# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 852 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.008 0.015 0.406 0.009 0.023 0.275 0.001 0.001 0.009 0.105 0.054 0.055 0.039 2 R 0.012 0.015 0.250 0.009 0.053 0.443 0.002 0.001 0.009 0.040 0.055 0.029 0.084 3 A 0.013 0.014 0.189 0.009 0.108 0.449 0.002 0.001 0.009 0.030 0.085 0.034 0.058 4 R 0.016 0.008 0.155 0.012 0.195 0.375 0.002 0.001 0.007 0.038 0.100 0.033 0.058 5 L 0.010 0.009 0.214 0.006 0.107 0.214 0.001 0.001 0.007 0.082 0.244 0.047 0.058 6 S 0.005 0.020 0.251 0.008 0.071 0.076 0.001 0.001 0.005 0.129 0.353 0.022 0.058 7 L 0.002 0.016 0.656 0.002 0.009 0.013 0.001 0.001 0.006 0.193 0.035 0.043 0.024 8 P 0.001 0.007 0.811 0.007 0.018 0.007 0.001 0.001 0.007 0.062 0.039 0.007 0.034 9 K 0.002 0.011 0.268 0.046 0.119 0.031 0.001 0.001 0.014 0.144 0.323 0.027 0.013 10 Q 0.011 0.015 0.350 0.038 0.076 0.022 0.006 0.004 0.086 0.124 0.157 0.026 0.084 11 L 0.057 0.016 0.246 0.028 0.016 0.007 0.023 0.022 0.238 0.036 0.006 0.115 0.190 12 V 0.056 0.009 0.052 0.013 0.002 0.003 0.040 0.041 0.445 0.007 0.002 0.221 0.110 13 L 0.102 0.013 0.047 0.019 0.005 0.004 0.060 0.067 0.279 0.006 0.004 0.030 0.364 14 R 0.045 0.005 0.091 0.087 0.005 0.005 0.017 0.019 0.245 0.018 0.006 0.426 0.031 15 Q 0.028 0.011 0.161 0.007 0.009 0.009 0.013 0.011 0.150 0.037 0.023 0.033 0.510 16 S 0.017 0.020 0.365 0.018 0.012 0.010 0.007 0.009 0.079 0.104 0.035 0.246 0.077 17 I 0.014 0.022 0.393 0.009 0.016 0.014 0.005 0.005 0.042 0.127 0.058 0.089 0.208 18 V 0.005 0.028 0.264 0.010 0.034 0.019 0.002 0.002 0.007 0.174 0.356 0.032 0.068 19 G 0.004 0.017 0.251 0.017 0.033 0.014 0.001 0.001 0.003 0.208 0.388 0.031 0.031 20 A 0.009 0.014 0.217 0.018 0.051 0.023 0.001 0.001 0.002 0.300 0.277 0.021 0.068 21 E 0.025 0.018 0.187 0.020 0.037 0.042 0.003 0.001 0.004 0.230 0.312 0.052 0.069 22 V 0.094 0.020 0.251 0.022 0.029 0.044 0.012 0.004 0.010 0.113 0.110 0.082 0.209 23 G 0.185 0.014 0.181 0.023 0.014 0.038 0.017 0.005 0.014 0.048 0.026 0.258 0.177 24 V 0.386 0.012 0.069 0.021 0.015 0.034 0.039 0.008 0.019 0.015 0.012 0.154 0.217 25 W 0.441 0.011 0.046 0.055 0.021 0.028 0.034 0.006 0.015 0.012 0.015 0.151 0.165 26 T 0.235 0.010 0.125 0.039 0.031 0.038 0.019 0.003 0.017 0.032 0.054 0.124 0.275 27 G 0.115 0.008 0.240 0.037 0.050 0.026 0.008 0.001 0.008 0.077 0.124 0.097 0.210 28 E 0.057 0.008 0.223 0.009 0.026 0.017 0.003 0.001 0.009 0.095 0.080 0.394 0.077 29 T 0.023 0.043 0.280 0.004 0.039 0.017 0.003 0.001 0.008 0.091 0.102 0.023 0.365 30 I 0.005 0.031 0.481 0.005 0.008 0.006 0.001 0.001 0.007 0.220 0.040 0.177 0.019 31 P 0.002 0.017 0.652 0.008 0.015 0.006 0.001 0.001 0.008 0.106 0.060 0.011 0.115 32 V 0.001 0.007 0.098 0.021 0.051 0.009 0.001 0.001 0.002 0.107 0.686 0.008 0.007 33 R 0.004 0.007 0.192 0.031 0.046 0.006 0.001 0.001 0.006 0.285 0.368 0.033 0.019 34 T 0.047 0.019 0.385 0.016 0.024 0.006 0.007 0.005 0.025 0.153 0.024 0.069 0.220 35 C 0.156 0.022 0.097 0.007 0.005 0.005 0.071 0.034 0.156 0.026 0.008 0.225 0.190 36 F 0.215 0.031 0.091 0.023 0.004 0.006 0.141 0.067 0.092 0.018 0.010 0.053 0.250 37 G 0.062 0.013 0.264 0.034 0.003 0.004 0.017 0.017 0.070 0.037 0.007 0.389 0.082 38 P 0.071 0.015 0.238 0.030 0.017 0.015 0.024 0.014 0.072 0.065 0.051 0.057 0.329 39 L 0.051 0.017 0.254 0.062 0.050 0.023 0.013 0.007 0.060 0.109 0.085 0.173 0.095 40 I 0.029 0.010 0.211 0.037 0.054 0.030 0.011 0.003 0.030 0.142 0.248 0.032 0.163 41 G 0.029 0.009 0.317 0.028 0.038 0.015 0.005 0.003 0.011 0.179 0.209 0.102 0.054 42 Q 0.076 0.024 0.262 0.010 0.044 0.041 0.010 0.003 0.023 0.115 0.064 0.172 0.157 43 Q 0.081 0.054 0.217 0.005 0.025 0.021 0.010 0.003 0.029 0.044 0.044 0.068 0.399 44 S 0.037 0.044 0.438 0.028 0.011 0.021 0.007 0.001 0.024 0.086 0.022 0.203 0.078 45 H 0.005 0.014 0.628 0.009 0.005 0.024 0.001 0.001 0.009 0.113 0.032 0.030 0.129 46 S 0.004 0.006 0.164 0.010 0.043 0.565 0.001 0.001 0.002 0.068 0.099 0.011 0.027 47 M 0.004 0.003 0.045 0.005 0.096 0.733 0.001 0.001 0.002 0.017 0.059 0.024 0.012 48 E 0.009 0.004 0.051 0.002 0.110 0.714 0.001 0.001 0.003 0.010 0.025 0.011 0.059 49 V 0.013 0.006 0.053 0.007 0.087 0.759 0.001 0.001 0.003 0.009 0.025 0.016 0.022 50 A 0.014 0.004 0.047 0.007 0.083 0.692 0.001 0.001 0.002 0.013 0.104 0.013 0.020 51 E 0.009 0.005 0.052 0.003 0.075 0.660 0.001 0.001 0.001 0.019 0.138 0.009 0.028 52 W 0.008 0.007 0.142 0.003 0.041 0.571 0.001 0.001 0.003 0.054 0.108 0.023 0.039 53 T 0.004 0.010 0.339 0.003 0.028 0.381 0.001 0.001 0.003 0.075 0.097 0.024 0.035 54 D 0.002 0.008 0.331 0.003 0.027 0.373 0.001 0.001 0.003 0.096 0.122 0.018 0.017 55 K 0.001 0.004 0.094 0.002 0.040 0.420 0.001 0.001 0.001 0.065 0.362 0.003 0.007 56 A 0.001 0.007 0.127 0.003 0.065 0.291 0.001 0.001 0.002 0.075 0.414 0.006 0.009 57 V 0.006 0.011 0.228 0.007 0.094 0.230 0.001 0.001 0.005 0.154 0.176 0.026 0.062 58 N 0.020 0.015 0.251 0.031 0.058 0.113 0.002 0.001 0.007 0.156 0.199 0.054 0.092 59 H 0.068 0.014 0.190 0.044 0.040 0.092 0.005 0.002 0.013 0.115 0.156 0.095 0.167 60 I 0.154 0.008 0.170 0.034 0.017 0.066 0.012 0.003 0.026 0.051 0.054 0.119 0.286 61 W 0.372 0.004 0.075 0.032 0.010 0.040 0.021 0.004 0.016 0.015 0.011 0.209 0.195 62 K 0.494 0.002 0.017 0.015 0.003 0.018 0.020 0.003 0.010 0.003 0.003 0.281 0.130 63 I 0.533 0.003 0.016 0.010 0.004 0.020 0.027 0.004 0.009 0.003 0.004 0.071 0.295 64 Y 0.421 0.008 0.064 0.024 0.007 0.027 0.025 0.004 0.014 0.011 0.015 0.254 0.126 65 H 0.134 0.005 0.118 0.012 0.012 0.016 0.006 0.002 0.009 0.031 0.045 0.163 0.449 66 N 0.020 0.003 0.089 0.025 0.020 0.010 0.002 0.001 0.002 0.125 0.513 0.072 0.118 67 G 0.004 0.002 0.072 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.299 0.536 0.049 0.015 68 V 0.020 0.014 0.395 0.019 0.012 0.003 0.002 0.001 0.005 0.225 0.124 0.033 0.145 69 L 0.064 0.021 0.291 0.040 0.009 0.006 0.011 0.004 0.026 0.140 0.077 0.193 0.118 70 E 0.247 0.011 0.110 0.045 0.004 0.004 0.048 0.020 0.037 0.029 0.011 0.132 0.302 71 F 0.386 0.002 0.014 0.034 0.001 0.002 0.117 0.040 0.056 0.004 0.001 0.223 0.120 72 C 0.458 0.002 0.007 0.018 0.001 0.001 0.217 0.075 0.049 0.002 0.001 0.053 0.117 73 I 0.416 0.004 0.027 0.010 0.001 0.001 0.126 0.072 0.094 0.004 0.002 0.147 0.096 74 I 0.162 0.007 0.172 0.014 0.002 0.002 0.045 0.020 0.136 0.028 0.007 0.126 0.280 75 T 0.030 0.018 0.442 0.008 0.008 0.005 0.010 0.009 0.056 0.148 0.077 0.077 0.113 76 T 0.005 0.025 0.444 0.008 0.014 0.007 0.002 0.002 0.020 0.293 0.130 0.023 0.028 77 D 0.001 0.014 0.509 0.002 0.035 0.021 0.001 0.001 0.006 0.271 0.116 0.007 0.017 78 E 0.001 0.008 0.125 0.002 0.125 0.070 0.001 0.001 0.001 0.140 0.519 0.002 0.006 79 N 0.001 0.015 0.138 0.002 0.098 0.082 0.001 0.001 0.001 0.220 0.432 0.006 0.004 80 E 0.002 0.023 0.291 0.002 0.077 0.195 0.001 0.001 0.002 0.220 0.165 0.005 0.018 81 C 0.003 0.022 0.264 0.004 0.029 0.359 0.001 0.001 0.003 0.172 0.121 0.012 0.011 82 N 0.003 0.014 0.197 0.005 0.020 0.590 0.001 0.001 0.002 0.095 0.048 0.009 0.016 83 W 0.003 0.002 0.019 0.002 0.022 0.919 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.002 0.007 84 M 0.007 0.001 0.009 0.006 0.053 0.890 0.002 0.001 0.001 0.004 0.018 0.004 0.005 85 M 0.014 0.001 0.006 0.004 0.068 0.861 0.002 0.002 0.001 0.003 0.026 0.004 0.007 86 F 0.028 0.002 0.008 0.004 0.066 0.821 0.004 0.002 0.003 0.005 0.042 0.005 0.010 87 V 0.029 0.003 0.028 0.010 0.077 0.726 0.003 0.002 0.004 0.019 0.075 0.007 0.016 88 R 0.013 0.007 0.111 0.006 0.064 0.446 0.002 0.001 0.012 0.077 0.221 0.019 0.019 89 K 0.004 0.008 0.295 0.002 0.035 0.190 0.001 0.001 0.012 0.175 0.244 0.008 0.024 90 A 0.001 0.014 0.471 0.001 0.024 0.100 0.001 0.001 0.011 0.211 0.143 0.015 0.008 91 R 0.001 0.021 0.343 0.001 0.018 0.069 0.001 0.001 0.007 0.359 0.168 0.005 0.008 92 N 0.001 0.010 0.613 0.001 0.024 0.059 0.001 0.001 0.002 0.217 0.066 0.003 0.005 93 R 0.001 0.004 0.068 0.003 0.175 0.176 0.001 0.001 0.001 0.085 0.483 0.001 0.003 94 E 0.001 0.010 0.155 0.004 0.133 0.077 0.001 0.001 0.001 0.143 0.458 0.009 0.007 95 E 0.011 0.013 0.287 0.009 0.228 0.159 0.001 0.001 0.005 0.093 0.090 0.014 0.090 96 Q 0.065 0.025 0.230 0.029 0.059 0.083 0.004 0.001 0.011 0.098 0.118 0.173 0.106 97 N 0.174 0.014 0.158 0.020 0.034 0.036 0.007 0.001 0.009 0.029 0.052 0.077 0.388 98 L 0.312 0.004 0.086 0.027 0.008 0.014 0.006 0.001 0.011 0.015 0.007 0.339 0.169 99 V 0.472 0.003 0.037 0.008 0.003 0.005 0.011 0.001 0.006 0.004 0.003 0.196 0.251 100 A 0.492 0.006 0.033 0.004 0.003 0.004 0.010 0.001 0.004 0.003 0.002 0.147 0.292 101 Y 0.266 0.006 0.090 0.007 0.002 0.003 0.008 0.001 0.006 0.010 0.003 0.357 0.240 102 P 0.073 0.004 0.207 0.007 0.011 0.004 0.002 0.001 0.004 0.023 0.063 0.118 0.482 103 H 0.004 0.001 0.032 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.782 0.050 0.020 104 D 0.002 0.001 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.234 0.707 0.012 0.013 105 G 0.017 0.005 0.164 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.520 0.165 0.072 0.040 106 K 0.215 0.017 0.184 0.010 0.001 0.001 0.021 0.003 0.013 0.040 0.010 0.159 0.326 107 I 0.428 0.003 0.018 0.010 0.001 0.001 0.128 0.024 0.022 0.003 0.001 0.104 0.259 108 F 0.646 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 0.130 0.019 0.008 0.001 0.001 0.114 0.035 109 F 0.722 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.148 0.019 0.012 0.001 0.001 0.035 0.054 110 C 0.765 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.099 0.012 0.010 0.001 0.001 0.040 0.048 111 T 0.584 0.001 0.014 0.014 0.002 0.001 0.069 0.012 0.038 0.003 0.002 0.079 0.181 112 S 0.316 0.007 0.125 0.024 0.029 0.005 0.028 0.005 0.045 0.021 0.039 0.105 0.250 113 Q 0.070 0.008 0.288 0.009 0.038 0.003 0.005 0.002 0.041 0.083 0.067 0.311 0.075 114 D 0.006 0.029 0.371 0.004 0.041 0.003 0.002 0.001 0.012 0.189 0.156 0.019 0.166 115 I 0.001 0.042 0.286 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.543 0.077 0.037 0.009 116 P 0.001 0.006 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.003 0.002 0.008 117 P 0.001 0.003 0.055 0.010 0.171 0.003 0.001 0.001 0.001 0.054 0.694 0.002 0.006 118 E 0.001 0.001 0.034 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.832 0.003 0.002 119 N 0.025 0.020 0.482 0.026 0.017 0.001 0.003 0.001 0.013 0.186 0.010 0.139 0.076 120 E 0.166 0.014 0.068 0.007 0.001 0.001 0.043 0.013 0.082 0.012 0.003 0.065 0.524 121 L 0.446 0.004 0.013 0.032 0.001 0.002 0.126 0.038 0.043 0.003 0.001 0.203 0.088 122 L 0.510 0.002 0.008 0.020 0.001 0.001 0.128 0.033 0.039 0.001 0.001 0.083 0.172 123 F 0.470 0.002 0.018 0.008 0.001 0.002 0.072 0.017 0.032 0.002 0.001 0.235 0.139 124 Y 0.241 0.006 0.128 0.030 0.003 0.007 0.044 0.012 0.077 0.017 0.009 0.182 0.244 125 Y 0.098 0.010 0.270 0.017 0.016 0.023 0.012 0.003 0.028 0.098 0.100 0.097 0.230 126 S 0.018 0.010 0.311 0.014 0.025 0.057 0.002 0.001 0.009 0.192 0.243 0.055 0.063 127 R 0.010 0.011 0.254 0.004 0.080 0.188 0.001 0.001 0.002 0.194 0.179 0.026 0.051 128 D 0.006 0.012 0.240 0.003 0.108 0.405 0.001 0.001 0.002 0.088 0.092 0.021 0.022 129 Y 0.003 0.005 0.051 0.001 0.110 0.740 0.001 0.001 0.001 0.020 0.053 0.003 0.011 130 A 0.001 0.004 0.027 0.002 0.122 0.737 0.001 0.001 0.001 0.010 0.090 0.002 0.003 131 Q 0.001 0.004 0.034 0.001 0.128 0.684 0.001 0.001 0.001 0.010 0.130 0.002 0.004 132 Q 0.002 0.004 0.069 0.002 0.113 0.636 0.001 0.001 0.001 0.021 0.142 0.003 0.008 133 I 0.001 0.003 0.091 0.001 0.050 0.272 0.001 0.001 0.001 0.050 0.523 0.005 0.004 134 G 0.001 0.008 0.228 0.001 0.020 0.033 0.001 0.001 0.002 0.094 0.604 0.003 0.007 135 V 0.001 0.009 0.866 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 0.090 0.009 0.010 0.004 136 P 0.001 0.007 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.034 0.006 0.001 0.009 137 E 0.001 0.013 0.836 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.019 0.094 0.020 0.005 0.003