# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 87.8874 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.040 0.090 0.068 0.142 0.008 0.206 0.010 0.016 0.018 0.005 0.079 0.127 0.156 0.004 0.012 0.018 2 R 0.030 0.060 0.086 0.124 0.011 0.064 0.017 0.010 0.007 0.004 0.222 0.107 0.220 0.012 0.009 0.017 3 A 0.027 0.155 0.097 0.156 0.007 0.059 0.011 0.023 0.008 0.003 0.040 0.178 0.179 0.009 0.028 0.020 4 R 0.017 0.043 0.188 0.281 0.011 0.048 0.037 0.006 0.015 0.005 0.029 0.026 0.192 0.012 0.013 0.076 5 L 0.052 0.059 0.329 0.308 0.005 0.035 0.019 0.011 0.005 0.002 0.013 0.016 0.095 0.003 0.015 0.034 6 S 0.026 0.058 0.272 0.428 0.008 0.049 0.012 0.005 0.010 0.005 0.011 0.009 0.058 0.001 0.002 0.047 7 L 0.017 0.016 0.072 0.100 0.115 0.516 0.031 0.008 0.002 0.003 0.033 0.015 0.052 0.014 0.001 0.003 8 P 0.003 0.072 0.014 0.035 0.022 0.186 0.006 0.106 0.002 0.002 0.444 0.044 0.041 0.006 0.016 0.001 9 K 0.003 0.135 0.007 0.038 0.005 0.032 0.003 0.024 0.051 0.016 0.187 0.397 0.056 0.004 0.021 0.021 10 Q 0.098 0.056 0.102 0.077 0.001 0.013 0.005 0.004 0.024 0.005 0.038 0.184 0.275 0.001 0.019 0.097 11 L 0.050 0.030 0.516 0.069 0.001 0.022 0.006 0.001 0.003 0.001 0.008 0.018 0.220 0.001 0.003 0.051 12 V 0.025 0.035 0.397 0.302 0.003 0.039 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.156 0.001 0.002 0.010 13 L 0.005 0.057 0.135 0.555 0.009 0.079 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.012 0.123 0.002 0.001 0.006 14 R 0.005 0.051 0.067 0.679 0.013 0.049 0.007 0.007 0.003 0.001 0.013 0.008 0.086 0.004 0.002 0.006 15 Q 0.011 0.044 0.069 0.648 0.007 0.055 0.005 0.013 0.005 0.003 0.020 0.019 0.077 0.003 0.008 0.011 16 S 0.025 0.072 0.107 0.392 0.086 0.079 0.015 0.010 0.019 0.005 0.032 0.025 0.086 0.005 0.004 0.037 17 I 0.007 0.008 0.018 0.045 0.481 0.024 0.247 0.006 0.001 0.001 0.014 0.005 0.011 0.132 0.001 0.001 18 V 0.001 0.023 0.010 0.016 0.004 0.035 0.003 0.718 0.002 0.001 0.007 0.005 0.006 0.001 0.166 0.001 19 G 0.002 0.017 0.005 0.020 0.005 0.009 0.002 0.005 0.641 0.129 0.025 0.008 0.006 0.002 0.003 0.121 20 A 0.871 0.012 0.022 0.043 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.007 0.022 0.005 0.001 0.002 0.005 21 E 0.018 0.106 0.618 0.090 0.012 0.087 0.017 0.001 0.005 0.003 0.004 0.011 0.009 0.011 0.001 0.008 22 V 0.016 0.146 0.166 0.641 0.001 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.002 23 G 0.003 0.005 0.205 0.748 0.003 0.015 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 24 V 0.038 0.005 0.126 0.734 0.067 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 25 W 0.001 0.050 0.015 0.692 0.171 0.054 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 26 T 0.002 0.072 0.003 0.354 0.006 0.395 0.001 0.142 0.004 0.003 0.009 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 27 G 0.008 0.235 0.029 0.248 0.007 0.049 0.002 0.004 0.206 0.049 0.099 0.015 0.006 0.001 0.001 0.041 28 E 0.264 0.049 0.062 0.536 0.001 0.012 0.001 0.003 0.003 0.001 0.009 0.051 0.005 0.001 0.001 0.001 29 T 0.005 0.064 0.508 0.377 0.003 0.021 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 30 I 0.010 0.010 0.074 0.810 0.023 0.046 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 31 P 0.001 0.019 0.016 0.153 0.402 0.307 0.025 0.017 0.001 0.001 0.008 0.009 0.006 0.033 0.001 0.001 32 V 0.002 0.058 0.004 0.206 0.010 0.022 0.001 0.490 0.012 0.002 0.109 0.008 0.008 0.001 0.066 0.001 33 R 0.005 0.032 0.014 0.173 0.008 0.022 0.005 0.005 0.414 0.116 0.010 0.086 0.016 0.003 0.001 0.089 34 T 0.613 0.017 0.140 0.106 0.006 0.011 0.007 0.011 0.005 0.002 0.018 0.006 0.037 0.001 0.011 0.009 35 C 0.009 0.036 0.298 0.157 0.119 0.182 0.054 0.013 0.007 0.013 0.014 0.017 0.026 0.042 0.002 0.010 36 F 0.031 0.208 0.074 0.473 0.009 0.017 0.005 0.085 0.013 0.003 0.017 0.005 0.016 0.001 0.037 0.007 37 G 0.011 0.009 0.053 0.422 0.083 0.131 0.031 0.005 0.042 0.124 0.016 0.025 0.025 0.005 0.001 0.016 38 P 0.185 0.104 0.106 0.296 0.057 0.028 0.006 0.091 0.005 0.003 0.064 0.014 0.025 0.002 0.009 0.005 39 L 0.004 0.023 0.028 0.318 0.281 0.082 0.050 0.020 0.032 0.039 0.026 0.046 0.013 0.033 0.002 0.004 40 I 0.056 0.115 0.086 0.363 0.007 0.037 0.006 0.176 0.010 0.005 0.023 0.014 0.029 0.001 0.060 0.011 41 G 0.015 0.030 0.062 0.329 0.017 0.069 0.008 0.006 0.150 0.153 0.029 0.022 0.032 0.002 0.002 0.075 42 Q 0.291 0.051 0.141 0.412 0.004 0.019 0.003 0.006 0.004 0.001 0.015 0.023 0.020 0.001 0.003 0.006 43 Q 0.010 0.050 0.268 0.466 0.012 0.111 0.006 0.005 0.006 0.004 0.011 0.018 0.022 0.001 0.002 0.008 44 S 0.018 0.101 0.110 0.494 0.024 0.160 0.010 0.008 0.003 0.002 0.022 0.011 0.027 0.002 0.001 0.007 45 H 0.012 0.093 0.055 0.373 0.010 0.245 0.007 0.025 0.005 0.005 0.085 0.034 0.038 0.002 0.005 0.006 46 S 0.015 0.134 0.050 0.185 0.008 0.275 0.007 0.014 0.021 0.006 0.095 0.106 0.064 0.003 0.005 0.012 47 M 0.040 0.105 0.096 0.299 0.001 0.026 0.003 0.007 0.009 0.002 0.173 0.120 0.094 0.001 0.008 0.016 48 E 0.021 0.067 0.183 0.247 0.004 0.110 0.008 0.003 0.005 0.002 0.013 0.156 0.154 0.004 0.002 0.021 49 V 0.014 0.021 0.150 0.145 0.017 0.153 0.024 0.005 0.001 0.001 0.070 0.015 0.364 0.007 0.005 0.007 50 A 0.004 0.078 0.044 0.133 0.017 0.130 0.012 0.027 0.003 0.002 0.102 0.116 0.304 0.012 0.010 0.007 51 E 0.009 0.073 0.019 0.114 0.008 0.087 0.011 0.019 0.015 0.005 0.101 0.132 0.348 0.009 0.016 0.035 52 W 0.018 0.038 0.081 0.069 0.008 0.033 0.034 0.005 0.010 0.004 0.091 0.080 0.425 0.022 0.017 0.065 53 T 0.026 0.043 0.101 0.043 0.003 0.050 0.015 0.012 0.003 0.003 0.032 0.088 0.511 0.010 0.032 0.029 54 D 0.013 0.032 0.046 0.029 0.010 0.097 0.022 0.007 0.006 0.004 0.073 0.052 0.524 0.032 0.012 0.041 55 K 0.031 0.072 0.050 0.039 0.004 0.030 0.013 0.014 0.003 0.002 0.165 0.094 0.396 0.013 0.036 0.038 56 A 0.013 0.056 0.088 0.031 0.015 0.062 0.055 0.007 0.011 0.005 0.035 0.169 0.320 0.052 0.023 0.056 57 V 0.042 0.032 0.122 0.047 0.004 0.040 0.032 0.019 0.004 0.002 0.097 0.032 0.410 0.012 0.067 0.037 58 N 0.029 0.181 0.174 0.105 0.001 0.032 0.009 0.009 0.021 0.006 0.022 0.062 0.212 0.003 0.017 0.117 59 H 0.117 0.047 0.215 0.273 0.001 0.053 0.010 0.002 0.008 0.003 0.018 0.025 0.179 0.002 0.004 0.045 60 I 0.022 0.056 0.480 0.318 0.001 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.062 0.001 0.002 0.006 61 W 0.005 0.026 0.143 0.772 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.025 0.001 0.001 0.002 62 K 0.002 0.009 0.058 0.888 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.002 63 I 0.003 0.018 0.043 0.747 0.074 0.060 0.007 0.005 0.001 0.001 0.008 0.002 0.028 0.003 0.001 0.002 64 Y 0.001 0.033 0.009 0.150 0.620 0.088 0.034 0.020 0.002 0.001 0.011 0.005 0.015 0.006 0.001 0.002 65 H 0.001 0.004 0.001 0.009 0.643 0.014 0.086 0.096 0.001 0.004 0.022 0.002 0.002 0.112 0.003 0.001 66 N 0.001 0.014 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.586 0.045 0.006 0.004 0.004 0.001 0.001 0.323 0.003 67 G 0.020 0.003 0.006 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.585 0.102 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.265 68 V 0.929 0.006 0.047 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 69 L 0.016 0.114 0.545 0.157 0.002 0.143 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 70 E 0.004 0.244 0.060 0.679 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 F 0.004 0.003 0.059 0.918 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 C 0.003 0.011 0.134 0.833 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.006 0.009 0.915 0.020 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.086 0.006 0.360 0.016 0.495 0.001 0.021 0.002 0.001 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 75 T 0.004 0.118 0.008 0.244 0.030 0.194 0.006 0.012 0.010 0.007 0.343 0.009 0.008 0.001 0.001 0.006 76 T 0.015 0.344 0.052 0.148 0.010 0.046 0.005 0.035 0.009 0.006 0.051 0.254 0.010 0.002 0.007 0.004 77 D 0.006 0.022 0.030 0.030 0.021 0.590 0.019 0.011 0.016 0.009 0.060 0.073 0.087 0.007 0.009 0.011 78 E 0.013 0.046 0.019 0.009 0.007 0.013 0.007 0.013 0.001 0.002 0.734 0.037 0.068 0.008 0.010 0.012 79 N 0.010 0.042 0.016 0.012 0.002 0.038 0.006 0.017 0.009 0.004 0.027 0.682 0.084 0.009 0.034 0.007 80 E 0.020 0.033 0.167 0.028 0.002 0.013 0.019 0.005 0.014 0.005 0.086 0.036 0.392 0.004 0.031 0.148 81 C 0.047 0.015 0.092 0.033 0.002 0.106 0.009 0.003 0.004 0.003 0.025 0.115 0.523 0.002 0.004 0.018 82 N 0.016 0.066 0.085 0.047 0.001 0.047 0.007 0.002 0.001 0.001 0.127 0.035 0.547 0.002 0.002 0.014 83 W 0.009 0.062 0.062 0.195 0.001 0.022 0.002 0.002 0.002 0.001 0.041 0.184 0.403 0.001 0.004 0.008 84 M 0.004 0.015 0.148 0.163 0.003 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.594 0.003 0.001 0.012 85 M 0.005 0.007 0.082 0.262 0.002 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.600 0.001 0.002 0.006 86 F 0.004 0.025 0.060 0.243 0.018 0.076 0.015 0.003 0.002 0.003 0.015 0.014 0.489 0.012 0.001 0.021 87 V 0.018 0.044 0.055 0.416 0.020 0.028 0.016 0.013 0.003 0.002 0.035 0.033 0.286 0.009 0.013 0.008 88 R 0.007 0.032 0.058 0.260 0.016 0.118 0.011 0.013 0.006 0.007 0.019 0.059 0.351 0.011 0.009 0.023 89 K 0.042 0.075 0.087 0.221 0.008 0.039 0.012 0.009 0.010 0.003 0.061 0.024 0.299 0.005 0.007 0.097 90 A 0.039 0.026 0.069 0.144 0.008 0.266 0.027 0.004 0.004 0.004 0.047 0.082 0.243 0.012 0.006 0.020 91 R 0.008 0.448 0.165 0.106 0.002 0.019 0.006 0.013 0.002 0.002 0.037 0.031 0.098 0.003 0.017 0.044 92 N 0.004 0.005 0.011 0.024 0.002 0.726 0.003 0.002 0.005 0.003 0.011 0.078 0.114 0.003 0.003 0.007 93 R 0.007 0.020 0.015 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.816 0.013 0.105 0.001 0.002 0.006 94 E 0.005 0.067 0.007 0.017 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.814 0.058 0.001 0.003 0.005 95 E 0.006 0.010 0.217 0.040 0.007 0.014 0.091 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.541 0.025 0.004 0.025 96 Q 0.009 0.029 0.214 0.092 0.002 0.040 0.014 0.032 0.001 0.001 0.015 0.008 0.483 0.002 0.043 0.017 97 N 0.013 0.050 0.049 0.185 0.005 0.129 0.011 0.004 0.039 0.017 0.039 0.040 0.331 0.005 0.004 0.080 98 L 0.112 0.034 0.100 0.314 0.003 0.026 0.004 0.003 0.003 0.001 0.072 0.045 0.256 0.004 0.008 0.014 99 V 0.007 0.089 0.306 0.426 0.002 0.022 0.003 0.002 0.003 0.001 0.004 0.033 0.083 0.002 0.003 0.014 100 A 0.009 0.020 0.134 0.754 0.002 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.045 0.001 0.001 0.014 101 Y 0.009 0.028 0.209 0.497 0.059 0.097 0.022 0.004 0.001 0.001 0.005 0.004 0.053 0.003 0.001 0.007 102 P 0.002 0.009 0.011 0.062 0.662 0.148 0.020 0.025 0.001 0.001 0.031 0.003 0.018 0.007 0.001 0.001 103 H 0.001 0.018 0.002 0.011 0.406 0.022 0.046 0.186 0.003 0.006 0.100 0.012 0.004 0.177 0.006 0.001 104 D 0.001 0.016 0.002 0.005 0.002 0.003 0.001 0.303 0.055 0.007 0.004 0.010 0.002 0.001 0.587 0.003 105 G 0.025 0.009 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.304 0.043 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.579 106 K 0.813 0.014 0.147 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 107 I 0.010 0.008 0.834 0.123 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 F 0.001 0.112 0.073 0.812 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 F 0.001 0.001 0.007 0.981 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 C 0.001 0.021 0.032 0.934 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 T 0.001 0.007 0.002 0.865 0.009 0.111 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.002 0.227 0.012 0.644 0.030 0.065 0.001 0.004 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.004 0.041 0.009 0.872 0.001 0.044 0.001 0.015 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.005 0.139 0.078 0.676 0.019 0.036 0.003 0.002 0.022 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 115 I 0.037 0.017 0.039 0.832 0.030 0.013 0.003 0.007 0.002 0.001 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 116 P 0.001 0.004 0.011 0.020 0.783 0.124 0.039 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 117 P 0.001 0.003 0.001 0.005 0.009 0.047 0.001 0.818 0.001 0.001 0.073 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 118 E 0.001 0.053 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.004 0.804 0.037 0.009 0.039 0.001 0.001 0.001 0.040 119 N 0.950 0.004 0.008 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.006 120 E 0.009 0.007 0.960 0.014 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 L 0.003 0.059 0.237 0.652 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 122 L 0.001 0.012 0.021 0.959 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 F 0.002 0.002 0.039 0.938 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 Y 0.001 0.035 0.044 0.792 0.027 0.091 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 125 Y 0.001 0.099 0.009 0.634 0.005 0.211 0.001 0.017 0.001 0.003 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 126 S 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 127 R 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 128 D 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.016 0.001 0.001 0.001 129 Y 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.966 0.001 0.003 0.005 130 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.975 0.005 0.001 0.003 131 Q 0.002 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.961 0.002 0.005 0.010 132 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.916 0.001 0.003 133 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.948 0.001 134 G 0.001 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 0.021 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.908 135 V 0.961 0.001 0.012 0.007 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 136 P 0.005 0.060 0.573 0.027 0.040 0.154 0.026 0.028 0.001 0.001 0.041 0.007 0.017 0.011 0.005 0.003 137 E 0.008 0.170 0.013 0.291 0.041 0.097 0.012 0.086 0.020 0.011 0.139 0.066 0.020 0.005 0.016 0.006