# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 87.8874 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.142 0.067 0.007 0.021 0.024 0.044 0.093 0.007 0.002 0.062 0.531 2 R 0.044 0.025 0.005 0.053 0.041 0.080 0.116 0.005 0.001 0.069 0.562 3 A 0.043 0.011 0.002 0.057 0.045 0.074 0.140 0.004 0.001 0.068 0.556 4 R 0.029 0.008 0.001 0.069 0.066 0.081 0.133 0.002 0.001 0.062 0.549 5 L 0.003 0.006 0.001 0.053 0.038 0.051 0.120 0.001 0.001 0.040 0.687 6 S 0.017 0.036 0.003 0.048 0.045 0.052 0.134 0.003 0.001 0.059 0.602 7 L 0.366 0.183 0.004 0.025 0.013 0.014 0.054 0.023 0.002 0.061 0.255 8 P 0.268 0.344 0.003 0.011 0.006 0.009 0.048 0.021 0.002 0.025 0.262 9 K 0.060 0.313 0.005 0.018 0.008 0.030 0.068 0.008 0.001 0.037 0.451 10 Q 0.071 0.250 0.005 0.026 0.020 0.057 0.072 0.006 0.001 0.053 0.440 11 L 0.064 0.175 0.006 0.058 0.066 0.115 0.079 0.006 0.002 0.134 0.295 12 V 0.031 0.064 0.014 0.042 0.083 0.127 0.085 0.007 0.004 0.143 0.401 13 L 0.123 0.060 0.005 0.044 0.116 0.163 0.079 0.010 0.002 0.067 0.330 14 R 0.147 0.032 0.003 0.032 0.059 0.082 0.075 0.006 0.002 0.066 0.495 15 Q 0.020 0.014 0.005 0.031 0.073 0.123 0.116 0.003 0.001 0.046 0.569 16 S 0.070 0.025 0.005 0.029 0.037 0.061 0.110 0.003 0.001 0.045 0.613 17 I 0.231 0.027 0.005 0.027 0.038 0.035 0.096 0.007 0.002 0.056 0.477 18 V 0.097 0.042 0.004 0.029 0.022 0.031 0.118 0.005 0.001 0.041 0.611 19 G 0.107 0.037 0.007 0.039 0.021 0.047 0.094 0.006 0.001 0.076 0.566 20 A 0.048 0.032 0.001 0.058 0.053 0.092 0.147 0.003 0.001 0.043 0.522 21 E 0.018 0.032 0.001 0.057 0.071 0.161 0.100 0.002 0.001 0.070 0.488 22 V 0.004 0.010 0.001 0.069 0.190 0.226 0.080 0.001 0.001 0.147 0.272 23 G 0.012 0.014 0.003 0.106 0.231 0.360 0.039 0.002 0.001 0.101 0.132 24 V 0.013 0.006 0.002 0.062 0.321 0.243 0.050 0.002 0.001 0.050 0.251 25 W 0.036 0.002 0.005 0.051 0.195 0.285 0.054 0.003 0.002 0.077 0.291 26 T 0.043 0.004 0.001 0.096 0.163 0.184 0.072 0.002 0.001 0.040 0.394 27 G 0.064 0.002 0.002 0.021 0.026 0.038 0.092 0.001 0.001 0.031 0.723 28 E 0.002 0.001 0.001 0.017 0.104 0.147 0.209 0.001 0.001 0.007 0.514 29 T 0.008 0.002 0.001 0.017 0.011 0.031 0.079 0.001 0.001 0.014 0.837 30 I 0.006 0.001 0.001 0.016 0.102 0.083 0.235 0.001 0.001 0.049 0.508 31 P 0.170 0.022 0.002 0.062 0.016 0.035 0.094 0.004 0.001 0.081 0.514 32 V 0.090 0.017 0.001 0.064 0.033 0.036 0.103 0.004 0.001 0.036 0.614 33 R 0.043 0.012 0.003 0.086 0.021 0.066 0.101 0.005 0.001 0.032 0.629 34 T 0.050 0.005 0.001 0.107 0.107 0.150 0.087 0.001 0.001 0.052 0.441 35 C 0.006 0.007 0.001 0.163 0.076 0.116 0.083 0.001 0.001 0.033 0.513 36 F 0.037 0.021 0.002 0.048 0.097 0.089 0.114 0.003 0.001 0.034 0.553 37 G 0.171 0.020 0.005 0.052 0.120 0.137 0.090 0.008 0.002 0.093 0.303 38 P 0.018 0.016 0.001 0.030 0.061 0.111 0.132 0.001 0.001 0.040 0.589 39 L 0.044 0.022 0.002 0.083 0.088 0.214 0.088 0.003 0.001 0.054 0.402 40 I 0.018 0.012 0.002 0.053 0.091 0.177 0.130 0.002 0.001 0.061 0.453 41 G 0.018 0.013 0.002 0.094 0.125 0.178 0.087 0.002 0.001 0.070 0.410 42 Q 0.022 0.009 0.002 0.053 0.196 0.204 0.070 0.002 0.001 0.061 0.381 43 Q 0.020 0.013 0.002 0.080 0.118 0.132 0.104 0.002 0.001 0.066 0.464 44 S 0.043 0.025 0.004 0.038 0.074 0.077 0.091 0.004 0.001 0.056 0.589 45 H 0.107 0.082 0.002 0.046 0.055 0.078 0.092 0.009 0.001 0.037 0.492 46 S 0.076 0.073 0.002 0.015 0.017 0.031 0.084 0.005 0.001 0.044 0.653 47 M 0.018 0.045 0.002 0.025 0.054 0.079 0.123 0.002 0.001 0.047 0.605 48 E 0.054 0.131 0.003 0.030 0.026 0.062 0.082 0.009 0.001 0.079 0.521 49 V 0.139 0.063 0.005 0.023 0.026 0.025 0.097 0.011 0.003 0.230 0.378 50 A 0.079 0.156 0.007 0.025 0.029 0.035 0.088 0.010 0.003 0.085 0.483 51 E 0.093 0.245 0.004 0.013 0.012 0.024 0.059 0.012 0.001 0.051 0.486 52 W 0.112 0.244 0.009 0.013 0.010 0.016 0.071 0.021 0.005 0.058 0.441 53 T 0.135 0.307 0.008 0.006 0.012 0.018 0.060 0.013 0.003 0.047 0.392 54 D 0.164 0.125 0.012 0.011 0.010 0.016 0.072 0.011 0.004 0.151 0.424 55 K 0.085 0.145 0.015 0.018 0.016 0.022 0.139 0.008 0.004 0.090 0.458 56 A 0.143 0.248 0.007 0.009 0.009 0.019 0.074 0.012 0.002 0.048 0.429 57 V 0.116 0.246 0.006 0.014 0.014 0.028 0.084 0.008 0.001 0.040 0.444 58 N 0.026 0.235 0.005 0.024 0.028 0.073 0.080 0.004 0.001 0.065 0.459 59 H 0.041 0.214 0.004 0.054 0.085 0.187 0.065 0.005 0.001 0.060 0.284 60 I 0.028 0.092 0.002 0.042 0.159 0.316 0.067 0.002 0.001 0.064 0.228 61 W 0.011 0.038 0.001 0.049 0.215 0.349 0.041 0.001 0.001 0.050 0.244 62 K 0.008 0.009 0.002 0.075 0.235 0.456 0.025 0.001 0.001 0.085 0.103 63 I 0.013 0.003 0.009 0.059 0.299 0.347 0.037 0.001 0.002 0.062 0.169 64 Y 0.289 0.003 0.004 0.024 0.190 0.170 0.038 0.003 0.001 0.048 0.231 65 H 0.480 0.003 0.001 0.010 0.031 0.035 0.040 0.002 0.001 0.026 0.372 66 N 0.017 0.002 0.001 0.005 0.010 0.012 0.067 0.001 0.001 0.012 0.872 67 G 0.015 0.004 0.003 0.012 0.060 0.051 0.082 0.001 0.001 0.026 0.745 68 V 0.013 0.005 0.001 0.020 0.273 0.190 0.080 0.001 0.001 0.060 0.356 69 L 0.007 0.007 0.001 0.053 0.242 0.325 0.050 0.001 0.001 0.052 0.263 70 E 0.004 0.004 0.001 0.055 0.224 0.423 0.032 0.001 0.001 0.049 0.208 71 F 0.003 0.002 0.001 0.116 0.287 0.406 0.024 0.001 0.001 0.047 0.114 72 C 0.002 0.001 0.001 0.082 0.377 0.365 0.022 0.001 0.001 0.044 0.106 73 I 0.006 0.002 0.001 0.146 0.339 0.270 0.040 0.001 0.001 0.031 0.165 74 I 0.055 0.005 0.001 0.113 0.126 0.164 0.084 0.003 0.001 0.057 0.391 75 T 0.035 0.003 0.002 0.095 0.059 0.087 0.144 0.002 0.001 0.079 0.493 76 T 0.024 0.008 0.002 0.056 0.019 0.030 0.121 0.002 0.001 0.029 0.709 77 D 0.335 0.026 0.003 0.027 0.015 0.015 0.092 0.009 0.001 0.045 0.433 78 E 0.114 0.033 0.004 0.015 0.012 0.013 0.133 0.006 0.001 0.071 0.597 79 N 0.088 0.136 0.002 0.017 0.012 0.024 0.107 0.005 0.001 0.046 0.561 80 E 0.060 0.229 0.003 0.020 0.014 0.037 0.099 0.006 0.001 0.060 0.472 81 C 0.034 0.261 0.005 0.018 0.034 0.069 0.101 0.006 0.001 0.072 0.400 82 N 0.068 0.343 0.006 0.026 0.078 0.160 0.040 0.008 0.001 0.093 0.177 83 W 0.056 0.286 0.004 0.040 0.079 0.177 0.053 0.011 0.001 0.074 0.218 84 M 0.053 0.191 0.005 0.057 0.126 0.188 0.052 0.005 0.001 0.108 0.214 85 M 0.017 0.114 0.004 0.081 0.195 0.332 0.040 0.003 0.001 0.046 0.168 86 F 0.022 0.082 0.005 0.066 0.136 0.264 0.058 0.004 0.001 0.088 0.273 87 V 0.088 0.066 0.007 0.084 0.188 0.119 0.074 0.008 0.002 0.079 0.284 88 R 0.086 0.055 0.007 0.087 0.118 0.136 0.072 0.011 0.002 0.133 0.293 89 K 0.114 0.050 0.002 0.038 0.016 0.030 0.101 0.016 0.002 0.061 0.570 90 A 0.047 0.043 0.002 0.027 0.027 0.027 0.154 0.004 0.001 0.091 0.577 91 R 0.004 0.132 0.002 0.011 0.009 0.014 0.086 0.002 0.001 0.049 0.690 92 N 0.043 0.812 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 0.013 0.001 0.024 0.085 93 R 0.166 0.582 0.009 0.001 0.001 0.001 0.015 0.040 0.007 0.128 0.049 94 E 0.088 0.701 0.022 0.003 0.002 0.004 0.020 0.022 0.008 0.061 0.070 95 E 0.190 0.414 0.023 0.007 0.002 0.009 0.029 0.021 0.008 0.132 0.165 96 Q 0.132 0.275 0.045 0.030 0.013 0.027 0.076 0.028 0.009 0.074 0.293 97 N 0.066 0.131 0.014 0.016 0.028 0.078 0.098 0.015 0.006 0.076 0.472 98 L 0.085 0.030 0.006 0.021 0.054 0.074 0.102 0.005 0.003 0.077 0.542 99 V 0.014 0.016 0.003 0.051 0.194 0.174 0.109 0.001 0.001 0.050 0.387 100 A 0.013 0.004 0.009 0.015 0.115 0.189 0.083 0.002 0.003 0.064 0.504 101 Y 0.135 0.001 0.005 0.020 0.120 0.142 0.126 0.002 0.002 0.098 0.348 102 P 0.331 0.001 0.001 0.006 0.011 0.015 0.059 0.002 0.001 0.049 0.526 103 H 0.061 0.001 0.001 0.006 0.009 0.014 0.108 0.001 0.001 0.024 0.775 104 D 0.003 0.001 0.001 0.010 0.006 0.013 0.106 0.001 0.001 0.015 0.846 105 G 0.003 0.001 0.001 0.038 0.143 0.083 0.086 0.001 0.001 0.044 0.600 106 K 0.002 0.001 0.001 0.111 0.249 0.317 0.053 0.001 0.001 0.079 0.186 107 I 0.001 0.001 0.001 0.155 0.213 0.248 0.030 0.001 0.001 0.122 0.231 108 F 0.001 0.002 0.001 0.152 0.307 0.381 0.018 0.001 0.001 0.049 0.090 109 F 0.002 0.002 0.001 0.166 0.279 0.344 0.024 0.001 0.001 0.049 0.133 110 C 0.005 0.001 0.001 0.074 0.340 0.381 0.026 0.001 0.001 0.047 0.124 111 T 0.016 0.002 0.002 0.140 0.268 0.326 0.046 0.002 0.001 0.044 0.154 112 S 0.083 0.002 0.003 0.051 0.096 0.145 0.078 0.003 0.001 0.048 0.491 113 Q 0.012 0.001 0.001 0.019 0.166 0.221 0.119 0.001 0.001 0.015 0.448 114 D 0.002 0.001 0.001 0.005 0.022 0.068 0.087 0.001 0.001 0.015 0.799 115 I 0.005 0.001 0.001 0.004 0.086 0.097 0.158 0.001 0.001 0.018 0.630 116 P 0.692 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.030 0.003 0.001 0.022 0.240 117 P 0.171 0.002 0.001 0.004 0.009 0.006 0.081 0.001 0.001 0.022 0.703 118 E 0.004 0.003 0.001 0.007 0.004 0.008 0.054 0.001 0.001 0.008 0.910 119 N 0.024 0.004 0.002 0.027 0.145 0.111 0.059 0.001 0.001 0.057 0.569 120 E 0.004 0.005 0.001 0.060 0.198 0.299 0.080 0.001 0.001 0.096 0.256 121 L 0.002 0.005 0.001 0.049 0.237 0.409 0.028 0.001 0.001 0.042 0.228 122 L 0.004 0.005 0.001 0.077 0.255 0.442 0.022 0.001 0.001 0.044 0.150 123 F 0.002 0.004 0.001 0.137 0.285 0.328 0.030 0.001 0.001 0.043 0.169 124 Y 0.004 0.008 0.001 0.173 0.298 0.263 0.031 0.001 0.001 0.067 0.153 125 Y 0.036 0.040 0.002 0.332 0.066 0.051 0.069 0.007 0.001 0.110 0.287 126 S 0.145 0.496 0.001 0.009 0.009 0.008 0.032 0.038 0.001 0.023 0.238 127 R 0.038 0.329 0.004 0.003 0.006 0.006 0.050 0.007 0.001 0.315 0.243 128 D 0.023 0.763 0.013 0.001 0.002 0.004 0.022 0.008 0.003 0.034 0.127 129 Y 0.136 0.712 0.006 0.002 0.001 0.003 0.016 0.038 0.005 0.028 0.053 130 A 0.142 0.035 0.115 0.001 0.001 0.003 0.011 0.211 0.390 0.026 0.066 131 Q 0.714 0.009 0.014 0.002 0.009 0.012 0.021 0.005 0.007 0.018 0.189 132 Q 0.030 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.029 0.001 0.001 0.009 0.921 133 I 0.004 0.001 0.001 0.009 0.014 0.011 0.237 0.001 0.001 0.024 0.698 134 G 0.009 0.002 0.002 0.011 0.005 0.010 0.134 0.001 0.001 0.015 0.809 135 V 0.035 0.001 0.001 0.009 0.010 0.009 0.146 0.001 0.001 0.017 0.771 136 P 0.057 0.004 0.001 0.025 0.008 0.012 0.107 0.002 0.001 0.023 0.761 137 E 0.028 0.004 0.001 0.023 0.006 0.013 0.106 0.001 0.001 0.020 0.797