 0.092 0.100 0.105 0.125 0.182 0.128 0.077 0.035 0.020 16 M 0.026 0.034 0.050 0.106 0.176 0.155 0.142 0.103 0.111 0.057 0.021 0.012 0.004 0.005 17 V 0.085 0.056 0.065 0.117 0.106 0.145 0.128 0.089 0.072 0.059 0.044 0.020 0.009 0.004 18 S 0.070 0.115 0.129 0.189 0.175 0.133 0.095 0.045 0.033 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 19 L 0.015 0.021 0.039 0.078 0.131 0.217 0.179 0.134 0.104 0.050 0.024 0.004 0.003 0.001 20 D 0.395 0.265 0.174 0.084 0.047 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.301 0.284 0.208 0.103 0.064 0.022 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 F 0.020 0.019 0.030 0.115 0.197 0.256 0.171 0.105 0.067 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 23 R 0.179 0.283 0.225 0.188 0.079 0.023 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.747 0.201 0.042 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 F 0.084 0.120 0.163 0.173 0.242 0.123 0.059 0.021 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.032 0.036 0.089 0.138 0.213 0.187 0.176 0.093 0.020 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 27 E 0.543 0.242 0.120 0.040 0.029 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.113 0.061 0.085 0.184 0.191 0.151 0.093 0.050 0.027 0.029 0.011 0.003 0.001 0.001 29 E 0.330 0.217 0.166 0.112 0.085 0.044 0.023 0.010 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 30 A 0.169 0.096 0.118 0.158 0.161 0.144 0.068 0.042 0.020 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 31 P 0.409 0.188 0.125 0.107 0.081 0.044 0.024 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.199 0.135 0.159 0.191 0.146 0.091 0.038 0.019 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 33 P 0.498 0.208 0.114 0.089 0.049 0.023 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 G 0.614 0.204 0.096 0.050 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.635 0.214 0.088 0.039 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.557 0.222 0.133 0.048 0.024 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 G 0.584 0.202 0.113 0.050 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.438 0.225 0.128 0.093 0.062 0.029 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.250 0.218 0.157 0.139 0.113 0.062 0.030 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 40 I 0.032 0.040 0.057 0.128 0.201 0.193 0.147 0.109 0.050 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 41 H 0.052 0.064 0.082 0.125 0.123 0.153 0.163 0.112 0.061 0.032 0.019 0.009 0.004 0.002 42 T 0.033 0.028 0.052 0.071 0.113 0.164 0.148 0.129 0.100 0.067 0.048 0.027 0.012 0.008 43 L 0.018 0.011 0.018 0.030 0.055 0.090 0.109 0.122 0.141 0.122 0.106 0.099 0.056 0.024 44 A 0.016 0.011 0.020 0.040 0.064 0.091 0.144 0.116 0.137 0.124 0.085 0.084 0.039 0.028 45 G 0.013 0.011 0.016 0.030 0.046 0.079 0.120 0.143 0.155 0.136 0.122 0.065 0.038 0.026 46 V 0.018 0.010 0.017 0.031 0.051 0.090 0.111 0.113 0.149 0.127 0.115 0.082 0.050 0.036 47 M 0.009 0.008 0.012 0.032 0.062 0.087 0.128 0.146 0.175 0.152 0.086 0.052 0.028 0.020 48 L 0.014 0.015 0.021 0.039 0.074 0.126 0.144 0.164 0.151 0.103 0.077 0.042 0.022 0.009 49 Y 0.067 0.085 0.106 0.154 0.147 0.132 0.113 0.081 0.048 0.029 0.022 0.008 0.004 0.003 50 Q 0.045 0.058 0.071 0.132 0.186 0.160 0.132 0.085 0.067 0.036 0.016 0.008 0.002 0.002 51 L 0.024 0.021 0.036 0.070 0.114 0.172 0.183 0.196 0.108 0.049 0.017 0.006 0.003 0.001 52 G 0.153 0.158 0.176 0.169 0.136 0.081 0.060 0.037 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 53 R 0.217 0.165 0.177 0.148 0.130 0.074 0.041 0.021 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 54 V 0.108 0.093 0.123 0.164 0.187 0.137 0.096 0.051 0.024 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 55 P 0.146 0.102 0.124 0.147 0.158 0.129 0.101 0.047 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 56 S 0.215 0.162 0.165 0.151 0.130 0.075 0.048 0.030 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 57 V 0.195 0.112 0.122 0.141 0.151 0.115 0.066 0.040 0.028 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 58 T 0.221 0.158 0.169 0.143 0.137 0.070 0.041 0.026 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 59 D 0.308 0.130 0.103 0.133 0.118 0.081 0.050 0.036 0.018 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 60 R 0.089 0.087 0.116 0.182 0.219 0.122 0.080 0.043 0.036 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 61 F 0.063 0.028 0.045 0.089 0.121 0.173 0.140 0.140 0.077 0.067 0.030 0.014 0.010 0.002 62 E 0.165 0.158 0.159 0.199 0.141 0.072 0.053 0.022 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 63 W 0.041 0.028 0.043 0.092 0.137 0.186 0.136 0.113 0.093 0.076 0.036 0.012 0.005 0.002 64 N 0.154 0.151 0.139 0.160 0.144 0.095 0.066 0.037 0.024 0.013 0.011 0.004 0.002 0.001 65 G 0.110 0.108 0.123 0.132 0.139 0.108 0.097 0.071 0.049 0.030 0.018 0.007 0.003 0.002 66 F 0.014 0.012 0.023 0.049 0.096 0.147 0.137 0.150 0.140 0.119 0.061 0.028 0.017 0.006 67 S 0.019 0.030 0.047 0.100 0.144 0.136 0.144 0.113 0.095 0.072 0.051 0.028 0.010 0.010 68 F 0.018 0.009 0.012 0.021 0.030 0.059 0.082 0.133 0.167 0.180 0.139 0.090 0.044 0.016 69 E 0.015 0.023 0.040 0.090 0.120 0.118 0.137 0.164 0.118 0.072 0.049 0.030 0.014 0.010 70 V 0.006 0.005 0.009 0.016 0.032 0.067 0.093 0.165 0.196 0.164 0.136 0.064 0.033 0.013 71 V 0.034 0.044 0.074 0.126 0.162 0.177 0.125 0.102 0.065 0.045 0.025 0.012 0.006 0.003 72 D 0.269 0.215 0.150 0.132 0.100 0.046 0.034 0.020 0.018 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 73 M 0.041 0.057 0.088 0.180 0.176 0.187 0.127 0.070 0.046 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 74 D 0.239 0.265 0.174 0.134 0.087 0.047 0.028 0.013 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.337 0.296 0.207 0.087 0.043 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 T 0.304 0.252 0.184 0.109 0.072 0.042 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 R 0.064 0.090 0.146 0.148 0.240 0.132 0.085 0.050 0.025 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 78 V 0.009 0.016 0.025 0.076 0.150 0.171 0.160 0.195 0.078 0.076 0.025 0.010 0.006 0.002 79 D 0.055 0.054 0.063 0.118 0.112 0.108 0.136 0.081 0.090 0.063 0.058 0.037 0.013 0.011 80 K 0.004 0.008 0.019 0.037 0.072 0.080 0.111 0.169 0.164 0.151 0.101 0.053 0.018 0.012 81 I 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.020 0.028 0.091 0.122 0.172 0.196 0.183 0.142 0.031 82 L 0.006 0.011 0.023 0.069 0.092 0.082 0.122 0.149 0.138 0.135 0.067 0.059 0.022 0.023 83 V 0.005 0.002 0.003 0.007 0.016 0.037 0.049 0.118 0.177 0.255 0.172 0.107 0.040 0.011 84 Q 0.025 0.042 0.068 0.130 0.162 0.154 0.132 0.108 0.092 0.043 0.023 0.012 0.006 0.004 85 R 0.087 0.085 0.086 0.142 0.153 0.119 0.104 0.076 0.060 0.049 0.025 0.009 0.003 0.002 86 H 0.216 0.188 0.210 0.123 0.110 0.066 0.040 0.020 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 87 H 0.340 0.194 0.151 0.108 0.080 0.053 0.032 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001