# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 87.8874 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.695 0.192 0.064 0.031 0.014 0.004 0.001 2 R 0.439 0.238 0.171 0.110 0.031 0.010 0.001 3 A 0.353 0.238 0.180 0.134 0.066 0.026 0.003 4 R 0.205 0.195 0.195 0.206 0.126 0.065 0.008 5 L 0.210 0.182 0.166 0.160 0.155 0.110 0.017 6 S 0.148 0.170 0.185 0.219 0.164 0.096 0.017 7 L 0.158 0.147 0.169 0.202 0.189 0.114 0.023 8 P 0.279 0.266 0.210 0.144 0.070 0.026 0.004 9 K 0.462 0.332 0.124 0.054 0.019 0.008 0.001 10 Q 0.188 0.189 0.185 0.221 0.146 0.062 0.009 11 L 0.093 0.199 0.228 0.237 0.153 0.080 0.009 12 V 0.062 0.077 0.121 0.230 0.261 0.212 0.038 13 L 0.078 0.159 0.213 0.250 0.200 0.091 0.009 14 R 0.151 0.219 0.212 0.208 0.144 0.060 0.006 15 Q 0.174 0.225 0.216 0.196 0.132 0.053 0.005 16 S 0.145 0.230 0.224 0.212 0.130 0.054 0.005 17 I 0.115 0.138 0.213 0.256 0.196 0.075 0.007 18 V 0.335 0.289 0.190 0.113 0.055 0.017 0.001 19 G 0.401 0.287 0.163 0.096 0.039 0.013 0.001 20 A 0.319 0.266 0.184 0.135 0.069 0.024 0.003 21 E 0.163 0.252 0.221 0.203 0.108 0.046 0.006 22 V 0.036 0.081 0.129 0.222 0.284 0.216 0.031 23 G 0.024 0.045 0.078 0.146 0.243 0.374 0.090 24 V 0.020 0.038 0.080 0.143 0.225 0.348 0.146 25 W 0.017 0.040 0.095 0.191 0.244 0.280 0.134 26 T 0.021 0.047 0.093 0.164 0.269 0.319 0.087 27 G 0.137 0.281 0.265 0.200 0.083 0.031 0.004 28 E 0.323 0.356 0.138 0.103 0.058 0.020 0.001 29 T 0.084 0.226 0.270 0.244 0.124 0.049 0.003 30 I 0.051 0.067 0.130 0.281 0.316 0.143 0.011 31 P 0.229 0.364 0.219 0.113 0.057 0.016 0.001 32 V 0.193 0.235 0.237 0.209 0.091 0.031 0.003 33 R 0.228 0.246 0.218 0.173 0.095 0.036 0.004 34 T 0.171 0.220 0.187 0.215 0.135 0.063 0.009 35 C 0.082 0.133 0.177 0.221 0.211 0.145 0.031 36 F 0.062 0.059 0.079 0.153 0.210 0.314 0.124 37 G 0.074 0.098 0.118 0.164 0.205 0.230 0.110 38 P 0.084 0.097 0.112 0.168 0.208 0.213 0.119 39 L 0.061 0.084 0.111 0.165 0.231 0.250 0.098 40 I 0.113 0.179 0.209 0.219 0.153 0.100 0.028 41 G 0.144 0.143 0.142 0.195 0.207 0.139 0.029 42 Q 0.233 0.274 0.194 0.146 0.102 0.045 0.006 43 Q 0.164 0.209 0.221 0.206 0.137 0.059 0.005 44 S 0.222 0.230 0.238 0.185 0.094 0.028 0.002 45 H 0.311 0.260 0.196 0.143 0.069 0.019 0.001 46 S 0.354 0.262 0.191 0.123 0.056 0.015 0.001 47 M 0.395 0.266 0.184 0.107 0.039 0.007 0.001 48 E 0.445 0.355 0.121 0.057 0.017 0.004 0.001 49 V 0.152 0.163 0.232 0.270 0.145 0.037 0.001 50 A 0.343 0.295 0.213 0.104 0.038 0.006 0.001 51 E 0.540 0.338 0.084 0.029 0.008 0.002 0.001 52 W 0.141 0.140 0.251 0.287 0.147 0.032 0.001 53 T 0.282 0.250 0.250 0.158 0.047 0.012 0.001 54 D 0.578 0.267 0.104 0.037 0.011 0.003 0.001 55 K 0.531 0.279 0.108 0.059 0.018 0.004 0.001 56 A 0.307 0.287 0.176 0.123 0.078 0.027 0.002 57 V 0.108 0.176 0.246 0.260 0.145 0.060 0.005 58 N 0.179 0.280 0.253 0.161 0.088 0.034 0.004 59 H 0.052 0.123 0.179 0.257 0.247 0.124 0.018 60 I 0.025 0.083 0.128 0.230 0.281 0.222 0.030 61 W 0.018 0.049 0.086 0.180 0.300 0.326 0.041 62 K 0.047 0.186 0.257 0.245 0.168 0.087 0.009 63 I 0.022 0.054 0.117 0.253 0.331 0.202 0.022 64 Y 0.038 0.095 0.192 0.278 0.251 0.136 0.011 65 H 0.163 0.238 0.273 0.203 0.093 0.029 0.002 66 N 0.475 0.338 0.121 0.048 0.014 0.004 0.001 67 G 0.404 0.327 0.134 0.083 0.041 0.010 0.001 68 V 0.124 0.237 0.233 0.215 0.135 0.050 0.005 69 L 0.031 0.101 0.196 0.294 0.253 0.114 0.010 70 E 0.034 0.130 0.237 0.308 0.195 0.088 0.008 71 F 0.010 0.033 0.062 0.126 0.347 0.371 0.050 72 C 0.009 0.030 0.069 0.151 0.264 0.389 0.087 73 I 0.012 0.024 0.048 0.111 0.196 0.430 0.180 74 I 0.028 0.077 0.189 0.311 0.233 0.137 0.025 75 T 0.080 0.137 0.233 0.262 0.203 0.079 0.005 76 T 0.338 0.348 0.171 0.097 0.037 0.009 0.001 77 D 0.542 0.308 0.086 0.041 0.018 0.005 0.001 78 E 0.477 0.262 0.132 0.088 0.033 0.008 0.001 79 N 0.560 0.288 0.096 0.037 0.014 0.004 0.001 80 E 0.303 0.315 0.214 0.115 0.038 0.012 0.002 81 C 0.098 0.109 0.194 0.247 0.242 0.099 0.011 82 N 0.085 0.195 0.233 0.225 0.163 0.087 0.012 83 W 0.033 0.055 0.093 0.155 0.237 0.312 0.115 84 M 0.020 0.030 0.052 0.107 0.216 0.397 0.179 85 M 0.042 0.080 0.127 0.183 0.223 0.233 0.111 86 F 0.018 0.030 0.050 0.097 0.187 0.348 0.271 87 V 0.019 0.028 0.041 0.090 0.193 0.405 0.225 88 R 0.062 0.132 0.187 0.200 0.220 0.162 0.037 89 K 0.075 0.178 0.243 0.261 0.149 0.081 0.013 90 A 0.076 0.076 0.140 0.223 0.267 0.196 0.022 91 R 0.292 0.256 0.193 0.155 0.077 0.025 0.002 92 N 0.632 0.244 0.070 0.032 0.016 0.005 0.001 93 R 0.500 0.255 0.128 0.083 0.026 0.007 0.001 94 E 0.613 0.273 0.064 0.030 0.014 0.005 0.001 95 E 0.234 0.210 0.199 0.189 0.113 0.048 0.007 96 Q 0.180 0.180 0.201 0.187 0.158 0.079 0.015 97 N 0.082 0.109 0.156 0.207 0.207 0.180 0.059 98 L 0.065 0.064 0.089 0.141 0.247 0.282 0.114 99 V 0.080 0.135 0.170 0.205 0.208 0.158 0.044 100 A 0.048 0.074 0.096 0.140 0.226 0.315 0.101 101 Y 0.045 0.090 0.158 0.279 0.252 0.147 0.027 102 P 0.123 0.202 0.221 0.234 0.157 0.057 0.005 103 H 0.211 0.249 0.233 0.183 0.095 0.027 0.002 104 D 0.511 0.329 0.096 0.044 0.015 0.005 0.001 105 G 0.362 0.294 0.164 0.117 0.048 0.014 0.001 106 K 0.118 0.222 0.297 0.256 0.078 0.025 0.003 107 I 0.034 0.035 0.051 0.107 0.262 0.403 0.108 108 F 0.025 0.050 0.086 0.194 0.232 0.300 0.113 109 F 0.024 0.041 0.078 0.140 0.220 0.348 0.149 110 C 0.026 0.062 0.143 0.206 0.243 0.220 0.100 111 T 0.019 0.040 0.059 0.111 0.222 0.374 0.176 112 S 0.044 0.075 0.135 0.216 0.256 0.217 0.057 113 Q 0.192 0.322 0.216 0.150 0.084 0.033 0.003 114 D 0.150 0.324 0.262 0.156 0.080 0.027 0.001 115 I 0.054 0.066 0.154 0.375 0.274 0.073 0.003 116 P 0.427 0.367 0.118 0.049 0.034 0.006 0.001 117 P 0.521 0.313 0.105 0.048 0.011 0.002 0.001 118 E 0.480 0.329 0.132 0.045 0.012 0.002 0.001 119 N 0.202 0.312 0.254 0.191 0.034 0.007 0.001 120 E 0.025 0.068 0.171 0.271 0.297 0.154 0.015 121 L 0.025 0.037 0.056 0.145 0.296 0.362 0.079 122 L 0.014 0.060 0.149 0.272 0.277 0.204 0.025 123 F 0.016 0.057 0.111 0.182 0.308 0.266 0.059 124 Y 0.011 0.029 0.079 0.161 0.265 0.345 0.110 125 Y 0.019 0.050 0.114 0.234 0.301 0.227 0.054 126 S 0.128 0.242 0.245 0.204 0.118 0.056 0.008 127 R 0.297 0.342 0.209 0.108 0.033 0.010 0.001 128 D 0.268 0.336 0.197 0.136 0.048 0.014 0.001 129 Y 0.046 0.086 0.151 0.270 0.298 0.140 0.008 130 A 0.095 0.127 0.208 0.290 0.203 0.073 0.004 131 Q 0.363 0.393 0.147 0.065 0.025 0.006 0.001 132 Q 0.217 0.287 0.234 0.176 0.067 0.018 0.001 133 I 0.106 0.087 0.166 0.278 0.244 0.111 0.007 134 G 0.478 0.361 0.107 0.037 0.013 0.004 0.001 135 V 0.326 0.213 0.188 0.172 0.075 0.024 0.002 136 P 0.572 0.231 0.105 0.059 0.026 0.007 0.001 137 E 0.739 0.188 0.046 0.019 0.006 0.002 0.001