# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.012 0.001 0.001 0.007 0.008 0.010 0.028 0.001 0.001 0.001 0.932 2 E 0.027 0.005 0.002 0.032 0.044 0.063 0.115 0.001 0.001 0.002 0.711 3 I 0.154 0.018 0.003 0.070 0.090 0.149 0.110 0.001 0.001 0.004 0.401 4 V 0.024 0.026 0.002 0.075 0.297 0.351 0.046 0.001 0.001 0.002 0.175 5 Q 0.007 0.008 0.003 0.033 0.229 0.351 0.021 0.001 0.001 0.002 0.345 6 R 0.008 0.005 0.003 0.037 0.236 0.569 0.014 0.001 0.001 0.002 0.126 7 E 0.016 0.004 0.002 0.037 0.198 0.284 0.075 0.001 0.001 0.002 0.381 8 D 0.012 0.001 0.001 0.023 0.030 0.046 0.059 0.001 0.001 0.005 0.822 9 G 0.278 0.003 0.010 0.024 0.081 0.116 0.117 0.001 0.001 0.095 0.277 10 S 0.388 0.003 0.005 0.026 0.036 0.032 0.258 0.001 0.001 0.015 0.239 11 W 0.033 0.004 0.004 0.053 0.289 0.376 0.058 0.001 0.001 0.002 0.181 12 L 0.002 0.001 0.001 0.038 0.306 0.572 0.021 0.001 0.001 0.001 0.059 13 V 0.001 0.001 0.001 0.055 0.365 0.509 0.010 0.001 0.001 0.001 0.057 14 D 0.004 0.002 0.001 0.104 0.328 0.475 0.011 0.001 0.001 0.001 0.073 15 G 0.010 0.003 0.001 0.143 0.282 0.380 0.046 0.001 0.001 0.003 0.132 16 M 0.087 0.004 0.003 0.096 0.083 0.220 0.161 0.001 0.001 0.006 0.339 17 V 0.062 0.015 0.006 0.188 0.173 0.263 0.137 0.001 0.001 0.008 0.146 18 S 0.012 0.004 0.001 0.014 0.027 0.049 0.146 0.001 0.001 0.001 0.746 19 L 0.017 0.013 0.002 0.051 0.023 0.117 0.060 0.001 0.001 0.002 0.715 20 D 0.004 0.010 0.001 0.006 0.004 0.020 0.322 0.001 0.001 0.004 0.630 21 R 0.067 0.023 0.001 0.004 0.001 0.001 0.677 0.001 0.001 0.004 0.222 22 F 0.140 0.676 0.003 0.003 0.001 0.002 0.028 0.003 0.001 0.002 0.142 23 R 0.018 0.900 0.003 0.003 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.062 24 E 0.042 0.862 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.076 25 F 0.211 0.698 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.027 0.001 0.001 0.054 26 F 0.130 0.742 0.016 0.005 0.005 0.006 0.004 0.040 0.001 0.001 0.051 27 E 0.144 0.386 0.046 0.011 0.009 0.013 0.024 0.076 0.001 0.002 0.288 28 L 0.210 0.202 0.136 0.056 0.018 0.028 0.029 0.041 0.001 0.004 0.277 29 E 0.079 0.110 0.044 0.064 0.024 0.034 0.096 0.020 0.001 0.005 0.524 30 A 0.051 0.029 0.033 0.050 0.059 0.059 0.128 0.004 0.001 0.005 0.582 31 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.975 32 L 0.021 0.005 0.003 0.047 0.055 0.124 0.075 0.001 0.001 0.002 0.666 33 P 0.011 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.965 34 G 0.039 0.003 0.001 0.023 0.020 0.043 0.062 0.001 0.001 0.002 0.806 35 E 0.287 0.010 0.008 0.030 0.029 0.038 0.111 0.001 0.001 0.011 0.475 36 A 0.067 0.014 0.001 0.022 0.018 0.021 0.157 0.001 0.001 0.004 0.693 37 G 0.111 0.019 0.009 0.024 0.037 0.054 0.131 0.002 0.001 0.025 0.588 38 G 0.286 0.013 0.010 0.013 0.023 0.039 0.134 0.001 0.001 0.032 0.448 39 N 0.119 0.008 0.006 0.017 0.015 0.017 0.343 0.001 0.001 0.005 0.470 40 I 0.047 0.014 0.008 0.026 0.060 0.092 0.092 0.001 0.001 0.003 0.658 41 H 0.014 0.032 0.003 0.029 0.103 0.182 0.240 0.001 0.001 0.004 0.391 42 T 0.035 0.044 0.004 0.034 0.061 0.100 0.132 0.001 0.001 0.003 0.585 43 L 0.024 0.269 0.007 0.065 0.064 0.101 0.115 0.001 0.001 0.002 0.352 44 A 0.008 0.536 0.001 0.018 0.029 0.053 0.210 0.001 0.001 0.002 0.142 45 G 0.019 0.429 0.001 0.020 0.019 0.047 0.205 0.001 0.001 0.002 0.257 46 V 0.004 0.955 0.002 0.002 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.018 47 M 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 48 L 0.003 0.965 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 0.011 49 Y 0.003 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.008 0.961 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 0.008 51 L 0.099 0.751 0.020 0.002 0.003 0.006 0.002 0.085 0.001 0.001 0.032 52 G 0.421 0.195 0.042 0.008 0.012 0.021 0.008 0.173 0.001 0.001 0.119 53 R 0.066 0.038 0.685 0.010 0.004 0.004 0.016 0.026 0.001 0.002 0.151 54 V 0.046 0.011 0.056 0.015 0.031 0.027 0.035 0.006 0.001 0.001 0.771 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 56 S 0.016 0.001 0.001 0.040 0.034 0.101 0.054 0.001 0.001 0.001 0.752 57 V 0.130 0.005 0.002 0.031 0.020 0.040 0.086 0.001 0.001 0.012 0.673 58 T 0.184 0.011 0.004 0.060 0.048 0.105 0.084 0.001 0.001 0.014 0.488 59 D 0.211 0.011 0.006 0.083 0.107 0.128 0.092 0.001 0.001 0.013 0.350 60 R 0.043 0.010 0.002 0.084 0.081 0.167 0.078 0.001 0.001 0.005 0.529 61 F 0.046 0.011 0.004 0.100 0.321 0.332 0.032 0.001 0.001 0.004 0.148 62 E 0.005 0.003 0.001 0.068 0.163 0.301 0.028 0.001 0.001 0.001 0.431 63 W 0.004 0.002 0.002 0.070 0.282 0.447 0.026 0.001 0.001 0.001 0.167 64 N 0.018 0.003 0.002 0.041 0.152 0.313 0.065 0.001 0.001 0.004 0.402 65 G 0.047 0.001 0.002 0.039 0.057 0.138 0.118 0.001 0.001 0.025 0.573 66 F 0.622 0.001 0.006 0.024 0.095 0.073 0.058 0.001 0.001 0.009 0.112 67 S 0.010 0.001 0.001 0.112 0.139 0.125 0.148 0.001 0.001 0.001 0.465 68 F 0.002 0.001 0.001 0.025 0.335 0.583 0.009 0.001 0.001 0.001 0.044 69 E 0.001 0.001 0.001 0.147 0.310 0.472 0.025 0.001 0.001 0.001 0.044 70 V 0.001 0.001 0.001 0.032 0.272 0.589 0.005 0.001 0.001 0.001 0.102 71 V 0.001 0.001 0.001 0.076 0.466 0.424 0.007 0.001 0.001 0.001 0.025 72 D 0.001 0.001 0.001 0.040 0.228 0.470 0.028 0.001 0.001 0.001 0.232 73 M 0.003 0.002 0.001 0.056 0.243 0.451 0.063 0.001 0.001 0.002 0.179 74 D 0.006 0.002 0.001 0.024 0.084 0.167 0.326 0.001 0.001 0.013 0.377 75 R 0.092 0.004 0.002 0.014 0.014 0.022 0.133 0.001 0.001 0.036 0.682 76 T 0.060 0.005 0.004 0.012 0.013 0.022 0.434 0.001 0.001 0.032 0.416 77 R 0.333 0.009 0.007 0.019 0.064 0.058 0.237 0.001 0.001 0.018 0.254 78 V 0.046 0.039 0.010 0.061 0.185 0.239 0.062 0.001 0.001 0.005 0.351 79 D 0.004 0.010 0.001 0.049 0.369 0.456 0.031 0.001 0.001 0.001 0.078 80 K 0.015 0.009 0.001 0.084 0.181 0.335 0.055 0.001 0.001 0.002 0.318 81 I 0.018 0.008 0.002 0.161 0.356 0.365 0.014 0.001 0.001 0.001 0.073 82 L 0.003 0.006 0.001 0.121 0.319 0.409 0.018 0.001 0.001 0.001 0.122 83 V 0.003 0.005 0.002 0.149 0.334 0.386 0.019 0.001 0.001 0.001 0.100 84 Q 0.003 0.003 0.002 0.101 0.291 0.401 0.034 0.001 0.001 0.002 0.162 85 R 0.005 0.001 0.002 0.029 0.156 0.336 0.034 0.001 0.001 0.002 0.435 86 H 0.006 0.001 0.001 0.029 0.037 0.091 0.061 0.001 0.001 0.002 0.774 87 H 0.015 0.001 0.001 0.013 0.011 0.023 0.038 0.001 0.001 0.001 0.898