# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.978 2 E 0.032 0.004 0.004 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.004 0.065 0.762 3 I 0.094 0.011 0.004 0.002 0.010 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.003 0.189 0.004 0.074 0.577 4 V 0.013 0.009 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.119 0.307 0.082 0.011 0.311 0.002 0.028 0.092 5 Q 0.014 0.012 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.003 0.007 0.097 0.003 0.216 0.034 0.015 0.010 0.126 0.003 0.036 0.411 6 R 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.600 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.221 0.001 0.015 0.087 7 E 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.421 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.001 0.163 0.325 8 D 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.007 0.188 0.758 9 G 0.269 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.205 0.089 0.300 10 S 0.393 0.005 0.040 0.013 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.008 0.249 0.191 11 W 0.002 0.002 0.001 0.002 0.048 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.601 0.001 0.055 0.277 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.412 0.361 0.039 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.001 0.014 0.034 13 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.827 0.001 0.022 0.095 14 D 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.750 0.001 0.022 0.198 15 G 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.680 0.002 0.075 0.225 16 M 0.044 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.430 0.005 0.152 0.354 17 V 0.028 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.565 0.002 0.104 0.278 18 S 0.016 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.004 0.313 0.538 19 L 0.028 0.036 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.008 0.057 0.669 20 D 0.008 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.326 0.610 21 R 0.032 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.702 0.222 22 F 0.087 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.012 0.104 23 R 0.012 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.049 24 E 0.038 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 0.081 25 F 0.105 0.844 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.027 26 F 0.114 0.795 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.047 0.001 0.033 27 E 0.281 0.238 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.170 0.008 0.242 28 L 0.166 0.064 0.484 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.012 0.013 0.217 29 E 0.021 0.051 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.005 0.140 0.660 30 A 0.078 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.091 0.008 0.104 0.677 31 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 32 L 0.058 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.077 0.009 0.104 0.723 33 P 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.982 34 G 0.031 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.017 0.007 0.106 0.813 35 E 0.460 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.023 0.085 0.372 36 A 0.311 0.107 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.016 0.078 0.437 37 G 0.167 0.081 0.010 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.026 0.057 0.612 38 G 0.081 0.040 0.025 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.016 0.075 0.729 39 N 0.144 0.017 0.020 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.013 0.125 0.628 40 I 0.117 0.038 0.013 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.058 0.006 0.089 0.661 41 H 0.041 0.044 0.005 0.003 0.012 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.167 0.005 0.231 0.465 42 T 0.039 0.053 0.003 0.001 0.005 0.007 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.005 0.206 0.582 43 L 0.039 0.200 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.286 0.006 0.106 0.350 44 A 0.034 0.290 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.013 0.164 0.364 45 G 0.049 0.434 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.018 0.129 0.206 46 V 0.019 0.755 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.005 0.031 0.059 47 M 0.005 0.855 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.082 0.003 0.009 0.040 48 L 0.008 0.893 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.052 0.007 0.006 0.024 49 Y 0.008 0.897 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.009 0.007 0.033 50 Q 0.016 0.854 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.011 0.007 0.055 51 L 0.070 0.617 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.139 0.012 0.097 52 G 0.257 0.162 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.311 0.008 0.138 53 R 0.076 0.021 0.738 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 0.016 0.102 54 V 0.046 0.031 0.093 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.091 0.012 0.102 0.587 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 56 S 0.026 0.006 0.003 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.011 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.004 0.116 0.640 57 V 0.072 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.005 0.076 0.667 58 T 0.161 0.059 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.051 0.105 0.440 59 D 0.168 0.027 0.019 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.201 0.034 0.141 0.392 60 R 0.061 0.025 0.010 0.003 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.030 0.006 0.185 0.007 0.119 0.498 61 F 0.007 0.008 0.003 0.002 0.014 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.433 0.087 0.014 0.009 0.261 0.002 0.026 0.115 62 E 0.005 0.017 0.002 0.003 0.018 0.012 0.005 0.003 0.005 0.138 0.036 0.003 0.024 0.003 0.002 0.004 0.353 0.003 0.052 0.312 63 W 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.717 0.072 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.001 0.014 0.084 64 N 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.001 0.112 0.666 65 G 0.044 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.079 0.142 0.597 66 F 0.435 0.001 0.050 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.016 0.082 0.340 67 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.682 0.001 0.146 0.166 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.480 0.039 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.001 0.015 0.236 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.042 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.865 0.001 0.013 0.040 70 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.049 0.023 0.509 0.001 0.023 0.344 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.048 0.033 0.012 0.836 0.001 0.009 0.025 72 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.063 0.007 0.092 0.062 0.051 0.020 0.266 0.001 0.045 0.371 73 M 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.035 0.016 0.005 0.007 0.004 0.004 0.003 0.537 0.001 0.083 0.271 74 D 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.030 0.034 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.138 0.005 0.371 0.286 75 R 0.053 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.025 0.120 0.715 76 T 0.073 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.042 0.259 0.495 77 R 0.256 0.003 0.011 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.022 0.308 0.341 78 V 0.060 0.029 0.015 0.008 0.038 0.019 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.007 0.172 0.430 79 D 0.005 0.003 0.002 0.002 0.042 0.039 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.688 0.003 0.057 0.111 80 K 0.011 0.002 0.002 0.001 0.011 0.023 0.026 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.395 0.004 0.098 0.409 81 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.001 0.012 0.031 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.885 0.001 0.020 0.084 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.005 0.849 0.001 0.021 0.103 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.005 0.004 0.845 0.001 0.031 0.100 85 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.363 0.001 0.040 0.569 86 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.037 0.915 87 H 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.017 0.962