# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 852 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.119 0.240 0.005 0.027 0.022 0.052 0.084 0.014 0.002 0.043 0.391 2 R 0.113 0.072 0.015 0.027 0.041 0.072 0.091 0.011 0.005 0.111 0.442 3 A 0.118 0.028 0.006 0.034 0.054 0.071 0.097 0.008 0.002 0.070 0.511 4 R 0.139 0.008 0.002 0.018 0.028 0.050 0.078 0.004 0.001 0.059 0.614 5 L 0.015 0.005 0.002 0.026 0.056 0.066 0.106 0.001 0.001 0.028 0.695 6 S 0.026 0.007 0.002 0.021 0.023 0.048 0.107 0.001 0.001 0.040 0.724 7 L 0.069 0.010 0.002 0.015 0.064 0.056 0.139 0.005 0.001 0.051 0.587 8 P 0.072 0.010 0.001 0.027 0.022 0.044 0.120 0.005 0.001 0.060 0.639 9 K 0.022 0.006 0.002 0.047 0.096 0.168 0.127 0.002 0.001 0.047 0.482 10 Q 0.004 0.003 0.001 0.106 0.062 0.244 0.071 0.001 0.001 0.052 0.456 11 L 0.002 0.002 0.001 0.130 0.262 0.373 0.027 0.001 0.001 0.040 0.163 12 V 0.003 0.002 0.001 0.195 0.284 0.305 0.020 0.001 0.001 0.061 0.129 13 L 0.004 0.003 0.001 0.130 0.306 0.267 0.025 0.001 0.001 0.053 0.210 14 R 0.011 0.006 0.001 0.202 0.206 0.227 0.039 0.002 0.001 0.058 0.249 15 Q 0.017 0.009 0.004 0.065 0.156 0.212 0.065 0.004 0.003 0.073 0.393 16 S 0.082 0.009 0.002 0.045 0.074 0.095 0.085 0.005 0.002 0.059 0.541 17 I 0.274 0.009 0.004 0.020 0.046 0.049 0.078 0.007 0.003 0.086 0.424 18 V 0.060 0.005 0.001 0.019 0.014 0.027 0.123 0.002 0.001 0.025 0.723 19 G 0.062 0.007 0.002 0.019 0.013 0.035 0.124 0.003 0.001 0.043 0.690 20 A 0.020 0.007 0.001 0.039 0.079 0.090 0.145 0.003 0.001 0.040 0.577 21 E 0.011 0.007 0.001 0.056 0.054 0.162 0.113 0.002 0.001 0.066 0.526 22 V 0.004 0.003 0.001 0.099 0.208 0.323 0.055 0.001 0.001 0.099 0.207 23 G 0.003 0.003 0.001 0.129 0.183 0.334 0.044 0.001 0.001 0.091 0.211 24 V 0.006 0.003 0.001 0.132 0.339 0.246 0.036 0.001 0.001 0.042 0.194 25 W 0.018 0.005 0.003 0.128 0.186 0.289 0.048 0.003 0.002 0.092 0.226 26 T 0.056 0.007 0.002 0.078 0.100 0.174 0.075 0.006 0.001 0.084 0.417 27 G 0.073 0.004 0.001 0.030 0.055 0.100 0.100 0.004 0.001 0.068 0.565 28 E 0.008 0.003 0.001 0.049 0.078 0.094 0.114 0.001 0.001 0.034 0.619 29 T 0.032 0.006 0.002 0.025 0.037 0.063 0.113 0.003 0.001 0.075 0.644 30 I 0.082 0.005 0.002 0.021 0.064 0.039 0.163 0.004 0.001 0.101 0.518 31 P 0.110 0.010 0.002 0.023 0.021 0.043 0.126 0.005 0.001 0.056 0.602 32 V 0.043 0.006 0.002 0.021 0.020 0.048 0.147 0.003 0.001 0.041 0.668 33 R 0.017 0.007 0.001 0.039 0.051 0.146 0.124 0.003 0.001 0.046 0.564 34 T 0.017 0.005 0.001 0.062 0.150 0.176 0.091 0.002 0.001 0.078 0.418 35 C 0.004 0.006 0.001 0.110 0.174 0.322 0.067 0.001 0.001 0.040 0.275 36 F 0.015 0.010 0.001 0.081 0.153 0.187 0.063 0.003 0.001 0.056 0.431 37 G 0.018 0.010 0.004 0.092 0.263 0.285 0.059 0.003 0.002 0.058 0.205 38 P 0.035 0.016 0.002 0.075 0.102 0.223 0.088 0.004 0.001 0.077 0.377 39 L 0.091 0.019 0.003 0.061 0.108 0.203 0.099 0.007 0.001 0.085 0.324 40 I 0.030 0.015 0.002 0.069 0.089 0.167 0.118 0.004 0.001 0.064 0.443 41 G 0.018 0.019 0.001 0.049 0.075 0.233 0.092 0.003 0.001 0.067 0.443 42 Q 0.023 0.018 0.002 0.059 0.156 0.159 0.077 0.002 0.001 0.081 0.423 43 Q 0.022 0.024 0.002 0.062 0.068 0.102 0.113 0.002 0.001 0.032 0.573 44 S 0.023 0.062 0.003 0.027 0.049 0.054 0.094 0.003 0.001 0.023 0.661 45 H 0.117 0.501 0.002 0.007 0.014 0.015 0.035 0.017 0.001 0.016 0.275 46 S 0.128 0.699 0.002 0.003 0.004 0.006 0.019 0.017 0.001 0.015 0.106 47 M 0.056 0.680 0.008 0.005 0.014 0.012 0.021 0.006 0.001 0.024 0.172 48 E 0.119 0.538 0.009 0.008 0.017 0.022 0.029 0.012 0.001 0.045 0.200 49 V 0.105 0.129 0.013 0.011 0.015 0.023 0.074 0.011 0.003 0.394 0.223 50 A 0.063 0.170 0.011 0.018 0.029 0.035 0.093 0.009 0.004 0.153 0.415 51 E 0.096 0.147 0.004 0.012 0.011 0.018 0.071 0.007 0.001 0.029 0.603 52 W 0.052 0.136 0.010 0.016 0.018 0.023 0.104 0.012 0.002 0.048 0.578 53 T 0.110 0.205 0.005 0.012 0.012 0.019 0.079 0.020 0.002 0.043 0.495 54 D 0.204 0.121 0.005 0.009 0.010 0.013 0.079 0.010 0.002 0.106 0.441 55 K 0.071 0.115 0.007 0.017 0.019 0.020 0.098 0.006 0.002 0.066 0.578 56 A 0.129 0.133 0.004 0.013 0.012 0.019 0.082 0.008 0.001 0.041 0.558 57 V 0.097 0.114 0.004 0.016 0.027 0.038 0.112 0.008 0.001 0.050 0.532 58 N 0.032 0.116 0.003 0.030 0.048 0.106 0.112 0.005 0.001 0.047 0.500 59 H 0.025 0.096 0.003 0.036 0.103 0.264 0.070 0.005 0.001 0.053 0.343 60 I 0.026 0.069 0.003 0.036 0.133 0.252 0.070 0.007 0.001 0.070 0.333 61 W 0.014 0.036 0.002 0.045 0.203 0.352 0.046 0.004 0.001 0.062 0.234 62 K 0.014 0.010 0.002 0.037 0.252 0.325 0.038 0.001 0.001 0.080 0.241 63 I 0.007 0.004 0.006 0.036 0.241 0.291 0.054 0.002 0.003 0.086 0.270 64 Y 0.052 0.005 0.002 0.034 0.168 0.206 0.064 0.003 0.002 0.053 0.410 65 H 0.406 0.005 0.002 0.011 0.055 0.055 0.045 0.005 0.001 0.052 0.363 66 N 0.022 0.002 0.001 0.008 0.013 0.024 0.096 0.001 0.001 0.014 0.818 67 G 0.015 0.004 0.001 0.010 0.022 0.062 0.114 0.001 0.001 0.018 0.753 68 V 0.015 0.004 0.001 0.025 0.142 0.133 0.124 0.002 0.001 0.045 0.509 69 L 0.007 0.004 0.001 0.076 0.165 0.305 0.071 0.001 0.001 0.049 0.321 70 E 0.005 0.003 0.001 0.060 0.177 0.358 0.041 0.001 0.001 0.062 0.292 71 F 0.002 0.001 0.001 0.113 0.302 0.417 0.020 0.001 0.001 0.034 0.112 72 C 0.002 0.002 0.001 0.114 0.283 0.372 0.024 0.001 0.001 0.063 0.137 73 I 0.005 0.002 0.001 0.116 0.314 0.270 0.034 0.001 0.001 0.046 0.211 74 I 0.074 0.011 0.001 0.086 0.202 0.226 0.056 0.006 0.001 0.079 0.258 75 T 0.034 0.010 0.002 0.045 0.055 0.084 0.123 0.003 0.001 0.088 0.556 76 T 0.032 0.025 0.002 0.023 0.026 0.042 0.114 0.004 0.001 0.057 0.674 77 D 0.213 0.062 0.002 0.016 0.027 0.027 0.102 0.010 0.001 0.055 0.486 78 E 0.093 0.042 0.003 0.013 0.015 0.018 0.128 0.004 0.001 0.152 0.531 79 N 0.044 0.170 0.002 0.015 0.014 0.025 0.097 0.003 0.001 0.058 0.571 80 E 0.059 0.392 0.001 0.011 0.012 0.023 0.069 0.006 0.001 0.038 0.389 81 C 0.023 0.517 0.003 0.017 0.024 0.028 0.073 0.003 0.001 0.030 0.281 82 N 0.012 0.789 0.001 0.008 0.013 0.013 0.024 0.002 0.001 0.042 0.095 83 W 0.020 0.877 0.001 0.005 0.006 0.013 0.015 0.005 0.001 0.023 0.033 84 M 0.022 0.748 0.003 0.012 0.013 0.023 0.021 0.004 0.001 0.087 0.066 85 M 0.023 0.749 0.005 0.015 0.021 0.036 0.019 0.003 0.001 0.062 0.065 86 F 0.108 0.533 0.013 0.018 0.027 0.033 0.044 0.017 0.002 0.079 0.127 87 V 0.116 0.304 0.045 0.050 0.029 0.061 0.080 0.018 0.017 0.088 0.192 88 R 0.180 0.118 0.014 0.026 0.027 0.075 0.085 0.020 0.007 0.075 0.373 89 K 0.170 0.020 0.002 0.022 0.015 0.030 0.111 0.004 0.001 0.049 0.575 90 A 0.014 0.007 0.003 0.048 0.025 0.062 0.212 0.001 0.001 0.062 0.564 91 R 0.006 0.017 0.001 0.026 0.011 0.021 0.117 0.001 0.001 0.019 0.780 92 N 0.676 0.124 0.001 0.003 0.006 0.005 0.022 0.021 0.001 0.025 0.115 93 R 0.167 0.058 0.002 0.007 0.011 0.010 0.085 0.007 0.001 0.107 0.547 94 E 0.035 0.121 0.003 0.012 0.013 0.043 0.086 0.003 0.001 0.040 0.643 95 E 0.090 0.070 0.003 0.023 0.098 0.173 0.091 0.010 0.001 0.043 0.399 96 Q 0.017 0.039 0.005 0.024 0.151 0.378 0.058 0.006 0.001 0.045 0.275 97 N 0.019 0.020 0.001 0.012 0.155 0.332 0.038 0.003 0.001 0.039 0.378 98 L 0.015 0.006 0.001 0.018 0.262 0.364 0.036 0.001 0.001 0.041 0.256 99 V 0.005 0.004 0.001 0.021 0.238 0.417 0.044 0.001 0.001 0.056 0.214 100 A 0.003 0.002 0.001 0.030 0.287 0.424 0.033 0.001 0.001 0.035 0.183 101 Y 0.072 0.002 0.005 0.014 0.273 0.273 0.035 0.002 0.007 0.109 0.209 102 P 0.132 0.001 0.001 0.013 0.053 0.065 0.061 0.003 0.001 0.044 0.627 103 H 0.286 0.001 0.001 0.004 0.013 0.017 0.063 0.001 0.001 0.019 0.595 104 D 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.015 0.116 0.001 0.001 0.005 0.852 105 G 0.001 0.001 0.001 0.031 0.074 0.172 0.121 0.001 0.001 0.020 0.579 106 K 0.001 0.001 0.001 0.069 0.333 0.451 0.017 0.001 0.001 0.047 0.081 107 I 0.001 0.001 0.001 0.168 0.278 0.341 0.015 0.001 0.001 0.071 0.124 108 F 0.001 0.001 0.001 0.229 0.378 0.280 0.007 0.001 0.001 0.052 0.053 109 F 0.001 0.001 0.001 0.196 0.456 0.283 0.004 0.001 0.001 0.024 0.035 110 C 0.002 0.001 0.001 0.143 0.386 0.344 0.009 0.001 0.001 0.051 0.062 111 T 0.022 0.002 0.001 0.149 0.302 0.320 0.025 0.003 0.001 0.054 0.121 112 S 0.062 0.002 0.001 0.097 0.155 0.243 0.073 0.007 0.001 0.070 0.288 113 Q 0.016 0.001 0.001 0.063 0.092 0.182 0.112 0.001 0.001 0.034 0.498 114 D 0.012 0.001 0.001 0.026 0.035 0.096 0.158 0.001 0.001 0.073 0.597 115 I 0.013 0.001 0.001 0.028 0.061 0.057 0.139 0.001 0.001 0.041 0.658 116 P 0.697 0.002 0.001 0.006 0.009 0.010 0.044 0.003 0.001 0.042 0.186 117 P 0.032 0.002 0.001 0.004 0.005 0.015 0.106 0.002 0.001 0.015 0.819 118 E 0.010 0.002 0.001 0.008 0.007 0.033 0.138 0.001 0.001 0.013 0.787 119 N 0.002 0.002 0.001 0.036 0.284 0.474 0.044 0.001 0.001 0.023 0.133 120 E 0.002 0.002 0.001 0.042 0.161 0.427 0.038 0.001 0.001 0.044 0.283 121 L 0.001 0.001 0.001 0.038 0.496 0.342 0.011 0.001 0.001 0.019 0.092 122 L 0.002 0.002 0.001 0.056 0.376 0.422 0.013 0.001 0.001 0.030 0.097 123 F 0.003 0.002 0.001 0.070 0.430 0.335 0.015 0.001 0.001 0.026 0.117 124 Y 0.011 0.009 0.001 0.086 0.291 0.365 0.032 0.001 0.001 0.041 0.161 125 Y 0.025 0.029 0.002 0.060 0.220 0.202 0.057 0.003 0.001 0.035 0.366 126 S 0.081 0.117 0.003 0.035 0.107 0.106 0.072 0.012 0.001 0.041 0.425 127 R 0.082 0.217 0.003 0.016 0.043 0.042 0.088 0.010 0.001 0.046 0.451 128 D 0.108 0.420 0.009 0.013 0.023 0.025 0.052 0.016 0.002 0.044 0.289 129 Y 0.282 0.363 0.005 0.011 0.013 0.019 0.041 0.022 0.003 0.030 0.213 130 A 0.219 0.085 0.101 0.013 0.017 0.020 0.054 0.022 0.048 0.067 0.355 131 Q 0.439 0.017 0.002 0.010 0.009 0.021 0.054 0.009 0.002 0.023 0.414 132 Q 0.115 0.005 0.001 0.008 0.006 0.011 0.063 0.003 0.001 0.029 0.760 133 I 0.013 0.001 0.001 0.021 0.012 0.016 0.108 0.001 0.001 0.017 0.810 134 G 0.009 0.001 0.001 0.007 0.004 0.011 0.076 0.001 0.001 0.022 0.869 135 V 0.026 0.001 0.001 0.006 0.024 0.009 0.121 0.001 0.001 0.019 0.792 136 P 0.074 0.003 0.001 0.021 0.007 0.009 0.128 0.002 0.001 0.030 0.725 137 E 0.035 0.005 0.001 0.009 0.004 0.007 0.114 0.002 0.001 0.023 0.801