# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 130.223 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.594 0.169 0.098 0.053 0.031 0.024 0.020 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 E 0.269 0.201 0.173 0.129 0.097 0.074 0.032 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 I 0.081 0.067 0.069 0.139 0.166 0.171 0.117 0.095 0.050 0.026 0.009 0.005 0.003 0.001 4 V 0.152 0.126 0.146 0.200 0.157 0.100 0.058 0.034 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.386 0.175 0.154 0.099 0.076 0.049 0.029 0.013 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 6 R 0.172 0.166 0.168 0.203 0.136 0.081 0.036 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.367 0.190 0.143 0.137 0.076 0.042 0.029 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 8 D 0.438 0.184 0.186 0.081 0.046 0.029 0.021 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 G 0.239 0.172 0.175 0.140 0.106 0.075 0.051 0.018 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 10 S 0.104 0.108 0.110 0.146 0.155 0.142 0.107 0.053 0.040 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 11 W 0.023 0.019 0.028 0.058 0.101 0.135 0.173 0.175 0.109 0.086 0.042 0.031 0.016 0.004 12 L 0.020 0.018 0.030 0.052 0.096 0.107 0.123 0.157 0.139 0.095 0.075 0.055 0.019 0.014 13 V 0.010 0.006 0.007 0.012 0.024 0.038 0.063 0.090 0.153 0.187 0.180 0.139 0.069 0.023 14 D 0.028 0.039 0.042 0.060 0.084 0.094 0.125 0.145 0.116 0.095 0.097 0.035 0.019 0.021 15 G 0.006 0.005 0.008 0.016 0.037 0.063 0.102 0.126 0.174 0.204 0.132 0.067 0.040 0.019 16 M 0.010 0.023 0.032 0.077 0.116 0.143 0.151 0.168 0.126 0.089 0.033 0.016 0.009 0.007 17 V 0.073 0.058 0.055 0.085 0.115 0.111 0.126 0.132 0.085 0.072 0.046 0.025 0.012 0.005 18 S 0.025 0.074 0.100 0.172 0.190 0.171 0.110 0.072 0.056 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 19 L 0.011 0.020 0.034 0.078 0.146 0.173 0.199 0.154 0.113 0.034 0.024 0.008 0.005 0.002 20 D 0.305 0.270 0.233 0.095 0.051 0.026 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.224 0.353 0.206 0.109 0.047 0.047 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 F 0.012 0.019 0.021 0.103 0.214 0.246 0.228 0.097 0.048 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 23 R 0.150 0.225 0.331 0.138 0.080 0.049 0.016 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.705 0.195 0.057 0.020 0.009 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 F 0.026 0.062 0.079 0.226 0.257 0.188 0.102 0.032 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.022 0.029 0.055 0.109 0.223 0.203 0.152 0.124 0.051 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 27 E 0.414 0.290 0.145 0.052 0.032 0.037 0.014 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.073 0.056 0.083 0.160 0.189 0.172 0.092 0.075 0.048 0.024 0.012 0.012 0.004 0.001 29 E 0.128 0.146 0.171 0.157 0.141 0.110 0.080 0.028 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 30 A 0.110 0.085 0.122 0.169 0.155 0.155 0.078 0.064 0.034 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 31 P 0.439 0.171 0.114 0.096 0.071 0.039 0.041 0.014 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 32 L 0.167 0.137 0.138 0.190 0.149 0.107 0.053 0.033 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 33 P 0.507 0.176 0.124 0.075 0.058 0.024 0.022 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 G 0.581 0.205 0.092 0.058 0.027 0.018 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.664 0.148 0.056 0.057 0.036 0.014 0.020 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.603 0.146 0.141 0.044 0.029 0.018 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 G 0.543 0.155 0.172 0.059 0.035 0.016 0.013 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.336 0.226 0.132 0.132 0.079 0.048 0.032 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.138 0.195 0.187 0.179 0.123 0.108 0.035 0.017 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 40 I 0.021 0.026 0.041 0.108 0.181 0.177 0.174 0.142 0.064 0.034 0.015 0.011 0.005 0.001 41 H 0.034 0.045 0.064 0.116 0.156 0.166 0.138 0.119 0.085 0.035 0.023 0.012 0.004 0.002 42 T 0.029 0.018 0.027 0.052 0.088 0.098 0.148 0.152 0.120 0.111 0.065 0.054 0.029 0.010 43 L 0.007 0.007 0.010 0.017 0.036 0.068 0.103 0.127 0.175 0.143 0.133 0.099 0.051 0.025 44 A 0.007 0.007 0.010 0.019 0.039 0.067 0.105 0.135 0.163 0.170 0.114 0.082 0.049 0.031 45 G 0.014 0.017 0.018 0.036 0.057 0.076 0.123 0.143 0.143 0.143 0.090 0.076 0.040 0.026 46 V 0.010 0.011 0.013 0.022 0.041 0.071 0.105 0.121 0.162 0.148 0.124 0.089 0.057 0.026 47 M 0.004 0.008 0.012 0.028 0.060 0.103 0.168 0.197 0.147 0.117 0.078 0.042 0.021 0.014 48 L 0.014 0.021 0.026 0.044 0.076 0.106 0.149 0.162 0.129 0.101 0.096 0.036 0.026 0.014 49 Y 0.071 0.091 0.097 0.141 0.149 0.140 0.102 0.086 0.053 0.035 0.016 0.010 0.005 0.003 50 Q 0.036 0.052 0.083 0.142 0.173 0.167 0.131 0.105 0.057 0.029 0.013 0.007 0.003 0.002 51 L 0.037 0.038 0.052 0.102 0.166 0.186 0.150 0.123 0.076 0.038 0.017 0.009 0.005 0.002 52 G 0.298 0.196 0.183 0.121 0.077 0.062 0.032 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 53 R 0.260 0.157 0.173 0.140 0.114 0.076 0.039 0.021 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 54 V 0.128 0.099 0.104 0.146 0.181 0.136 0.097 0.058 0.030 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 55 P 0.181 0.132 0.137 0.162 0.153 0.104 0.061 0.037 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 56 S 0.425 0.193 0.129 0.095 0.064 0.042 0.026 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 57 V 0.226 0.142 0.158 0.152 0.123 0.092 0.050 0.027 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 58 T 0.270 0.149 0.173 0.139 0.106 0.066 0.049 0.021 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 59 D 0.291 0.175 0.139 0.145 0.094 0.073 0.039 0.022 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 60 R 0.147 0.132 0.109 0.159 0.166 0.120 0.072 0.045 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 61 F 0.062 0.042 0.049 0.084 0.127 0.151 0.149 0.148 0.073 0.048 0.038 0.017 0.010 0.003 62 E 0.159 0.140 0.160 0.155 0.128 0.103 0.055 0.040 0.034 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 63 W 0.045 0.043 0.052 0.105 0.145 0.133 0.131 0.117 0.096 0.057 0.042 0.018 0.010 0.004 64 N 0.091 0.102 0.127 0.157 0.141 0.118 0.094 0.069 0.047 0.023 0.023 0.005 0.002 0.002 65 G 0.103 0.104 0.118 0.129 0.147 0.127 0.090 0.064 0.058 0.031 0.017 0.006 0.003 0.002 66 F 0.012 0.013 0.013 0.032 0.063 0.115 0.150 0.152 0.153 0.139 0.080 0.045 0.027 0.007 67 S 0.015 0.021 0.033 0.078 0.135 0.150 0.169 0.167 0.098 0.071 0.032 0.017 0.008 0.008 68 F 0.016 0.010 0.013 0.019 0.030 0.047 0.080 0.104 0.152 0.187 0.169 0.105 0.052 0.017 69 E 0.022 0.031 0.040 0.083 0.120 0.141 0.137 0.166 0.097 0.070 0.047 0.026 0.011 0.010 70 V 0.007 0.009 0.012 0.023 0.042 0.068 0.127 0.136 0.178 0.140 0.149 0.059 0.034 0.017 71 V 0.040 0.059 0.057 0.121 0.170 0.167 0.121 0.114 0.072 0.037 0.024 0.010 0.005 0.003 72 D 0.175 0.203 0.233 0.123 0.084 0.080 0.036 0.022 0.027 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 73 M 0.026 0.047 0.056 0.164 0.216 0.195 0.122 0.096 0.047 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 74 D 0.159 0.168 0.237 0.161 0.108 0.082 0.043 0.015 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 75 R 0.346 0.214 0.216 0.089 0.054 0.042 0.020 0.007 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 T 0.135 0.175 0.165 0.162 0.141 0.099 0.067 0.026 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 77 R 0.050 0.081 0.086 0.165 0.190 0.170 0.102 0.081 0.040 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 78 V 0.014 0.017 0.018 0.049 0.091 0.135 0.162 0.177 0.135 0.083 0.056 0.036 0.019 0.007 79 D 0.062 0.058 0.079 0.087 0.106 0.123 0.100 0.108 0.119 0.063 0.064 0.021 0.006 0.005 80 K 0.019 0.020 0.030 0.058 0.106 0.096 0.132 0.141 0.108 0.098 0.099 0.044 0.026 0.023 81 I 0.005 0.004 0.006 0.011 0.019 0.045 0.060 0.084 0.157 0.187 0.173 0.137 0.091 0.021 82 L 0.014 0.021 0.029 0.069 0.107 0.131 0.175 0.185 0.106 0.080 0.036 0.023 0.011 0.011 83 V 0.009 0.008 0.010 0.017 0.034 0.059 0.108 0.143 0.161 0.153 0.178 0.074 0.032 0.012 84 Q 0.040 0.068 0.082 0.141 0.157 0.162 0.119 0.105 0.057 0.031 0.021 0.007 0.005 0.004 85 R 0.081 0.091 0.106 0.171 0.148 0.135 0.095 0.071 0.046 0.028 0.015 0.009 0.003 0.002 86 H 0.255 0.165 0.186 0.131 0.099 0.064 0.046 0.023 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 87 H 0.310 0.173 0.178 0.121 0.085 0.060 0.033 0.016 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001