# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 87.8874 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.176 0.056 0.017 0.019 0.037 0.101 0.064 0.531 2 R 0.163 0.024 0.018 0.034 0.047 0.119 0.070 0.525 3 A 0.054 0.019 0.020 0.038 0.078 0.121 0.038 0.633 4 R 0.041 0.010 0.023 0.030 0.052 0.137 0.037 0.669 5 L 0.009 0.007 0.043 0.061 0.082 0.145 0.030 0.624 6 S 0.042 0.042 0.031 0.028 0.046 0.124 0.054 0.633 7 L 0.338 0.147 0.011 0.010 0.010 0.063 0.127 0.294 8 P 0.121 0.248 0.014 0.008 0.011 0.094 0.066 0.439 9 K 0.056 0.212 0.020 0.012 0.034 0.101 0.077 0.488 10 Q 0.066 0.272 0.040 0.039 0.071 0.087 0.087 0.338 11 L 0.059 0.206 0.056 0.089 0.133 0.075 0.088 0.294 12 V 0.070 0.057 0.071 0.097 0.116 0.072 0.205 0.313 13 L 0.084 0.076 0.061 0.078 0.168 0.077 0.104 0.351 14 R 0.127 0.049 0.035 0.059 0.078 0.097 0.085 0.471 15 Q 0.017 0.015 0.058 0.092 0.123 0.110 0.048 0.536 16 S 0.034 0.013 0.033 0.037 0.070 0.100 0.043 0.669 17 I 0.337 0.014 0.019 0.036 0.028 0.094 0.094 0.377 18 V 0.062 0.012 0.016 0.011 0.021 0.127 0.043 0.708 19 G 0.051 0.009 0.015 0.011 0.030 0.122 0.088 0.673 20 A 0.027 0.013 0.055 0.093 0.127 0.150 0.042 0.494 21 E 0.015 0.012 0.064 0.116 0.181 0.101 0.060 0.450 22 V 0.009 0.007 0.086 0.174 0.275 0.057 0.150 0.242 23 G 0.004 0.006 0.096 0.182 0.523 0.027 0.046 0.117 24 V 0.013 0.005 0.084 0.390 0.234 0.043 0.042 0.190 25 W 0.019 0.002 0.139 0.347 0.228 0.032 0.076 0.157 26 T 0.045 0.005 0.051 0.075 0.239 0.071 0.070 0.444 27 G 0.173 0.002 0.018 0.048 0.064 0.105 0.047 0.544 28 E 0.005 0.002 0.042 0.187 0.225 0.071 0.012 0.457 29 T 0.009 0.006 0.022 0.035 0.077 0.086 0.033 0.733 30 I 0.023 0.006 0.045 0.175 0.083 0.125 0.051 0.491 31 P 0.143 0.042 0.039 0.044 0.054 0.104 0.134 0.439 32 V 0.061 0.024 0.033 0.050 0.082 0.106 0.057 0.588 33 R 0.038 0.017 0.079 0.055 0.110 0.083 0.040 0.578 34 T 0.048 0.018 0.089 0.106 0.147 0.103 0.049 0.440 35 C 0.018 0.016 0.086 0.108 0.155 0.097 0.046 0.475 36 F 0.037 0.040 0.049 0.070 0.089 0.123 0.063 0.528 37 G 0.060 0.038 0.070 0.090 0.193 0.093 0.167 0.290 38 P 0.042 0.052 0.036 0.088 0.129 0.091 0.069 0.494 39 L 0.096 0.057 0.041 0.151 0.175 0.083 0.067 0.330 40 I 0.045 0.030 0.042 0.091 0.128 0.086 0.149 0.429 41 G 0.083 0.030 0.029 0.072 0.183 0.101 0.111 0.392 42 Q 0.069 0.028 0.039 0.142 0.126 0.088 0.104 0.403 43 Q 0.055 0.033 0.034 0.063 0.091 0.101 0.055 0.569 44 S 0.051 0.035 0.027 0.046 0.073 0.103 0.062 0.604 45 H 0.086 0.111 0.017 0.027 0.045 0.082 0.054 0.577 46 S 0.191 0.211 0.007 0.011 0.013 0.059 0.073 0.435 47 M 0.035 0.173 0.013 0.021 0.021 0.091 0.042 0.604 48 E 0.052 0.280 0.019 0.013 0.024 0.067 0.060 0.484 49 V 0.204 0.131 0.015 0.012 0.012 0.056 0.307 0.264 50 A 0.069 0.245 0.022 0.013 0.014 0.091 0.120 0.426 51 E 0.044 0.406 0.009 0.005 0.010 0.063 0.034 0.430 52 W 0.071 0.403 0.037 0.010 0.012 0.061 0.092 0.314 53 T 0.130 0.468 0.015 0.011 0.014 0.050 0.077 0.235 54 D 0.189 0.192 0.017 0.007 0.011 0.058 0.191 0.335 55 K 0.070 0.196 0.022 0.009 0.010 0.114 0.108 0.471 56 A 0.055 0.341 0.015 0.007 0.013 0.082 0.053 0.435 57 V 0.065 0.375 0.016 0.015 0.027 0.062 0.076 0.365 58 N 0.037 0.275 0.025 0.034 0.073 0.093 0.080 0.384 59 H 0.024 0.270 0.039 0.077 0.166 0.063 0.083 0.278 60 I 0.019 0.208 0.044 0.079 0.278 0.049 0.072 0.251 61 W 0.017 0.082 0.052 0.213 0.359 0.031 0.079 0.167 62 K 0.007 0.009 0.075 0.274 0.319 0.026 0.148 0.141 63 I 0.007 0.002 0.070 0.314 0.326 0.036 0.072 0.173 64 Y 0.146 0.002 0.052 0.143 0.143 0.061 0.076 0.378 65 H 0.426 0.003 0.008 0.025 0.027 0.050 0.077 0.382 66 N 0.026 0.001 0.006 0.006 0.019 0.103 0.012 0.826 67 G 0.016 0.001 0.024 0.060 0.124 0.111 0.020 0.644 68 V 0.003 0.001 0.038 0.165 0.316 0.072 0.036 0.370 69 L 0.006 0.003 0.061 0.226 0.234 0.069 0.069 0.332 70 E 0.003 0.003 0.067 0.223 0.503 0.026 0.037 0.137 71 F 0.003 0.003 0.106 0.314 0.372 0.022 0.056 0.123 72 C 0.004 0.001 0.093 0.366 0.397 0.023 0.032 0.083 73 I 0.006 0.002 0.145 0.301 0.343 0.036 0.030 0.138 74 I 0.067 0.009 0.117 0.125 0.181 0.086 0.090 0.325 75 T 0.033 0.008 0.053 0.075 0.101 0.143 0.068 0.519 76 T 0.015 0.022 0.033 0.028 0.042 0.131 0.047 0.682 77 D 0.263 0.279 0.009 0.006 0.007 0.052 0.177 0.207 78 E 0.087 0.253 0.015 0.009 0.012 0.098 0.136 0.391 79 N 0.036 0.551 0.009 0.012 0.016 0.063 0.059 0.254 80 E 0.021 0.794 0.006 0.007 0.017 0.025 0.032 0.099 81 C 0.017 0.761 0.010 0.017 0.025 0.023 0.044 0.102 82 N 0.017 0.799 0.011 0.019 0.030 0.015 0.054 0.054 83 W 0.016 0.797 0.014 0.012 0.028 0.012 0.054 0.065 84 M 0.028 0.718 0.026 0.027 0.043 0.018 0.060 0.079 85 M 0.034 0.578 0.056 0.038 0.062 0.028 0.087 0.117 86 F 0.035 0.577 0.040 0.032 0.045 0.026 0.078 0.166 87 V 0.089 0.388 0.046 0.034 0.054 0.050 0.094 0.244 88 R 0.156 0.134 0.064 0.033 0.039 0.074 0.226 0.275 89 K 0.094 0.074 0.028 0.018 0.028 0.084 0.111 0.563 90 A 0.044 0.060 0.023 0.014 0.019 0.134 0.057 0.649 91 R 0.021 0.070 0.019 0.013 0.020 0.139 0.027 0.691 92 N 0.130 0.443 0.005 0.005 0.006 0.049 0.125 0.237 93 R 0.076 0.313 0.010 0.007 0.016 0.076 0.226 0.276 94 E 0.041 0.315 0.030 0.029 0.053 0.089 0.144 0.300 95 E 0.030 0.325 0.061 0.045 0.144 0.059 0.107 0.229 96 Q 0.019 0.132 0.074 0.148 0.174 0.048 0.161 0.244 97 N 0.014 0.055 0.039 0.208 0.468 0.026 0.080 0.110 98 L 0.021 0.016 0.031 0.241 0.410 0.041 0.090 0.149 99 V 0.005 0.005 0.014 0.385 0.410 0.027 0.032 0.122 100 A 0.005 0.002 0.037 0.204 0.397 0.052 0.051 0.252 101 Y 0.009 0.001 0.035 0.304 0.286 0.051 0.076 0.239 102 P 0.130 0.001 0.012 0.036 0.065 0.065 0.060 0.631 103 H 0.803 0.001 0.002 0.004 0.003 0.023 0.038 0.126 104 D 0.021 0.002 0.003 0.002 0.010 0.098 0.011 0.853 105 G 0.013 0.001 0.010 0.024 0.091 0.115 0.023 0.723 106 K 0.001 0.001 0.014 0.306 0.610 0.012 0.011 0.047 107 I 0.001 0.002 0.051 0.283 0.439 0.018 0.073 0.133 108 F 0.001 0.001 0.025 0.557 0.352 0.005 0.034 0.025 109 F 0.003 0.002 0.064 0.390 0.437 0.010 0.040 0.054 110 C 0.004 0.001 0.045 0.488 0.389 0.011 0.019 0.044 111 T 0.023 0.002 0.029 0.292 0.524 0.024 0.023 0.084 112 S 0.118 0.003 0.014 0.169 0.247 0.074 0.060 0.315 113 Q 0.008 0.001 0.014 0.122 0.144 0.135 0.021 0.556 114 D 0.004 0.001 0.021 0.082 0.162 0.130 0.034 0.567 115 I 0.009 0.001 0.013 0.047 0.064 0.148 0.023 0.695 116 P 0.650 0.011 0.002 0.007 0.004 0.035 0.147 0.142 117 P 0.165 0.038 0.003 0.004 0.009 0.121 0.040 0.619 118 E 0.046 0.031 0.010 0.009 0.021 0.154 0.037 0.692 119 N 0.012 0.015 0.027 0.111 0.378 0.106 0.098 0.253 120 E 0.003 0.016 0.046 0.197 0.456 0.040 0.093 0.149 121 L 0.003 0.014 0.026 0.276 0.579 0.012 0.037 0.053 122 L 0.005 0.012 0.063 0.351 0.367 0.014 0.121 0.068 123 F 0.006 0.007 0.092 0.343 0.415 0.016 0.059 0.062 124 Y 0.005 0.013 0.090 0.337 0.341 0.041 0.040 0.133 125 Y 0.019 0.105 0.079 0.135 0.206 0.066 0.133 0.257 126 S 0.059 0.814 0.005 0.008 0.009 0.014 0.028 0.063 127 R 0.070 0.777 0.007 0.007 0.007 0.020 0.038 0.074 128 D 0.023 0.879 0.004 0.002 0.003 0.011 0.044 0.034 129 Y 0.089 0.759 0.009 0.003 0.005 0.017 0.072 0.046 130 A 0.136 0.096 0.132 0.007 0.008 0.034 0.486 0.101 131 Q 0.721 0.028 0.007 0.006 0.008 0.034 0.016 0.181 132 Q 0.072 0.005 0.003 0.002 0.004 0.037 0.017 0.859 133 I 0.003 0.002 0.006 0.003 0.003 0.235 0.006 0.743 134 G 0.012 0.005 0.011 0.006 0.015 0.100 0.016 0.835 135 V 0.116 0.005 0.008 0.014 0.009 0.084 0.051 0.714 136 P 0.082 0.005 0.046 0.009 0.015 0.123 0.055 0.666 137 E 0.037 0.005 0.042 0.007 0.020 0.115 0.048 0.725