# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.059 0.195 0.097 0.196 0.002 0.082 0.002 0.013 0.016 0.004 0.171 0.080 0.061 0.001 0.006 0.016 2 E 0.049 0.073 0.109 0.476 0.002 0.049 0.002 0.001 0.013 0.001 0.051 0.111 0.040 0.001 0.001 0.021 3 I 0.019 0.041 0.483 0.329 0.003 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.045 0.002 0.002 0.007 4 V 0.002 0.051 0.144 0.736 0.002 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.035 0.001 0.002 0.005 5 Q 0.003 0.012 0.068 0.782 0.010 0.081 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.023 0.001 0.001 0.006 6 R 0.006 0.013 0.016 0.064 0.190 0.607 0.007 0.008 0.002 0.001 0.047 0.009 0.023 0.004 0.001 0.002 7 E 0.001 0.032 0.003 0.010 0.563 0.016 0.064 0.033 0.001 0.001 0.120 0.012 0.003 0.138 0.002 0.001 8 D 0.001 0.016 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.376 0.003 0.001 0.003 0.009 0.002 0.001 0.576 0.001 9 G 0.004 0.013 0.034 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.397 0.033 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.493 10 S 0.959 0.002 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 W 0.011 0.005 0.845 0.057 0.001 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 12 L 0.005 0.093 0.059 0.796 0.011 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 13 V 0.001 0.015 0.011 0.685 0.201 0.068 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 14 D 0.001 0.090 0.082 0.624 0.014 0.064 0.002 0.090 0.004 0.002 0.009 0.006 0.005 0.001 0.005 0.002 15 G 0.009 0.015 0.017 0.746 0.007 0.043 0.001 0.007 0.048 0.032 0.043 0.015 0.006 0.001 0.001 0.009 16 M 0.111 0.155 0.151 0.434 0.012 0.063 0.002 0.004 0.008 0.001 0.009 0.029 0.008 0.001 0.002 0.011 17 V 0.006 0.076 0.262 0.634 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 18 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.981 0.001 0.002 0.004 22 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.989 0.001 0.001 0.002 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.974 0.003 0.004 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.008 0.005 0.020 25 F 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.737 0.005 0.044 26 F 0.006 0.003 0.040 0.004 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.003 0.757 0.023 27 E 0.002 0.003 0.058 0.011 0.001 0.004 0.004 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.017 0.006 0.001 0.882 28 L 0.773 0.018 0.038 0.049 0.003 0.025 0.010 0.005 0.001 0.001 0.011 0.004 0.036 0.004 0.015 0.008 29 E 0.004 0.305 0.387 0.168 0.005 0.038 0.006 0.008 0.008 0.004 0.006 0.016 0.017 0.002 0.002 0.024 30 A 0.041 0.021 0.061 0.630 0.020 0.122 0.008 0.008 0.005 0.002 0.033 0.009 0.029 0.002 0.004 0.006 31 P 0.008 0.152 0.310 0.393 0.009 0.043 0.004 0.013 0.006 0.003 0.014 0.024 0.012 0.001 0.002 0.008 32 L 0.013 0.025 0.023 0.264 0.274 0.170 0.086 0.008 0.008 0.012 0.037 0.022 0.019 0.036 0.001 0.004 33 P 0.013 0.067 0.088 0.157 0.017 0.079 0.005 0.356 0.003 0.002 0.094 0.030 0.030 0.002 0.056 0.003 34 G 0.011 0.057 0.027 0.145 0.018 0.087 0.007 0.012 0.179 0.166 0.090 0.105 0.038 0.003 0.003 0.052 35 E 0.076 0.018 0.018 0.013 0.411 0.054 0.079 0.005 0.004 0.003 0.116 0.084 0.052 0.057 0.006 0.004 36 A 0.004 0.047 0.038 0.016 0.114 0.028 0.103 0.247 0.003 0.002 0.095 0.078 0.037 0.115 0.062 0.012 37 G 0.007 0.021 0.027 0.015 0.002 0.013 0.014 0.184 0.090 0.039 0.017 0.044 0.042 0.005 0.423 0.057 38 G 0.129 0.034 0.060 0.025 0.001 0.007 0.012 0.005 0.213 0.055 0.049 0.023 0.089 0.005 0.013 0.279 39 N 0.706 0.024 0.142 0.020 0.001 0.024 0.003 0.002 0.004 0.001 0.006 0.024 0.025 0.001 0.003 0.014 40 I 0.045 0.010 0.389 0.044 0.003 0.307 0.006 0.004 0.001 0.002 0.077 0.021 0.077 0.002 0.004 0.007 41 H 0.005 0.520 0.071 0.177 0.003 0.059 0.005 0.005 0.002 0.001 0.019 0.083 0.043 0.001 0.002 0.005 42 T 0.011 0.020 0.017 0.170 0.014 0.227 0.021 0.004 0.005 0.002 0.087 0.044 0.365 0.002 0.002 0.007 43 L 0.004 0.017 0.104 0.047 0.023 0.084 0.018 0.017 0.001 0.002 0.232 0.149 0.280 0.018 0.002 0.003 44 A 0.003 0.030 0.008 0.084 0.001 0.033 0.002 0.019 0.003 0.002 0.050 0.328 0.401 0.001 0.035 0.003 45 G 0.002 0.004 0.009 0.070 0.001 0.007 0.002 0.001 0.007 0.002 0.050 0.036 0.791 0.001 0.001 0.017 46 V 0.014 0.003 0.022 0.089 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.030 0.820 0.002 0.001 0.001 47 M 0.001 0.001 0.006 0.057 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.908 0.001 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 49 Y 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.965 0.004 0.002 0.001 50 Q 0.001 0.002 0.001 0.005 0.019 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.127 0.785 0.001 0.008 51 L 0.002 0.002 0.012 0.004 0.001 0.002 0.006 0.028 0.001 0.001 0.001 0.003 0.085 0.007 0.839 0.007 52 G 0.001 0.005 0.025 0.005 0.001 0.003 0.005 0.001 0.025 0.011 0.002 0.001 0.028 0.004 0.004 0.880 53 R 0.804 0.037 0.036 0.042 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.013 0.002 0.005 0.047 54 V 0.023 0.020 0.839 0.064 0.001 0.023 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.011 55 P 0.015 0.064 0.373 0.352 0.018 0.134 0.005 0.003 0.001 0.001 0.014 0.003 0.010 0.001 0.001 0.005 56 S 0.007 0.042 0.016 0.233 0.239 0.296 0.021 0.012 0.002 0.002 0.089 0.021 0.009 0.010 0.001 0.002 57 V 0.006 0.124 0.029 0.254 0.022 0.095 0.006 0.209 0.009 0.002 0.128 0.077 0.010 0.004 0.021 0.003 58 T 0.008 0.218 0.076 0.216 0.002 0.048 0.006 0.013 0.208 0.033 0.023 0.093 0.011 0.001 0.007 0.037 59 D 0.211 0.093 0.199 0.382 0.001 0.017 0.002 0.003 0.015 0.002 0.018 0.014 0.019 0.001 0.003 0.020 60 R 0.024 0.030 0.447 0.483 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 61 F 0.003 0.003 0.322 0.665 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.001 0.002 0.013 0.300 0.604 0.076 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 W 0.001 0.001 0.001 0.009 0.948 0.010 0.004 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 64 N 0.001 0.009 0.001 0.009 0.005 0.004 0.001 0.920 0.006 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.033 0.001 65 G 0.001 0.018 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.873 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 66 F 0.964 0.001 0.023 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 S 0.003 0.007 0.945 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.003 0.003 0.022 0.971 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.004 0.024 0.951 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.004 0.494 0.063 0.432 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.001 0.317 0.003 0.656 0.003 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 D 0.004 0.010 0.003 0.521 0.150 0.277 0.001 0.001 0.015 0.005 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.029 0.033 0.182 0.109 0.260 0.078 0.008 0.049 0.001 0.001 0.229 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 74 D 0.003 0.099 0.010 0.054 0.017 0.322 0.003 0.291 0.010 0.023 0.027 0.109 0.006 0.001 0.024 0.001 75 R 0.007 0.133 0.017 0.072 0.014 0.013 0.019 0.022 0.103 0.011 0.465 0.021 0.020 0.020 0.023 0.040 76 T 0.254 0.141 0.215 0.107 0.001 0.004 0.002 0.045 0.017 0.003 0.004 0.096 0.006 0.001 0.084 0.022 77 R 0.027 0.008 0.597 0.039 0.001 0.012 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.302 78 V 0.046 0.003 0.067 0.035 0.002 0.826 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 79 D 0.001 0.985 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.002 0.003 0.009 0.980 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 I 0.001 0.001 0.932 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.001 0.002 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.002 0.002 0.962 0.023 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.029 0.004 0.651 0.164 0.124 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 R 0.001 0.038 0.003 0.596 0.062 0.152 0.001 0.091 0.008 0.006 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 86 H 0.009 0.175 0.019 0.240 0.122 0.155 0.007 0.040 0.053 0.050 0.068 0.052 0.003 0.002 0.002 0.003 87 H 0.089 0.132 0.044 0.257 0.023 0.107 0.007 0.099 0.026 0.014 0.106 0.058 0.014 0.001 0.017 0.006