# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 87.8874 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.014 0.630 0.007 0.047 0.030 0.001 0.001 0.012 0.144 0.063 0.026 0.023 2 R 0.002 0.011 0.410 0.006 0.171 0.072 0.001 0.001 0.014 0.129 0.143 0.014 0.027 3 A 0.003 0.013 0.303 0.009 0.195 0.075 0.002 0.001 0.021 0.131 0.196 0.019 0.032 4 R 0.008 0.030 0.387 0.007 0.119 0.048 0.005 0.003 0.031 0.167 0.084 0.059 0.051 5 L 0.011 0.045 0.481 0.005 0.039 0.034 0.007 0.005 0.038 0.159 0.081 0.030 0.064 6 S 0.004 0.036 0.639 0.003 0.013 0.015 0.002 0.002 0.014 0.171 0.046 0.031 0.024 7 L 0.001 0.006 0.830 0.001 0.009 0.010 0.001 0.001 0.006 0.087 0.031 0.006 0.012 8 P 0.001 0.006 0.402 0.008 0.064 0.076 0.001 0.001 0.007 0.170 0.250 0.005 0.011 9 K 0.001 0.005 0.205 0.006 0.123 0.168 0.001 0.001 0.009 0.160 0.306 0.009 0.007 10 Q 0.004 0.010 0.223 0.004 0.180 0.284 0.002 0.002 0.022 0.108 0.097 0.017 0.046 11 L 0.021 0.029 0.152 0.012 0.081 0.334 0.008 0.009 0.060 0.056 0.066 0.112 0.061 12 V 0.067 0.024 0.111 0.013 0.052 0.284 0.019 0.013 0.063 0.025 0.046 0.054 0.230 13 L 0.084 0.013 0.152 0.054 0.034 0.196 0.011 0.007 0.035 0.036 0.048 0.239 0.091 14 R 0.064 0.010 0.176 0.020 0.071 0.206 0.005 0.002 0.025 0.044 0.098 0.059 0.219 15 Q 0.038 0.014 0.234 0.013 0.054 0.145 0.004 0.002 0.025 0.105 0.158 0.117 0.091 16 S 0.023 0.028 0.332 0.011 0.049 0.092 0.003 0.002 0.022 0.133 0.142 0.053 0.112 17 I 0.013 0.021 0.442 0.005 0.034 0.065 0.002 0.001 0.013 0.123 0.098 0.092 0.091 18 V 0.008 0.016 0.186 0.022 0.038 0.050 0.002 0.001 0.007 0.119 0.467 0.023 0.061 19 G 0.005 0.007 0.127 0.023 0.032 0.029 0.001 0.001 0.005 0.184 0.526 0.032 0.028 20 A 0.018 0.012 0.342 0.024 0.048 0.030 0.002 0.001 0.018 0.166 0.164 0.057 0.117 21 E 0.111 0.033 0.207 0.030 0.033 0.014 0.011 0.003 0.040 0.100 0.059 0.118 0.238 22 V 0.331 0.016 0.108 0.050 0.012 0.007 0.039 0.010 0.046 0.049 0.022 0.125 0.185 23 G 0.370 0.008 0.041 0.057 0.003 0.004 0.047 0.020 0.023 0.021 0.010 0.270 0.125 24 V 0.449 0.008 0.033 0.014 0.003 0.004 0.049 0.015 0.021 0.006 0.005 0.093 0.300 25 W 0.455 0.009 0.026 0.039 0.004 0.004 0.029 0.004 0.013 0.005 0.006 0.215 0.189 26 T 0.208 0.006 0.069 0.047 0.021 0.010 0.009 0.003 0.020 0.027 0.059 0.186 0.333 27 G 0.068 0.007 0.151 0.113 0.025 0.011 0.005 0.001 0.013 0.152 0.155 0.098 0.201 28 E 0.036 0.011 0.171 0.016 0.028 0.009 0.003 0.001 0.012 0.172 0.069 0.387 0.084 29 T 0.062 0.062 0.136 0.006 0.017 0.006 0.005 0.001 0.013 0.080 0.036 0.033 0.546 30 I 0.010 0.031 0.205 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.075 0.003 0.622 0.038 31 P 0.011 0.013 0.323 0.007 0.032 0.010 0.003 0.001 0.012 0.031 0.030 0.022 0.504 32 V 0.012 0.010 0.132 0.113 0.133 0.034 0.004 0.001 0.014 0.090 0.321 0.087 0.048 33 R 0.025 0.011 0.176 0.038 0.133 0.027 0.004 0.001 0.017 0.173 0.189 0.095 0.111 34 T 0.049 0.017 0.333 0.008 0.042 0.016 0.008 0.003 0.039 0.097 0.033 0.096 0.259 35 C 0.084 0.080 0.193 0.024 0.018 0.012 0.017 0.006 0.045 0.065 0.036 0.231 0.189 36 F 0.123 0.033 0.205 0.024 0.015 0.011 0.018 0.005 0.029 0.077 0.034 0.098 0.328 37 G 0.051 0.020 0.326 0.041 0.013 0.013 0.009 0.004 0.022 0.133 0.043 0.226 0.100 38 P 0.034 0.017 0.301 0.021 0.045 0.033 0.005 0.002 0.021 0.108 0.121 0.051 0.241 39 L 0.053 0.019 0.304 0.028 0.050 0.036 0.008 0.001 0.016 0.096 0.153 0.124 0.113 40 I 0.051 0.019 0.188 0.043 0.061 0.042 0.007 0.001 0.016 0.112 0.234 0.079 0.149 41 G 0.057 0.022 0.204 0.027 0.038 0.034 0.007 0.001 0.014 0.137 0.185 0.117 0.158 42 Q 0.054 0.025 0.259 0.018 0.027 0.038 0.008 0.002 0.018 0.115 0.065 0.185 0.188 43 Q 0.070 0.038 0.208 0.010 0.018 0.025 0.006 0.001 0.017 0.078 0.041 0.162 0.326 44 S 0.040 0.037 0.370 0.011 0.010 0.022 0.005 0.001 0.011 0.084 0.027 0.179 0.203 45 H 0.010 0.015 0.586 0.011 0.016 0.029 0.002 0.001 0.008 0.085 0.037 0.088 0.113 46 S 0.007 0.011 0.377 0.010 0.107 0.146 0.002 0.001 0.010 0.069 0.144 0.025 0.091 47 M 0.006 0.011 0.134 0.010 0.194 0.335 0.001 0.001 0.007 0.081 0.146 0.037 0.038 48 E 0.011 0.019 0.192 0.004 0.146 0.329 0.002 0.001 0.010 0.075 0.091 0.047 0.072 49 V 0.008 0.018 0.199 0.003 0.090 0.477 0.002 0.001 0.009 0.048 0.052 0.026 0.067 50 A 0.006 0.010 0.142 0.007 0.068 0.589 0.001 0.001 0.006 0.042 0.080 0.027 0.022 51 E 0.005 0.006 0.094 0.003 0.096 0.595 0.001 0.001 0.003 0.034 0.125 0.012 0.026 52 W 0.003 0.006 0.093 0.002 0.085 0.638 0.001 0.001 0.003 0.041 0.100 0.012 0.017 53 T 0.003 0.008 0.140 0.003 0.083 0.548 0.001 0.001 0.004 0.058 0.124 0.014 0.015 54 D 0.002 0.007 0.114 0.002 0.108 0.545 0.001 0.001 0.003 0.054 0.137 0.008 0.018 55 K 0.002 0.006 0.082 0.002 0.077 0.566 0.001 0.001 0.002 0.063 0.178 0.009 0.012 56 A 0.004 0.010 0.202 0.004 0.076 0.358 0.001 0.001 0.004 0.085 0.221 0.014 0.021 57 V 0.004 0.006 0.212 0.006 0.067 0.272 0.001 0.001 0.006 0.120 0.268 0.012 0.025 58 N 0.009 0.008 0.241 0.020 0.034 0.137 0.002 0.001 0.010 0.176 0.309 0.020 0.033 59 H 0.056 0.013 0.289 0.034 0.043 0.084 0.008 0.002 0.027 0.138 0.103 0.086 0.117 60 I 0.152 0.009 0.146 0.036 0.021 0.046 0.018 0.007 0.068 0.039 0.036 0.143 0.279 61 W 0.457 0.005 0.027 0.032 0.006 0.010 0.026 0.008 0.023 0.008 0.005 0.138 0.255 62 K 0.460 0.004 0.010 0.022 0.002 0.005 0.028 0.010 0.016 0.003 0.002 0.338 0.101 63 I 0.397 0.005 0.014 0.005 0.003 0.006 0.029 0.012 0.024 0.002 0.004 0.062 0.438 64 Y 0.341 0.018 0.061 0.041 0.008 0.012 0.015 0.007 0.024 0.016 0.028 0.237 0.193 65 H 0.054 0.006 0.121 0.036 0.023 0.018 0.004 0.001 0.012 0.114 0.292 0.118 0.202 66 N 0.002 0.001 0.011 0.026 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.070 0.866 0.008 0.008 67 G 0.005 0.004 0.065 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.152 0.711 0.029 0.012 68 V 0.050 0.026 0.333 0.012 0.006 0.001 0.004 0.001 0.010 0.140 0.030 0.102 0.286 69 L 0.169 0.033 0.155 0.036 0.004 0.001 0.012 0.001 0.022 0.046 0.007 0.175 0.339 70 E 0.351 0.005 0.048 0.097 0.003 0.001 0.049 0.009 0.033 0.013 0.004 0.177 0.211 71 F 0.549 0.001 0.010 0.026 0.001 0.001 0.107 0.012 0.017 0.002 0.001 0.117 0.157 72 C 0.717 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.080 0.016 0.012 0.001 0.001 0.067 0.093 73 I 0.616 0.003 0.009 0.013 0.001 0.001 0.050 0.015 0.014 0.002 0.001 0.153 0.124 74 I 0.270 0.007 0.097 0.016 0.003 0.002 0.029 0.008 0.060 0.015 0.008 0.102 0.382 75 T 0.035 0.013 0.356 0.015 0.017 0.009 0.009 0.005 0.069 0.114 0.099 0.126 0.132 76 T 0.006 0.018 0.359 0.009 0.016 0.008 0.002 0.001 0.025 0.262 0.233 0.019 0.043 77 D 0.002 0.017 0.395 0.003 0.019 0.012 0.001 0.001 0.005 0.351 0.151 0.026 0.018 78 E 0.002 0.022 0.155 0.005 0.062 0.068 0.001 0.001 0.003 0.208 0.434 0.011 0.029 79 N 0.004 0.025 0.210 0.006 0.053 0.080 0.001 0.001 0.003 0.150 0.434 0.014 0.019 80 E 0.005 0.016 0.213 0.006 0.078 0.302 0.001 0.001 0.005 0.185 0.137 0.021 0.031 81 C 0.013 0.016 0.184 0.011 0.053 0.436 0.001 0.001 0.007 0.096 0.101 0.031 0.051 82 N 0.068 0.023 0.089 0.013 0.069 0.435 0.007 0.002 0.006 0.049 0.073 0.089 0.078 83 W 0.084 0.006 0.050 0.012 0.060 0.549 0.005 0.003 0.008 0.019 0.039 0.026 0.139 84 M 0.078 0.004 0.039 0.022 0.043 0.664 0.003 0.003 0.006 0.017 0.026 0.063 0.032 85 M 0.060 0.002 0.025 0.009 0.063 0.708 0.005 0.002 0.007 0.009 0.036 0.024 0.051 86 F 0.082 0.004 0.032 0.004 0.047 0.634 0.009 0.004 0.015 0.010 0.064 0.033 0.062 87 V 0.085 0.011 0.078 0.014 0.049 0.523 0.009 0.005 0.022 0.028 0.063 0.038 0.072 88 R 0.017 0.013 0.202 0.008 0.100 0.421 0.003 0.004 0.016 0.057 0.081 0.052 0.026 89 K 0.002 0.007 0.168 0.001 0.131 0.325 0.001 0.001 0.009 0.046 0.282 0.002 0.025 90 A 0.001 0.007 0.246 0.002 0.090 0.252 0.001 0.001 0.005 0.157 0.220 0.014 0.004 91 R 0.001 0.011 0.343 0.001 0.061 0.130 0.001 0.001 0.005 0.245 0.194 0.002 0.007 92 N 0.001 0.009 0.561 0.001 0.022 0.063 0.001 0.001 0.003 0.267 0.068 0.003 0.003 93 R 0.001 0.009 0.238 0.001 0.133 0.369 0.001 0.001 0.003 0.145 0.092 0.003 0.006 94 E 0.001 0.007 0.121 0.003 0.255 0.421 0.001 0.001 0.005 0.056 0.120 0.004 0.008 95 E 0.001 0.006 0.071 0.002 0.283 0.502 0.001 0.001 0.006 0.048 0.060 0.006 0.012 96 Q 0.006 0.005 0.105 0.010 0.178 0.489 0.002 0.004 0.020 0.056 0.077 0.020 0.025 97 N 0.034 0.013 0.183 0.018 0.066 0.352 0.010 0.004 0.046 0.047 0.108 0.066 0.054 98 L 0.122 0.008 0.108 0.021 0.058 0.229 0.011 0.004 0.020 0.042 0.054 0.028 0.296 99 V 0.135 0.007 0.051 0.029 0.018 0.056 0.006 0.001 0.007 0.017 0.021 0.618 0.034 100 A 0.102 0.007 0.045 0.003 0.023 0.044 0.006 0.002 0.015 0.010 0.031 0.017 0.696 101 Y 0.130 0.035 0.101 0.033 0.012 0.028 0.006 0.002 0.011 0.035 0.030 0.515 0.061 102 P 0.051 0.021 0.162 0.004 0.051 0.022 0.003 0.001 0.009 0.049 0.075 0.045 0.506 103 H 0.008 0.006 0.091 0.029 0.025 0.008 0.001 0.001 0.003 0.136 0.562 0.079 0.049 104 D 0.001 0.001 0.029 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.842 0.011 0.007 105 G 0.006 0.004 0.194 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.273 0.427 0.020 0.035 106 K 0.067 0.026 0.278 0.022 0.004 0.001 0.008 0.001 0.020 0.140 0.019 0.265 0.151 107 I 0.403 0.008 0.021 0.006 0.001 0.001 0.047 0.005 0.016 0.004 0.001 0.057 0.431 108 F 0.613 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 0.117 0.022 0.011 0.001 0.001 0.147 0.044 109 F 0.759 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.085 0.016 0.004 0.001 0.001 0.034 0.084 110 C 0.684 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.077 0.009 0.009 0.001 0.001 0.126 0.073 111 T 0.386 0.001 0.014 0.011 0.003 0.001 0.020 0.003 0.024 0.003 0.003 0.196 0.337 112 S 0.288 0.003 0.046 0.050 0.007 0.001 0.006 0.001 0.010 0.025 0.007 0.153 0.405 113 Q 0.028 0.006 0.128 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.012 0.178 0.018 0.514 0.090 114 D 0.017 0.024 0.265 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.013 0.144 0.035 0.030 0.459 115 I 0.001 0.048 0.569 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.223 0.004 0.134 0.016 116 P 0.001 0.002 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.014 0.002 0.009 117 P 0.001 0.003 0.038 0.009 0.052 0.004 0.001 0.001 0.001 0.052 0.835 0.001 0.004 118 E 0.001 0.002 0.044 0.008 0.059 0.004 0.001 0.001 0.001 0.141 0.730 0.008 0.002 119 N 0.007 0.010 0.346 0.018 0.053 0.009 0.002 0.002 0.020 0.242 0.092 0.066 0.133 120 E 0.086 0.071 0.188 0.020 0.012 0.005 0.020 0.006 0.086 0.043 0.024 0.111 0.330 121 L 0.418 0.019 0.057 0.037 0.004 0.002 0.081 0.023 0.061 0.011 0.002 0.172 0.113 122 L 0.364 0.005 0.041 0.070 0.002 0.003 0.156 0.078 0.059 0.006 0.003 0.140 0.073 123 F 0.428 0.003 0.018 0.018 0.002 0.005 0.155 0.050 0.041 0.004 0.003 0.070 0.203 124 Y 0.442 0.007 0.034 0.022 0.003 0.008 0.069 0.017 0.037 0.006 0.008 0.233 0.113 125 Y 0.168 0.023 0.205 0.012 0.007 0.043 0.015 0.006 0.027 0.051 0.045 0.088 0.310 126 S 0.006 0.004 0.638 0.003 0.009 0.075 0.001 0.001 0.007 0.178 0.019 0.029 0.032 127 R 0.001 0.002 0.047 0.002 0.100 0.753 0.001 0.001 0.001 0.045 0.041 0.002 0.007 128 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 0.934 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.001 0.001 129 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.055 0.925 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.003 130 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.047 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 131 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 132 Q 0.003 0.001 0.007 0.001 0.031 0.918 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.001 0.006 133 I 0.004 0.002 0.031 0.003 0.024 0.519 0.001 0.001 0.002 0.044 0.354 0.014 0.002 134 G 0.001 0.003 0.089 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.002 0.091 0.784 0.001 0.006 135 V 0.001 0.006 0.889 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.076 0.008 0.011 0.002 136 P 0.001 0.024 0.836 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.013 0.061 0.028 0.001 0.018 137 E 0.001 0.014 0.539 0.007 0.098 0.048 0.001 0.001 0.018 0.174 0.083 0.012 0.006