# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 87.8874 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.015 0.005 0.001 0.013 0.010 0.018 0.030 0.001 0.001 0.003 0.903 2 R 0.031 0.005 0.003 0.019 0.012 0.020 0.034 0.001 0.001 0.004 0.871 3 A 0.056 0.016 0.003 0.038 0.017 0.033 0.244 0.002 0.001 0.006 0.585 4 R 0.261 0.037 0.005 0.092 0.035 0.072 0.127 0.003 0.001 0.011 0.357 5 L 0.189 0.087 0.007 0.098 0.042 0.071 0.085 0.005 0.001 0.007 0.409 6 S 0.112 0.056 0.018 0.083 0.043 0.072 0.143 0.008 0.001 0.008 0.456 7 L 0.047 0.038 0.010 0.046 0.022 0.044 0.117 0.003 0.001 0.005 0.668 8 P 0.003 0.005 0.001 0.007 0.002 0.006 0.032 0.001 0.001 0.001 0.943 9 K 0.057 0.020 0.002 0.024 0.011 0.026 0.277 0.002 0.001 0.017 0.564 10 Q 0.405 0.072 0.008 0.036 0.015 0.024 0.106 0.003 0.001 0.013 0.317 11 L 0.196 0.170 0.015 0.074 0.049 0.063 0.125 0.003 0.001 0.007 0.299 12 V 0.071 0.245 0.030 0.117 0.084 0.108 0.059 0.003 0.001 0.007 0.277 13 L 0.067 0.179 0.004 0.106 0.116 0.177 0.056 0.005 0.001 0.003 0.287 14 R 0.071 0.209 0.006 0.080 0.061 0.111 0.045 0.008 0.001 0.003 0.405 15 Q 0.071 0.180 0.004 0.062 0.114 0.150 0.053 0.006 0.001 0.004 0.356 16 S 0.092 0.097 0.010 0.054 0.076 0.131 0.070 0.011 0.001 0.011 0.447 17 I 0.114 0.112 0.020 0.058 0.079 0.111 0.096 0.005 0.001 0.008 0.396 18 V 0.027 0.070 0.007 0.038 0.042 0.081 0.105 0.003 0.001 0.005 0.621 19 G 0.074 0.027 0.004 0.033 0.034 0.076 0.115 0.007 0.001 0.019 0.610 20 A 0.373 0.044 0.033 0.034 0.033 0.046 0.065 0.003 0.001 0.015 0.354 21 E 0.066 0.035 0.011 0.070 0.070 0.077 0.145 0.003 0.001 0.009 0.513 22 V 0.059 0.024 0.019 0.098 0.175 0.232 0.064 0.002 0.001 0.011 0.316 23 G 0.026 0.022 0.002 0.155 0.240 0.340 0.032 0.001 0.001 0.003 0.178 24 V 0.020 0.013 0.003 0.103 0.237 0.307 0.037 0.001 0.001 0.002 0.277 25 W 0.009 0.016 0.001 0.143 0.240 0.397 0.030 0.001 0.001 0.003 0.160 26 T 0.018 0.020 0.001 0.070 0.181 0.358 0.042 0.001 0.001 0.003 0.307 27 G 0.022 0.020 0.001 0.075 0.116 0.187 0.066 0.002 0.001 0.006 0.505 28 E 0.101 0.010 0.005 0.043 0.083 0.116 0.187 0.002 0.001 0.010 0.444 29 T 0.076 0.010 0.006 0.034 0.035 0.084 0.098 0.003 0.001 0.014 0.642 30 I 0.076 0.013 0.007 0.050 0.158 0.270 0.072 0.001 0.001 0.005 0.348 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 32 V 0.007 0.004 0.001 0.031 0.046 0.133 0.059 0.001 0.001 0.002 0.716 33 R 0.157 0.013 0.001 0.082 0.070 0.125 0.065 0.001 0.001 0.008 0.477 34 T 0.269 0.021 0.007 0.072 0.102 0.089 0.055 0.001 0.001 0.006 0.379 35 C 0.053 0.017 0.007 0.202 0.124 0.145 0.097 0.001 0.001 0.005 0.349 36 F 0.042 0.010 0.004 0.133 0.117 0.225 0.069 0.002 0.001 0.008 0.390 37 G 0.019 0.008 0.003 0.175 0.160 0.254 0.077 0.001 0.001 0.003 0.301 38 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 39 L 0.010 0.002 0.001 0.071 0.099 0.324 0.052 0.001 0.001 0.005 0.437 40 I 0.088 0.008 0.002 0.062 0.089 0.153 0.059 0.001 0.001 0.005 0.534 41 G 0.061 0.015 0.001 0.044 0.157 0.200 0.051 0.001 0.001 0.004 0.466 42 Q 0.121 0.018 0.002 0.042 0.120 0.146 0.067 0.001 0.001 0.003 0.479 43 Q 0.035 0.023 0.001 0.033 0.088 0.130 0.073 0.001 0.001 0.003 0.612 44 S 0.059 0.028 0.002 0.040 0.154 0.238 0.080 0.002 0.001 0.007 0.390 45 H 0.061 0.062 0.006 0.038 0.080 0.145 0.110 0.003 0.001 0.008 0.488 46 S 0.053 0.040 0.005 0.022 0.036 0.069 0.100 0.003 0.001 0.007 0.664 47 M 0.079 0.031 0.008 0.017 0.023 0.032 0.118 0.002 0.001 0.011 0.679 48 E 0.102 0.040 0.010 0.017 0.019 0.031 0.272 0.003 0.001 0.011 0.494 49 V 0.097 0.086 0.011 0.023 0.030 0.059 0.113 0.002 0.001 0.007 0.571 50 A 0.043 0.177 0.004 0.025 0.047 0.079 0.109 0.003 0.001 0.005 0.509 51 E 0.091 0.152 0.005 0.017 0.020 0.035 0.142 0.006 0.001 0.005 0.529 52 W 0.206 0.332 0.009 0.019 0.021 0.037 0.066 0.007 0.001 0.005 0.300 53 T 0.142 0.313 0.010 0.016 0.029 0.043 0.106 0.013 0.001 0.006 0.320 54 D 0.080 0.252 0.016 0.013 0.018 0.025 0.067 0.006 0.001 0.005 0.517 55 K 0.082 0.286 0.009 0.014 0.016 0.026 0.131 0.010 0.001 0.005 0.421 56 A 0.205 0.211 0.005 0.010 0.011 0.021 0.179 0.023 0.001 0.010 0.324 57 V 0.290 0.292 0.016 0.015 0.016 0.029 0.056 0.012 0.001 0.007 0.266 58 N 0.111 0.182 0.020 0.021 0.044 0.061 0.054 0.013 0.001 0.007 0.486 59 H 0.136 0.086 0.042 0.034 0.057 0.099 0.083 0.008 0.001 0.011 0.445 60 I 0.056 0.099 0.024 0.060 0.103 0.164 0.072 0.004 0.001 0.005 0.414 61 W 0.021 0.052 0.005 0.050 0.332 0.336 0.029 0.002 0.001 0.003 0.171 62 K 0.028 0.051 0.002 0.050 0.327 0.322 0.031 0.002 0.001 0.002 0.185 63 I 0.032 0.029 0.001 0.031 0.377 0.386 0.010 0.001 0.001 0.001 0.134 64 Y 0.009 0.031 0.001 0.034 0.397 0.434 0.013 0.001 0.001 0.002 0.079 65 H 0.012 0.056 0.003 0.033 0.286 0.305 0.054 0.003 0.001 0.004 0.245 66 N 0.018 0.028 0.003 0.032 0.083 0.192 0.070 0.004 0.001 0.009 0.560 67 G 0.224 0.005 0.009 0.014 0.046 0.059 0.107 0.004 0.001 0.115 0.418 68 V 0.441 0.002 0.069 0.010 0.016 0.017 0.199 0.001 0.001 0.037 0.207 69 L 0.010 0.003 0.008 0.051 0.102 0.125 0.114 0.001 0.001 0.007 0.578 70 E 0.005 0.001 0.001 0.057 0.347 0.490 0.026 0.001 0.001 0.005 0.068 71 F 0.011 0.004 0.001 0.133 0.271 0.363 0.043 0.001 0.001 0.001 0.172 72 C 0.013 0.002 0.001 0.110 0.297 0.449 0.017 0.001 0.001 0.001 0.112 73 I 0.003 0.003 0.001 0.194 0.276 0.413 0.024 0.001 0.001 0.003 0.083 74 I 0.004 0.003 0.001 0.157 0.290 0.368 0.032 0.001 0.001 0.001 0.144 75 T 0.005 0.003 0.002 0.189 0.109 0.370 0.085 0.001 0.001 0.004 0.231 76 T 0.011 0.002 0.001 0.066 0.077 0.125 0.407 0.001 0.001 0.016 0.295 77 D 0.086 0.002 0.003 0.017 0.017 0.019 0.280 0.001 0.001 0.041 0.535 78 E 0.041 0.005 0.002 0.014 0.004 0.006 0.174 0.001 0.001 0.010 0.742 79 N 0.018 0.006 0.001 0.007 0.005 0.007 0.622 0.001 0.001 0.015 0.318 80 E 0.284 0.017 0.007 0.011 0.004 0.013 0.371 0.002 0.001 0.027 0.265 81 C 0.121 0.164 0.011 0.019 0.033 0.067 0.248 0.003 0.001 0.009 0.324 82 N 0.027 0.121 0.007 0.012 0.092 0.093 0.128 0.002 0.001 0.010 0.508 83 W 0.055 0.168 0.012 0.018 0.020 0.069 0.158 0.004 0.001 0.005 0.491 84 M 0.062 0.431 0.004 0.018 0.091 0.115 0.094 0.003 0.001 0.003 0.179 85 M 0.046 0.569 0.004 0.014 0.069 0.071 0.067 0.005 0.001 0.003 0.152 86 F 0.081 0.635 0.003 0.014 0.040 0.061 0.021 0.005 0.001 0.001 0.138 87 V 0.112 0.597 0.002 0.015 0.063 0.069 0.005 0.002 0.001 0.001 0.134 88 R 0.020 0.620 0.006 0.014 0.098 0.076 0.024 0.008 0.001 0.003 0.131 89 K 0.047 0.408 0.028 0.024 0.070 0.127 0.046 0.010 0.001 0.002 0.240 90 A 0.113 0.439 0.005 0.034 0.047 0.152 0.049 0.011 0.001 0.004 0.146 91 R 0.144 0.213 0.013 0.014 0.016 0.041 0.112 0.023 0.001 0.008 0.417 92 N 0.101 0.183 0.010 0.005 0.012 0.015 0.116 0.019 0.001 0.006 0.534 93 R 0.057 0.076 0.020 0.005 0.003 0.004 0.056 0.002 0.001 0.004 0.772 94 E 0.005 0.056 0.001 0.002 0.002 0.002 0.516 0.002 0.001 0.001 0.413 95 E 0.107 0.058 0.003 0.004 0.004 0.009 0.588 0.005 0.001 0.010 0.212 96 Q 0.205 0.660 0.002 0.004 0.013 0.011 0.021 0.002 0.001 0.003 0.080 97 N 0.030 0.773 0.014 0.006 0.038 0.026 0.008 0.002 0.001 0.002 0.101 98 L 0.083 0.426 0.045 0.033 0.059 0.088 0.021 0.012 0.001 0.002 0.232 99 V 0.103 0.343 0.014 0.043 0.143 0.158 0.022 0.012 0.001 0.003 0.160 100 A 0.112 0.189 0.012 0.028 0.114 0.127 0.029 0.043 0.001 0.003 0.342 101 Y 0.139 0.040 0.003 0.024 0.202 0.297 0.017 0.007 0.001 0.001 0.271 102 P 0.002 0.003 0.001 0.006 0.010 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.959 103 H 0.007 0.011 0.001 0.019 0.142 0.190 0.126 0.002 0.001 0.004 0.498 104 D 0.052 0.005 0.001 0.017 0.023 0.063 0.051 0.002 0.001 0.011 0.774 105 G 0.189 0.004 0.007 0.018 0.069 0.058 0.071 0.001 0.001 0.050 0.533 106 K 0.408 0.001 0.046 0.018 0.046 0.034 0.265 0.001 0.001 0.041 0.142 107 I 0.011 0.002 0.005 0.060 0.163 0.239 0.150 0.001 0.001 0.009 0.361 108 F 0.001 0.001 0.001 0.026 0.279 0.674 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 109 F 0.001 0.001 0.001 0.028 0.370 0.503 0.008 0.001 0.001 0.001 0.088 110 C 0.001 0.001 0.001 0.020 0.444 0.502 0.004 0.001 0.001 0.001 0.029 111 T 0.003 0.001 0.001 0.021 0.284 0.555 0.010 0.001 0.001 0.001 0.126 112 S 0.005 0.001 0.001 0.028 0.348 0.476 0.011 0.001 0.001 0.001 0.129 113 Q 0.014 0.003 0.001 0.035 0.254 0.373 0.044 0.001 0.001 0.003 0.271 114 D 0.016 0.003 0.001 0.016 0.095 0.250 0.081 0.002 0.001 0.004 0.531 115 I 0.092 0.006 0.005 0.024 0.104 0.336 0.074 0.001 0.001 0.008 0.349 116 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.971 117 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 118 E 0.019 0.002 0.001 0.013 0.028 0.088 0.081 0.001 0.001 0.007 0.761 119 N 0.759 0.002 0.003 0.006 0.022 0.023 0.023 0.001 0.001 0.008 0.153 120 E 0.153 0.018 0.006 0.040 0.093 0.134 0.132 0.001 0.001 0.006 0.418 121 L 0.023 0.005 0.002 0.035 0.441 0.410 0.016 0.001 0.001 0.001 0.067 122 L 0.005 0.006 0.001 0.038 0.383 0.488 0.012 0.001 0.001 0.001 0.066 123 F 0.007 0.004 0.001 0.039 0.384 0.465 0.007 0.001 0.001 0.001 0.093 124 Y 0.008 0.004 0.001 0.065 0.293 0.531 0.010 0.001 0.001 0.001 0.090 125 Y 0.008 0.010 0.003 0.051 0.272 0.435 0.051 0.001 0.001 0.004 0.165 126 S 0.010 0.011 0.002 0.034 0.120 0.373 0.148 0.001 0.001 0.004 0.297 127 R 0.016 0.011 0.002 0.015 0.026 0.088 0.089 0.001 0.001 0.005 0.747 128 D 0.007 0.023 0.001 0.002 0.004 0.008 0.326 0.001 0.001 0.003 0.627 129 Y 0.090 0.052 0.002 0.003 0.003 0.008 0.570 0.004 0.001 0.004 0.265 130 A 0.086 0.724 0.002 0.003 0.006 0.011 0.043 0.003 0.001 0.003 0.120 131 Q 0.044 0.780 0.004 0.003 0.008 0.008 0.028 0.005 0.001 0.001 0.120 132 Q 0.129 0.726 0.005 0.002 0.003 0.003 0.020 0.013 0.001 0.001 0.098 133 I 0.106 0.832 0.005 0.002 0.004 0.003 0.003 0.012 0.001 0.001 0.031 134 G 0.278 0.254 0.027 0.008 0.009 0.014 0.021 0.184 0.001 0.003 0.202 135 V 0.072 0.083 0.673 0.011 0.008 0.014 0.015 0.007 0.001 0.002 0.116 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 137 E 0.009 0.002 0.001 0.009 0.009 0.023 0.023 0.001 0.001 0.005 0.919