# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 852 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.102 0.351 0.010 0.018 0.032 0.046 0.045 0.395 2 R 0.092 0.052 0.040 0.038 0.045 0.067 0.290 0.376 3 A 0.103 0.062 0.019 0.065 0.064 0.108 0.116 0.463 4 R 0.159 0.011 0.014 0.018 0.029 0.062 0.050 0.656 5 L 0.018 0.005 0.009 0.026 0.035 0.129 0.021 0.758 6 S 0.011 0.004 0.015 0.012 0.025 0.092 0.030 0.812 7 L 0.124 0.016 0.012 0.023 0.021 0.123 0.033 0.647 8 P 0.245 0.023 0.024 0.013 0.018 0.091 0.065 0.521 9 K 0.061 0.024 0.026 0.019 0.039 0.115 0.037 0.680 10 Q 0.012 0.009 0.127 0.040 0.181 0.099 0.068 0.464 11 L 0.011 0.007 0.112 0.141 0.209 0.073 0.053 0.395 12 V 0.005 0.003 0.164 0.266 0.306 0.046 0.036 0.174 13 L 0.007 0.004 0.119 0.113 0.180 0.069 0.054 0.455 14 R 0.058 0.023 0.092 0.218 0.201 0.077 0.080 0.251 15 Q 0.030 0.013 0.054 0.068 0.098 0.092 0.035 0.610 16 S 0.154 0.042 0.028 0.039 0.054 0.115 0.046 0.523 17 I 0.242 0.043 0.036 0.063 0.052 0.083 0.080 0.399 18 V 0.079 0.024 0.016 0.021 0.043 0.122 0.032 0.665 19 G 0.094 0.027 0.025 0.027 0.054 0.082 0.069 0.622 20 A 0.077 0.022 0.020 0.050 0.071 0.150 0.032 0.577 21 E 0.033 0.016 0.037 0.040 0.092 0.098 0.053 0.632 22 V 0.009 0.008 0.076 0.129 0.285 0.115 0.066 0.313 23 G 0.005 0.007 0.148 0.132 0.431 0.042 0.111 0.123 24 V 0.024 0.010 0.092 0.274 0.321 0.047 0.046 0.186 25 W 0.012 0.003 0.199 0.287 0.281 0.028 0.093 0.098 26 T 0.027 0.010 0.072 0.100 0.218 0.075 0.091 0.408 27 G 0.118 0.005 0.070 0.085 0.112 0.087 0.067 0.456 28 E 0.027 0.003 0.020 0.068 0.085 0.132 0.036 0.629 29 T 0.011 0.002 0.014 0.011 0.028 0.087 0.039 0.808 30 I 0.161 0.004 0.022 0.037 0.030 0.151 0.067 0.528 31 P 0.131 0.006 0.011 0.018 0.022 0.077 0.101 0.633 32 V 0.030 0.003 0.018 0.011 0.036 0.107 0.024 0.771 33 R 0.014 0.002 0.106 0.073 0.344 0.077 0.049 0.336 34 T 0.003 0.001 0.077 0.161 0.193 0.063 0.033 0.468 35 C 0.001 0.001 0.212 0.223 0.299 0.053 0.015 0.194 36 F 0.009 0.004 0.108 0.102 0.139 0.064 0.036 0.538 37 G 0.089 0.046 0.132 0.243 0.124 0.052 0.109 0.204 38 P 0.063 0.048 0.100 0.043 0.077 0.101 0.042 0.525 39 L 0.109 0.066 0.057 0.097 0.133 0.078 0.103 0.357 40 I 0.071 0.050 0.054 0.088 0.160 0.079 0.099 0.400 41 G 0.052 0.035 0.024 0.090 0.198 0.076 0.088 0.438 42 Q 0.019 0.027 0.031 0.200 0.236 0.085 0.047 0.354 43 Q 0.015 0.023 0.027 0.082 0.155 0.108 0.029 0.560 44 S 0.040 0.071 0.040 0.132 0.147 0.089 0.046 0.434 45 H 0.114 0.411 0.012 0.038 0.047 0.049 0.040 0.289 46 S 0.111 0.574 0.012 0.017 0.020 0.033 0.037 0.197 47 M 0.045 0.507 0.024 0.049 0.046 0.045 0.045 0.240 48 E 0.160 0.287 0.022 0.026 0.041 0.053 0.116 0.295 49 V 0.207 0.084 0.019 0.026 0.028 0.076 0.283 0.277 50 A 0.052 0.108 0.011 0.026 0.037 0.077 0.154 0.537 51 E 0.034 0.097 0.005 0.008 0.018 0.078 0.023 0.737 52 W 0.041 0.097 0.016 0.032 0.033 0.131 0.044 0.606 53 T 0.156 0.159 0.008 0.015 0.018 0.080 0.073 0.491 54 D 0.225 0.160 0.009 0.011 0.012 0.068 0.163 0.352 55 K 0.060 0.118 0.014 0.015 0.019 0.122 0.098 0.555 56 A 0.114 0.165 0.012 0.012 0.022 0.082 0.072 0.521 57 V 0.057 0.181 0.017 0.020 0.034 0.106 0.049 0.537 58 N 0.035 0.183 0.032 0.032 0.087 0.103 0.055 0.471 59 H 0.046 0.209 0.026 0.073 0.126 0.079 0.077 0.364 60 I 0.026 0.200 0.038 0.119 0.199 0.074 0.083 0.260 61 W 0.020 0.101 0.040 0.174 0.311 0.043 0.074 0.237 62 K 0.010 0.018 0.035 0.390 0.357 0.026 0.069 0.094 63 I 0.009 0.005 0.071 0.239 0.340 0.045 0.092 0.199 64 Y 0.163 0.004 0.042 0.213 0.242 0.048 0.070 0.219 65 H 0.250 0.002 0.011 0.048 0.066 0.056 0.038 0.528 66 N 0.011 0.001 0.006 0.008 0.026 0.090 0.007 0.851 67 G 0.014 0.001 0.017 0.017 0.059 0.120 0.023 0.749 68 V 0.022 0.002 0.037 0.080 0.081 0.149 0.068 0.561 69 L 0.005 0.002 0.115 0.114 0.166 0.085 0.056 0.456 70 E 0.001 0.001 0.230 0.149 0.281 0.038 0.054 0.245 71 F 0.001 0.001 0.451 0.213 0.227 0.015 0.037 0.056 72 C 0.002 0.001 0.437 0.169 0.230 0.017 0.047 0.098 73 I 0.005 0.003 0.398 0.230 0.228 0.024 0.030 0.082 74 I 0.064 0.020 0.253 0.121 0.172 0.080 0.064 0.225 75 T 0.032 0.022 0.150 0.079 0.126 0.122 0.107 0.361 76 T 0.062 0.035 0.058 0.033 0.058 0.132 0.069 0.554 77 D 0.239 0.061 0.028 0.030 0.045 0.102 0.140 0.355 78 E 0.064 0.038 0.016 0.017 0.027 0.162 0.064 0.612 79 N 0.086 0.110 0.011 0.016 0.029 0.117 0.053 0.578 80 E 0.039 0.172 0.010 0.016 0.033 0.123 0.038 0.568 81 C 0.032 0.329 0.021 0.026 0.072 0.095 0.069 0.356 82 N 0.033 0.494 0.021 0.075 0.114 0.042 0.094 0.128 83 W 0.021 0.540 0.023 0.067 0.114 0.038 0.078 0.119 84 M 0.019 0.381 0.056 0.094 0.184 0.032 0.111 0.124 85 M 0.024 0.312 0.063 0.204 0.232 0.033 0.060 0.072 86 F 0.054 0.206 0.110 0.107 0.213 0.052 0.104 0.155 87 V 0.095 0.108 0.089 0.162 0.182 0.057 0.099 0.209 88 R 0.082 0.059 0.042 0.104 0.158 0.065 0.126 0.364 89 K 0.108 0.074 0.016 0.019 0.030 0.102 0.050 0.601 90 A 0.021 0.037 0.025 0.045 0.046 0.151 0.040 0.635 91 R 0.019 0.022 0.006 0.005 0.005 0.072 0.018 0.853 92 N 0.524 0.251 0.003 0.004 0.004 0.028 0.074 0.112 93 R 0.107 0.108 0.012 0.007 0.010 0.122 0.113 0.521 94 E 0.081 0.152 0.013 0.011 0.028 0.090 0.155 0.470 95 E 0.079 0.124 0.020 0.025 0.049 0.091 0.118 0.494 96 Q 0.055 0.037 0.027 0.075 0.204 0.123 0.055 0.424 97 N 0.048 0.012 0.027 0.099 0.289 0.069 0.067 0.389 98 L 0.011 0.003 0.020 0.204 0.277 0.079 0.019 0.387 99 V 0.002 0.001 0.026 0.273 0.469 0.043 0.014 0.172 100 A 0.002 0.001 0.019 0.240 0.292 0.057 0.027 0.362 101 Y 0.076 0.001 0.039 0.221 0.219 0.070 0.071 0.302 102 P 0.543 0.001 0.008 0.020 0.021 0.040 0.024 0.343 103 H 0.229 0.003 0.007 0.011 0.022 0.079 0.011 0.639 104 D 0.010 0.003 0.013 0.007 0.060 0.096 0.008 0.802 105 G 0.003 0.005 0.046 0.098 0.392 0.101 0.024 0.330 106 K 0.001 0.002 0.084 0.385 0.377 0.023 0.033 0.093 107 I 0.001 0.002 0.095 0.457 0.320 0.010 0.058 0.058 108 F 0.001 0.002 0.274 0.245 0.385 0.005 0.071 0.017 109 F 0.002 0.003 0.196 0.312 0.421 0.006 0.039 0.021 110 C 0.005 0.003 0.211 0.364 0.362 0.007 0.028 0.020 111 T 0.023 0.012 0.104 0.189 0.449 0.028 0.088 0.108 112 S 0.058 0.011 0.067 0.147 0.249 0.077 0.065 0.326 113 Q 0.035 0.004 0.031 0.073 0.104 0.148 0.045 0.560 114 D 0.019 0.005 0.017 0.021 0.043 0.139 0.046 0.710 115 I 0.074 0.006 0.014 0.014 0.021 0.163 0.036 0.673 116 P 0.217 0.019 0.013 0.014 0.014 0.125 0.059 0.540 117 P 0.058 0.038 0.013 0.009 0.020 0.101 0.039 0.723 118 E 0.044 0.044 0.055 0.027 0.104 0.143 0.080 0.503 119 N 0.032 0.033 0.067 0.156 0.239 0.068 0.080 0.325 120 E 0.010 0.009 0.091 0.192 0.306 0.060 0.036 0.297 121 L 0.007 0.010 0.142 0.202 0.368 0.054 0.029 0.187 122 L 0.003 0.005 0.111 0.229 0.472 0.028 0.036 0.116 123 F 0.010 0.009 0.122 0.259 0.300 0.044 0.054 0.200 124 Y 0.125 0.063 0.053 0.249 0.185 0.061 0.091 0.173 125 Y 0.083 0.099 0.030 0.055 0.085 0.094 0.031 0.523 126 S 0.073 0.206 0.015 0.018 0.034 0.071 0.029 0.554 127 R 0.086 0.272 0.020 0.027 0.025 0.085 0.070 0.414 128 D 0.092 0.470 0.015 0.026 0.023 0.054 0.081 0.240 129 Y 0.272 0.387 0.010 0.013 0.016 0.036 0.070 0.197 130 A 0.142 0.073 0.049 0.032 0.035 0.073 0.187 0.409 131 Q 0.286 0.032 0.010 0.019 0.025 0.059 0.041 0.528 132 Q 0.236 0.006 0.007 0.010 0.013 0.066 0.027 0.635 133 I 0.008 0.002 0.008 0.013 0.029 0.146 0.011 0.783 134 G 0.014 0.001 0.005 0.008 0.023 0.068 0.015 0.865 135 V 0.081 0.003 0.007 0.034 0.020 0.111 0.036 0.709 136 P 0.056 0.006 0.016 0.024 0.030 0.106 0.043 0.719 137 E 0.043 0.005 0.012 0.015 0.035 0.097 0.025 0.768