# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 87.8874 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.516 0.178 0.101 0.080 0.053 0.031 0.022 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 R 0.275 0.138 0.138 0.146 0.116 0.083 0.050 0.026 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 3 A 0.263 0.137 0.128 0.133 0.119 0.085 0.061 0.034 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 4 R 0.144 0.088 0.112 0.138 0.149 0.130 0.090 0.067 0.041 0.022 0.011 0.005 0.003 0.001 5 L 0.128 0.073 0.088 0.109 0.143 0.140 0.103 0.082 0.059 0.036 0.022 0.011 0.005 0.002 6 S 0.144 0.104 0.124 0.138 0.141 0.116 0.088 0.060 0.037 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 7 L 0.103 0.084 0.105 0.135 0.153 0.132 0.102 0.075 0.049 0.030 0.018 0.009 0.004 0.002 8 P 0.168 0.141 0.130 0.143 0.131 0.103 0.079 0.047 0.028 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 9 K 0.266 0.198 0.134 0.115 0.100 0.067 0.052 0.029 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 10 Q 0.127 0.095 0.104 0.132 0.144 0.126 0.092 0.075 0.055 0.025 0.014 0.007 0.004 0.001 11 L 0.081 0.064 0.090 0.135 0.164 0.145 0.111 0.087 0.058 0.033 0.019 0.009 0.005 0.002 12 V 0.060 0.038 0.054 0.075 0.114 0.130 0.128 0.131 0.101 0.079 0.049 0.025 0.012 0.004 13 L 0.085 0.074 0.088 0.117 0.135 0.125 0.096 0.098 0.073 0.050 0.032 0.016 0.008 0.003 14 R 0.115 0.087 0.091 0.124 0.130 0.116 0.100 0.088 0.062 0.041 0.025 0.013 0.006 0.003 15 Q 0.118 0.096 0.106 0.128 0.131 0.119 0.087 0.075 0.057 0.039 0.023 0.011 0.006 0.003 16 S 0.159 0.124 0.125 0.137 0.133 0.109 0.076 0.054 0.038 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 17 I 0.089 0.071 0.100 0.138 0.160 0.156 0.112 0.081 0.047 0.025 0.012 0.006 0.003 0.001 18 V 0.130 0.122 0.141 0.161 0.150 0.114 0.081 0.048 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 19 G 0.250 0.205 0.146 0.134 0.094 0.063 0.046 0.027 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 20 A 0.127 0.094 0.119 0.138 0.142 0.131 0.100 0.064 0.044 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 21 E 0.088 0.091 0.104 0.140 0.142 0.129 0.116 0.078 0.056 0.027 0.016 0.006 0.004 0.002 22 V 0.022 0.018 0.029 0.051 0.086 0.121 0.150 0.153 0.138 0.101 0.066 0.038 0.017 0.009 23 G 0.019 0.017 0.024 0.035 0.062 0.087 0.112 0.132 0.137 0.136 0.113 0.072 0.034 0.020 24 V 0.014 0.010 0.012 0.015 0.028 0.039 0.056 0.093 0.142 0.182 0.179 0.134 0.067 0.029 25 W 0.017 0.017 0.023 0.038 0.059 0.074 0.084 0.116 0.146 0.140 0.126 0.091 0.045 0.024 26 T 0.013 0.015 0.020 0.029 0.050 0.073 0.103 0.125 0.150 0.162 0.120 0.074 0.041 0.025 27 G 0.062 0.081 0.091 0.126 0.128 0.122 0.113 0.090 0.075 0.050 0.032 0.017 0.008 0.005 28 E 0.122 0.140 0.134 0.139 0.127 0.099 0.078 0.052 0.049 0.028 0.017 0.009 0.005 0.003 29 T 0.071 0.096 0.127 0.156 0.172 0.135 0.096 0.066 0.047 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 30 I 0.062 0.062 0.106 0.143 0.170 0.160 0.126 0.082 0.047 0.023 0.011 0.005 0.003 0.001 31 P 0.244 0.191 0.159 0.133 0.103 0.064 0.054 0.025 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 32 V 0.142 0.098 0.123 0.154 0.162 0.123 0.078 0.056 0.033 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 33 R 0.168 0.154 0.136 0.154 0.131 0.098 0.069 0.041 0.025 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 34 T 0.127 0.083 0.099 0.108 0.121 0.121 0.101 0.087 0.067 0.040 0.022 0.013 0.007 0.003 35 C 0.075 0.054 0.069 0.103 0.134 0.137 0.124 0.108 0.079 0.050 0.035 0.017 0.009 0.004 36 F 0.034 0.026 0.032 0.046 0.083 0.094 0.111 0.134 0.129 0.125 0.089 0.057 0.027 0.013 37 G 0.052 0.048 0.057 0.081 0.098 0.109 0.112 0.118 0.105 0.089 0.064 0.038 0.018 0.010 38 P 0.058 0.036 0.041 0.056 0.075 0.090 0.099 0.121 0.123 0.108 0.089 0.059 0.029 0.016 39 L 0.032 0.025 0.032 0.046 0.077 0.097 0.116 0.133 0.124 0.118 0.097 0.061 0.027 0.014 40 I 0.051 0.049 0.070 0.113 0.131 0.137 0.110 0.114 0.085 0.062 0.041 0.022 0.009 0.005 41 G 0.058 0.049 0.064 0.087 0.122 0.130 0.136 0.118 0.090 0.069 0.042 0.021 0.009 0.005 42 Q 0.179 0.162 0.144 0.145 0.118 0.087 0.064 0.040 0.030 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 43 Q 0.155 0.107 0.127 0.148 0.148 0.117 0.076 0.053 0.036 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 44 S 0.146 0.113 0.138 0.166 0.145 0.119 0.081 0.044 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 45 H 0.280 0.166 0.151 0.141 0.104 0.069 0.042 0.021 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 46 S 0.313 0.186 0.137 0.121 0.091 0.061 0.048 0.020 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 47 M 0.293 0.164 0.161 0.136 0.104 0.066 0.038 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 48 E 0.414 0.230 0.125 0.093 0.069 0.031 0.021 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 V 0.111 0.085 0.136 0.168 0.168 0.143 0.093 0.053 0.025 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 50 A 0.348 0.175 0.144 0.128 0.094 0.054 0.033 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.568 0.236 0.087 0.047 0.031 0.013 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 W 0.169 0.137 0.167 0.176 0.148 0.103 0.054 0.025 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 53 T 0.289 0.179 0.156 0.133 0.114 0.061 0.041 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.566 0.212 0.091 0.054 0.036 0.018 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.346 0.197 0.141 0.126 0.089 0.048 0.028 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 A 0.188 0.169 0.162 0.160 0.133 0.081 0.060 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 57 V 0.096 0.080 0.113 0.143 0.180 0.157 0.102 0.066 0.035 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 58 N 0.176 0.129 0.107 0.133 0.136 0.105 0.083 0.058 0.040 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 59 H 0.062 0.045 0.063 0.102 0.133 0.131 0.113 0.116 0.095 0.061 0.040 0.024 0.011 0.004 60 I 0.041 0.036 0.051 0.089 0.128 0.132 0.130 0.126 0.096 0.071 0.052 0.030 0.013 0.006 61 W 0.037 0.032 0.040 0.043 0.068 0.090 0.113 0.130 0.124 0.131 0.095 0.057 0.032 0.010 62 K 0.105 0.090 0.096 0.136 0.147 0.108 0.090 0.089 0.068 0.035 0.021 0.008 0.005 0.002 63 I 0.049 0.032 0.047 0.082 0.121 0.129 0.118 0.126 0.109 0.084 0.056 0.029 0.012 0.006 64 Y 0.064 0.074 0.110 0.163 0.170 0.154 0.116 0.073 0.038 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 65 H 0.163 0.143 0.144 0.154 0.134 0.099 0.068 0.039 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 66 N 0.319 0.226 0.143 0.114 0.073 0.050 0.039 0.016 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 67 G 0.272 0.205 0.167 0.128 0.088 0.057 0.042 0.018 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 68 V 0.107 0.112 0.130 0.173 0.160 0.119 0.088 0.052 0.034 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 69 L 0.027 0.026 0.051 0.090 0.143 0.171 0.172 0.137 0.086 0.047 0.026 0.014 0.007 0.003 70 E 0.025 0.029 0.043 0.085 0.133 0.138 0.136 0.142 0.118 0.067 0.045 0.021 0.011 0.007 71 F 0.005 0.004 0.006 0.010 0.019 0.035 0.068 0.105 0.149 0.192 0.188 0.139 0.055 0.025 72 C 0.006 0.006 0.008 0.013 0.022 0.036 0.059 0.096 0.131 0.187 0.190 0.142 0.068 0.035 73 I 0.004 0.004 0.006 0.008 0.015 0.023 0.038 0.073 0.132 0.206 0.204 0.158 0.088 0.038 74 I 0.011 0.017 0.026 0.050 0.081 0.096 0.111 0.141 0.142 0.133 0.095 0.053 0.027 0.017 75 T 0.017 0.029 0.044 0.066 0.099 0.117 0.141 0.128 0.124 0.107 0.066 0.032 0.018 0.012 76 T 0.130 0.145 0.135 0.148 0.133 0.098 0.081 0.048 0.043 0.019 0.011 0.005 0.002 0.002 77 D 0.251 0.224 0.171 0.123 0.090 0.054 0.039 0.018 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 78 E 0.255 0.207 0.159 0.132 0.102 0.061 0.040 0.019 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 79 N 0.384 0.245 0.143 0.092 0.058 0.034 0.024 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.222 0.190 0.180 0.131 0.109 0.072 0.049 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 81 C 0.117 0.067 0.094 0.124 0.182 0.151 0.105 0.082 0.041 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 82 N 0.128 0.120 0.125 0.141 0.153 0.118 0.086 0.062 0.032 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 83 W 0.083 0.044 0.053 0.095 0.138 0.148 0.120 0.128 0.091 0.054 0.027 0.011 0.005 0.002 84 M 0.076 0.053 0.067 0.101 0.145 0.148 0.126 0.103 0.074 0.049 0.032 0.016 0.006 0.003 85 M 0.179 0.104 0.109 0.119 0.110 0.111 0.092 0.071 0.044 0.029 0.017 0.008 0.005 0.002 86 F 0.054 0.031 0.041 0.075 0.119 0.158 0.158 0.142 0.094 0.056 0.038 0.022 0.007 0.004 87 V 0.049 0.033 0.040 0.065 0.109 0.150 0.161 0.171 0.107 0.060 0.033 0.014 0.005 0.003 88 R 0.176 0.138 0.143 0.151 0.129 0.095 0.067 0.044 0.026 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 89 K 0.114 0.096 0.133 0.176 0.175 0.127 0.067 0.053 0.029 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 90 A 0.098 0.058 0.078 0.105 0.147 0.167 0.141 0.097 0.057 0.030 0.012 0.005 0.002 0.001 91 R 0.191 0.166 0.183 0.193 0.119 0.076 0.041 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.546 0.159 0.098 0.077 0.052 0.029 0.023 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 93 R 0.228 0.143 0.161 0.234 0.119 0.064 0.030 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.445 0.143 0.134 0.105 0.069 0.045 0.034 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 95 E 0.101 0.064 0.105 0.149 0.169 0.173 0.106 0.066 0.036 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 96 Q 0.060 0.040 0.051 0.085 0.125 0.137 0.131 0.115 0.104 0.075 0.045 0.019 0.008 0.005 97 N 0.037 0.025 0.032 0.053 0.087 0.108 0.127 0.127 0.112 0.112 0.083 0.057 0.025 0.016 98 L 0.019 0.011 0.013 0.012 0.021 0.034 0.049 0.068 0.134 0.186 0.189 0.146 0.084 0.035 99 V 0.032 0.021 0.029 0.050 0.078 0.088 0.115 0.143 0.134 0.117 0.089 0.061 0.030 0.014 100 A 0.023 0.016 0.019 0.026 0.042 0.061 0.077 0.112 0.148 0.173 0.150 0.084 0.041 0.027 101 Y 0.045 0.046 0.055 0.097 0.145 0.144 0.140 0.125 0.081 0.051 0.038 0.019 0.009 0.006 102 P 0.118 0.120 0.128 0.143 0.128 0.114 0.102 0.057 0.043 0.024 0.012 0.007 0.002 0.002 103 H 0.087 0.097 0.142 0.171 0.165 0.129 0.094 0.055 0.033 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 104 D 0.265 0.210 0.154 0.160 0.089 0.051 0.035 0.014 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 105 G 0.178 0.140 0.185 0.190 0.130 0.090 0.047 0.019 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 106 K 0.147 0.163 0.184 0.155 0.124 0.098 0.073 0.030 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 107 I 0.019 0.016 0.032 0.060 0.105 0.161 0.193 0.178 0.114 0.061 0.034 0.017 0.007 0.002 108 F 0.015 0.013 0.019 0.045 0.088 0.140 0.174 0.177 0.135 0.096 0.058 0.023 0.010 0.008 109 F 0.009 0.008 0.010 0.014 0.029 0.043 0.072 0.093 0.140 0.190 0.172 0.129 0.057 0.034 110 C 0.026 0.020 0.025 0.033 0.046 0.058 0.071 0.104 0.154 0.152 0.130 0.101 0.057 0.024 111 T 0.006 0.006 0.009 0.016 0.027 0.050 0.088 0.110 0.146 0.160 0.149 0.140 0.061 0.033 112 S 0.007 0.009 0.014 0.022 0.046 0.080 0.116 0.179 0.191 0.159 0.092 0.044 0.024 0.016 113 Q 0.057 0.098 0.112 0.143 0.153 0.126 0.104 0.079 0.055 0.035 0.021 0.011 0.005 0.003 114 D 0.087 0.170 0.178 0.165 0.139 0.091 0.069 0.042 0.033 0.015 0.007 0.002 0.002 0.001 115 I 0.024 0.031 0.071 0.144 0.225 0.192 0.157 0.088 0.041 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 116 P 0.220 0.201 0.199 0.169 0.094 0.056 0.041 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 117 P 0.452 0.169 0.125 0.095 0.070 0.040 0.028 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 E 0.351 0.201 0.129 0.144 0.076 0.045 0.028 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 119 N 0.082 0.061 0.113 0.154 0.159 0.155 0.111 0.067 0.048 0.025 0.012 0.007 0.003 0.002 120 E 0.039 0.032 0.054 0.083 0.127 0.162 0.165 0.128 0.087 0.058 0.035 0.016 0.009 0.005 121 L 0.016 0.013 0.015 0.020 0.039 0.061 0.095 0.125 0.163 0.178 0.135 0.076 0.046 0.019 122 L 0.022 0.017 0.023 0.044 0.071 0.092 0.114 0.141 0.151 0.125 0.096 0.063 0.026 0.017 123 F 0.014 0.009 0.011 0.013 0.023 0.035 0.061 0.081 0.124 0.187 0.190 0.151 0.065 0.037 124 Y 0.037 0.028 0.038 0.055 0.085 0.106 0.119 0.150 0.136 0.100 0.075 0.040 0.022 0.011 125 Y 0.018 0.028 0.044 0.096 0.146 0.153 0.134 0.133 0.110 0.069 0.037 0.019 0.008 0.005 126 S 0.031 0.051 0.076 0.116 0.159 0.175 0.166 0.106 0.062 0.037 0.013 0.005 0.002 0.002 127 R 0.197 0.263 0.218 0.137 0.082 0.048 0.027 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 128 D 0.399 0.332 0.137 0.064 0.036 0.015 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 Y 0.057 0.056 0.118 0.185 0.214 0.185 0.103 0.050 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 130 A 0.121 0.093 0.139 0.189 0.186 0.133 0.074 0.038 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 131 Q 0.636 0.220 0.075 0.038 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 Q 0.243 0.180 0.171 0.151 0.104 0.072 0.044 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 133 I 0.072 0.046 0.085 0.126 0.197 0.173 0.153 0.083 0.038 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 134 G 0.415 0.220 0.147 0.093 0.063 0.028 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 135 V 0.234 0.104 0.128 0.163 0.147 0.106 0.058 0.032 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 136 P 0.299 0.146 0.136 0.128 0.116 0.077 0.057 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 137 E 0.552 0.228 0.098 0.053 0.034 0.016 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001