# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.837 0.107 0.046 0.008 0.001 0.001 0.001 2 E 0.595 0.248 0.132 0.020 0.005 0.001 0.001 3 I 0.142 0.182 0.217 0.279 0.149 0.031 0.001 4 V 0.342 0.306 0.220 0.100 0.027 0.004 0.001 5 Q 0.552 0.306 0.097 0.035 0.008 0.001 0.001 6 R 0.398 0.203 0.199 0.151 0.044 0.005 0.001 7 E 0.767 0.147 0.070 0.013 0.002 0.001 0.001 8 D 0.695 0.208 0.077 0.015 0.003 0.001 0.001 9 G 0.362 0.309 0.190 0.093 0.037 0.009 0.001 10 S 0.172 0.300 0.251 0.180 0.073 0.022 0.002 11 W 0.040 0.078 0.135 0.246 0.289 0.193 0.020 12 L 0.041 0.064 0.127 0.202 0.248 0.261 0.058 13 V 0.021 0.039 0.061 0.152 0.304 0.327 0.096 14 D 0.065 0.168 0.268 0.242 0.143 0.082 0.032 15 G 0.020 0.046 0.058 0.125 0.250 0.384 0.118 16 M 0.038 0.137 0.229 0.259 0.182 0.119 0.036 17 V 0.038 0.106 0.149 0.244 0.238 0.193 0.032 18 S 0.041 0.171 0.292 0.263 0.175 0.052 0.006 19 L 0.008 0.013 0.047 0.166 0.430 0.316 0.021 20 D 0.168 0.447 0.269 0.089 0.022 0.005 0.001 21 R 0.062 0.338 0.314 0.218 0.057 0.011 0.001 22 F 0.007 0.013 0.035 0.170 0.525 0.244 0.007 23 R 0.082 0.282 0.324 0.264 0.041 0.008 0.001 24 E 0.275 0.495 0.182 0.035 0.010 0.002 0.001 25 F 0.032 0.118 0.273 0.394 0.150 0.031 0.001 26 F 0.016 0.047 0.097 0.317 0.372 0.145 0.005 27 E 0.272 0.482 0.201 0.035 0.008 0.002 0.001 28 L 0.091 0.164 0.202 0.346 0.162 0.034 0.001 29 E 0.289 0.441 0.175 0.074 0.016 0.004 0.001 30 A 0.162 0.171 0.202 0.276 0.158 0.030 0.001 31 P 0.576 0.293 0.103 0.023 0.005 0.001 0.001 32 L 0.264 0.330 0.220 0.129 0.049 0.007 0.001 33 P 0.414 0.339 0.157 0.074 0.016 0.002 0.001 34 G 0.611 0.276 0.081 0.027 0.005 0.001 0.001 35 E 0.721 0.201 0.058 0.017 0.003 0.001 0.001 36 A 0.625 0.266 0.080 0.025 0.005 0.001 0.001 37 G 0.617 0.262 0.092 0.024 0.004 0.001 0.001 38 G 0.479 0.353 0.108 0.047 0.012 0.001 0.001 39 N 0.197 0.378 0.223 0.146 0.046 0.009 0.001 40 I 0.017 0.043 0.141 0.293 0.378 0.124 0.005 41 H 0.034 0.125 0.225 0.299 0.221 0.087 0.009 42 T 0.018 0.050 0.106 0.162 0.284 0.270 0.111 43 L 0.005 0.009 0.016 0.027 0.071 0.413 0.459 44 A 0.008 0.022 0.034 0.112 0.174 0.301 0.349 45 G 0.009 0.017 0.027 0.056 0.134 0.302 0.455 46 V 0.006 0.011 0.019 0.042 0.100 0.314 0.507 47 M 0.006 0.010 0.015 0.036 0.088 0.385 0.461 48 L 0.012 0.022 0.042 0.110 0.234 0.351 0.230 49 Y 0.052 0.126 0.176 0.237 0.194 0.156 0.060 50 Q 0.055 0.108 0.168 0.220 0.229 0.169 0.051 51 L 0.047 0.066 0.106 0.210 0.282 0.245 0.044 52 G 0.251 0.319 0.231 0.135 0.044 0.017 0.003 53 R 0.151 0.292 0.266 0.180 0.086 0.023 0.002 54 V 0.067 0.076 0.141 0.270 0.282 0.157 0.007 55 P 0.111 0.188 0.248 0.244 0.160 0.047 0.003 56 S 0.387 0.398 0.145 0.055 0.012 0.003 0.001 57 V 0.270 0.291 0.205 0.138 0.081 0.015 0.001 58 T 0.302 0.341 0.180 0.139 0.028 0.010 0.001 59 D 0.287 0.287 0.217 0.130 0.064 0.013 0.001 60 R 0.135 0.298 0.283 0.200 0.068 0.015 0.001 61 F 0.035 0.050 0.095 0.257 0.375 0.179 0.009 62 E 0.146 0.368 0.287 0.149 0.041 0.009 0.001 63 W 0.089 0.125 0.186 0.326 0.210 0.062 0.003 64 N 0.382 0.350 0.175 0.067 0.020 0.006 0.001 65 G 0.325 0.393 0.173 0.073 0.024 0.010 0.001 66 F 0.039 0.098 0.144 0.289 0.321 0.103 0.006 67 S 0.074 0.252 0.284 0.255 0.091 0.039 0.005 68 F 0.027 0.049 0.089 0.182 0.329 0.287 0.035 69 E 0.033 0.136 0.317 0.348 0.130 0.033 0.003 70 V 0.012 0.020 0.042 0.106 0.376 0.412 0.031 71 V 0.053 0.178 0.256 0.326 0.137 0.046 0.003 72 D 0.299 0.393 0.201 0.073 0.025 0.007 0.001 73 M 0.074 0.110 0.206 0.422 0.158 0.029 0.001 74 D 0.690 0.191 0.094 0.020 0.004 0.001 0.001 75 R 0.631 0.259 0.087 0.018 0.004 0.001 0.001 76 T 0.357 0.324 0.215 0.073 0.025 0.006 0.001 77 R 0.064 0.185 0.234 0.271 0.190 0.053 0.002 78 V 0.053 0.077 0.171 0.319 0.260 0.113 0.007 79 D 0.226 0.314 0.280 0.123 0.044 0.011 0.001 80 K 0.065 0.224 0.293 0.263 0.124 0.028 0.002 81 I 0.020 0.035 0.057 0.159 0.337 0.369 0.023 82 L 0.066 0.237 0.313 0.237 0.107 0.037 0.002 83 V 0.038 0.093 0.170 0.393 0.234 0.070 0.002 84 Q 0.265 0.323 0.266 0.114 0.029 0.004 0.001 85 R 0.633 0.234 0.098 0.028 0.006 0.001 0.001 86 H 0.878 0.100 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 87 H 0.866 0.099 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001