# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.089 0.101 0.059 0.061 0.120 0.091 0.099 0.138 0.124 0.080 0.037 2 E 0.159 0.100 0.040 0.019 0.270 0.029 0.056 0.083 0.077 0.116 0.050 3 I 0.261 0.136 0.017 0.006 0.426 0.008 0.013 0.031 0.024 0.039 0.040 4 V 0.129 0.250 0.071 0.003 0.452 0.005 0.008 0.014 0.007 0.008 0.051 5 Q 0.209 0.222 0.052 0.006 0.392 0.005 0.009 0.020 0.009 0.019 0.057 6 R 0.155 0.224 0.214 0.050 0.161 0.024 0.028 0.049 0.028 0.025 0.042 7 E 0.031 0.051 0.095 0.206 0.043 0.163 0.093 0.183 0.084 0.035 0.016 8 D 0.008 0.173 0.161 0.228 0.019 0.092 0.220 0.047 0.025 0.018 0.007 9 G 0.012 0.007 0.013 0.037 0.005 0.015 0.007 0.006 0.010 0.677 0.211 10 S 0.078 0.424 0.025 0.003 0.409 0.005 0.006 0.006 0.005 0.016 0.023 11 W 0.204 0.105 0.004 0.001 0.666 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 12 L 0.352 0.076 0.010 0.003 0.511 0.004 0.005 0.002 0.002 0.004 0.030 13 V 0.313 0.077 0.021 0.009 0.511 0.012 0.007 0.003 0.002 0.004 0.040 14 D 0.175 0.047 0.027 0.117 0.146 0.178 0.076 0.030 0.031 0.097 0.076 15 G 0.091 0.171 0.102 0.093 0.308 0.049 0.025 0.023 0.021 0.055 0.061 16 M 0.320 0.100 0.011 0.006 0.361 0.006 0.013 0.032 0.020 0.059 0.074 17 V 0.048 0.358 0.224 0.006 0.244 0.017 0.014 0.010 0.005 0.011 0.064 18 S 0.120 0.564 0.094 0.001 0.183 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.026 19 L 0.007 0.020 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.516 0.425 0.013 0.003 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.866 0.121 0.002 0.001 21 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.939 0.042 0.011 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.813 0.149 0.031 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.860 0.126 0.002 0.001 24 E 0.001 0.006 0.003 0.001 0.004 0.003 0.027 0.817 0.108 0.028 0.001 25 F 0.045 0.006 0.005 0.002 0.014 0.002 0.118 0.688 0.056 0.058 0.005 26 F 0.069 0.283 0.046 0.017 0.164 0.019 0.050 0.207 0.084 0.035 0.026 27 E 0.065 0.023 0.012 0.017 0.045 0.045 0.105 0.231 0.165 0.226 0.066 28 L 0.103 0.277 0.042 0.008 0.378 0.009 0.023 0.061 0.041 0.039 0.020 29 E 0.148 0.145 0.053 0.019 0.229 0.036 0.105 0.055 0.051 0.083 0.075 30 A 0.093 0.328 0.160 0.011 0.304 0.004 0.009 0.013 0.013 0.017 0.047 31 P 0.099 0.319 0.190 0.029 0.177 0.012 0.024 0.036 0.031 0.039 0.043 32 L 0.044 0.284 0.337 0.031 0.108 0.018 0.033 0.050 0.045 0.021 0.028 33 P 0.035 0.271 0.111 0.039 0.095 0.030 0.094 0.137 0.120 0.049 0.019 34 G 0.048 0.069 0.098 0.082 0.062 0.026 0.047 0.128 0.110 0.275 0.054 35 E 0.135 0.139 0.131 0.032 0.160 0.021 0.040 0.111 0.068 0.103 0.060 36 A 0.039 0.152 0.099 0.113 0.080 0.118 0.075 0.151 0.060 0.080 0.034 37 G 0.012 0.097 0.104 0.370 0.025 0.092 0.110 0.099 0.031 0.042 0.017 38 G 0.016 0.023 0.046 0.072 0.011 0.035 0.025 0.085 0.057 0.544 0.085 39 N 0.099 0.283 0.105 0.011 0.235 0.008 0.012 0.075 0.042 0.085 0.045 40 I 0.190 0.109 0.029 0.008 0.227 0.014 0.023 0.180 0.103 0.064 0.051 41 H 0.071 0.132 0.078 0.029 0.131 0.030 0.044 0.302 0.080 0.063 0.041 42 T 0.045 0.062 0.035 0.015 0.064 0.011 0.016 0.613 0.078 0.043 0.020 43 L 0.018 0.014 0.009 0.005 0.018 0.008 0.013 0.767 0.109 0.030 0.010 44 A 0.006 0.011 0.008 0.006 0.009 0.005 0.007 0.875 0.059 0.010 0.004 45 G 0.004 0.006 0.005 0.003 0.010 0.001 0.002 0.915 0.046 0.005 0.002 46 V 0.008 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.947 0.023 0.001 0.001 47 M 0.013 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.954 0.011 0.001 0.001 48 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.928 0.045 0.003 0.002 49 Y 0.005 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.024 0.879 0.067 0.008 0.002 50 Q 0.015 0.014 0.008 0.009 0.014 0.011 0.082 0.694 0.075 0.070 0.008 51 L 0.011 0.575 0.125 0.020 0.062 0.022 0.058 0.072 0.032 0.014 0.008 52 G 0.041 0.031 0.024 0.044 0.039 0.033 0.027 0.121 0.106 0.353 0.181 53 R 0.115 0.141 0.101 0.021 0.166 0.016 0.088 0.089 0.071 0.149 0.042 54 V 0.101 0.361 0.202 0.010 0.211 0.006 0.009 0.014 0.012 0.019 0.056 55 P 0.077 0.373 0.143 0.025 0.163 0.022 0.049 0.048 0.038 0.021 0.042 56 S 0.135 0.236 0.158 0.025 0.199 0.020 0.031 0.053 0.045 0.050 0.049 57 V 0.058 0.199 0.101 0.048 0.117 0.053 0.132 0.128 0.090 0.056 0.021 58 T 0.123 0.037 0.047 0.060 0.069 0.070 0.058 0.100 0.079 0.261 0.096 59 D 0.102 0.234 0.041 0.019 0.344 0.036 0.038 0.052 0.043 0.054 0.036 60 R 0.265 0.092 0.016 0.003 0.528 0.004 0.007 0.015 0.009 0.020 0.040 61 F 0.197 0.140 0.015 0.002 0.595 0.003 0.004 0.008 0.004 0.006 0.026 62 E 0.383 0.098 0.034 0.003 0.391 0.004 0.006 0.008 0.003 0.004 0.066 63 W 0.156 0.055 0.035 0.131 0.126 0.210 0.043 0.056 0.037 0.077 0.074 64 N 0.006 0.066 0.101 0.534 0.016 0.127 0.107 0.013 0.010 0.013 0.006 65 G 0.043 0.009 0.014 0.064 0.013 0.020 0.008 0.007 0.014 0.627 0.182 66 F 0.059 0.496 0.031 0.008 0.347 0.014 0.015 0.004 0.004 0.009 0.012 67 S 0.340 0.056 0.005 0.002 0.551 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.030 68 F 0.295 0.068 0.003 0.001 0.617 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 69 E 0.143 0.091 0.007 0.001 0.743 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 70 V 0.445 0.041 0.004 0.001 0.469 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 71 V 0.154 0.211 0.024 0.004 0.529 0.009 0.009 0.005 0.003 0.005 0.048 72 D 0.283 0.152 0.084 0.003 0.346 0.003 0.004 0.005 0.003 0.006 0.112 73 M 0.136 0.163 0.051 0.049 0.138 0.086 0.058 0.095 0.081 0.084 0.060 74 D 0.030 0.145 0.126 0.176 0.069 0.128 0.137 0.075 0.064 0.036 0.016 75 R 0.067 0.045 0.027 0.040 0.058 0.031 0.032 0.111 0.186 0.324 0.080 76 T 0.054 0.319 0.055 0.032 0.187 0.034 0.063 0.079 0.061 0.081 0.035 77 R 0.271 0.130 0.021 0.005 0.408 0.006 0.012 0.023 0.017 0.038 0.069 78 V 0.387 0.089 0.011 0.007 0.419 0.011 0.007 0.013 0.012 0.012 0.032 79 D 0.109 0.100 0.041 0.053 0.231 0.153 0.207 0.048 0.023 0.016 0.019 80 K 0.456 0.027 0.005 0.003 0.399 0.004 0.005 0.005 0.004 0.034 0.057 81 I 0.127 0.146 0.002 0.001 0.714 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 82 L 0.196 0.074 0.018 0.001 0.668 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 83 V 0.350 0.168 0.020 0.003 0.354 0.003 0.004 0.004 0.003 0.007 0.084 84 Q 0.109 0.276 0.180 0.033 0.237 0.033 0.032 0.014 0.014 0.017 0.054 85 R 0.108 0.279 0.144 0.043 0.162 0.032 0.057 0.046 0.048 0.044 0.037 86 H 0.079 0.147 0.135 0.075 0.117 0.046 0.068 0.072 0.081 0.117 0.064 87 H 0.074 0.206 0.089 0.043 0.158 0.038 0.047 0.086 0.111 0.101 0.046