# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 87.8874 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.029 0.012 0.021 0.014 0.020 0.052 0.005 0.847 2 R 0.033 0.018 0.027 0.017 0.039 0.082 0.006 0.779 3 A 0.084 0.035 0.044 0.026 0.039 0.199 0.013 0.561 4 R 0.267 0.058 0.076 0.045 0.060 0.123 0.022 0.350 5 L 0.212 0.094 0.073 0.053 0.065 0.065 0.014 0.425 6 S 0.080 0.062 0.100 0.065 0.118 0.071 0.012 0.492 7 L 0.046 0.027 0.042 0.041 0.067 0.081 0.008 0.689 8 P 0.004 0.003 0.005 0.004 0.007 0.020 0.002 0.955 9 K 0.035 0.010 0.020 0.019 0.037 0.167 0.009 0.703 10 Q 0.252 0.041 0.032 0.027 0.035 0.142 0.019 0.451 11 L 0.150 0.109 0.039 0.065 0.073 0.148 0.012 0.404 12 V 0.085 0.134 0.060 0.093 0.140 0.088 0.008 0.392 13 L 0.053 0.135 0.058 0.179 0.279 0.048 0.008 0.241 14 R 0.046 0.162 0.034 0.123 0.206 0.035 0.011 0.383 15 Q 0.056 0.149 0.042 0.122 0.204 0.043 0.016 0.367 16 S 0.082 0.088 0.052 0.089 0.125 0.069 0.026 0.470 17 I 0.095 0.076 0.067 0.085 0.133 0.104 0.019 0.421 18 V 0.028 0.033 0.031 0.045 0.058 0.081 0.009 0.715 19 G 0.049 0.033 0.036 0.038 0.082 0.112 0.015 0.634 20 A 0.200 0.035 0.049 0.050 0.063 0.121 0.024 0.458 21 E 0.108 0.039 0.077 0.078 0.101 0.114 0.016 0.467 22 V 0.074 0.040 0.098 0.158 0.191 0.085 0.012 0.342 23 G 0.046 0.018 0.117 0.212 0.302 0.051 0.008 0.247 24 V 0.016 0.010 0.134 0.314 0.316 0.028 0.003 0.179 25 W 0.007 0.008 0.080 0.353 0.368 0.021 0.003 0.161 26 T 0.011 0.011 0.067 0.205 0.449 0.042 0.004 0.210 27 G 0.023 0.013 0.054 0.160 0.228 0.058 0.011 0.453 28 E 0.074 0.005 0.050 0.145 0.173 0.162 0.019 0.372 29 T 0.051 0.005 0.018 0.057 0.090 0.042 0.015 0.722 30 I 0.030 0.002 0.074 0.282 0.411 0.064 0.003 0.134 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 32 V 0.004 0.001 0.036 0.065 0.374 0.044 0.001 0.475 33 R 0.071 0.010 0.049 0.074 0.151 0.167 0.010 0.469 34 T 0.359 0.010 0.046 0.093 0.065 0.067 0.033 0.327 35 C 0.081 0.023 0.147 0.169 0.191 0.077 0.009 0.303 36 F 0.026 0.017 0.112 0.144 0.264 0.067 0.006 0.364 37 G 0.029 0.007 0.100 0.166 0.357 0.082 0.004 0.254 38 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 39 L 0.006 0.001 0.057 0.156 0.439 0.063 0.002 0.277 40 I 0.053 0.007 0.057 0.089 0.150 0.064 0.006 0.574 41 G 0.061 0.012 0.065 0.118 0.200 0.068 0.009 0.467 42 Q 0.081 0.013 0.075 0.151 0.180 0.103 0.008 0.390 43 Q 0.044 0.017 0.049 0.108 0.124 0.063 0.006 0.589 44 S 0.034 0.022 0.046 0.117 0.293 0.069 0.006 0.412 45 H 0.037 0.022 0.025 0.069 0.106 0.126 0.007 0.607 46 S 0.020 0.018 0.012 0.025 0.052 0.085 0.005 0.784 47 M 0.046 0.030 0.015 0.022 0.044 0.112 0.008 0.723 48 E 0.081 0.057 0.015 0.022 0.033 0.337 0.013 0.441 49 V 0.091 0.184 0.034 0.029 0.072 0.170 0.009 0.411 50 A 0.036 0.333 0.016 0.021 0.046 0.093 0.006 0.449 51 E 0.070 0.321 0.011 0.014 0.033 0.101 0.018 0.431 52 W 0.218 0.398 0.025 0.017 0.033 0.063 0.029 0.217 53 T 0.112 0.382 0.020 0.024 0.028 0.154 0.027 0.253 54 D 0.082 0.299 0.023 0.017 0.030 0.078 0.021 0.449 55 K 0.069 0.281 0.022 0.011 0.019 0.112 0.021 0.464 56 A 0.183 0.139 0.024 0.018 0.019 0.299 0.048 0.272 57 V 0.251 0.225 0.041 0.025 0.032 0.110 0.036 0.279 58 N 0.102 0.214 0.044 0.049 0.061 0.105 0.022 0.403 59 H 0.115 0.074 0.062 0.106 0.130 0.103 0.029 0.381 60 I 0.062 0.058 0.086 0.170 0.210 0.070 0.015 0.329 61 W 0.012 0.023 0.060 0.355 0.368 0.023 0.004 0.156 62 K 0.008 0.019 0.064 0.385 0.401 0.019 0.003 0.102 63 I 0.011 0.029 0.060 0.300 0.391 0.014 0.003 0.192 64 Y 0.006 0.015 0.050 0.346 0.492 0.011 0.003 0.078 65 H 0.010 0.023 0.026 0.265 0.261 0.047 0.008 0.359 66 N 0.019 0.013 0.023 0.052 0.114 0.085 0.017 0.676 67 G 0.198 0.008 0.037 0.045 0.095 0.146 0.067 0.405 68 V 0.321 0.004 0.059 0.054 0.054 0.184 0.029 0.295 69 L 0.014 0.002 0.090 0.169 0.178 0.106 0.003 0.437 70 E 0.003 0.001 0.100 0.290 0.457 0.042 0.001 0.107 71 F 0.009 0.002 0.215 0.159 0.279 0.067 0.002 0.268 72 C 0.003 0.001 0.348 0.203 0.355 0.021 0.001 0.068 73 I 0.001 0.001 0.362 0.233 0.325 0.013 0.001 0.064 74 I 0.002 0.002 0.262 0.218 0.296 0.041 0.003 0.177 75 T 0.009 0.003 0.165 0.124 0.291 0.107 0.006 0.295 76 T 0.012 0.003 0.039 0.037 0.062 0.393 0.011 0.443 77 D 0.087 0.003 0.031 0.022 0.046 0.249 0.024 0.537 78 E 0.041 0.008 0.013 0.008 0.015 0.141 0.005 0.769 79 N 0.018 0.005 0.007 0.008 0.011 0.679 0.005 0.267 80 E 0.312 0.031 0.015 0.009 0.024 0.198 0.023 0.388 81 C 0.171 0.227 0.029 0.023 0.052 0.152 0.010 0.336 82 N 0.074 0.161 0.026 0.032 0.053 0.242 0.010 0.401 83 W 0.065 0.310 0.019 0.018 0.043 0.097 0.012 0.436 84 M 0.067 0.457 0.036 0.039 0.084 0.094 0.010 0.213 85 M 0.049 0.603 0.021 0.032 0.037 0.098 0.010 0.151 86 F 0.063 0.753 0.019 0.013 0.026 0.011 0.010 0.104 87 V 0.034 0.846 0.016 0.012 0.031 0.003 0.004 0.054 88 R 0.032 0.729 0.035 0.030 0.039 0.017 0.008 0.111 89 K 0.037 0.363 0.023 0.022 0.025 0.035 0.025 0.469 90 A 0.215 0.331 0.089 0.027 0.082 0.026 0.027 0.204 91 R 0.113 0.224 0.049 0.017 0.019 0.153 0.036 0.389 92 N 0.108 0.109 0.055 0.013 0.029 0.102 0.034 0.550 93 R 0.061 0.071 0.020 0.007 0.018 0.038 0.009 0.777 94 E 0.010 0.017 0.003 0.004 0.004 0.524 0.006 0.432 95 E 0.223 0.058 0.016 0.016 0.018 0.340 0.023 0.305 96 Q 0.328 0.409 0.009 0.031 0.045 0.019 0.012 0.146 97 N 0.176 0.216 0.027 0.055 0.107 0.035 0.020 0.363 98 L 0.060 0.067 0.053 0.252 0.257 0.013 0.026 0.271 99 V 0.033 0.011 0.053 0.474 0.303 0.014 0.011 0.103 100 A 0.013 0.009 0.046 0.328 0.279 0.018 0.005 0.303 101 Y 0.005 0.002 0.151 0.332 0.445 0.012 0.001 0.053 102 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.989 103 H 0.006 0.001 0.037 0.102 0.287 0.076 0.003 0.489 104 D 0.022 0.003 0.011 0.028 0.039 0.119 0.007 0.771 105 G 0.280 0.003 0.016 0.035 0.082 0.079 0.053 0.453 106 K 0.368 0.003 0.045 0.094 0.074 0.173 0.017 0.227 107 I 0.010 0.001 0.059 0.333 0.295 0.054 0.002 0.246 108 F 0.001 0.001 0.024 0.390 0.556 0.008 0.001 0.021 109 F 0.002 0.001 0.054 0.272 0.472 0.018 0.001 0.182 110 C 0.001 0.001 0.050 0.384 0.540 0.004 0.001 0.021 111 T 0.003 0.001 0.049 0.319 0.461 0.021 0.002 0.144 112 S 0.006 0.001 0.058 0.251 0.556 0.009 0.003 0.116 113 Q 0.008 0.002 0.032 0.424 0.348 0.034 0.003 0.149 114 D 0.011 0.002 0.010 0.103 0.189 0.028 0.004 0.652 115 I 0.030 0.003 0.038 0.156 0.502 0.049 0.004 0.218 116 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.001 0.977 117 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 118 E 0.031 0.001 0.011 0.031 0.067 0.179 0.006 0.673 119 N 0.644 0.002 0.008 0.028 0.026 0.027 0.021 0.244 120 E 0.184 0.011 0.057 0.168 0.192 0.080 0.008 0.300 121 L 0.023 0.004 0.079 0.310 0.328 0.050 0.002 0.203 122 L 0.005 0.002 0.069 0.354 0.498 0.011 0.001 0.061 123 F 0.005 0.003 0.053 0.374 0.454 0.008 0.001 0.101 124 Y 0.005 0.003 0.060 0.293 0.527 0.007 0.001 0.104 125 Y 0.011 0.008 0.071 0.220 0.419 0.033 0.003 0.234 126 S 0.011 0.010 0.052 0.096 0.428 0.086 0.005 0.312 127 R 0.004 0.005 0.019 0.009 0.074 0.038 0.002 0.848 128 D 0.004 0.010 0.003 0.002 0.008 0.408 0.003 0.562 129 Y 0.064 0.041 0.003 0.002 0.006 0.659 0.010 0.215 130 A 0.065 0.559 0.005 0.004 0.006 0.215 0.003 0.144 131 Q 0.085 0.746 0.003 0.004 0.007 0.058 0.007 0.090 132 Q 0.073 0.864 0.002 0.001 0.003 0.002 0.008 0.046 133 I 0.086 0.849 0.002 0.004 0.006 0.002 0.024 0.027 134 G 0.199 0.349 0.063 0.029 0.021 0.031 0.132 0.176 135 V 0.088 0.125 0.294 0.047 0.027 0.094 0.030 0.295 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 137 E 0.010 0.009 0.027 0.011 0.022 0.104 0.005 0.813