# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.029 0.043 0.018 0.053 0.095 0.106 0.064 0.593 2 E 0.016 0.028 0.034 0.134 0.270 0.063 0.083 0.372 3 I 0.014 0.004 0.039 0.216 0.349 0.041 0.026 0.311 4 V 0.008 0.001 0.115 0.247 0.424 0.036 0.041 0.128 5 Q 0.015 0.001 0.036 0.126 0.180 0.061 0.036 0.546 6 R 0.449 0.001 0.025 0.030 0.069 0.045 0.049 0.333 7 E 0.146 0.001 0.017 0.014 0.026 0.111 0.023 0.662 8 D 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.128 0.003 0.853 9 G 0.003 0.002 0.013 0.153 0.249 0.126 0.034 0.420 10 S 0.003 0.002 0.046 0.295 0.384 0.046 0.032 0.192 11 W 0.002 0.002 0.093 0.481 0.299 0.018 0.033 0.073 12 L 0.005 0.002 0.139 0.334 0.346 0.029 0.035 0.110 13 V 0.039 0.004 0.182 0.302 0.281 0.035 0.040 0.116 14 D 0.040 0.007 0.103 0.099 0.179 0.069 0.144 0.359 15 G 0.016 0.031 0.191 0.175 0.199 0.067 0.058 0.264 16 M 0.010 0.018 0.039 0.070 0.090 0.100 0.017 0.656 17 V 0.004 0.056 0.266 0.097 0.106 0.069 0.039 0.361 18 S 0.078 0.771 0.010 0.007 0.012 0.012 0.065 0.045 19 L 0.139 0.761 0.004 0.003 0.002 0.009 0.053 0.028 20 D 0.020 0.798 0.008 0.004 0.003 0.012 0.056 0.099 21 R 0.067 0.761 0.009 0.001 0.007 0.012 0.048 0.094 22 F 0.073 0.692 0.017 0.009 0.007 0.025 0.092 0.084 23 R 0.103 0.221 0.052 0.024 0.019 0.064 0.275 0.244 24 E 0.163 0.127 0.012 0.013 0.018 0.045 0.056 0.565 25 F 0.148 0.053 0.073 0.019 0.037 0.094 0.087 0.489 26 F 0.091 0.014 0.103 0.032 0.039 0.106 0.052 0.562 27 E 0.029 0.003 0.026 0.007 0.017 0.100 0.022 0.796 28 L 0.011 0.004 0.165 0.037 0.046 0.118 0.025 0.594 29 E 0.023 0.003 0.080 0.022 0.038 0.109 0.030 0.695 30 A 0.013 0.004 0.142 0.034 0.038 0.131 0.046 0.593 31 P 0.034 0.008 0.057 0.021 0.026 0.098 0.030 0.727 32 L 0.174 0.020 0.051 0.026 0.030 0.081 0.063 0.555 33 P 0.073 0.012 0.043 0.022 0.024 0.080 0.045 0.700 34 G 0.158 0.007 0.027 0.017 0.035 0.079 0.053 0.624 35 E 0.228 0.002 0.020 0.024 0.038 0.076 0.055 0.557 36 A 0.136 0.002 0.014 0.013 0.036 0.093 0.017 0.690 37 G 0.044 0.003 0.005 0.010 0.026 0.130 0.014 0.768 38 G 0.009 0.004 0.010 0.032 0.066 0.196 0.030 0.654 39 N 0.014 0.035 0.034 0.155 0.204 0.134 0.097 0.327 40 I 0.012 0.035 0.036 0.117 0.138 0.118 0.082 0.462 41 H 0.012 0.125 0.107 0.233 0.131 0.063 0.189 0.140 42 T 0.031 0.333 0.066 0.099 0.145 0.042 0.158 0.127 43 L 0.026 0.554 0.038 0.060 0.097 0.024 0.113 0.087 44 A 0.009 0.606 0.026 0.075 0.115 0.019 0.096 0.054 45 G 0.006 0.546 0.026 0.108 0.160 0.013 0.100 0.039 46 V 0.010 0.544 0.029 0.134 0.136 0.013 0.088 0.047 47 M 0.032 0.370 0.051 0.145 0.165 0.019 0.157 0.062 48 L 0.072 0.060 0.058 0.239 0.110 0.045 0.284 0.133 49 Y 0.225 0.028 0.030 0.089 0.092 0.055 0.069 0.411 50 Q 0.487 0.006 0.014 0.010 0.022 0.037 0.021 0.403 51 L 0.084 0.003 0.012 0.011 0.015 0.090 0.020 0.765 52 G 0.007 0.001 0.017 0.011 0.033 0.114 0.011 0.808 53 R 0.006 0.001 0.011 0.025 0.032 0.104 0.008 0.812 54 V 0.013 0.001 0.029 0.071 0.047 0.133 0.051 0.654 55 P 0.050 0.002 0.040 0.032 0.032 0.103 0.042 0.699 56 S 0.348 0.007 0.043 0.017 0.046 0.070 0.068 0.402 57 V 0.026 0.002 0.050 0.024 0.038 0.128 0.018 0.714 58 T 0.007 0.002 0.022 0.058 0.165 0.098 0.031 0.616 59 D 0.002 0.002 0.045 0.256 0.543 0.023 0.027 0.103 60 R 0.002 0.001 0.062 0.230 0.567 0.021 0.018 0.099 61 F 0.001 0.001 0.085 0.498 0.275 0.025 0.033 0.082 62 E 0.058 0.001 0.058 0.168 0.452 0.043 0.046 0.175 63 W 0.263 0.001 0.015 0.080 0.126 0.069 0.030 0.416 64 N 0.005 0.001 0.011 0.026 0.051 0.148 0.012 0.746 65 G 0.003 0.001 0.010 0.120 0.258 0.112 0.029 0.468 66 F 0.001 0.001 0.035 0.254 0.564 0.033 0.021 0.091 67 S 0.001 0.001 0.075 0.426 0.425 0.017 0.018 0.038 68 F 0.001 0.001 0.022 0.367 0.297 0.031 0.012 0.271 69 E 0.001 0.001 0.120 0.442 0.399 0.006 0.017 0.014 70 V 0.003 0.001 0.022 0.380 0.230 0.041 0.020 0.303 71 V 0.006 0.001 0.100 0.296 0.325 0.045 0.026 0.201 72 D 0.204 0.010 0.031 0.104 0.157 0.097 0.084 0.313 73 M 0.072 0.010 0.022 0.084 0.067 0.112 0.046 0.587 74 D 0.127 0.035 0.009 0.017 0.040 0.069 0.042 0.663 75 R 0.040 0.020 0.012 0.046 0.052 0.093 0.077 0.662 76 T 0.020 0.020 0.040 0.107 0.143 0.102 0.079 0.490 77 R 0.060 0.019 0.050 0.122 0.220 0.086 0.075 0.368 78 V 0.067 0.011 0.023 0.134 0.208 0.073 0.055 0.429 79 D 0.003 0.004 0.066 0.152 0.401 0.075 0.056 0.243 80 K 0.001 0.003 0.093 0.201 0.509 0.033 0.056 0.103 81 I 0.001 0.001 0.064 0.363 0.389 0.026 0.022 0.133 82 L 0.001 0.001 0.170 0.441 0.311 0.015 0.026 0.036 83 V 0.003 0.001 0.114 0.271 0.278 0.042 0.037 0.255 84 Q 0.041 0.001 0.148 0.150 0.207 0.064 0.066 0.323 85 R 0.163 0.002 0.036 0.030 0.042 0.093 0.030 0.603 86 H 0.022 0.002 0.007 0.017 0.020 0.100 0.016 0.816 87 H 0.021 0.003 0.005 0.018 0.029 0.098 0.019 0.807