# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 852 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.055 0.051 0.094 0.153 0.004 0.213 0.009 0.012 0.011 0.011 0.067 0.085 0.209 0.002 0.007 0.017 2 R 0.030 0.122 0.115 0.263 0.004 0.056 0.005 0.006 0.007 0.002 0.127 0.076 0.158 0.004 0.004 0.021 3 A 0.019 0.034 0.124 0.306 0.005 0.082 0.006 0.005 0.003 0.001 0.030 0.124 0.243 0.003 0.006 0.008 4 R 0.012 0.052 0.162 0.229 0.017 0.072 0.032 0.006 0.003 0.002 0.039 0.025 0.294 0.028 0.007 0.023 5 L 0.012 0.047 0.080 0.454 0.006 0.035 0.011 0.029 0.004 0.001 0.052 0.025 0.198 0.005 0.027 0.016 6 S 0.018 0.096 0.197 0.308 0.009 0.044 0.018 0.004 0.021 0.006 0.008 0.017 0.095 0.006 0.006 0.148 7 L 0.084 0.047 0.260 0.404 0.016 0.051 0.020 0.006 0.002 0.003 0.015 0.009 0.061 0.002 0.005 0.015 8 P 0.008 0.044 0.091 0.072 0.050 0.610 0.024 0.010 0.002 0.006 0.022 0.014 0.034 0.007 0.002 0.005 9 K 0.008 0.193 0.014 0.144 0.002 0.067 0.002 0.082 0.007 0.002 0.420 0.016 0.024 0.002 0.012 0.004 10 Q 0.022 0.261 0.067 0.225 0.001 0.013 0.003 0.002 0.136 0.004 0.007 0.193 0.026 0.001 0.004 0.037 11 L 0.103 0.012 0.524 0.278 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.039 0.001 0.001 0.012 12 V 0.005 0.009 0.514 0.423 0.005 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 13 L 0.002 0.024 0.036 0.861 0.014 0.043 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 14 R 0.001 0.046 0.022 0.762 0.037 0.086 0.004 0.008 0.003 0.002 0.011 0.003 0.009 0.001 0.001 0.002 15 Q 0.009 0.077 0.038 0.669 0.020 0.060 0.003 0.040 0.009 0.004 0.038 0.007 0.015 0.001 0.003 0.006 16 S 0.021 0.089 0.086 0.406 0.026 0.185 0.005 0.013 0.025 0.025 0.031 0.052 0.025 0.001 0.002 0.009 17 I 0.013 0.023 0.023 0.064 0.585 0.058 0.088 0.004 0.002 0.002 0.059 0.013 0.014 0.046 0.001 0.003 18 V 0.003 0.045 0.019 0.053 0.010 0.025 0.002 0.676 0.002 0.001 0.023 0.022 0.011 0.002 0.104 0.001 19 G 0.003 0.031 0.016 0.040 0.024 0.037 0.022 0.008 0.354 0.244 0.025 0.019 0.024 0.012 0.004 0.137 20 A 0.591 0.046 0.040 0.077 0.002 0.021 0.005 0.037 0.009 0.003 0.052 0.034 0.037 0.001 0.036 0.009 21 E 0.036 0.121 0.495 0.088 0.003 0.025 0.014 0.003 0.050 0.014 0.006 0.037 0.018 0.005 0.002 0.084 22 V 0.146 0.033 0.234 0.530 0.001 0.010 0.001 0.007 0.002 0.001 0.007 0.004 0.012 0.001 0.006 0.005 23 G 0.009 0.008 0.442 0.470 0.005 0.033 0.002 0.001 0.004 0.003 0.004 0.002 0.010 0.001 0.001 0.007 24 V 0.016 0.021 0.039 0.880 0.007 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 25 W 0.001 0.021 0.022 0.794 0.087 0.054 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 26 T 0.003 0.037 0.029 0.521 0.020 0.229 0.002 0.112 0.002 0.003 0.019 0.003 0.011 0.001 0.008 0.001 27 G 0.004 0.262 0.038 0.509 0.006 0.030 0.002 0.009 0.040 0.023 0.046 0.010 0.008 0.001 0.001 0.012 28 E 0.165 0.028 0.056 0.565 0.018 0.046 0.009 0.012 0.009 0.005 0.027 0.036 0.014 0.002 0.004 0.004 29 T 0.012 0.097 0.431 0.339 0.010 0.038 0.005 0.007 0.007 0.002 0.009 0.007 0.012 0.001 0.003 0.021 30 I 0.025 0.038 0.099 0.658 0.071 0.047 0.009 0.004 0.004 0.007 0.008 0.011 0.010 0.001 0.001 0.007 31 P 0.002 0.006 0.007 0.018 0.713 0.134 0.070 0.004 0.001 0.002 0.007 0.002 0.003 0.029 0.001 0.001 32 V 0.001 0.015 0.001 0.009 0.001 0.020 0.001 0.808 0.003 0.001 0.071 0.003 0.002 0.001 0.064 0.001 33 R 0.002 0.056 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.805 0.025 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.074 34 T 0.893 0.004 0.068 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 35 C 0.003 0.001 0.885 0.016 0.006 0.079 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 36 F 0.002 0.409 0.037 0.492 0.002 0.010 0.001 0.025 0.001 0.001 0.014 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 37 G 0.002 0.008 0.010 0.805 0.017 0.078 0.002 0.001 0.030 0.014 0.007 0.015 0.006 0.001 0.001 0.004 38 P 0.045 0.053 0.242 0.469 0.024 0.044 0.003 0.023 0.001 0.001 0.039 0.008 0.043 0.001 0.002 0.002 39 L 0.003 0.028 0.024 0.291 0.243 0.230 0.031 0.009 0.008 0.013 0.035 0.031 0.014 0.034 0.001 0.005 40 I 0.011 0.184 0.046 0.338 0.005 0.035 0.004 0.218 0.005 0.001 0.024 0.024 0.026 0.001 0.078 0.002 41 G 0.007 0.050 0.061 0.340 0.003 0.065 0.005 0.005 0.166 0.082 0.029 0.026 0.048 0.002 0.002 0.111 42 Q 0.411 0.031 0.111 0.324 0.004 0.014 0.005 0.004 0.002 0.001 0.033 0.021 0.027 0.002 0.002 0.007 43 Q 0.016 0.048 0.302 0.357 0.026 0.127 0.015 0.004 0.003 0.003 0.013 0.021 0.041 0.007 0.003 0.013 44 S 0.008 0.154 0.118 0.571 0.014 0.047 0.008 0.013 0.002 0.002 0.015 0.009 0.027 0.001 0.005 0.007 45 H 0.005 0.038 0.015 0.107 0.004 0.726 0.002 0.011 0.004 0.010 0.015 0.023 0.036 0.001 0.001 0.003 46 S 0.005 0.016 0.012 0.021 0.002 0.115 0.001 0.006 0.002 0.002 0.738 0.021 0.054 0.001 0.001 0.002 47 M 0.005 0.069 0.014 0.037 0.001 0.009 0.001 0.004 0.002 0.001 0.094 0.680 0.078 0.001 0.003 0.002 48 E 0.008 0.013 0.048 0.067 0.002 0.045 0.007 0.002 0.004 0.001 0.013 0.126 0.624 0.010 0.005 0.023 49 V 0.003 0.007 0.090 0.034 0.002 0.038 0.013 0.002 0.001 0.001 0.035 0.015 0.744 0.003 0.008 0.006 50 A 0.002 0.022 0.032 0.044 0.003 0.030 0.015 0.005 0.001 0.001 0.048 0.048 0.718 0.009 0.005 0.017 51 E 0.017 0.020 0.032 0.094 0.003 0.022 0.014 0.011 0.006 0.002 0.033 0.043 0.607 0.032 0.021 0.043 52 W 0.012 0.037 0.149 0.060 0.006 0.027 0.040 0.005 0.005 0.002 0.018 0.020 0.445 0.037 0.032 0.104 53 T 0.019 0.037 0.178 0.056 0.004 0.074 0.034 0.012 0.001 0.002 0.030 0.028 0.437 0.010 0.038 0.039 54 D 0.014 0.019 0.035 0.021 0.007 0.247 0.017 0.010 0.004 0.006 0.147 0.047 0.382 0.012 0.009 0.023 55 K 0.016 0.103 0.022 0.022 0.002 0.017 0.006 0.012 0.004 0.001 0.332 0.134 0.291 0.008 0.014 0.016 56 A 0.015 0.031 0.050 0.021 0.007 0.042 0.036 0.005 0.009 0.003 0.026 0.271 0.393 0.033 0.021 0.037 57 V 0.015 0.023 0.180 0.020 0.004 0.027 0.046 0.012 0.002 0.001 0.061 0.022 0.484 0.012 0.057 0.033 58 N 0.018 0.071 0.159 0.073 0.002 0.039 0.014 0.014 0.012 0.005 0.038 0.084 0.364 0.003 0.025 0.078 59 H 0.086 0.055 0.141 0.137 0.002 0.058 0.008 0.004 0.013 0.005 0.038 0.047 0.333 0.004 0.005 0.065 60 I 0.037 0.068 0.258 0.234 0.002 0.062 0.007 0.003 0.002 0.001 0.039 0.031 0.237 0.003 0.004 0.011 61 W 0.005 0.085 0.242 0.419 0.001 0.037 0.003 0.003 0.001 0.001 0.011 0.024 0.155 0.001 0.004 0.007 62 K 0.004 0.013 0.076 0.749 0.005 0.022 0.002 0.002 0.002 0.001 0.021 0.004 0.087 0.002 0.001 0.008 63 I 0.009 0.025 0.135 0.657 0.028 0.026 0.010 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 0.078 0.003 0.002 0.008 64 Y 0.005 0.025 0.067 0.469 0.186 0.124 0.018 0.010 0.002 0.004 0.007 0.006 0.058 0.008 0.003 0.008 65 H 0.002 0.009 0.005 0.025 0.734 0.035 0.068 0.017 0.001 0.002 0.014 0.001 0.006 0.079 0.001 0.002 66 N 0.002 0.035 0.004 0.017 0.003 0.009 0.001 0.768 0.007 0.003 0.014 0.005 0.004 0.001 0.124 0.002 67 G 0.011 0.019 0.011 0.016 0.003 0.010 0.006 0.005 0.453 0.264 0.021 0.014 0.008 0.003 0.003 0.151 68 V 0.783 0.049 0.053 0.036 0.001 0.012 0.004 0.005 0.004 0.001 0.010 0.020 0.009 0.001 0.008 0.005 69 L 0.027 0.096 0.637 0.116 0.001 0.041 0.003 0.002 0.013 0.003 0.006 0.016 0.009 0.001 0.002 0.026 70 E 0.046 0.077 0.261 0.593 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 71 F 0.005 0.005 0.253 0.724 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 C 0.002 0.005 0.093 0.886 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.005 0.011 0.974 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.016 0.010 0.758 0.014 0.194 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 T 0.003 0.095 0.011 0.523 0.034 0.251 0.001 0.009 0.002 0.003 0.064 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 76 T 0.004 0.304 0.023 0.342 0.014 0.138 0.002 0.025 0.007 0.005 0.056 0.074 0.003 0.001 0.001 0.001 77 D 0.004 0.038 0.022 0.065 0.043 0.539 0.011 0.014 0.008 0.011 0.123 0.082 0.030 0.004 0.003 0.003 78 E 0.005 0.098 0.027 0.037 0.014 0.029 0.012 0.037 0.005 0.003 0.562 0.087 0.056 0.008 0.013 0.006 79 N 0.011 0.054 0.031 0.033 0.011 0.044 0.021 0.026 0.026 0.011 0.048 0.453 0.123 0.016 0.057 0.034 80 E 0.057 0.033 0.145 0.029 0.010 0.014 0.033 0.017 0.021 0.010 0.069 0.028 0.247 0.028 0.056 0.202 81 C 0.081 0.020 0.145 0.031 0.004 0.113 0.018 0.020 0.012 0.021 0.043 0.107 0.314 0.004 0.027 0.040 82 N 0.031 0.041 0.037 0.015 0.003 0.154 0.008 0.006 0.005 0.009 0.196 0.085 0.384 0.002 0.003 0.021 83 W 0.016 0.022 0.017 0.033 0.001 0.030 0.001 0.006 0.003 0.001 0.255 0.255 0.351 0.001 0.003 0.005 84 M 0.003 0.016 0.045 0.028 0.001 0.019 0.003 0.001 0.002 0.001 0.025 0.265 0.585 0.001 0.002 0.004 85 M 0.001 0.007 0.016 0.072 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.859 0.001 0.001 0.003 86 F 0.001 0.013 0.027 0.100 0.001 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.805 0.001 0.001 0.006 87 V 0.004 0.011 0.049 0.263 0.013 0.022 0.031 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.556 0.025 0.002 0.009 88 R 0.003 0.027 0.049 0.233 0.022 0.075 0.022 0.011 0.001 0.001 0.009 0.007 0.468 0.026 0.034 0.012 89 K 0.006 0.053 0.034 0.177 0.029 0.034 0.044 0.019 0.017 0.013 0.043 0.011 0.245 0.103 0.026 0.145 90 A 0.054 0.080 0.064 0.085 0.033 0.116 0.077 0.021 0.012 0.006 0.030 0.047 0.222 0.020 0.071 0.063 91 R 0.037 0.141 0.267 0.080 0.016 0.013 0.032 0.039 0.010 0.013 0.076 0.023 0.106 0.021 0.026 0.101 92 N 0.055 0.027 0.051 0.038 0.045 0.394 0.048 0.022 0.011 0.023 0.024 0.112 0.088 0.024 0.023 0.014 93 R 0.012 0.037 0.029 0.015 0.002 0.042 0.004 0.056 0.006 0.005 0.658 0.016 0.080 0.003 0.024 0.012 94 E 0.015 0.140 0.018 0.040 0.001 0.017 0.004 0.003 0.039 0.005 0.021 0.627 0.040 0.001 0.008 0.021 95 E 0.163 0.030 0.267 0.092 0.004 0.041 0.024 0.003 0.009 0.002 0.026 0.044 0.214 0.006 0.009 0.063 96 Q 0.016 0.059 0.640 0.119 0.001 0.039 0.008 0.005 0.002 0.001 0.012 0.015 0.065 0.001 0.005 0.013 97 N 0.018 0.128 0.207 0.427 0.002 0.079 0.005 0.004 0.005 0.002 0.010 0.018 0.073 0.001 0.004 0.017 98 L 0.012 0.030 0.193 0.664 0.002 0.023 0.002 0.003 0.001 0.001 0.026 0.005 0.029 0.001 0.001 0.006 99 V 0.006 0.021 0.200 0.715 0.005 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.003 0.020 0.001 0.001 0.005 100 A 0.004 0.012 0.080 0.877 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 101 Y 0.007 0.009 0.049 0.629 0.119 0.164 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 102 P 0.002 0.016 0.005 0.046 0.662 0.198 0.006 0.025 0.001 0.002 0.031 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 103 H 0.001 0.051 0.002 0.020 0.251 0.037 0.017 0.329 0.011 0.012 0.203 0.020 0.002 0.038 0.005 0.001 104 D 0.005 0.065 0.006 0.022 0.001 0.007 0.002 0.344 0.148 0.026 0.019 0.033 0.004 0.001 0.309 0.010 105 G 0.112 0.022 0.043 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.416 0.026 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.342 106 K 0.728 0.005 0.211 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 107 I 0.005 0.004 0.705 0.272 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 F 0.001 0.009 0.020 0.965 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 F 0.001 0.002 0.004 0.987 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 C 0.001 0.008 0.014 0.954 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 T 0.001 0.007 0.005 0.719 0.036 0.215 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 112 S 0.002 0.340 0.013 0.435 0.066 0.085 0.005 0.010 0.002 0.001 0.026 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 113 Q 0.006 0.058 0.016 0.640 0.012 0.031 0.005 0.139 0.012 0.006 0.031 0.018 0.004 0.002 0.018 0.003 114 D 0.018 0.160 0.202 0.265 0.007 0.037 0.005 0.004 0.115 0.010 0.004 0.005 0.005 0.001 0.003 0.160 115 I 0.123 0.041 0.241 0.577 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 116 P 0.001 0.001 0.006 0.004 0.297 0.682 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 P 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.022 0.001 0.406 0.001 0.001 0.561 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 E 0.001 0.148 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.713 0.003 0.001 0.129 0.001 0.001 0.001 0.002 119 N 0.789 0.003 0.169 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 120 E 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 L 0.001 0.007 0.045 0.938 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.003 0.981 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 F 0.001 0.005 0.012 0.875 0.064 0.030 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 124 Y 0.001 0.047 0.006 0.365 0.186 0.333 0.004 0.018 0.005 0.015 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 125 Y 0.008 0.178 0.007 0.262 0.033 0.157 0.003 0.172 0.010 0.012 0.122 0.024 0.005 0.001 0.004 0.002 126 S 0.008 0.085 0.026 0.055 0.007 0.398 0.003 0.038 0.045 0.061 0.118 0.124 0.017 0.001 0.007 0.007 127 R 0.042 0.047 0.035 0.036 0.002 0.030 0.003 0.012 0.011 0.010 0.608 0.097 0.050 0.002 0.005 0.011 128 D 0.018 0.041 0.030 0.025 0.002 0.093 0.003 0.006 0.004 0.003 0.043 0.610 0.109 0.002 0.004 0.006 129 Y 0.005 0.018 0.036 0.018 0.002 0.114 0.009 0.004 0.002 0.001 0.107 0.078 0.585 0.006 0.006 0.010 130 A 0.002 0.026 0.024 0.027 0.001 0.017 0.011 0.002 0.001 0.001 0.048 0.136 0.685 0.002 0.008 0.008 131 Q 0.004 0.005 0.021 0.023 0.001 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.017 0.038 0.838 0.004 0.005 0.024 132 Q 0.003 0.001 0.010 0.004 0.013 0.003 0.070 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.062 0.810 0.002 0.012 133 I 0.002 0.014 0.070 0.013 0.001 0.002 0.015 0.032 0.001 0.001 0.002 0.004 0.071 0.002 0.767 0.006 134 G 0.004 0.009 0.053 0.027 0.001 0.004 0.009 0.001 0.045 0.024 0.002 0.002 0.053 0.003 0.002 0.761 135 V 0.812 0.010 0.048 0.061 0.003 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.027 0.002 0.001 0.005 136 P 0.009 0.058 0.207 0.078 0.130 0.284 0.049 0.010 0.002 0.005 0.060 0.020 0.051 0.026 0.004 0.007 137 E 0.007 0.201 0.038 0.223 0.070 0.061 0.022 0.118 0.008 0.004 0.113 0.048 0.032 0.017 0.032 0.006