# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.194 0.152 0.341 0.111 0.069 0.040 0.041 0.016 0.018 0.013 0.003 2 E 0.195 0.289 0.263 0.116 0.065 0.027 0.022 0.003 0.017 0.001 0.001 3 I 0.125 0.471 0.259 0.053 0.028 0.040 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 4 V 0.069 0.628 0.182 0.025 0.052 0.017 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 5 Q 0.052 0.418 0.348 0.018 0.039 0.081 0.005 0.001 0.036 0.001 0.002 6 R 0.104 0.401 0.339 0.033 0.039 0.041 0.006 0.001 0.032 0.002 0.002 7 E 0.384 0.207 0.253 0.044 0.027 0.022 0.012 0.003 0.034 0.010 0.004 8 D 0.097 0.062 0.124 0.510 0.021 0.010 0.155 0.004 0.012 0.002 0.002 9 G 0.002 0.002 0.007 0.004 0.043 0.001 0.093 0.761 0.001 0.087 0.001 10 S 0.031 0.393 0.447 0.046 0.043 0.020 0.008 0.002 0.008 0.001 0.001 11 W 0.026 0.518 0.351 0.024 0.030 0.039 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 12 L 0.039 0.695 0.144 0.017 0.034 0.052 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 13 V 0.036 0.768 0.098 0.013 0.048 0.016 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 14 D 0.062 0.252 0.384 0.051 0.069 0.084 0.044 0.004 0.038 0.007 0.006 15 G 0.125 0.144 0.132 0.069 0.348 0.018 0.046 0.058 0.015 0.043 0.001 16 M 0.155 0.326 0.240 0.100 0.049 0.043 0.068 0.006 0.010 0.002 0.002 17 V 0.058 0.552 0.199 0.030 0.124 0.015 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 18 S 0.021 0.101 0.545 0.006 0.021 0.239 0.004 0.001 0.059 0.002 0.001 19 L 0.960 0.002 0.023 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.975 0.006 0.006 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.962 0.006 0.004 0.022 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 F 0.978 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 R 0.983 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.983 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 F 0.856 0.003 0.007 0.130 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.344 0.029 0.032 0.548 0.009 0.007 0.018 0.002 0.012 0.001 0.001 27 E 0.281 0.057 0.096 0.130 0.017 0.030 0.354 0.015 0.013 0.005 0.002 28 L 0.256 0.238 0.284 0.152 0.023 0.018 0.011 0.002 0.015 0.001 0.001 29 E 0.158 0.203 0.352 0.132 0.012 0.059 0.044 0.004 0.029 0.001 0.005 30 A 0.018 0.272 0.461 0.007 0.053 0.023 0.009 0.001 0.155 0.002 0.001 31 P 0.098 0.008 0.798 0.011 0.002 0.027 0.002 0.001 0.002 0.003 0.048 32 L 0.031 0.197 0.523 0.012 0.039 0.028 0.004 0.001 0.161 0.004 0.001 33 P 0.118 0.008 0.762 0.029 0.002 0.024 0.005 0.001 0.004 0.003 0.044 34 G 0.065 0.010 0.079 0.019 0.063 0.018 0.018 0.504 0.006 0.216 0.002 35 E 0.386 0.117 0.360 0.082 0.009 0.020 0.003 0.001 0.017 0.002 0.004 36 A 0.449 0.124 0.178 0.183 0.013 0.015 0.010 0.001 0.021 0.002 0.005 37 G 0.142 0.044 0.156 0.128 0.076 0.012 0.248 0.110 0.017 0.063 0.004 38 G 0.123 0.015 0.106 0.037 0.082 0.006 0.067 0.391 0.004 0.166 0.002 39 N 0.134 0.146 0.310 0.244 0.036 0.067 0.040 0.007 0.011 0.003 0.002 40 I 0.161 0.305 0.389 0.066 0.022 0.040 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 41 H 0.470 0.176 0.172 0.092 0.019 0.052 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 42 T 0.426 0.189 0.124 0.101 0.090 0.050 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 43 L 0.807 0.058 0.042 0.063 0.009 0.013 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 44 A 0.895 0.020 0.016 0.044 0.011 0.003 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 45 G 0.888 0.013 0.015 0.008 0.055 0.003 0.006 0.007 0.001 0.004 0.001 46 V 0.973 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 M 0.971 0.021 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 48 L 0.986 0.005 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Y 0.968 0.006 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.930 0.005 0.005 0.052 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 51 L 0.315 0.009 0.019 0.635 0.002 0.001 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 52 G 0.050 0.002 0.011 0.035 0.032 0.003 0.211 0.554 0.002 0.100 0.001 53 R 0.164 0.160 0.262 0.285 0.026 0.026 0.055 0.007 0.011 0.002 0.002 54 V 0.011 0.311 0.376 0.002 0.014 0.028 0.003 0.001 0.254 0.001 0.001 55 P 0.075 0.001 0.832 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.002 0.055 56 S 0.208 0.178 0.359 0.089 0.039 0.044 0.017 0.024 0.032 0.007 0.002 57 V 0.115 0.290 0.335 0.175 0.032 0.019 0.010 0.001 0.020 0.001 0.002 58 T 0.050 0.166 0.231 0.099 0.195 0.043 0.076 0.076 0.024 0.037 0.003 59 D 0.069 0.286 0.278 0.149 0.132 0.028 0.031 0.008 0.012 0.003 0.002 60 R 0.012 0.729 0.109 0.023 0.100 0.007 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 61 F 0.002 0.801 0.111 0.003 0.063 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 62 E 0.005 0.726 0.190 0.004 0.024 0.028 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 63 W 0.033 0.692 0.152 0.019 0.041 0.022 0.003 0.001 0.034 0.002 0.001 64 N 0.033 0.138 0.162 0.339 0.047 0.028 0.213 0.006 0.026 0.005 0.003 65 G 0.002 0.007 0.012 0.004 0.094 0.002 0.230 0.562 0.002 0.085 0.001 66 F 0.007 0.493 0.383 0.012 0.078 0.013 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 67 S 0.007 0.617 0.271 0.013 0.047 0.024 0.006 0.001 0.014 0.001 0.002 68 F 0.001 0.753 0.117 0.002 0.102 0.015 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 69 E 0.002 0.768 0.130 0.001 0.035 0.056 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 70 V 0.003 0.360 0.399 0.002 0.005 0.219 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 71 V 0.054 0.771 0.075 0.012 0.026 0.043 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 72 D 0.035 0.281 0.279 0.021 0.193 0.105 0.034 0.005 0.031 0.013 0.003 73 M 0.097 0.514 0.161 0.050 0.104 0.030 0.006 0.001 0.033 0.002 0.001 74 D 0.220 0.149 0.261 0.114 0.062 0.064 0.057 0.008 0.045 0.014 0.006 75 R 0.438 0.098 0.106 0.216 0.044 0.019 0.043 0.018 0.009 0.007 0.002 76 T 0.142 0.143 0.134 0.425 0.030 0.024 0.087 0.008 0.008 0.001 0.001 77 R 0.042 0.409 0.157 0.110 0.039 0.043 0.171 0.004 0.025 0.001 0.001 78 V 0.013 0.346 0.579 0.011 0.006 0.039 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 79 D 0.186 0.237 0.161 0.315 0.054 0.027 0.007 0.002 0.007 0.002 0.001 80 K 0.001 0.657 0.035 0.006 0.281 0.002 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 81 I 0.001 0.879 0.066 0.001 0.030 0.017 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 82 L 0.003 0.642 0.281 0.003 0.024 0.033 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 83 V 0.010 0.673 0.170 0.007 0.014 0.099 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 84 Q 0.012 0.588 0.219 0.004 0.080 0.049 0.004 0.001 0.042 0.002 0.001 85 R 0.103 0.075 0.650 0.025 0.034 0.063 0.007 0.002 0.012 0.016 0.013 86 H 0.143 0.185 0.244 0.144 0.067 0.082 0.061 0.023 0.039 0.008 0.004 87 H 0.121 0.279 0.309 0.093 0.091 0.029 0.025 0.006 0.035 0.009 0.002