# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.001 0.985 2 E 0.030 0.002 0.016 0.043 0.107 0.121 0.005 0.676 3 I 0.137 0.005 0.036 0.153 0.160 0.065 0.005 0.441 4 V 0.023 0.009 0.043 0.380 0.361 0.038 0.001 0.144 5 Q 0.011 0.005 0.021 0.135 0.267 0.038 0.001 0.523 6 R 0.009 0.008 0.027 0.275 0.495 0.044 0.002 0.140 7 E 0.020 0.010 0.031 0.109 0.189 0.187 0.008 0.446 8 D 0.012 0.003 0.012 0.018 0.030 0.095 0.017 0.814 9 G 0.335 0.007 0.020 0.025 0.042 0.079 0.263 0.229 10 S 0.205 0.008 0.033 0.045 0.031 0.537 0.026 0.116 11 W 0.015 0.004 0.034 0.381 0.364 0.064 0.002 0.135 12 L 0.005 0.003 0.022 0.240 0.648 0.032 0.001 0.050 13 V 0.003 0.003 0.016 0.503 0.447 0.010 0.001 0.019 14 D 0.003 0.014 0.040 0.207 0.472 0.023 0.001 0.240 15 G 0.023 0.026 0.046 0.166 0.488 0.074 0.005 0.172 16 M 0.167 0.052 0.060 0.094 0.269 0.090 0.025 0.243 17 V 0.057 0.049 0.075 0.254 0.238 0.074 0.006 0.247 18 S 0.013 0.020 0.026 0.016 0.044 0.146 0.003 0.731 19 L 0.047 0.096 0.049 0.047 0.111 0.116 0.005 0.530 20 D 0.008 0.063 0.007 0.004 0.009 0.282 0.002 0.625 21 R 0.024 0.096 0.001 0.001 0.001 0.653 0.003 0.221 22 F 0.062 0.855 0.007 0.001 0.003 0.010 0.004 0.059 23 R 0.014 0.949 0.005 0.001 0.002 0.006 0.002 0.022 24 E 0.016 0.952 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 25 F 0.083 0.870 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 0.022 26 F 0.053 0.810 0.020 0.010 0.006 0.010 0.035 0.057 27 E 0.128 0.370 0.107 0.018 0.015 0.024 0.091 0.247 28 L 0.160 0.145 0.385 0.043 0.020 0.023 0.028 0.194 29 E 0.058 0.087 0.233 0.047 0.029 0.069 0.024 0.453 30 A 0.083 0.036 0.269 0.059 0.057 0.070 0.012 0.414 31 P 0.004 0.001 0.017 0.002 0.008 0.008 0.001 0.959 32 L 0.046 0.006 0.076 0.086 0.107 0.170 0.005 0.505 33 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 34 G 0.028 0.003 0.010 0.018 0.047 0.113 0.004 0.777 35 E 0.289 0.010 0.016 0.024 0.034 0.146 0.010 0.471 36 A 0.175 0.038 0.015 0.025 0.041 0.147 0.013 0.545 37 G 0.124 0.038 0.017 0.019 0.029 0.086 0.027 0.661 38 G 0.302 0.021 0.026 0.015 0.022 0.075 0.045 0.493 39 N 0.148 0.018 0.050 0.023 0.029 0.176 0.014 0.542 40 I 0.020 0.014 0.036 0.032 0.063 0.056 0.003 0.775 41 H 0.052 0.029 0.052 0.114 0.171 0.225 0.003 0.353 42 T 0.045 0.045 0.027 0.028 0.052 0.179 0.002 0.621 43 L 0.029 0.211 0.048 0.061 0.158 0.108 0.004 0.381 44 A 0.014 0.289 0.018 0.024 0.054 0.225 0.003 0.373 45 G 0.024 0.428 0.009 0.015 0.029 0.137 0.006 0.353 46 V 0.020 0.839 0.012 0.010 0.016 0.033 0.002 0.068 47 M 0.003 0.964 0.006 0.004 0.007 0.003 0.001 0.013 48 L 0.005 0.971 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.006 49 Y 0.011 0.967 0.003 0.003 0.007 0.001 0.003 0.006 50 Q 0.031 0.917 0.002 0.004 0.006 0.002 0.020 0.018 51 L 0.062 0.779 0.013 0.008 0.010 0.003 0.077 0.048 52 G 0.186 0.306 0.085 0.043 0.025 0.021 0.140 0.193 53 R 0.150 0.104 0.148 0.057 0.034 0.071 0.041 0.394 54 V 0.060 0.038 0.086 0.056 0.054 0.045 0.010 0.652 55 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.991 56 S 0.024 0.005 0.037 0.057 0.100 0.077 0.002 0.699 57 V 0.069 0.006 0.030 0.076 0.109 0.046 0.004 0.659 58 T 0.112 0.014 0.043 0.097 0.151 0.069 0.012 0.502 59 D 0.093 0.010 0.057 0.182 0.190 0.088 0.008 0.371 60 R 0.064 0.010 0.062 0.122 0.180 0.119 0.010 0.434 61 F 0.022 0.003 0.044 0.472 0.351 0.014 0.002 0.092 62 E 0.006 0.005 0.062 0.266 0.381 0.044 0.001 0.235 63 W 0.006 0.003 0.051 0.341 0.351 0.030 0.001 0.217 64 N 0.006 0.002 0.035 0.119 0.262 0.065 0.002 0.509 65 G 0.039 0.002 0.021 0.048 0.090 0.395 0.011 0.395 66 F 0.377 0.003 0.052 0.139 0.125 0.085 0.033 0.187 67 S 0.030 0.003 0.068 0.205 0.192 0.137 0.006 0.359 68 F 0.004 0.001 0.055 0.389 0.445 0.017 0.001 0.088 69 E 0.003 0.001 0.083 0.286 0.565 0.021 0.001 0.041 70 V 0.001 0.001 0.041 0.238 0.479 0.004 0.001 0.237 71 V 0.002 0.001 0.120 0.371 0.478 0.012 0.001 0.017 72 D 0.001 0.001 0.031 0.247 0.328 0.008 0.001 0.384 73 M 0.003 0.001 0.076 0.241 0.511 0.050 0.001 0.118 74 D 0.013 0.002 0.026 0.143 0.223 0.230 0.004 0.359 75 R 0.040 0.002 0.010 0.026 0.046 0.074 0.009 0.793 76 T 0.062 0.004 0.007 0.021 0.022 0.686 0.013 0.185 77 R 0.463 0.007 0.010 0.027 0.043 0.185 0.030 0.236 78 V 0.062 0.023 0.097 0.194 0.249 0.043 0.006 0.327 79 D 0.006 0.004 0.070 0.368 0.363 0.037 0.001 0.151 80 K 0.016 0.003 0.056 0.102 0.245 0.041 0.002 0.535 81 I 0.007 0.002 0.087 0.355 0.513 0.010 0.001 0.025 82 L 0.005 0.002 0.212 0.350 0.351 0.013 0.001 0.067 83 V 0.002 0.001 0.285 0.311 0.272 0.006 0.001 0.121 84 Q 0.001 0.001 0.246 0.181 0.395 0.022 0.001 0.152 85 R 0.003 0.001 0.079 0.141 0.356 0.035 0.001 0.385 86 H 0.005 0.001 0.035 0.036 0.126 0.060 0.001 0.737 87 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.985