# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.799 0.093 0.027 0.034 0.017 0.009 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 2 E 0.314 0.159 0.064 0.181 0.112 0.055 0.062 0.028 0.015 0.006 0.004 3 I 0.036 0.023 0.022 0.036 0.051 0.063 0.136 0.144 0.189 0.176 0.125 4 V 0.052 0.099 0.130 0.244 0.191 0.117 0.083 0.042 0.023 0.013 0.005 5 Q 0.033 0.139 0.297 0.234 0.122 0.076 0.047 0.026 0.014 0.009 0.004 6 R 0.039 0.044 0.049 0.114 0.131 0.150 0.188 0.131 0.075 0.052 0.027 7 E 0.380 0.252 0.093 0.122 0.055 0.035 0.030 0.016 0.009 0.006 0.002 8 D 0.245 0.163 0.097 0.185 0.113 0.067 0.058 0.034 0.019 0.012 0.007 9 G 0.230 0.117 0.059 0.102 0.095 0.085 0.125 0.078 0.053 0.038 0.018 10 S 0.128 0.114 0.077 0.173 0.140 0.117 0.106 0.062 0.043 0.027 0.013 11 W 0.020 0.027 0.036 0.060 0.071 0.152 0.200 0.148 0.138 0.099 0.050 12 L 0.012 0.024 0.027 0.096 0.116 0.123 0.175 0.145 0.125 0.085 0.071 13 V 0.002 0.002 0.004 0.005 0.011 0.021 0.072 0.122 0.226 0.246 0.289 14 D 0.037 0.088 0.086 0.270 0.248 0.104 0.070 0.042 0.027 0.016 0.011 15 G 0.018 0.012 0.016 0.028 0.043 0.061 0.152 0.164 0.197 0.171 0.138 16 M 0.058 0.079 0.042 0.198 0.191 0.144 0.130 0.068 0.044 0.027 0.018 17 V 0.019 0.009 0.011 0.017 0.027 0.049 0.123 0.152 0.215 0.210 0.168 18 S 0.041 0.287 0.082 0.270 0.167 0.069 0.044 0.021 0.010 0.006 0.004 19 L 0.002 0.002 0.003 0.007 0.018 0.037 0.106 0.126 0.229 0.208 0.263 20 D 0.511 0.094 0.133 0.149 0.072 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 21 R 0.030 0.081 0.125 0.310 0.185 0.128 0.097 0.026 0.011 0.005 0.002 22 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.036 0.174 0.298 0.469 23 R 0.009 0.012 0.024 0.094 0.193 0.224 0.272 0.096 0.044 0.025 0.007 24 E 0.004 0.033 0.768 0.146 0.034 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 F 0.003 0.005 0.014 0.035 0.068 0.233 0.327 0.147 0.087 0.060 0.021 26 F 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.017 0.067 0.106 0.276 0.302 0.220 27 E 0.046 0.132 0.279 0.293 0.156 0.050 0.024 0.011 0.005 0.003 0.002 28 L 0.012 0.006 0.034 0.022 0.036 0.088 0.173 0.145 0.188 0.182 0.116 29 E 0.154 0.210 0.058 0.179 0.126 0.087 0.089 0.048 0.027 0.013 0.008 30 A 0.033 0.017 0.015 0.032 0.046 0.068 0.145 0.175 0.186 0.146 0.136 31 P 0.218 0.154 0.091 0.185 0.138 0.075 0.059 0.036 0.021 0.012 0.011 32 L 0.063 0.068 0.034 0.085 0.092 0.088 0.157 0.141 0.117 0.081 0.075 33 P 0.358 0.174 0.042 0.120 0.107 0.053 0.056 0.040 0.023 0.014 0.011 34 G 0.520 0.131 0.035 0.109 0.067 0.037 0.043 0.026 0.017 0.010 0.006 35 E 0.281 0.184 0.052 0.136 0.096 0.068 0.069 0.044 0.031 0.024 0.015 36 A 0.142 0.242 0.044 0.146 0.120 0.087 0.088 0.055 0.037 0.024 0.014 37 G 0.394 0.209 0.044 0.117 0.077 0.051 0.043 0.028 0.018 0.012 0.007 38 G 0.365 0.147 0.057 0.137 0.090 0.062 0.061 0.037 0.023 0.014 0.008 39 N 0.168 0.198 0.066 0.233 0.132 0.078 0.059 0.031 0.018 0.011 0.005 40 I 0.005 0.006 0.008 0.017 0.028 0.068 0.121 0.121 0.232 0.224 0.172 41 H 0.023 0.068 0.091 0.217 0.187 0.157 0.130 0.059 0.036 0.019 0.012 42 T 0.003 0.008 0.034 0.049 0.067 0.112 0.203 0.148 0.170 0.127 0.078 43 L 0.001 0.003 0.008 0.013 0.023 0.038 0.099 0.117 0.228 0.242 0.227 44 A 0.001 0.003 0.006 0.017 0.029 0.041 0.116 0.179 0.229 0.223 0.155 45 G 0.003 0.007 0.017 0.035 0.050 0.069 0.130 0.150 0.192 0.191 0.155 46 V 0.001 0.002 0.005 0.010 0.023 0.022 0.084 0.216 0.198 0.209 0.231 47 M 0.001 0.001 0.004 0.007 0.012 0.013 0.040 0.118 0.207 0.302 0.295 48 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.014 0.024 0.063 0.104 0.221 0.262 0.301 49 Y 0.006 0.009 0.040 0.072 0.111 0.146 0.209 0.146 0.132 0.085 0.043 50 Q 0.004 0.019 0.050 0.080 0.091 0.134 0.232 0.144 0.121 0.086 0.039 51 L 0.004 0.008 0.012 0.020 0.027 0.057 0.123 0.109 0.218 0.216 0.207 52 G 0.250 0.124 0.087 0.153 0.118 0.083 0.093 0.041 0.027 0.015 0.009 53 R 0.129 0.135 0.117 0.201 0.140 0.104 0.086 0.040 0.024 0.014 0.009 54 V 0.023 0.036 0.019 0.035 0.047 0.067 0.131 0.131 0.165 0.168 0.177 55 P 0.107 0.095 0.036 0.112 0.119 0.103 0.147 0.106 0.079 0.055 0.040 56 S 0.342 0.304 0.133 0.132 0.048 0.020 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 57 V 0.149 0.124 0.043 0.161 0.145 0.112 0.122 0.070 0.038 0.023 0.013 58 T 0.331 0.140 0.034 0.109 0.082 0.070 0.075 0.061 0.045 0.035 0.017 59 D 0.099 0.094 0.067 0.153 0.124 0.140 0.146 0.084 0.051 0.029 0.013 60 R 0.068 0.117 0.111 0.238 0.164 0.113 0.092 0.048 0.027 0.016 0.008 61 F 0.011 0.006 0.009 0.013 0.022 0.042 0.113 0.144 0.217 0.221 0.202 62 E 0.078 0.190 0.119 0.282 0.163 0.071 0.048 0.024 0.014 0.007 0.004 63 W 0.022 0.023 0.029 0.048 0.067 0.084 0.153 0.153 0.155 0.151 0.115 64 N 0.184 0.197 0.086 0.202 0.140 0.077 0.057 0.029 0.015 0.008 0.005 65 G 0.353 0.149 0.064 0.151 0.092 0.061 0.059 0.033 0.020 0.012 0.006 66 F 0.022 0.021 0.018 0.036 0.050 0.094 0.167 0.153 0.183 0.154 0.103 67 S 0.064 0.147 0.066 0.262 0.188 0.102 0.087 0.042 0.024 0.011 0.006 68 F 0.009 0.003 0.012 0.010 0.017 0.034 0.088 0.125 0.212 0.237 0.251 69 E 0.024 0.108 0.097 0.314 0.243 0.097 0.067 0.029 0.013 0.005 0.003 70 V 0.002 0.003 0.007 0.008 0.014 0.018 0.057 0.114 0.211 0.270 0.296 71 V 0.030 0.029 0.045 0.131 0.191 0.178 0.190 0.100 0.057 0.031 0.019 72 D 0.182 0.206 0.245 0.208 0.074 0.035 0.028 0.010 0.007 0.003 0.002 73 M 0.016 0.021 0.021 0.040 0.064 0.110 0.192 0.149 0.152 0.136 0.098 74 D 0.140 0.372 0.077 0.149 0.082 0.056 0.063 0.028 0.019 0.011 0.004 75 R 0.377 0.113 0.132 0.176 0.094 0.055 0.032 0.012 0.005 0.002 0.001 76 T 0.322 0.143 0.219 0.146 0.075 0.044 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 77 R 0.013 0.062 0.051 0.161 0.162 0.161 0.208 0.103 0.048 0.021 0.009 78 V 0.005 0.003 0.011 0.010 0.022 0.037 0.095 0.145 0.201 0.236 0.235 79 D 0.014 0.080 0.496 0.229 0.101 0.044 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 80 K 0.009 0.025 0.196 0.238 0.218 0.132 0.099 0.047 0.020 0.010 0.005 81 I 0.010 0.004 0.012 0.008 0.013 0.030 0.093 0.155 0.213 0.241 0.222 82 L 0.019 0.079 0.106 0.282 0.217 0.120 0.099 0.043 0.022 0.008 0.005 83 V 0.006 0.002 0.022 0.009 0.018 0.015 0.063 0.145 0.167 0.194 0.358 84 Q 0.064 0.172 0.238 0.243 0.148 0.064 0.041 0.015 0.009 0.005 0.002 85 R 0.155 0.191 0.125 0.149 0.105 0.083 0.104 0.043 0.027 0.012 0.007 86 H 0.576 0.197 0.049 0.089 0.044 0.019 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 87 H 0.540 0.186 0.045 0.075 0.043 0.029 0.039 0.020 0.013 0.006 0.004