# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.005 0.006 0.701 0.011 0.015 0.009 0.001 0.001 0.010 0.124 0.040 0.021 0.057 2 E 0.017 0.016 0.388 0.023 0.068 0.054 0.006 0.001 0.027 0.074 0.086 0.133 0.106 3 I 0.099 0.022 0.119 0.022 0.032 0.027 0.034 0.003 0.029 0.021 0.019 0.048 0.526 4 V 0.164 0.012 0.057 0.024 0.007 0.011 0.015 0.002 0.031 0.008 0.003 0.563 0.104 5 Q 0.062 0.010 0.059 0.004 0.004 0.007 0.009 0.002 0.018 0.007 0.005 0.047 0.766 6 R 0.021 0.015 0.332 0.043 0.010 0.008 0.010 0.002 0.018 0.030 0.041 0.205 0.265 7 E 0.014 0.004 0.154 0.030 0.026 0.006 0.001 0.001 0.008 0.159 0.427 0.111 0.059 8 D 0.002 0.001 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.830 0.007 0.005 9 G 0.008 0.008 0.095 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.397 0.428 0.034 0.017 10 S 0.118 0.021 0.303 0.014 0.003 0.002 0.010 0.001 0.014 0.047 0.014 0.127 0.326 11 W 0.450 0.009 0.020 0.005 0.001 0.001 0.046 0.006 0.017 0.002 0.002 0.214 0.227 12 L 0.633 0.003 0.006 0.027 0.001 0.001 0.057 0.006 0.008 0.001 0.001 0.116 0.140 13 V 0.454 0.002 0.020 0.042 0.001 0.002 0.072 0.007 0.018 0.005 0.002 0.254 0.121 14 D 0.253 0.003 0.077 0.048 0.009 0.006 0.058 0.005 0.026 0.024 0.017 0.082 0.392 15 G 0.112 0.008 0.085 0.024 0.031 0.019 0.035 0.003 0.045 0.070 0.074 0.392 0.102 16 M 0.143 0.018 0.168 0.016 0.014 0.012 0.015 0.003 0.047 0.072 0.083 0.039 0.369 17 V 0.022 0.033 0.364 0.004 0.003 0.006 0.002 0.001 0.019 0.253 0.013 0.258 0.024 18 S 0.001 0.002 0.883 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.035 0.001 0.003 0.066 19 L 0.001 0.001 0.049 0.001 0.065 0.845 0.001 0.001 0.001 0.010 0.027 0.001 0.002 20 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.128 0.850 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.138 0.845 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 22 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.059 0.903 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 25 F 0.002 0.002 0.009 0.001 0.046 0.886 0.001 0.001 0.001 0.006 0.044 0.001 0.003 26 F 0.002 0.004 0.034 0.002 0.021 0.620 0.001 0.001 0.002 0.031 0.276 0.002 0.005 27 E 0.001 0.006 0.178 0.004 0.046 0.278 0.001 0.001 0.007 0.052 0.410 0.009 0.008 28 L 0.003 0.015 0.436 0.003 0.032 0.122 0.001 0.001 0.015 0.204 0.130 0.018 0.021 29 E 0.002 0.030 0.589 0.005 0.024 0.042 0.001 0.002 0.020 0.145 0.091 0.015 0.035 30 A 0.001 0.040 0.578 0.002 0.031 0.016 0.001 0.002 0.043 0.204 0.039 0.026 0.018 31 P 0.001 0.012 0.781 0.002 0.011 0.007 0.001 0.001 0.014 0.102 0.039 0.008 0.022 32 L 0.001 0.032 0.403 0.004 0.066 0.015 0.001 0.001 0.010 0.222 0.210 0.019 0.017 33 P 0.001 0.020 0.306 0.005 0.037 0.013 0.001 0.001 0.004 0.182 0.405 0.007 0.020 34 G 0.001 0.041 0.310 0.003 0.044 0.011 0.001 0.001 0.003 0.291 0.263 0.017 0.017 35 E 0.001 0.049 0.498 0.002 0.022 0.016 0.001 0.001 0.003 0.231 0.114 0.021 0.044 36 A 0.001 0.074 0.290 0.008 0.029 0.033 0.001 0.001 0.005 0.206 0.286 0.020 0.047 37 G 0.001 0.019 0.165 0.009 0.021 0.029 0.001 0.001 0.002 0.187 0.536 0.017 0.014 38 G 0.002 0.022 0.226 0.010 0.025 0.057 0.001 0.001 0.003 0.250 0.356 0.017 0.031 39 N 0.007 0.061 0.266 0.012 0.024 0.158 0.003 0.001 0.007 0.180 0.138 0.080 0.064 40 I 0.018 0.054 0.228 0.027 0.021 0.268 0.009 0.002 0.015 0.055 0.071 0.037 0.197 41 H 0.030 0.020 0.111 0.023 0.021 0.485 0.006 0.001 0.010 0.044 0.036 0.176 0.038 42 T 0.019 0.013 0.047 0.006 0.015 0.749 0.005 0.002 0.005 0.019 0.016 0.018 0.088 43 L 0.012 0.004 0.021 0.008 0.007 0.899 0.002 0.001 0.002 0.008 0.012 0.015 0.010 44 A 0.010 0.001 0.011 0.004 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.004 0.005 45 G 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 46 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 47 M 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 48 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 49 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 50 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.002 51 L 0.002 0.002 0.010 0.005 0.029 0.669 0.001 0.001 0.001 0.007 0.270 0.003 0.004 52 G 0.001 0.004 0.095 0.003 0.024 0.100 0.001 0.001 0.001 0.109 0.635 0.022 0.006 53 R 0.001 0.015 0.586 0.002 0.009 0.014 0.001 0.001 0.005 0.159 0.158 0.011 0.040 54 V 0.001 0.026 0.755 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.164 0.012 0.022 0.011 55 P 0.001 0.006 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.002 0.003 0.009 56 S 0.001 0.004 0.821 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.008 0.094 0.017 0.024 0.011 57 V 0.001 0.008 0.116 0.017 0.151 0.006 0.001 0.001 0.014 0.100 0.549 0.007 0.031 58 T 0.003 0.006 0.331 0.031 0.073 0.004 0.001 0.001 0.017 0.148 0.308 0.042 0.035 59 D 0.030 0.014 0.438 0.023 0.026 0.005 0.016 0.002 0.049 0.070 0.016 0.097 0.214 60 R 0.233 0.028 0.038 0.012 0.002 0.002 0.091 0.013 0.079 0.006 0.002 0.178 0.316 61 F 0.464 0.008 0.009 0.009 0.001 0.001 0.065 0.009 0.015 0.001 0.001 0.256 0.161 62 E 0.543 0.004 0.015 0.010 0.001 0.001 0.022 0.014 0.017 0.001 0.001 0.183 0.189 63 W 0.282 0.003 0.049 0.031 0.002 0.001 0.011 0.004 0.009 0.016 0.021 0.176 0.395 64 N 0.013 0.001 0.017 0.100 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.772 0.040 0.019 65 G 0.029 0.001 0.038 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.632 0.014 0.048 66 F 0.101 0.003 0.195 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.056 0.005 0.515 0.104 67 S 0.328 0.003 0.015 0.006 0.001 0.001 0.043 0.001 0.014 0.002 0.001 0.074 0.511 68 F 0.736 0.001 0.004 0.032 0.001 0.001 0.034 0.003 0.006 0.001 0.001 0.083 0.100 69 E 0.608 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 0.076 0.007 0.022 0.001 0.001 0.196 0.061 70 V 0.628 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.091 0.006 0.009 0.001 0.001 0.026 0.236 71 V 0.581 0.001 0.010 0.023 0.001 0.001 0.083 0.012 0.032 0.002 0.001 0.166 0.090 72 D 0.492 0.002 0.034 0.008 0.001 0.001 0.015 0.007 0.052 0.008 0.002 0.200 0.179 73 M 0.089 0.010 0.153 0.015 0.006 0.003 0.011 0.003 0.022 0.045 0.031 0.060 0.552 74 D 0.010 0.005 0.333 0.070 0.018 0.007 0.001 0.001 0.013 0.160 0.201 0.138 0.041 75 R 0.003 0.002 0.041 0.006 0.022 0.009 0.001 0.001 0.001 0.103 0.776 0.004 0.034 76 T 0.021 0.015 0.209 0.013 0.045 0.015 0.001 0.001 0.004 0.276 0.240 0.084 0.076 77 R 0.074 0.025 0.173 0.013 0.022 0.018 0.005 0.001 0.018 0.078 0.028 0.291 0.255 78 V 0.116 0.004 0.076 0.033 0.004 0.002 0.007 0.001 0.014 0.007 0.009 0.034 0.692 79 D 0.097 0.001 0.046 0.401 0.003 0.002 0.014 0.002 0.019 0.011 0.009 0.360 0.035 80 K 0.470 0.001 0.015 0.022 0.002 0.001 0.079 0.017 0.040 0.007 0.005 0.056 0.285 81 I 0.689 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.119 0.046 0.036 0.001 0.001 0.035 0.060 82 L 0.543 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.138 0.075 0.072 0.001 0.001 0.142 0.019 83 V 0.379 0.002 0.018 0.005 0.001 0.001 0.162 0.073 0.091 0.002 0.001 0.024 0.242 84 Q 0.089 0.004 0.210 0.060 0.001 0.001 0.057 0.026 0.206 0.026 0.006 0.237 0.075 85 R 0.016 0.011 0.372 0.014 0.005 0.001 0.008 0.004 0.116 0.178 0.037 0.045 0.193 86 H 0.001 0.008 0.696 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.185 0.022 0.033 0.031 87 H 0.001 0.009 0.695 0.002 0.017 0.002 0.001 0.001 0.006 0.197 0.036 0.012 0.022