# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 87.8874 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.121 0.142 0.067 0.020 0.196 0.016 0.022 0.177 0.085 0.106 0.047 2 R 0.042 0.079 0.031 0.014 0.072 0.022 0.048 0.338 0.268 0.058 0.027 3 A 0.052 0.063 0.027 0.011 0.079 0.017 0.068 0.300 0.205 0.144 0.034 4 R 0.086 0.135 0.037 0.006 0.167 0.011 0.044 0.214 0.163 0.097 0.040 5 L 0.086 0.109 0.059 0.021 0.133 0.033 0.107 0.142 0.078 0.166 0.065 6 S 0.073 0.342 0.246 0.023 0.161 0.014 0.019 0.026 0.013 0.059 0.025 7 L 0.088 0.286 0.218 0.025 0.185 0.013 0.015 0.067 0.044 0.033 0.027 8 P 0.020 0.150 0.073 0.020 0.049 0.024 0.066 0.325 0.232 0.031 0.012 9 K 0.028 0.051 0.029 0.023 0.041 0.022 0.046 0.267 0.199 0.241 0.052 10 Q 0.083 0.176 0.049 0.008 0.176 0.010 0.022 0.212 0.110 0.113 0.042 11 L 0.140 0.159 0.024 0.006 0.302 0.009 0.022 0.198 0.059 0.047 0.034 12 V 0.221 0.115 0.016 0.004 0.330 0.009 0.023 0.156 0.044 0.044 0.037 13 L 0.199 0.124 0.029 0.009 0.297 0.019 0.032 0.150 0.038 0.050 0.053 14 R 0.144 0.144 0.061 0.022 0.225 0.026 0.039 0.162 0.053 0.056 0.067 15 Q 0.090 0.199 0.071 0.020 0.207 0.022 0.043 0.163 0.063 0.075 0.047 16 S 0.140 0.117 0.104 0.015 0.173 0.011 0.042 0.137 0.065 0.115 0.082 17 I 0.084 0.111 0.112 0.062 0.098 0.060 0.039 0.234 0.067 0.083 0.050 18 V 0.009 0.260 0.092 0.158 0.025 0.121 0.236 0.062 0.022 0.011 0.006 19 G 0.032 0.011 0.025 0.119 0.018 0.020 0.007 0.025 0.030 0.542 0.172 20 A 0.077 0.284 0.091 0.018 0.217 0.016 0.029 0.100 0.081 0.053 0.035 21 E 0.193 0.109 0.041 0.029 0.214 0.030 0.065 0.097 0.050 0.079 0.091 22 V 0.144 0.196 0.071 0.041 0.216 0.044 0.049 0.073 0.041 0.063 0.063 23 G 0.205 0.134 0.051 0.020 0.410 0.020 0.019 0.039 0.018 0.039 0.046 24 V 0.233 0.170 0.048 0.006 0.418 0.006 0.011 0.040 0.017 0.019 0.032 25 W 0.229 0.124 0.037 0.018 0.299 0.026 0.035 0.067 0.027 0.058 0.080 26 T 0.102 0.245 0.082 0.074 0.163 0.055 0.062 0.069 0.044 0.053 0.052 27 G 0.040 0.045 0.055 0.180 0.051 0.104 0.071 0.092 0.100 0.196 0.064 28 E 0.074 0.257 0.143 0.021 0.241 0.013 0.024 0.063 0.063 0.077 0.026 29 T 0.238 0.119 0.024 0.004 0.402 0.006 0.028 0.042 0.035 0.063 0.039 30 I 0.050 0.392 0.309 0.023 0.145 0.014 0.016 0.010 0.007 0.013 0.021 31 P 0.098 0.277 0.271 0.047 0.173 0.024 0.011 0.036 0.019 0.012 0.031 32 V 0.020 0.210 0.064 0.039 0.041 0.053 0.197 0.165 0.162 0.034 0.015 33 R 0.027 0.027 0.035 0.080 0.028 0.025 0.017 0.031 0.048 0.515 0.167 34 T 0.096 0.336 0.086 0.011 0.285 0.010 0.013 0.047 0.028 0.050 0.038 35 C 0.171 0.155 0.057 0.027 0.261 0.019 0.032 0.056 0.036 0.087 0.101 36 F 0.170 0.110 0.076 0.069 0.171 0.050 0.041 0.053 0.045 0.124 0.090 37 G 0.022 0.157 0.213 0.194 0.060 0.096 0.072 0.073 0.051 0.041 0.020 38 P 0.181 0.144 0.114 0.022 0.254 0.010 0.030 0.076 0.061 0.075 0.036 39 L 0.154 0.122 0.032 0.009 0.242 0.014 0.035 0.133 0.125 0.085 0.050 40 I 0.074 0.117 0.046 0.077 0.116 0.107 0.143 0.115 0.066 0.085 0.054 41 G 0.060 0.091 0.120 0.197 0.085 0.071 0.041 0.068 0.058 0.149 0.061 42 Q 0.123 0.163 0.086 0.016 0.284 0.010 0.023 0.094 0.081 0.089 0.032 43 Q 0.165 0.122 0.035 0.008 0.295 0.012 0.033 0.104 0.086 0.089 0.053 44 S 0.095 0.255 0.111 0.035 0.206 0.033 0.041 0.079 0.039 0.059 0.048 45 H 0.090 0.236 0.121 0.036 0.173 0.026 0.035 0.106 0.060 0.074 0.043 46 S 0.089 0.108 0.068 0.018 0.141 0.012 0.022 0.226 0.164 0.105 0.047 47 M 0.026 0.084 0.032 0.012 0.059 0.020 0.050 0.416 0.224 0.059 0.019 48 E 0.081 0.128 0.041 0.007 0.138 0.010 0.044 0.290 0.088 0.136 0.036 49 V 0.106 0.124 0.029 0.005 0.148 0.008 0.019 0.301 0.118 0.097 0.044 50 A 0.030 0.080 0.036 0.022 0.059 0.033 0.054 0.465 0.156 0.046 0.020 51 E 0.034 0.045 0.022 0.009 0.046 0.010 0.046 0.521 0.159 0.087 0.021 52 W 0.037 0.053 0.023 0.006 0.057 0.008 0.040 0.474 0.141 0.137 0.024 53 T 0.037 0.140 0.052 0.014 0.079 0.019 0.034 0.401 0.124 0.077 0.024 54 D 0.057 0.041 0.021 0.010 0.059 0.011 0.034 0.454 0.164 0.117 0.032 55 K 0.023 0.062 0.034 0.012 0.040 0.016 0.054 0.496 0.187 0.063 0.014 56 A 0.057 0.054 0.032 0.013 0.065 0.017 0.069 0.353 0.142 0.162 0.037 57 V 0.075 0.118 0.038 0.012 0.111 0.014 0.038 0.304 0.138 0.113 0.039 58 N 0.062 0.075 0.045 0.039 0.088 0.045 0.075 0.281 0.102 0.134 0.054 59 H 0.119 0.220 0.069 0.011 0.237 0.011 0.023 0.141 0.043 0.084 0.041 60 I 0.285 0.097 0.011 0.003 0.382 0.006 0.020 0.094 0.038 0.023 0.042 61 W 0.240 0.106 0.017 0.004 0.457 0.014 0.025 0.073 0.023 0.011 0.029 62 K 0.185 0.164 0.014 0.002 0.536 0.004 0.008 0.046 0.008 0.010 0.022 63 I 0.265 0.123 0.010 0.001 0.484 0.003 0.009 0.050 0.007 0.018 0.032 64 Y 0.174 0.131 0.148 0.040 0.198 0.032 0.039 0.089 0.020 0.036 0.095 65 H 0.042 0.064 0.089 0.289 0.041 0.210 0.057 0.119 0.031 0.032 0.026 66 N 0.007 0.168 0.093 0.366 0.017 0.116 0.152 0.031 0.019 0.025 0.006 67 G 0.021 0.015 0.028 0.085 0.017 0.014 0.007 0.011 0.030 0.595 0.177 68 V 0.118 0.351 0.050 0.006 0.326 0.006 0.014 0.025 0.029 0.035 0.040 69 L 0.295 0.135 0.021 0.011 0.411 0.014 0.030 0.016 0.011 0.013 0.044 70 E 0.225 0.189 0.036 0.021 0.386 0.032 0.032 0.017 0.009 0.017 0.036 71 F 0.234 0.087 0.008 0.002 0.651 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.006 72 C 0.365 0.027 0.002 0.001 0.587 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 73 I 0.244 0.138 0.019 0.005 0.478 0.007 0.007 0.011 0.007 0.010 0.075 74 I 0.286 0.095 0.017 0.007 0.361 0.012 0.015 0.017 0.013 0.047 0.131 75 T 0.169 0.139 0.056 0.022 0.236 0.018 0.027 0.070 0.047 0.127 0.088 76 T 0.048 0.183 0.106 0.106 0.109 0.092 0.101 0.077 0.045 0.102 0.031 77 D 0.161 0.199 0.185 0.015 0.327 0.005 0.006 0.032 0.021 0.031 0.017 78 E 0.016 0.032 0.011 0.006 0.026 0.014 0.033 0.419 0.401 0.031 0.012 79 N 0.035 0.089 0.052 0.022 0.058 0.031 0.122 0.325 0.136 0.106 0.024 80 E 0.046 0.040 0.018 0.009 0.049 0.010 0.024 0.330 0.182 0.239 0.053 81 C 0.057 0.098 0.040 0.017 0.108 0.018 0.029 0.442 0.096 0.067 0.029 82 N 0.083 0.080 0.043 0.014 0.113 0.021 0.025 0.428 0.103 0.061 0.030 83 W 0.086 0.087 0.008 0.002 0.114 0.004 0.016 0.491 0.077 0.084 0.031 84 M 0.212 0.061 0.008 0.004 0.259 0.009 0.030 0.280 0.086 0.018 0.035 85 M 0.079 0.115 0.016 0.005 0.185 0.019 0.041 0.432 0.061 0.025 0.021 86 F 0.245 0.086 0.008 0.002 0.285 0.005 0.026 0.220 0.033 0.054 0.037 87 V 0.224 0.106 0.020 0.006 0.316 0.015 0.039 0.124 0.050 0.045 0.057 88 R 0.064 0.293 0.089 0.028 0.203 0.030 0.043 0.152 0.061 0.016 0.022 89 K 0.107 0.061 0.019 0.006 0.137 0.013 0.063 0.232 0.165 0.142 0.056 90 A 0.092 0.182 0.078 0.010 0.196 0.011 0.035 0.154 0.078 0.115 0.049 91 R 0.056 0.157 0.074 0.062 0.101 0.079 0.108 0.136 0.058 0.127 0.042 92 N 0.063 0.367 0.251 0.017 0.178 0.004 0.006 0.039 0.020 0.036 0.017 93 R 0.014 0.019 0.007 0.002 0.023 0.005 0.019 0.425 0.450 0.026 0.009 94 E 0.018 0.037 0.016 0.006 0.037 0.013 0.056 0.497 0.237 0.072 0.013 95 E 0.153 0.059 0.011 0.003 0.156 0.006 0.038 0.340 0.101 0.100 0.036 96 Q 0.103 0.218 0.034 0.005 0.272 0.014 0.029 0.202 0.049 0.049 0.026 97 N 0.256 0.086 0.013 0.006 0.345 0.011 0.018 0.128 0.036 0.051 0.050 98 L 0.182 0.088 0.022 0.006 0.255 0.013 0.036 0.179 0.121 0.040 0.059 99 V 0.153 0.095 0.036 0.009 0.237 0.025 0.109 0.141 0.073 0.055 0.069 100 A 0.142 0.260 0.049 0.003 0.391 0.005 0.019 0.045 0.015 0.037 0.034 101 Y 0.155 0.280 0.050 0.004 0.428 0.006 0.011 0.014 0.005 0.016 0.031 102 P 0.144 0.181 0.333 0.046 0.139 0.021 0.017 0.039 0.014 0.023 0.043 103 H 0.013 0.040 0.075 0.342 0.018 0.227 0.102 0.106 0.046 0.021 0.010 104 D 0.016 0.177 0.115 0.362 0.033 0.078 0.113 0.025 0.017 0.053 0.009 105 G 0.015 0.022 0.030 0.093 0.017 0.024 0.010 0.011 0.033 0.606 0.139 106 K 0.086 0.446 0.040 0.004 0.381 0.003 0.005 0.005 0.005 0.011 0.013 107 I 0.341 0.033 0.002 0.001 0.614 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 108 F 0.226 0.095 0.009 0.002 0.639 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 109 F 0.436 0.029 0.003 0.001 0.488 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.031 110 C 0.172 0.256 0.044 0.009 0.449 0.010 0.008 0.004 0.003 0.010 0.036 111 T 0.293 0.151 0.018 0.003 0.460 0.004 0.006 0.005 0.005 0.013 0.041 112 S 0.204 0.171 0.033 0.008 0.402 0.016 0.010 0.018 0.038 0.042 0.058 113 Q 0.065 0.319 0.087 0.016 0.248 0.034 0.053 0.049 0.067 0.029 0.031 114 D 0.190 0.145 0.067 0.006 0.344 0.007 0.026 0.015 0.017 0.114 0.069 115 I 0.020 0.477 0.417 0.005 0.056 0.002 0.003 0.001 0.002 0.008 0.008 116 P 0.004 0.391 0.568 0.013 0.014 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 117 P 0.007 0.262 0.079 0.018 0.019 0.019 0.125 0.145 0.308 0.014 0.003 118 E 0.012 0.015 0.013 0.029 0.015 0.012 0.013 0.054 0.094 0.689 0.055 119 N 0.070 0.290 0.086 0.016 0.232 0.020 0.030 0.058 0.060 0.096 0.043 120 E 0.241 0.152 0.019 0.005 0.477 0.008 0.013 0.017 0.008 0.025 0.036 121 L 0.281 0.074 0.004 0.001 0.611 0.003 0.005 0.004 0.004 0.002 0.010 122 L 0.207 0.051 0.003 0.001 0.715 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.010 123 F 0.322 0.056 0.005 0.001 0.548 0.003 0.002 0.004 0.002 0.007 0.050 124 Y 0.220 0.124 0.038 0.008 0.441 0.010 0.013 0.013 0.006 0.027 0.100 125 Y 0.113 0.305 0.108 0.033 0.203 0.027 0.027 0.026 0.017 0.077 0.063 126 S 0.033 0.451 0.295 0.017 0.104 0.004 0.005 0.042 0.021 0.016 0.014 127 R 0.002 0.012 0.004 0.002 0.003 0.004 0.015 0.667 0.279 0.007 0.003 128 D 0.004 0.019 0.007 0.002 0.008 0.004 0.019 0.773 0.094 0.065 0.004 129 Y 0.011 0.025 0.002 0.001 0.014 0.001 0.005 0.751 0.134 0.051 0.005 130 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.772 0.189 0.019 0.001 131 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.694 0.269 0.004 0.001 132 Q 0.005 0.004 0.005 0.001 0.004 0.005 0.237 0.556 0.124 0.055 0.003 133 I 0.003 0.797 0.123 0.005 0.019 0.008 0.021 0.009 0.004 0.008 0.003 134 G 0.034 0.013 0.017 0.029 0.016 0.008 0.003 0.005 0.007 0.466 0.402 135 V 0.029 0.556 0.239 0.010 0.128 0.003 0.004 0.005 0.005 0.013 0.008 136 P 0.041 0.490 0.205 0.016 0.147 0.006 0.019 0.027 0.030 0.008 0.010 137 E 0.041 0.073 0.040 0.021 0.060 0.032 0.080 0.221 0.327 0.078 0.026