# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 87.8874 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.312 0.150 0.233 0.120 0.064 0.048 0.033 0.005 0.025 0.008 0.002 2 R 0.555 0.093 0.128 0.115 0.040 0.019 0.023 0.006 0.014 0.006 0.002 3 A 0.427 0.112 0.130 0.235 0.032 0.020 0.025 0.004 0.012 0.002 0.001 4 R 0.203 0.298 0.219 0.143 0.047 0.023 0.030 0.004 0.028 0.002 0.001 5 L 0.128 0.354 0.343 0.069 0.029 0.044 0.012 0.001 0.017 0.001 0.003 6 S 0.046 0.280 0.508 0.020 0.035 0.044 0.006 0.001 0.055 0.003 0.002 7 L 0.064 0.031 0.811 0.005 0.008 0.026 0.002 0.001 0.045 0.003 0.006 8 P 0.708 0.002 0.241 0.022 0.002 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 9 K 0.649 0.035 0.086 0.160 0.016 0.020 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 10 Q 0.532 0.138 0.147 0.120 0.023 0.013 0.012 0.002 0.010 0.001 0.001 11 L 0.453 0.219 0.166 0.082 0.030 0.023 0.011 0.001 0.014 0.001 0.001 12 V 0.370 0.373 0.133 0.046 0.034 0.017 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 13 L 0.279 0.308 0.275 0.037 0.040 0.033 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 14 R 0.337 0.265 0.244 0.057 0.034 0.029 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 15 Q 0.325 0.261 0.165 0.116 0.071 0.020 0.013 0.002 0.024 0.002 0.001 16 S 0.197 0.269 0.219 0.120 0.093 0.034 0.026 0.005 0.030 0.006 0.001 17 I 0.208 0.327 0.266 0.070 0.031 0.043 0.012 0.001 0.038 0.002 0.002 18 V 0.236 0.094 0.347 0.201 0.022 0.025 0.057 0.002 0.012 0.004 0.002 19 G 0.015 0.007 0.022 0.025 0.037 0.008 0.092 0.642 0.004 0.148 0.001 20 A 0.128 0.271 0.432 0.066 0.058 0.012 0.008 0.002 0.018 0.004 0.001 21 E 0.062 0.235 0.470 0.063 0.034 0.078 0.021 0.003 0.027 0.004 0.004 22 V 0.043 0.592 0.217 0.055 0.057 0.009 0.008 0.001 0.015 0.001 0.002 23 G 0.018 0.217 0.128 0.015 0.494 0.023 0.017 0.038 0.016 0.034 0.001 24 V 0.015 0.788 0.134 0.006 0.031 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 25 W 0.032 0.557 0.257 0.014 0.055 0.060 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 26 T 0.070 0.424 0.203 0.096 0.114 0.025 0.029 0.002 0.031 0.003 0.002 27 G 0.027 0.092 0.084 0.043 0.383 0.014 0.109 0.133 0.011 0.103 0.001 28 E 0.087 0.407 0.288 0.082 0.078 0.024 0.011 0.001 0.018 0.002 0.002 29 T 0.052 0.429 0.346 0.060 0.028 0.056 0.007 0.001 0.015 0.001 0.005 30 I 0.011 0.504 0.335 0.003 0.035 0.014 0.002 0.001 0.093 0.002 0.001 31 P 0.025 0.008 0.864 0.003 0.003 0.051 0.001 0.001 0.008 0.001 0.037 32 V 0.462 0.041 0.332 0.104 0.019 0.009 0.012 0.002 0.010 0.002 0.006 33 R 0.086 0.037 0.084 0.064 0.141 0.025 0.076 0.362 0.012 0.111 0.001 34 T 0.099 0.305 0.399 0.106 0.039 0.029 0.005 0.001 0.015 0.001 0.002 35 C 0.116 0.567 0.184 0.034 0.050 0.018 0.005 0.001 0.022 0.002 0.001 36 F 0.102 0.353 0.248 0.140 0.088 0.027 0.017 0.001 0.017 0.003 0.003 37 G 0.020 0.110 0.177 0.007 0.346 0.008 0.019 0.016 0.190 0.108 0.001 38 P 0.156 0.017 0.757 0.017 0.009 0.018 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 39 L 0.063 0.349 0.407 0.057 0.033 0.058 0.006 0.002 0.024 0.001 0.001 40 I 0.121 0.327 0.375 0.081 0.050 0.014 0.012 0.001 0.015 0.002 0.002 41 G 0.036 0.048 0.092 0.032 0.383 0.021 0.073 0.159 0.012 0.144 0.001 42 Q 0.161 0.342 0.317 0.062 0.065 0.025 0.004 0.001 0.020 0.001 0.002 43 Q 0.137 0.325 0.368 0.049 0.041 0.048 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 44 S 0.165 0.359 0.259 0.076 0.067 0.037 0.009 0.002 0.022 0.002 0.002 45 H 0.105 0.300 0.301 0.068 0.108 0.048 0.016 0.002 0.047 0.004 0.001 46 S 0.397 0.093 0.327 0.072 0.037 0.032 0.011 0.001 0.021 0.004 0.004 47 M 0.699 0.059 0.128 0.062 0.020 0.012 0.007 0.001 0.009 0.002 0.001 48 E 0.520 0.088 0.193 0.107 0.026 0.037 0.012 0.002 0.013 0.001 0.001 49 V 0.504 0.162 0.197 0.069 0.017 0.025 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 50 A 0.676 0.089 0.141 0.045 0.015 0.017 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 51 E 0.656 0.076 0.086 0.111 0.023 0.018 0.014 0.002 0.012 0.002 0.001 52 W 0.546 0.065 0.098 0.183 0.039 0.018 0.024 0.005 0.017 0.004 0.001 53 T 0.471 0.095 0.144 0.186 0.023 0.025 0.028 0.003 0.019 0.004 0.001 54 D 0.531 0.046 0.150 0.142 0.019 0.033 0.053 0.004 0.014 0.006 0.001 55 K 0.640 0.044 0.098 0.161 0.013 0.013 0.017 0.003 0.007 0.003 0.001 56 A 0.519 0.055 0.111 0.202 0.021 0.031 0.037 0.006 0.013 0.004 0.001 57 V 0.402 0.145 0.133 0.230 0.017 0.019 0.031 0.003 0.016 0.002 0.001 58 N 0.277 0.140 0.178 0.153 0.059 0.030 0.114 0.017 0.021 0.010 0.001 59 H 0.145 0.332 0.205 0.126 0.089 0.034 0.033 0.007 0.025 0.003 0.001 60 I 0.138 0.472 0.250 0.047 0.046 0.023 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 61 W 0.075 0.675 0.133 0.017 0.063 0.022 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 62 K 0.033 0.756 0.111 0.008 0.048 0.028 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 63 I 0.046 0.627 0.206 0.010 0.025 0.069 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 64 Y 0.102 0.489 0.247 0.031 0.043 0.052 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 65 H 0.237 0.331 0.131 0.091 0.074 0.035 0.038 0.002 0.053 0.006 0.001 66 N 0.080 0.037 0.139 0.269 0.039 0.015 0.374 0.016 0.009 0.021 0.001 67 G 0.009 0.005 0.014 0.010 0.025 0.003 0.094 0.708 0.002 0.131 0.001 68 V 0.062 0.322 0.504 0.037 0.038 0.016 0.005 0.001 0.013 0.002 0.001 69 L 0.058 0.433 0.390 0.029 0.031 0.033 0.005 0.001 0.017 0.001 0.002 70 E 0.048 0.603 0.182 0.029 0.103 0.016 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 71 F 0.028 0.652 0.110 0.024 0.146 0.018 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 72 C 0.014 0.727 0.134 0.008 0.068 0.025 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 73 I 0.023 0.617 0.244 0.010 0.030 0.056 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 74 I 0.038 0.484 0.283 0.025 0.030 0.106 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 75 T 0.146 0.318 0.197 0.115 0.087 0.053 0.024 0.004 0.050 0.005 0.002 76 T 0.147 0.175 0.147 0.262 0.096 0.051 0.065 0.011 0.029 0.016 0.001 77 D 0.078 0.099 0.218 0.133 0.087 0.083 0.128 0.013 0.110 0.051 0.002 78 E 0.744 0.018 0.097 0.107 0.006 0.008 0.004 0.001 0.004 0.005 0.006 79 N 0.395 0.028 0.083 0.339 0.023 0.039 0.056 0.016 0.008 0.010 0.001 80 E 0.410 0.070 0.116 0.273 0.027 0.032 0.033 0.013 0.018 0.005 0.001 81 C 0.588 0.072 0.161 0.096 0.014 0.017 0.030 0.009 0.007 0.005 0.001 82 N 0.607 0.055 0.090 0.096 0.041 0.028 0.049 0.018 0.007 0.010 0.001 83 W 0.729 0.118 0.055 0.055 0.019 0.010 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 84 M 0.689 0.194 0.062 0.023 0.017 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 85 M 0.644 0.209 0.040 0.019 0.065 0.008 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 86 F 0.504 0.250 0.110 0.060 0.034 0.025 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 87 V 0.390 0.381 0.100 0.058 0.024 0.016 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 88 R 0.277 0.199 0.255 0.073 0.077 0.051 0.019 0.001 0.046 0.001 0.001 89 K 0.321 0.190 0.215 0.153 0.033 0.039 0.020 0.002 0.024 0.001 0.001 90 A 0.303 0.149 0.222 0.120 0.073 0.057 0.036 0.012 0.022 0.006 0.001 91 R 0.253 0.247 0.208 0.188 0.039 0.033 0.009 0.002 0.018 0.002 0.001 92 N 0.048 0.099 0.410 0.048 0.053 0.148 0.060 0.002 0.116 0.016 0.001 93 R 0.872 0.005 0.070 0.031 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 94 E 0.852 0.007 0.018 0.098 0.005 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 95 E 0.433 0.045 0.050 0.411 0.009 0.018 0.018 0.003 0.012 0.001 0.001 96 Q 0.454 0.157 0.158 0.131 0.012 0.018 0.049 0.003 0.017 0.001 0.001 97 N 0.357 0.178 0.160 0.121 0.041 0.048 0.066 0.004 0.022 0.003 0.002 98 L 0.482 0.220 0.116 0.104 0.044 0.013 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 99 V 0.275 0.433 0.141 0.056 0.053 0.022 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 100 A 0.177 0.485 0.196 0.047 0.027 0.049 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 101 Y 0.033 0.497 0.230 0.005 0.039 0.022 0.003 0.001 0.170 0.001 0.001 102 P 0.183 0.011 0.724 0.018 0.003 0.037 0.002 0.001 0.003 0.001 0.018 103 H 0.277 0.221 0.143 0.186 0.039 0.035 0.039 0.013 0.039 0.006 0.001 104 D 0.084 0.047 0.234 0.201 0.036 0.019 0.319 0.024 0.008 0.025 0.001 105 G 0.015 0.009 0.019 0.027 0.046 0.004 0.113 0.656 0.002 0.109 0.001 106 K 0.036 0.382 0.448 0.037 0.059 0.016 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 107 I 0.012 0.653 0.269 0.006 0.022 0.024 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 108 F 0.007 0.835 0.109 0.003 0.025 0.015 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 109 F 0.009 0.721 0.125 0.004 0.096 0.023 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 110 C 0.013 0.765 0.112 0.007 0.071 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 111 T 0.018 0.737 0.092 0.009 0.108 0.012 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 112 S 0.041 0.514 0.234 0.028 0.117 0.038 0.007 0.001 0.017 0.001 0.003 113 Q 0.055 0.580 0.216 0.032 0.063 0.019 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 114 D 0.049 0.295 0.418 0.064 0.032 0.112 0.011 0.001 0.010 0.001 0.007 115 I 0.018 0.501 0.349 0.011 0.031 0.019 0.005 0.001 0.059 0.003 0.001 116 P 0.011 0.036 0.872 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 0.036 0.002 0.008 117 P 0.235 0.005 0.649 0.029 0.004 0.013 0.003 0.001 0.004 0.003 0.055 118 E 0.068 0.028 0.087 0.070 0.048 0.015 0.055 0.561 0.003 0.064 0.001 119 N 0.122 0.213 0.316 0.194 0.083 0.022 0.022 0.007 0.015 0.005 0.001 120 E 0.063 0.480 0.280 0.039 0.088 0.019 0.010 0.001 0.019 0.001 0.001 121 L 0.022 0.724 0.177 0.009 0.032 0.026 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 122 L 0.009 0.656 0.243 0.004 0.013 0.069 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 123 F 0.017 0.805 0.095 0.005 0.025 0.024 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 124 Y 0.024 0.551 0.212 0.016 0.095 0.058 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 125 Y 0.037 0.426 0.237 0.047 0.123 0.074 0.009 0.002 0.041 0.003 0.001 126 S 0.119 0.154 0.429 0.019 0.105 0.080 0.015 0.001 0.062 0.015 0.001 127 R 0.973 0.001 0.012 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 D 0.959 0.002 0.004 0.027 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 129 Y 0.905 0.017 0.005 0.066 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 130 A 0.986 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 Q 0.981 0.003 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 Q 0.958 0.004 0.003 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 133 I 0.130 0.004 0.024 0.819 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 134 G 0.008 0.001 0.008 0.008 0.003 0.002 0.527 0.414 0.001 0.028 0.001 135 V 0.006 0.249 0.663 0.004 0.010 0.011 0.002 0.001 0.054 0.001 0.001 136 P 0.060 0.003 0.868 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 137 E 0.419 0.119 0.234 0.138 0.035 0.026 0.006 0.004 0.015 0.002 0.002