# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 87.8874 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.452 0.156 0.055 0.098 0.068 0.042 0.052 0.035 0.021 0.014 0.008 2 R 0.120 0.092 0.049 0.147 0.127 0.117 0.130 0.086 0.065 0.043 0.024 3 A 0.114 0.112 0.065 0.132 0.109 0.106 0.125 0.094 0.071 0.048 0.024 4 R 0.054 0.070 0.051 0.152 0.143 0.146 0.153 0.096 0.070 0.042 0.024 5 L 0.048 0.038 0.038 0.072 0.083 0.095 0.142 0.136 0.139 0.121 0.088 6 S 0.053 0.055 0.038 0.106 0.119 0.135 0.160 0.106 0.108 0.076 0.044 7 L 0.045 0.060 0.033 0.079 0.086 0.091 0.141 0.120 0.140 0.121 0.085 8 P 0.098 0.107 0.046 0.144 0.138 0.113 0.136 0.089 0.065 0.042 0.022 9 K 0.373 0.202 0.068 0.155 0.078 0.045 0.037 0.020 0.012 0.007 0.004 10 Q 0.098 0.055 0.036 0.108 0.107 0.121 0.163 0.121 0.091 0.062 0.039 11 L 0.052 0.072 0.045 0.144 0.141 0.142 0.158 0.100 0.073 0.047 0.027 12 V 0.015 0.019 0.028 0.048 0.062 0.084 0.129 0.129 0.180 0.171 0.135 13 L 0.017 0.029 0.053 0.103 0.123 0.140 0.175 0.123 0.110 0.084 0.042 14 R 0.037 0.062 0.084 0.154 0.127 0.130 0.156 0.096 0.077 0.055 0.023 15 Q 0.069 0.076 0.082 0.155 0.139 0.136 0.135 0.088 0.060 0.038 0.021 16 S 0.174 0.099 0.059 0.121 0.101 0.093 0.126 0.089 0.067 0.046 0.026 17 I 0.058 0.059 0.033 0.072 0.076 0.102 0.157 0.120 0.130 0.117 0.075 18 V 0.162 0.225 0.086 0.171 0.117 0.075 0.069 0.040 0.027 0.018 0.009 19 G 0.395 0.215 0.061 0.135 0.072 0.043 0.036 0.020 0.011 0.007 0.004 20 A 0.180 0.103 0.044 0.130 0.115 0.099 0.121 0.087 0.056 0.038 0.026 21 E 0.100 0.123 0.056 0.171 0.146 0.119 0.115 0.079 0.047 0.031 0.014 22 V 0.011 0.019 0.017 0.049 0.061 0.110 0.164 0.152 0.184 0.147 0.085 23 G 0.022 0.031 0.025 0.069 0.085 0.112 0.157 0.128 0.149 0.118 0.103 24 V 0.014 0.010 0.016 0.036 0.056 0.064 0.120 0.147 0.191 0.173 0.174 25 W 0.008 0.015 0.019 0.055 0.095 0.088 0.133 0.152 0.160 0.146 0.128 26 T 0.003 0.006 0.007 0.019 0.035 0.033 0.082 0.135 0.213 0.218 0.250 27 G 0.095 0.085 0.060 0.176 0.175 0.127 0.125 0.063 0.048 0.029 0.016 28 E 0.166 0.117 0.106 0.211 0.134 0.089 0.089 0.045 0.025 0.012 0.007 29 T 0.156 0.196 0.058 0.181 0.122 0.089 0.097 0.048 0.027 0.016 0.009 30 I 0.017 0.014 0.007 0.014 0.020 0.031 0.074 0.085 0.196 0.231 0.312 31 P 0.220 0.357 0.115 0.181 0.078 0.025 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 32 V 0.132 0.132 0.088 0.176 0.119 0.109 0.099 0.059 0.044 0.029 0.014 33 R 0.293 0.168 0.045 0.139 0.093 0.079 0.076 0.050 0.029 0.018 0.010 34 T 0.087 0.079 0.047 0.129 0.105 0.126 0.143 0.113 0.084 0.060 0.028 35 C 0.040 0.062 0.054 0.134 0.126 0.173 0.164 0.104 0.072 0.050 0.021 36 F 0.021 0.022 0.020 0.045 0.051 0.081 0.143 0.142 0.193 0.173 0.110 37 G 0.057 0.061 0.044 0.111 0.110 0.115 0.154 0.124 0.107 0.072 0.044 38 P 0.086 0.068 0.055 0.142 0.136 0.103 0.127 0.101 0.083 0.057 0.041 39 L 0.028 0.021 0.017 0.039 0.056 0.076 0.133 0.151 0.179 0.161 0.138 40 I 0.088 0.122 0.049 0.190 0.170 0.098 0.113 0.079 0.048 0.027 0.016 41 G 0.136 0.064 0.035 0.079 0.076 0.080 0.135 0.111 0.122 0.097 0.066 42 Q 0.166 0.151 0.075 0.206 0.147 0.086 0.079 0.041 0.026 0.014 0.008 43 Q 0.137 0.101 0.069 0.138 0.112 0.100 0.133 0.085 0.062 0.042 0.021 44 S 0.083 0.115 0.065 0.141 0.125 0.129 0.130 0.079 0.062 0.046 0.025 45 H 0.140 0.191 0.082 0.148 0.108 0.093 0.105 0.060 0.040 0.024 0.010 46 S 0.272 0.183 0.091 0.173 0.095 0.063 0.059 0.032 0.018 0.011 0.004 47 M 0.264 0.120 0.096 0.147 0.101 0.086 0.087 0.048 0.027 0.017 0.007 48 E 0.189 0.234 0.119 0.216 0.110 0.056 0.039 0.022 0.009 0.005 0.002 49 V 0.016 0.025 0.022 0.042 0.059 0.104 0.171 0.163 0.167 0.143 0.086 50 A 0.104 0.094 0.104 0.170 0.163 0.117 0.127 0.068 0.031 0.016 0.007 51 E 0.233 0.158 0.260 0.217 0.075 0.026 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 52 W 0.022 0.020 0.028 0.044 0.058 0.121 0.184 0.137 0.159 0.134 0.092 53 T 0.075 0.103 0.051 0.133 0.139 0.100 0.152 0.113 0.070 0.042 0.022 54 D 0.158 0.118 0.174 0.191 0.134 0.081 0.069 0.040 0.018 0.011 0.005 55 K 0.187 0.117 0.152 0.181 0.123 0.081 0.079 0.042 0.020 0.012 0.006 56 A 0.104 0.108 0.051 0.124 0.107 0.099 0.149 0.111 0.073 0.048 0.025 57 V 0.054 0.065 0.047 0.104 0.121 0.132 0.173 0.123 0.090 0.057 0.035 58 N 0.202 0.134 0.164 0.193 0.125 0.064 0.054 0.032 0.017 0.010 0.005 59 H 0.052 0.050 0.063 0.112 0.117 0.140 0.183 0.115 0.086 0.054 0.027 60 I 0.034 0.053 0.047 0.112 0.115 0.106 0.159 0.129 0.117 0.082 0.046 61 W 0.012 0.012 0.021 0.044 0.063 0.116 0.196 0.158 0.169 0.138 0.072 62 K 0.052 0.101 0.213 0.259 0.166 0.085 0.061 0.031 0.017 0.010 0.005 63 I 0.015 0.012 0.025 0.041 0.060 0.101 0.184 0.161 0.169 0.145 0.086 64 Y 0.020 0.035 0.028 0.066 0.078 0.113 0.177 0.136 0.152 0.128 0.067 65 H 0.083 0.138 0.097 0.149 0.116 0.111 0.135 0.069 0.053 0.033 0.015 66 N 0.373 0.211 0.104 0.158 0.074 0.033 0.023 0.012 0.006 0.004 0.002 67 G 0.420 0.134 0.040 0.091 0.065 0.058 0.078 0.048 0.032 0.022 0.012 68 V 0.146 0.152 0.042 0.162 0.125 0.102 0.102 0.072 0.048 0.033 0.018 69 L 0.021 0.031 0.026 0.068 0.092 0.138 0.177 0.147 0.131 0.104 0.064 70 E 0.036 0.064 0.083 0.165 0.156 0.146 0.140 0.092 0.061 0.040 0.018 71 F 0.007 0.011 0.017 0.042 0.050 0.115 0.200 0.154 0.187 0.150 0.067 72 C 0.006 0.009 0.011 0.035 0.050 0.089 0.144 0.133 0.198 0.185 0.141 73 I 0.004 0.004 0.007 0.013 0.024 0.038 0.075 0.104 0.213 0.266 0.251 74 I 0.010 0.017 0.026 0.060 0.098 0.130 0.178 0.140 0.151 0.124 0.065 75 T 0.022 0.033 0.028 0.067 0.081 0.114 0.199 0.140 0.151 0.106 0.058 76 T 0.230 0.210 0.067 0.161 0.098 0.069 0.073 0.039 0.027 0.015 0.010 77 D 0.349 0.266 0.053 0.126 0.067 0.044 0.044 0.024 0.014 0.008 0.005 78 E 0.373 0.178 0.037 0.127 0.087 0.062 0.056 0.037 0.021 0.015 0.009 79 N 0.354 0.198 0.054 0.113 0.072 0.064 0.061 0.039 0.023 0.015 0.008 80 E 0.094 0.121 0.072 0.188 0.150 0.133 0.119 0.062 0.033 0.018 0.010 81 C 0.026 0.024 0.032 0.052 0.061 0.100 0.157 0.142 0.164 0.137 0.105 82 N 0.033 0.063 0.079 0.153 0.148 0.135 0.159 0.096 0.074 0.039 0.021 83 W 0.010 0.015 0.032 0.058 0.075 0.076 0.156 0.168 0.175 0.132 0.102 84 M 0.008 0.009 0.019 0.035 0.049 0.066 0.119 0.139 0.193 0.187 0.176 85 M 0.012 0.021 0.036 0.074 0.110 0.114 0.184 0.169 0.135 0.088 0.056 86 F 0.005 0.008 0.022 0.032 0.055 0.049 0.119 0.191 0.198 0.175 0.145 87 V 0.004 0.005 0.015 0.025 0.043 0.048 0.112 0.153 0.215 0.205 0.175 88 R 0.041 0.051 0.089 0.125 0.115 0.115 0.165 0.104 0.102 0.061 0.030 89 K 0.038 0.045 0.075 0.150 0.176 0.127 0.181 0.105 0.058 0.027 0.018 90 A 0.036 0.025 0.048 0.052 0.068 0.059 0.141 0.163 0.156 0.138 0.114 91 R 0.059 0.080 0.105 0.148 0.143 0.119 0.172 0.078 0.053 0.029 0.013 92 N 0.070 0.288 0.232 0.160 0.082 0.057 0.053 0.024 0.018 0.011 0.006 93 R 0.214 0.152 0.108 0.183 0.135 0.073 0.071 0.034 0.016 0.008 0.005 94 E 0.705 0.155 0.055 0.047 0.015 0.007 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 95 E 0.028 0.031 0.054 0.119 0.127 0.175 0.202 0.112 0.082 0.046 0.024 96 Q 0.031 0.065 0.132 0.121 0.114 0.131 0.162 0.110 0.071 0.043 0.018 97 N 0.011 0.029 0.118 0.122 0.126 0.135 0.181 0.119 0.087 0.050 0.023 98 L 0.006 0.006 0.027 0.020 0.029 0.054 0.131 0.181 0.215 0.209 0.123 99 V 0.030 0.054 0.089 0.195 0.153 0.125 0.139 0.091 0.067 0.038 0.017 100 A 0.020 0.014 0.040 0.042 0.074 0.056 0.135 0.221 0.155 0.125 0.117 101 Y 0.022 0.019 0.034 0.058 0.089 0.092 0.170 0.174 0.155 0.116 0.071 102 P 0.069 0.069 0.082 0.119 0.118 0.093 0.171 0.107 0.085 0.054 0.033 103 H 0.094 0.153 0.109 0.164 0.136 0.104 0.111 0.057 0.037 0.022 0.013 104 D 0.249 0.187 0.075 0.146 0.094 0.068 0.078 0.043 0.031 0.019 0.010 105 G 0.346 0.116 0.050 0.108 0.074 0.075 0.105 0.056 0.037 0.022 0.011 106 K 0.112 0.169 0.111 0.256 0.140 0.087 0.064 0.029 0.017 0.009 0.005 107 I 0.006 0.008 0.013 0.017 0.025 0.045 0.091 0.113 0.224 0.241 0.217 108 F 0.007 0.024 0.032 0.095 0.130 0.140 0.175 0.135 0.117 0.087 0.058 109 F 0.007 0.009 0.029 0.038 0.050 0.088 0.137 0.143 0.190 0.192 0.119 110 C 0.016 0.022 0.040 0.093 0.129 0.179 0.204 0.133 0.093 0.061 0.030 111 T 0.011 0.014 0.020 0.044 0.060 0.052 0.141 0.196 0.191 0.157 0.115 112 S 0.015 0.014 0.015 0.030 0.041 0.065 0.117 0.106 0.200 0.228 0.169 113 Q 0.097 0.130 0.095 0.209 0.164 0.108 0.100 0.047 0.029 0.013 0.007 114 D 0.216 0.207 0.087 0.184 0.112 0.067 0.062 0.033 0.017 0.009 0.005 115 I 0.028 0.017 0.010 0.023 0.036 0.050 0.121 0.130 0.185 0.176 0.224 116 P 0.184 0.471 0.077 0.130 0.064 0.031 0.022 0.010 0.006 0.004 0.002 117 P 0.142 0.248 0.078 0.187 0.117 0.087 0.068 0.033 0.021 0.012 0.007 118 E 0.777 0.114 0.019 0.041 0.018 0.011 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 119 N 0.222 0.128 0.067 0.185 0.103 0.083 0.102 0.054 0.032 0.017 0.006 120 E 0.008 0.024 0.040 0.098 0.117 0.199 0.196 0.120 0.099 0.069 0.030 121 L 0.001 0.004 0.011 0.015 0.022 0.058 0.116 0.138 0.243 0.261 0.131 122 L 0.004 0.017 0.049 0.085 0.103 0.170 0.208 0.144 0.115 0.076 0.030 123 F 0.006 0.006 0.022 0.028 0.043 0.060 0.129 0.176 0.190 0.204 0.136 124 Y 0.010 0.009 0.023 0.045 0.080 0.114 0.185 0.183 0.149 0.137 0.065 125 Y 0.006 0.012 0.014 0.027 0.047 0.077 0.180 0.193 0.204 0.171 0.069 126 S 0.015 0.053 0.045 0.087 0.096 0.138 0.223 0.123 0.115 0.072 0.034 127 R 0.335 0.132 0.144 0.161 0.095 0.055 0.048 0.016 0.009 0.003 0.002 128 D 0.473 0.152 0.111 0.127 0.063 0.028 0.028 0.011 0.004 0.002 0.001 129 Y 0.007 0.015 0.017 0.039 0.050 0.094 0.163 0.138 0.200 0.179 0.097 130 A 0.011 0.013 0.020 0.044 0.073 0.137 0.231 0.158 0.134 0.126 0.055 131 Q 0.013 0.064 0.579 0.212 0.072 0.033 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 132 Q 0.018 0.050 0.120 0.145 0.141 0.160 0.193 0.101 0.039 0.023 0.010 133 I 0.013 0.008 0.008 0.015 0.021 0.040 0.092 0.140 0.234 0.228 0.199 134 G 0.443 0.198 0.087 0.119 0.069 0.029 0.027 0.015 0.007 0.003 0.002 135 V 0.080 0.073 0.099 0.117 0.121 0.102 0.147 0.103 0.073 0.050 0.035 136 P 0.345 0.256 0.063 0.103 0.073 0.046 0.056 0.029 0.017 0.009 0.005 137 E 0.614 0.163 0.034 0.074 0.039 0.025 0.025 0.013 0.008 0.003 0.002