# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.020 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.033 0.155 0.633 2 E 0.030 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 0.005 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.438 0.104 0.079 0.264 3 I 0.028 0.013 0.003 0.001 0.002 0.030 0.074 0.013 0.011 0.015 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.129 0.079 0.091 0.496 4 V 0.009 0.008 0.004 0.003 0.059 0.322 0.059 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.005 0.008 0.004 0.200 0.060 0.051 0.180 5 Q 0.010 0.002 0.015 0.002 0.405 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.056 0.039 0.049 0.393 6 R 0.476 0.003 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.079 0.048 0.301 7 E 0.268 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.080 0.075 0.549 8 D 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.013 0.133 0.825 9 G 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.278 0.056 0.099 0.472 10 S 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.279 0.426 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.038 0.038 0.128 11 W 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.058 0.007 0.117 0.021 0.006 0.003 0.490 0.045 0.034 0.182 12 L 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.202 0.360 0.074 0.011 0.129 0.032 0.030 0.144 13 V 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.065 0.064 0.009 0.479 0.034 0.048 0.273 14 D 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.295 0.068 0.108 0.472 15 G 0.010 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.466 0.032 0.080 0.392 16 M 0.010 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.009 0.119 0.713 17 V 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.526 0.017 0.074 0.351 18 S 0.024 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.006 0.028 19 L 0.031 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.010 20 D 0.009 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.006 0.052 21 R 0.035 0.880 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 0.006 0.035 22 F 0.121 0.689 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.072 0.012 0.035 23 R 0.130 0.154 0.070 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.393 0.023 0.214 24 E 0.278 0.056 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.064 0.569 25 F 0.053 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.062 0.135 0.684 26 F 0.026 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.044 0.171 0.635 27 E 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.028 0.080 0.809 28 L 0.013 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.028 0.141 0.669 29 E 0.040 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.053 0.078 0.681 30 A 0.022 0.004 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.032 0.116 0.742 31 P 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.006 0.087 0.841 32 L 0.278 0.053 0.002 0.001 0.002 0.006 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.060 0.077 0.476 33 P 0.044 0.035 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.064 0.097 0.734 34 G 0.113 0.016 0.011 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.054 0.075 0.699 35 E 0.270 0.005 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.052 0.049 0.598 36 A 0.202 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.046 0.048 0.678 37 G 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.103 0.848 38 G 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.094 0.095 0.135 0.643 39 N 0.011 0.141 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.057 0.020 0.004 0.003 0.002 0.004 0.005 0.104 0.136 0.083 0.356 40 I 0.020 0.284 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.002 0.009 0.014 0.006 0.005 0.118 0.101 0.055 0.370 41 H 0.010 0.562 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.037 0.016 0.003 0.121 0.075 0.024 0.111 42 T 0.012 0.715 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 0.002 0.083 0.073 0.022 0.074 43 L 0.005 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.017 0.005 0.023 44 A 0.009 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.018 0.006 0.016 45 G 0.005 0.707 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.195 0.006 0.026 46 V 0.022 0.814 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.075 0.006 0.032 47 M 0.028 0.829 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.054 0.008 0.034 48 L 0.059 0.222 0.139 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.367 0.019 0.133 49 Y 0.464 0.036 0.058 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.093 0.048 0.245 50 Q 0.283 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.054 0.086 0.531 51 L 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.039 0.139 0.763 52 G 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.025 0.139 0.791 53 R 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.028 0.094 0.829 54 V 0.027 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.039 0.112 0.766 55 P 0.018 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.085 0.033 0.100 0.747 56 S 0.093 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.001 0.095 0.059 0.103 0.626 57 V 0.046 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.040 0.083 0.690 58 T 0.058 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.280 0.055 0.120 0.468 59 D 0.015 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.645 0.088 0.050 0.177 60 R 0.027 0.002 0.001 0.001 0.008 0.047 0.012 0.004 0.009 0.005 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.005 0.519 0.141 0.044 0.164 61 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.758 0.045 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.025 0.008 0.016 62 E 0.038 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.750 0.031 0.028 0.130 63 W 0.812 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.047 0.024 0.066 64 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.020 0.344 0.560 65 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.248 0.020 0.201 0.528 66 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.746 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.017 0.020 0.078 67 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.039 0.014 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.676 0.024 0.029 0.168 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.418 0.025 0.006 0.002 0.299 0.021 0.024 0.193 69 E 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.043 0.078 0.023 0.740 0.044 0.009 0.039 70 V 0.008 0.003 0.001 0.001 0.012 0.046 0.174 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.284 0.086 0.046 0.306 71 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.722 0.023 0.033 0.190 72 D 0.275 0.005 0.005 0.002 0.099 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.113 0.065 0.274 73 M 0.054 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.098 0.109 0.646 74 D 0.134 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.058 0.085 0.686 75 R 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.032 0.133 0.743 76 T 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.122 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.063 0.110 0.433 77 R 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.123 0.167 0.011 0.016 0.003 0.002 0.003 0.132 0.064 0.054 0.254 78 V 0.023 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.006 0.045 0.059 0.015 0.006 0.216 0.062 0.079 0.461 79 D 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.085 0.107 0.075 0.008 0.379 0.030 0.044 0.259 80 K 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.024 0.015 0.593 0.037 0.036 0.269 81 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.807 0.023 0.022 0.137 82 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.801 0.032 0.025 0.127 83 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.615 0.022 0.043 0.305 84 Q 0.046 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.406 0.079 0.065 0.388 85 R 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.033 0.102 0.671 86 H 0.042 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.025 0.091 0.789 87 H 0.031 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.035 0.103 0.732