# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.042 0.056 0.002 0.025 0.044 0.055 0.095 0.004 0.001 0.049 0.627 2 E 0.041 0.045 0.002 0.055 0.069 0.177 0.095 0.007 0.001 0.061 0.446 3 I 0.032 0.027 0.002 0.066 0.134 0.148 0.081 0.004 0.001 0.046 0.457 4 V 0.015 0.012 0.004 0.087 0.180 0.201 0.098 0.002 0.001 0.050 0.350 5 Q 0.029 0.010 0.006 0.037 0.089 0.146 0.107 0.004 0.002 0.056 0.515 6 R 0.442 0.009 0.004 0.018 0.038 0.045 0.056 0.007 0.002 0.064 0.314 7 E 0.173 0.003 0.001 0.013 0.015 0.021 0.097 0.002 0.001 0.035 0.640 8 D 0.004 0.004 0.001 0.013 0.011 0.017 0.117 0.001 0.001 0.012 0.820 9 G 0.006 0.003 0.001 0.044 0.091 0.345 0.123 0.001 0.001 0.038 0.349 10 S 0.002 0.003 0.001 0.088 0.245 0.386 0.066 0.001 0.001 0.028 0.182 11 W 0.001 0.002 0.001 0.108 0.323 0.457 0.023 0.001 0.001 0.011 0.075 12 L 0.006 0.005 0.001 0.095 0.332 0.365 0.032 0.001 0.001 0.027 0.136 13 V 0.042 0.028 0.001 0.109 0.287 0.300 0.035 0.002 0.001 0.028 0.169 14 D 0.038 0.016 0.001 0.051 0.152 0.280 0.062 0.002 0.001 0.053 0.344 15 G 0.034 0.038 0.001 0.051 0.142 0.246 0.087 0.003 0.001 0.038 0.361 16 M 0.023 0.076 0.002 0.068 0.093 0.142 0.111 0.003 0.001 0.043 0.439 17 V 0.014 0.224 0.006 0.042 0.092 0.075 0.096 0.007 0.002 0.045 0.397 18 S 0.047 0.840 0.001 0.004 0.006 0.008 0.010 0.008 0.001 0.008 0.068 19 L 0.094 0.833 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.007 0.001 0.015 0.039 20 D 0.020 0.812 0.004 0.003 0.003 0.004 0.013 0.006 0.003 0.046 0.087 21 R 0.012 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.019 22 F 0.108 0.530 0.033 0.004 0.009 0.008 0.015 0.029 0.012 0.133 0.119 23 R 0.132 0.297 0.094 0.007 0.014 0.017 0.063 0.016 0.039 0.138 0.182 24 E 0.249 0.133 0.011 0.008 0.011 0.020 0.055 0.011 0.006 0.055 0.441 25 F 0.073 0.045 0.009 0.016 0.018 0.011 0.091 0.008 0.003 0.055 0.670 26 F 0.062 0.024 0.004 0.025 0.018 0.052 0.152 0.005 0.002 0.040 0.616 27 E 0.046 0.005 0.001 0.014 0.014 0.032 0.071 0.004 0.001 0.043 0.771 28 L 0.028 0.006 0.001 0.046 0.053 0.033 0.116 0.004 0.001 0.034 0.679 29 E 0.027 0.002 0.001 0.052 0.021 0.034 0.109 0.002 0.001 0.049 0.703 30 A 0.020 0.002 0.001 0.083 0.028 0.035 0.121 0.002 0.001 0.032 0.676 31 P 0.016 0.004 0.001 0.030 0.008 0.012 0.130 0.001 0.001 0.012 0.786 32 L 0.211 0.033 0.001 0.033 0.012 0.020 0.079 0.008 0.001 0.032 0.571 33 P 0.185 0.020 0.001 0.022 0.009 0.015 0.116 0.004 0.001 0.031 0.598 34 G 0.154 0.030 0.001 0.017 0.006 0.017 0.105 0.003 0.001 0.057 0.610 35 E 0.247 0.003 0.002 0.013 0.011 0.020 0.063 0.005 0.001 0.063 0.573 36 A 0.079 0.003 0.001 0.006 0.007 0.007 0.093 0.001 0.001 0.021 0.781 37 G 0.021 0.004 0.001 0.005 0.010 0.013 0.086 0.001 0.001 0.018 0.842 38 G 0.007 0.006 0.001 0.009 0.041 0.040 0.197 0.001 0.001 0.047 0.651 39 N 0.018 0.067 0.001 0.038 0.087 0.201 0.079 0.002 0.001 0.069 0.438 40 I 0.008 0.156 0.001 0.043 0.127 0.098 0.094 0.001 0.001 0.082 0.391 41 H 0.007 0.441 0.004 0.071 0.086 0.121 0.049 0.002 0.001 0.095 0.124 42 T 0.006 0.874 0.001 0.006 0.011 0.021 0.007 0.001 0.001 0.030 0.042 43 L 0.003 0.968 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 44 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 45 G 0.001 0.973 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 46 V 0.001 0.931 0.006 0.003 0.011 0.013 0.002 0.001 0.001 0.027 0.003 47 M 0.006 0.882 0.022 0.005 0.017 0.014 0.003 0.002 0.005 0.038 0.007 48 L 0.055 0.232 0.253 0.021 0.057 0.058 0.017 0.016 0.094 0.129 0.066 49 Y 0.390 0.079 0.076 0.011 0.027 0.060 0.036 0.029 0.083 0.039 0.171 50 Q 0.467 0.016 0.004 0.005 0.012 0.018 0.032 0.017 0.005 0.015 0.409 51 L 0.061 0.003 0.001 0.012 0.019 0.027 0.103 0.005 0.001 0.019 0.749 52 G 0.017 0.001 0.001 0.019 0.016 0.056 0.115 0.002 0.001 0.012 0.760 53 R 0.009 0.002 0.001 0.010 0.024 0.020 0.083 0.002 0.001 0.008 0.842 54 V 0.048 0.003 0.001 0.017 0.045 0.038 0.273 0.003 0.001 0.046 0.525 55 P 0.076 0.007 0.002 0.029 0.025 0.035 0.122 0.002 0.001 0.043 0.657 56 S 0.151 0.012 0.001 0.025 0.018 0.028 0.075 0.003 0.001 0.026 0.660 57 V 0.057 0.019 0.001 0.028 0.024 0.053 0.106 0.002 0.001 0.022 0.687 58 T 0.021 0.012 0.001 0.062 0.046 0.125 0.113 0.002 0.001 0.048 0.570 59 D 0.013 0.004 0.001 0.121 0.137 0.360 0.070 0.001 0.001 0.046 0.248 60 R 0.002 0.002 0.001 0.167 0.205 0.176 0.104 0.001 0.001 0.041 0.301 61 F 0.002 0.001 0.002 0.157 0.253 0.333 0.073 0.001 0.001 0.029 0.149 62 E 0.142 0.005 0.002 0.079 0.130 0.236 0.070 0.004 0.001 0.043 0.289 63 W 0.365 0.002 0.001 0.045 0.073 0.091 0.034 0.002 0.001 0.033 0.354 64 N 0.014 0.001 0.001 0.025 0.039 0.071 0.204 0.001 0.001 0.024 0.621 65 G 0.002 0.001 0.001 0.045 0.051 0.244 0.081 0.001 0.001 0.025 0.550 66 F 0.002 0.001 0.001 0.047 0.275 0.318 0.088 0.001 0.001 0.018 0.253 67 S 0.001 0.001 0.001 0.045 0.275 0.584 0.016 0.001 0.001 0.011 0.069 68 F 0.001 0.001 0.001 0.062 0.383 0.394 0.022 0.001 0.001 0.016 0.122 69 E 0.001 0.001 0.001 0.181 0.275 0.474 0.013 0.001 0.001 0.013 0.041 70 V 0.003 0.004 0.001 0.091 0.264 0.405 0.025 0.001 0.001 0.026 0.183 71 V 0.011 0.009 0.001 0.069 0.278 0.373 0.033 0.001 0.001 0.035 0.190 72 D 0.052 0.015 0.001 0.052 0.101 0.252 0.085 0.001 0.001 0.108 0.331 73 M 0.057 0.024 0.005 0.041 0.079 0.101 0.093 0.003 0.001 0.064 0.533 74 D 0.160 0.053 0.002 0.028 0.042 0.083 0.116 0.004 0.001 0.032 0.480 75 R 0.040 0.042 0.001 0.021 0.041 0.093 0.090 0.002 0.001 0.047 0.622 76 T 0.010 0.022 0.004 0.032 0.127 0.140 0.147 0.001 0.001 0.049 0.468 77 R 0.049 0.023 0.005 0.036 0.103 0.353 0.078 0.004 0.001 0.059 0.290 78 V 0.035 0.008 0.002 0.030 0.178 0.130 0.085 0.002 0.001 0.046 0.486 79 D 0.006 0.004 0.001 0.079 0.210 0.359 0.078 0.001 0.001 0.028 0.236 80 K 0.002 0.002 0.001 0.087 0.171 0.475 0.040 0.001 0.001 0.024 0.199 81 I 0.001 0.001 0.001 0.109 0.338 0.428 0.023 0.001 0.001 0.014 0.085 82 L 0.002 0.001 0.001 0.142 0.229 0.475 0.025 0.001 0.001 0.021 0.103 83 V 0.005 0.001 0.001 0.161 0.238 0.327 0.040 0.001 0.001 0.023 0.204 84 Q 0.031 0.002 0.001 0.128 0.139 0.202 0.068 0.001 0.001 0.038 0.391 85 R 0.063 0.003 0.001 0.061 0.056 0.082 0.082 0.001 0.001 0.033 0.617 86 H 0.026 0.002 0.001 0.022 0.022 0.037 0.103 0.001 0.001 0.018 0.769 87 H 0.020 0.006 0.001 0.018 0.022 0.040 0.115 0.001 0.001 0.020 0.757