# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 852 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.608 0.166 0.067 0.076 0.035 0.018 0.014 0.008 0.005 0.003 0.001 2 R 0.162 0.116 0.055 0.192 0.156 0.117 0.096 0.050 0.031 0.018 0.009 3 A 0.063 0.042 0.036 0.066 0.063 0.080 0.159 0.125 0.160 0.117 0.089 4 R 0.051 0.120 0.093 0.238 0.216 0.107 0.096 0.037 0.025 0.013 0.005 5 L 0.038 0.049 0.089 0.108 0.104 0.131 0.176 0.103 0.107 0.060 0.035 6 S 0.259 0.182 0.117 0.190 0.110 0.050 0.045 0.018 0.014 0.010 0.004 7 L 0.045 0.061 0.032 0.096 0.089 0.141 0.212 0.140 0.093 0.052 0.038 8 P 0.245 0.215 0.077 0.158 0.111 0.060 0.051 0.032 0.023 0.018 0.010 9 K 0.242 0.196 0.085 0.166 0.112 0.087 0.066 0.023 0.013 0.007 0.003 10 Q 0.221 0.154 0.084 0.259 0.150 0.067 0.036 0.014 0.008 0.004 0.002 11 L 0.006 0.006 0.009 0.019 0.030 0.053 0.136 0.181 0.213 0.191 0.155 12 V 0.015 0.074 0.096 0.245 0.235 0.116 0.109 0.054 0.031 0.017 0.007 13 L 0.001 0.004 0.019 0.015 0.015 0.025 0.073 0.106 0.216 0.278 0.248 14 R 0.013 0.024 0.074 0.183 0.210 0.132 0.162 0.073 0.065 0.045 0.021 15 Q 0.058 0.093 0.125 0.194 0.162 0.099 0.113 0.059 0.048 0.033 0.015 16 S 0.032 0.029 0.029 0.080 0.083 0.131 0.194 0.138 0.130 0.089 0.067 17 I 0.184 0.114 0.056 0.105 0.087 0.086 0.132 0.082 0.072 0.049 0.033 18 V 0.237 0.162 0.070 0.169 0.110 0.072 0.075 0.041 0.033 0.020 0.012 19 G 0.323 0.136 0.056 0.112 0.092 0.072 0.077 0.046 0.039 0.026 0.022 20 A 0.075 0.077 0.033 0.130 0.121 0.145 0.153 0.093 0.079 0.054 0.039 21 E 0.252 0.161 0.054 0.157 0.111 0.090 0.075 0.039 0.030 0.018 0.013 22 V 0.016 0.024 0.020 0.056 0.080 0.111 0.179 0.193 0.147 0.106 0.070 23 G 0.033 0.040 0.031 0.082 0.076 0.100 0.155 0.125 0.140 0.119 0.100 24 V 0.002 0.003 0.006 0.010 0.012 0.025 0.075 0.130 0.208 0.267 0.261 25 W 0.014 0.037 0.042 0.096 0.096 0.101 0.143 0.143 0.128 0.122 0.078 26 T 0.003 0.004 0.007 0.013 0.013 0.025 0.066 0.105 0.178 0.271 0.316 27 G 0.070 0.104 0.045 0.230 0.176 0.124 0.097 0.054 0.046 0.032 0.023 28 E 0.163 0.110 0.054 0.125 0.139 0.098 0.113 0.068 0.057 0.044 0.028 29 T 0.106 0.183 0.042 0.215 0.182 0.098 0.078 0.040 0.028 0.017 0.010 30 I 0.008 0.006 0.006 0.013 0.012 0.028 0.070 0.108 0.207 0.239 0.301 31 P 0.243 0.318 0.090 0.211 0.082 0.025 0.015 0.007 0.004 0.003 0.001 32 V 0.133 0.142 0.056 0.162 0.127 0.112 0.102 0.059 0.051 0.032 0.025 33 R 0.259 0.104 0.036 0.135 0.127 0.092 0.085 0.050 0.051 0.038 0.024 34 T 0.120 0.133 0.058 0.169 0.148 0.127 0.115 0.054 0.041 0.024 0.012 35 C 0.020 0.028 0.036 0.065 0.068 0.083 0.140 0.172 0.165 0.127 0.096 36 F 0.024 0.031 0.032 0.064 0.068 0.084 0.166 0.142 0.159 0.134 0.097 37 G 0.024 0.030 0.035 0.063 0.075 0.074 0.152 0.158 0.162 0.132 0.094 38 P 0.072 0.070 0.067 0.160 0.147 0.120 0.121 0.081 0.076 0.055 0.031 39 L 0.026 0.017 0.018 0.039 0.042 0.076 0.136 0.151 0.187 0.173 0.136 40 I 0.073 0.096 0.049 0.176 0.159 0.123 0.123 0.079 0.057 0.043 0.022 41 G 0.109 0.076 0.041 0.093 0.095 0.106 0.139 0.116 0.108 0.074 0.043 42 Q 0.132 0.147 0.082 0.172 0.163 0.096 0.085 0.046 0.037 0.028 0.011 43 Q 0.123 0.077 0.055 0.120 0.101 0.089 0.146 0.098 0.086 0.064 0.039 44 S 0.045 0.056 0.038 0.088 0.090 0.113 0.165 0.126 0.119 0.096 0.062 45 H 0.112 0.310 0.110 0.176 0.107 0.062 0.061 0.026 0.019 0.012 0.005 46 S 0.207 0.099 0.065 0.160 0.147 0.111 0.109 0.054 0.027 0.014 0.007 47 M 0.418 0.108 0.118 0.150 0.081 0.052 0.036 0.016 0.010 0.008 0.003 48 E 0.029 0.065 0.078 0.190 0.158 0.149 0.173 0.078 0.045 0.024 0.011 49 V 0.002 0.006 0.016 0.017 0.025 0.046 0.141 0.204 0.211 0.178 0.153 50 A 0.053 0.050 0.291 0.236 0.158 0.091 0.068 0.025 0.015 0.011 0.003 51 E 0.067 0.069 0.373 0.237 0.130 0.062 0.038 0.012 0.007 0.004 0.001 52 W 0.019 0.023 0.027 0.042 0.048 0.108 0.224 0.172 0.154 0.111 0.073 53 T 0.070 0.078 0.056 0.095 0.099 0.138 0.207 0.107 0.075 0.050 0.024 54 D 0.354 0.161 0.227 0.113 0.053 0.031 0.026 0.016 0.010 0.007 0.003 55 K 0.269 0.147 0.116 0.145 0.103 0.083 0.073 0.031 0.018 0.010 0.005 56 A 0.205 0.123 0.047 0.095 0.082 0.080 0.125 0.080 0.073 0.054 0.035 57 V 0.052 0.049 0.037 0.098 0.127 0.184 0.190 0.114 0.075 0.044 0.031 58 N 0.188 0.133 0.209 0.184 0.103 0.077 0.050 0.024 0.017 0.011 0.005 59 H 0.020 0.028 0.042 0.091 0.114 0.162 0.205 0.143 0.102 0.062 0.032 60 I 0.012 0.013 0.021 0.037 0.047 0.064 0.137 0.159 0.196 0.183 0.130 61 W 0.005 0.011 0.032 0.058 0.077 0.117 0.179 0.163 0.156 0.130 0.071 62 K 0.008 0.025 0.100 0.125 0.123 0.120 0.170 0.131 0.103 0.065 0.031 63 I 0.004 0.006 0.016 0.021 0.021 0.037 0.126 0.149 0.225 0.227 0.167 64 Y 0.007 0.010 0.018 0.037 0.034 0.073 0.171 0.168 0.210 0.151 0.121 65 H 0.051 0.080 0.097 0.174 0.144 0.136 0.136 0.075 0.053 0.035 0.020 66 N 0.155 0.128 0.067 0.147 0.136 0.111 0.121 0.059 0.037 0.023 0.015 67 G 0.420 0.159 0.041 0.111 0.079 0.051 0.056 0.031 0.025 0.017 0.010 68 V 0.253 0.157 0.042 0.137 0.118 0.080 0.084 0.049 0.039 0.024 0.017 69 L 0.065 0.070 0.043 0.129 0.129 0.146 0.159 0.100 0.078 0.046 0.034 70 E 0.033 0.059 0.045 0.150 0.169 0.172 0.163 0.085 0.068 0.036 0.019 71 F 0.003 0.007 0.009 0.021 0.033 0.057 0.137 0.227 0.222 0.162 0.123 72 C 0.003 0.007 0.014 0.026 0.030 0.054 0.120 0.149 0.200 0.231 0.166 73 I 0.001 0.003 0.009 0.011 0.013 0.024 0.070 0.162 0.218 0.277 0.211 74 I 0.004 0.010 0.022 0.041 0.056 0.068 0.148 0.201 0.177 0.165 0.108 75 T 0.004 0.007 0.011 0.022 0.027 0.046 0.116 0.153 0.198 0.235 0.182 76 T 0.072 0.106 0.061 0.179 0.181 0.107 0.111 0.070 0.051 0.040 0.021 77 D 0.268 0.181 0.050 0.139 0.118 0.073 0.072 0.044 0.026 0.018 0.010 78 E 0.178 0.154 0.041 0.155 0.132 0.103 0.089 0.055 0.042 0.032 0.020 79 N 0.518 0.206 0.040 0.089 0.052 0.028 0.028 0.015 0.011 0.007 0.004 80 E 0.205 0.155 0.047 0.154 0.137 0.110 0.094 0.043 0.029 0.017 0.010 81 C 0.071 0.041 0.029 0.075 0.076 0.107 0.157 0.121 0.133 0.104 0.085 82 N 0.017 0.042 0.035 0.120 0.147 0.160 0.193 0.115 0.088 0.055 0.029 83 W 0.010 0.018 0.037 0.058 0.071 0.082 0.144 0.156 0.178 0.141 0.106 84 M 0.004 0.005 0.015 0.027 0.037 0.074 0.138 0.142 0.195 0.206 0.158 85 M 0.005 0.016 0.043 0.103 0.117 0.138 0.193 0.164 0.114 0.070 0.036 86 F 0.001 0.003 0.012 0.014 0.015 0.024 0.075 0.156 0.220 0.265 0.216 87 V 0.002 0.003 0.013 0.017 0.016 0.033 0.097 0.126 0.232 0.253 0.208 88 R 0.013 0.022 0.072 0.127 0.127 0.131 0.177 0.122 0.106 0.068 0.034 89 K 0.017 0.030 0.056 0.104 0.121 0.159 0.225 0.112 0.093 0.056 0.026 90 A 0.033 0.033 0.038 0.055 0.051 0.073 0.167 0.146 0.171 0.148 0.084 91 R 0.053 0.060 0.040 0.095 0.099 0.131 0.200 0.143 0.089 0.059 0.031 92 N 0.271 0.256 0.114 0.128 0.072 0.047 0.042 0.028 0.019 0.015 0.007 93 R 0.320 0.205 0.064 0.137 0.098 0.072 0.053 0.025 0.014 0.008 0.004 94 E 0.517 0.141 0.045 0.104 0.065 0.042 0.037 0.020 0.015 0.010 0.005 95 E 0.060 0.050 0.047 0.121 0.144 0.160 0.162 0.101 0.075 0.051 0.030 96 Q 0.023 0.065 0.110 0.192 0.173 0.137 0.142 0.073 0.048 0.025 0.011 97 N 0.006 0.010 0.034 0.042 0.048 0.070 0.160 0.156 0.199 0.161 0.115 98 L 0.010 0.016 0.055 0.094 0.112 0.129 0.195 0.129 0.121 0.090 0.049 99 V 0.023 0.047 0.118 0.249 0.200 0.118 0.119 0.051 0.043 0.024 0.010 100 A 0.007 0.010 0.016 0.025 0.026 0.059 0.152 0.164 0.226 0.172 0.143 101 Y 0.037 0.037 0.037 0.089 0.085 0.100 0.200 0.130 0.130 0.095 0.060 102 P 0.105 0.098 0.074 0.135 0.107 0.098 0.126 0.087 0.073 0.057 0.041 103 H 0.172 0.204 0.063 0.177 0.131 0.092 0.076 0.035 0.026 0.014 0.011 104 D 0.429 0.209 0.031 0.101 0.084 0.040 0.042 0.027 0.019 0.011 0.007 105 G 0.201 0.137 0.030 0.119 0.129 0.101 0.113 0.069 0.048 0.032 0.020 106 K 0.041 0.084 0.041 0.200 0.212 0.172 0.131 0.060 0.036 0.017 0.008 107 I 0.001 0.002 0.005 0.008 0.012 0.027 0.092 0.163 0.238 0.239 0.212 108 F 0.004 0.013 0.022 0.080 0.101 0.146 0.211 0.148 0.130 0.088 0.056 109 F 0.001 0.004 0.015 0.019 0.021 0.037 0.081 0.157 0.225 0.232 0.209 110 C 0.002 0.008 0.023 0.042 0.053 0.064 0.128 0.195 0.183 0.196 0.105 111 T 0.001 0.003 0.010 0.011 0.009 0.020 0.064 0.122 0.208 0.299 0.253 112 S 0.012 0.030 0.046 0.196 0.168 0.161 0.155 0.080 0.072 0.051 0.027 113 Q 0.063 0.063 0.065 0.127 0.159 0.133 0.174 0.082 0.071 0.043 0.020 114 D 0.108 0.152 0.049 0.195 0.179 0.103 0.101 0.050 0.035 0.021 0.009 115 I 0.015 0.010 0.007 0.018 0.015 0.037 0.092 0.121 0.219 0.227 0.239 116 P 0.253 0.463 0.055 0.128 0.059 0.016 0.012 0.006 0.004 0.003 0.001 117 P 0.298 0.319 0.036 0.102 0.093 0.050 0.043 0.027 0.016 0.009 0.006 118 E 0.686 0.143 0.020 0.060 0.043 0.019 0.012 0.007 0.005 0.004 0.002 119 N 0.059 0.091 0.033 0.179 0.205 0.165 0.149 0.063 0.033 0.016 0.007 120 E 0.012 0.030 0.037 0.102 0.143 0.106 0.167 0.190 0.115 0.063 0.033 121 L 0.003 0.006 0.016 0.028 0.038 0.075 0.190 0.198 0.196 0.161 0.088 122 L 0.004 0.015 0.066 0.106 0.101 0.109 0.172 0.139 0.142 0.096 0.050 123 F 0.006 0.011 0.036 0.053 0.071 0.095 0.186 0.168 0.179 0.130 0.066 124 Y 0.028 0.042 0.084 0.160 0.162 0.127 0.162 0.091 0.070 0.053 0.020 125 Y 0.010 0.012 0.019 0.030 0.033 0.067 0.158 0.202 0.200 0.167 0.103 126 S 0.088 0.164 0.090 0.187 0.147 0.096 0.100 0.053 0.038 0.028 0.010 127 R 0.232 0.122 0.081 0.143 0.119 0.096 0.094 0.053 0.032 0.020 0.009 128 D 0.403 0.188 0.098 0.140 0.070 0.043 0.027 0.013 0.009 0.006 0.003 129 Y 0.035 0.040 0.029 0.070 0.071 0.100 0.189 0.149 0.140 0.105 0.073 130 A 0.046 0.062 0.064 0.112 0.114 0.127 0.165 0.118 0.087 0.064 0.040 131 Q 0.164 0.122 0.250 0.227 0.117 0.056 0.034 0.014 0.008 0.005 0.002 132 Q 0.093 0.098 0.120 0.185 0.130 0.130 0.121 0.053 0.037 0.022 0.011 133 I 0.055 0.037 0.029 0.063 0.073 0.105 0.190 0.156 0.133 0.096 0.063 134 G 0.435 0.215 0.102 0.114 0.054 0.032 0.023 0.011 0.007 0.004 0.002 135 V 0.147 0.098 0.099 0.108 0.087 0.102 0.115 0.079 0.072 0.059 0.035 136 P 0.471 0.204 0.050 0.093 0.065 0.039 0.035 0.019 0.012 0.008 0.004 137 E 0.365 0.135 0.052 0.098 0.088 0.075 0.073 0.045 0.033 0.024 0.012