# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.004 0.005 0.024 0.016 0.214 0.003 0.100 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.056 0.312 0.039 0.044 0.145 0.001 2 E 0.009 0.016 0.091 0.148 0.047 0.012 0.312 0.011 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.049 0.017 0.034 0.093 0.079 0.065 0.004 3 I 0.011 0.014 0.007 0.005 0.676 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.007 0.157 0.006 0.038 0.029 0.016 0.002 4 V 0.017 0.015 0.587 0.252 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.083 0.003 0.001 0.002 0.011 0.006 0.002 5 Q 0.015 0.017 0.004 0.009 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.003 0.059 0.002 0.007 0.013 0.012 0.002 6 R 0.013 0.011 0.297 0.341 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.214 0.006 0.004 0.002 0.046 0.045 0.001 7 E 0.010 0.008 0.028 0.087 0.422 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.032 0.174 0.009 0.050 0.156 0.001 8 D 0.010 0.011 0.030 0.035 0.149 0.003 0.470 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 0.015 0.123 0.041 0.020 0.056 0.001 9 G 0.015 0.024 0.046 0.045 0.091 0.001 0.494 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.021 0.016 0.018 0.173 0.019 0.017 0.003 10 S 0.173 0.156 0.195 0.088 0.210 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.010 0.005 0.016 0.002 0.025 0.024 0.005 0.018 0.028 0.017 0.008 11 W 0.210 0.305 0.204 0.140 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.023 0.004 0.016 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 12 L 0.376 0.374 0.013 0.023 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.013 0.051 0.004 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 13 V 0.254 0.396 0.053 0.146 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.021 0.042 0.013 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 14 D 0.230 0.292 0.008 0.024 0.204 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 0.029 0.074 0.027 0.008 0.039 0.004 0.001 0.003 0.004 0.013 15 G 0.204 0.258 0.127 0.158 0.034 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.021 0.020 0.052 0.016 0.056 0.003 0.013 0.005 0.004 0.005 0.010 16 M 0.138 0.144 0.014 0.019 0.293 0.002 0.041 0.028 0.001 0.001 0.019 0.024 0.048 0.018 0.025 0.085 0.036 0.022 0.012 0.008 0.024 17 V 0.083 0.056 0.279 0.187 0.026 0.003 0.009 0.019 0.001 0.001 0.005 0.008 0.045 0.014 0.098 0.011 0.020 0.012 0.024 0.098 0.003 18 S 0.003 0.007 0.002 0.003 0.432 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.107 0.008 0.011 0.073 0.326 0.001 19 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.001 0.832 0.002 0.003 0.003 0.001 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.024 0.833 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.001 0.001 0.002 0.001 21 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.116 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.846 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.109 0.011 0.002 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.032 0.874 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.002 0.001 0.003 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.126 0.690 0.050 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 25 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.021 0.109 0.097 0.269 0.179 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.248 0.044 0.014 0.005 0.001 26 F 0.001 0.001 0.005 0.003 0.030 0.006 0.260 0.105 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.140 0.085 0.078 0.260 0.001 27 E 0.001 0.001 0.009 0.005 0.010 0.033 0.220 0.028 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.098 0.422 0.064 0.056 0.001 28 L 0.001 0.002 0.020 0.015 0.068 0.008 0.069 0.013 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.070 0.112 0.061 0.221 0.306 0.001 29 E 0.001 0.001 0.073 0.037 0.048 0.002 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.132 0.029 0.121 0.099 0.268 0.135 0.002 30 A 0.001 0.001 0.028 0.032 0.081 0.002 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.023 0.128 0.046 0.054 0.173 0.392 0.001 31 P 0.001 0.001 0.036 0.024 0.063 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.065 0.059 0.049 0.054 0.212 0.415 0.001 32 L 0.001 0.001 0.051 0.055 0.033 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.022 0.082 0.014 0.192 0.511 0.001 33 P 0.001 0.001 0.013 0.013 0.147 0.001 0.061 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.018 0.264 0.036 0.091 0.331 0.001 34 G 0.001 0.001 0.041 0.039 0.031 0.005 0.435 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.010 0.084 0.077 0.102 0.118 0.001 35 E 0.002 0.001 0.042 0.048 0.066 0.004 0.092 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.219 0.066 0.192 0.229 0.001 36 A 0.001 0.001 0.025 0.032 0.101 0.003 0.224 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.290 0.045 0.076 0.163 0.001 37 G 0.001 0.002 0.016 0.027 0.067 0.002 0.466 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.103 0.104 0.075 0.111 0.001 38 G 0.003 0.003 0.037 0.027 0.087 0.004 0.273 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.173 0.147 0.081 0.126 0.001 39 N 0.005 0.006 0.090 0.070 0.110 0.005 0.103 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.011 0.057 0.142 0.192 0.158 0.001 40 I 0.013 0.016 0.057 0.049 0.289 0.002 0.022 0.045 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.039 0.032 0.126 0.057 0.116 0.122 0.002 41 H 0.023 0.035 0.164 0.131 0.042 0.009 0.037 0.139 0.002 0.001 0.009 0.006 0.015 0.008 0.116 0.012 0.125 0.027 0.041 0.053 0.004 42 T 0.032 0.046 0.019 0.040 0.178 0.016 0.049 0.254 0.009 0.002 0.014 0.011 0.030 0.021 0.024 0.061 0.077 0.041 0.038 0.031 0.006 43 L 0.026 0.035 0.054 0.069 0.056 0.003 0.023 0.283 0.009 0.002 0.008 0.009 0.015 0.022 0.144 0.025 0.134 0.019 0.026 0.034 0.002 44 A 0.015 0.030 0.011 0.014 0.036 0.005 0.031 0.643 0.004 0.001 0.002 0.003 0.007 0.008 0.014 0.007 0.135 0.007 0.006 0.020 0.002 45 G 0.011 0.019 0.005 0.006 0.011 0.026 0.027 0.819 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.004 0.002 0.041 0.007 0.002 0.003 0.001 46 V 0.011 0.024 0.004 0.004 0.018 0.007 0.016 0.877 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.003 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 47 M 0.015 0.027 0.004 0.006 0.019 0.003 0.015 0.856 0.005 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.008 0.003 0.020 0.003 0.002 0.003 0.001 48 L 0.018 0.027 0.007 0.008 0.018 0.008 0.029 0.755 0.024 0.006 0.003 0.004 0.003 0.008 0.018 0.003 0.048 0.007 0.002 0.005 0.001 49 Y 0.016 0.020 0.010 0.017 0.012 0.055 0.078 0.603 0.086 0.024 0.003 0.002 0.004 0.003 0.005 0.002 0.040 0.007 0.004 0.006 0.002 50 Q 0.007 0.006 0.007 0.019 0.027 0.042 0.131 0.107 0.240 0.152 0.002 0.002 0.003 0.001 0.005 0.003 0.176 0.046 0.015 0.009 0.001 51 L 0.004 0.007 0.012 0.015 0.034 0.010 0.296 0.046 0.022 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.171 0.089 0.099 0.163 0.001 52 G 0.001 0.002 0.020 0.016 0.043 0.006 0.083 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.017 0.237 0.267 0.107 0.166 0.001 53 R 0.002 0.002 0.044 0.028 0.111 0.010 0.095 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.039 0.113 0.071 0.179 0.278 0.001 54 V 0.001 0.001 0.049 0.036 0.074 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.024 0.031 0.036 0.206 0.503 0.001 55 P 0.001 0.001 0.035 0.026 0.168 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.026 0.051 0.035 0.217 0.415 0.001 56 S 0.001 0.001 0.056 0.030 0.024 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.041 0.007 0.161 0.655 0.001 57 V 0.001 0.001 0.008 0.012 0.059 0.001 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.014 0.669 0.029 0.027 0.087 0.001 58 T 0.004 0.007 0.011 0.010 0.068 0.002 0.750 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.028 0.015 0.042 0.018 0.019 0.001 59 D 0.041 0.031 0.455 0.235 0.031 0.003 0.034 0.007 0.001 0.001 0.005 0.003 0.010 0.002 0.039 0.009 0.012 0.031 0.029 0.020 0.002 60 R 0.103 0.115 0.014 0.015 0.647 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.007 0.007 0.022 0.002 0.006 0.019 0.004 0.006 0.007 0.004 0.013 61 F 0.182 0.159 0.275 0.279 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.015 0.002 0.032 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 62 E 0.137 0.188 0.027 0.062 0.512 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 0.001 0.009 0.018 0.006 0.004 0.005 0.006 0.003 63 W 0.129 0.111 0.114 0.345 0.169 0.001 0.005 0.001 0.003 0.002 0.007 0.007 0.015 0.002 0.026 0.005 0.009 0.004 0.026 0.017 0.002 64 N 0.084 0.090 0.082 0.124 0.272 0.001 0.044 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.003 0.040 0.015 0.155 0.012 0.012 0.040 0.004 65 G 0.091 0.195 0.050 0.082 0.223 0.002 0.224 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.001 0.014 0.012 0.012 0.046 0.014 0.013 0.006 66 F 0.194 0.171 0.151 0.083 0.206 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.015 0.005 0.027 0.048 0.005 0.019 0.020 0.022 0.007 67 S 0.223 0.371 0.136 0.080 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.027 0.006 0.043 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.031 68 F 0.390 0.303 0.012 0.012 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.034 0.062 0.014 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 69 E 0.327 0.358 0.103 0.056 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.015 0.042 0.013 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 70 V 0.268 0.266 0.003 0.016 0.118 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.059 0.095 0.031 0.004 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 71 V 0.307 0.331 0.049 0.059 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.020 0.075 0.023 0.074 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 72 D 0.205 0.260 0.033 0.120 0.150 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.030 0.022 0.059 0.011 0.014 0.052 0.001 0.005 0.015 0.009 0.009 73 M 0.119 0.101 0.063 0.065 0.390 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.006 0.109 0.028 0.048 0.014 0.011 0.014 0.003 74 D 0.048 0.050 0.142 0.264 0.098 0.003 0.052 0.009 0.003 0.002 0.005 0.003 0.015 0.003 0.060 0.018 0.030 0.015 0.058 0.121 0.002 75 R 0.031 0.046 0.036 0.057 0.384 0.002 0.047 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 0.015 0.201 0.058 0.026 0.056 0.002 76 T 0.054 0.077 0.132 0.099 0.172 0.011 0.195 0.018 0.003 0.002 0.005 0.003 0.008 0.002 0.023 0.029 0.036 0.037 0.036 0.055 0.002 77 R 0.084 0.121 0.200 0.221 0.155 0.003 0.016 0.006 0.002 0.001 0.006 0.003 0.015 0.004 0.037 0.009 0.021 0.035 0.028 0.024 0.007 78 V 0.148 0.214 0.026 0.027 0.466 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.010 0.008 0.017 0.003 0.009 0.024 0.005 0.004 0.011 0.007 0.012 79 D 0.227 0.244 0.250 0.157 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.020 0.005 0.048 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 80 K 0.234 0.428 0.006 0.021 0.162 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.016 0.043 0.010 0.003 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 81 I 0.301 0.449 0.021 0.022 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.022 0.050 0.021 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 82 L 0.313 0.370 0.063 0.065 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.015 0.061 0.016 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 83 V 0.348 0.296 0.011 0.020 0.131 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.033 0.067 0.017 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 84 Q 0.174 0.157 0.132 0.197 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.024 0.055 0.024 0.123 0.017 0.002 0.002 0.008 0.007 0.008 85 R 0.087 0.071 0.057 0.136 0.339 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.018 0.008 0.047 0.067 0.036 0.007 0.028 0.072 0.004 86 H 0.024 0.025 0.060 0.097 0.227 0.002 0.056 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.004 0.056 0.030 0.092 0.046 0.078 0.179 0.002 87 H 0.008 0.007 0.053 0.052 0.128 0.003 0.148 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.049 0.033 0.147 0.102 0.105 0.145 0.001