# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 852 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.027 0.007 0.002 0.013 0.019 0.031 0.094 0.001 0.001 0.003 0.804 2 R 0.017 0.005 0.001 0.011 0.010 0.026 0.068 0.001 0.001 0.002 0.859 3 A 0.053 0.024 0.002 0.034 0.062 0.101 0.185 0.001 0.001 0.006 0.533 4 R 0.091 0.074 0.001 0.030 0.071 0.077 0.146 0.001 0.001 0.006 0.502 5 L 0.116 0.171 0.002 0.026 0.079 0.112 0.059 0.003 0.001 0.003 0.429 6 S 0.120 0.050 0.002 0.019 0.036 0.087 0.045 0.008 0.001 0.008 0.625 7 L 0.243 0.020 0.020 0.030 0.055 0.064 0.060 0.004 0.001 0.004 0.500 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.986 9 K 0.005 0.001 0.001 0.007 0.020 0.030 0.039 0.001 0.001 0.001 0.897 10 Q 0.027 0.001 0.001 0.044 0.023 0.031 0.079 0.001 0.001 0.002 0.792 11 L 0.102 0.003 0.001 0.152 0.175 0.225 0.045 0.001 0.001 0.004 0.294 12 V 0.021 0.003 0.001 0.407 0.250 0.232 0.023 0.001 0.001 0.003 0.059 13 L 0.006 0.004 0.001 0.188 0.201 0.228 0.033 0.001 0.001 0.001 0.340 14 R 0.007 0.003 0.001 0.331 0.210 0.392 0.010 0.001 0.001 0.002 0.044 15 Q 0.006 0.004 0.001 0.082 0.093 0.142 0.095 0.001 0.001 0.002 0.575 16 S 0.013 0.004 0.001 0.085 0.114 0.212 0.117 0.001 0.001 0.003 0.450 17 I 0.059 0.005 0.002 0.083 0.065 0.134 0.108 0.001 0.001 0.011 0.532 18 V 0.018 0.008 0.001 0.037 0.027 0.039 0.274 0.001 0.001 0.010 0.585 19 G 0.098 0.011 0.002 0.025 0.048 0.082 0.271 0.002 0.001 0.033 0.427 20 A 0.315 0.022 0.005 0.039 0.034 0.051 0.079 0.003 0.001 0.011 0.442 21 E 0.050 0.011 0.010 0.036 0.050 0.058 0.235 0.003 0.001 0.009 0.540 22 V 0.130 0.012 0.009 0.071 0.143 0.183 0.097 0.001 0.001 0.006 0.347 23 G 0.044 0.014 0.003 0.119 0.129 0.252 0.067 0.002 0.001 0.007 0.363 24 V 0.045 0.012 0.005 0.169 0.222 0.301 0.049 0.001 0.001 0.003 0.194 25 W 0.008 0.010 0.001 0.112 0.252 0.347 0.066 0.001 0.001 0.003 0.200 26 T 0.008 0.017 0.001 0.091 0.248 0.386 0.057 0.001 0.001 0.003 0.190 27 G 0.035 0.028 0.001 0.066 0.147 0.273 0.068 0.001 0.001 0.008 0.372 28 E 0.107 0.026 0.004 0.067 0.174 0.195 0.144 0.002 0.001 0.010 0.271 29 T 0.051 0.009 0.003 0.021 0.025 0.082 0.071 0.003 0.001 0.004 0.731 30 I 0.139 0.011 0.012 0.082 0.158 0.275 0.061 0.001 0.001 0.005 0.257 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.977 32 V 0.002 0.001 0.001 0.004 0.018 0.061 0.026 0.001 0.001 0.001 0.889 33 R 0.055 0.013 0.001 0.048 0.099 0.168 0.059 0.001 0.001 0.011 0.546 34 T 0.446 0.011 0.004 0.030 0.045 0.051 0.105 0.001 0.001 0.007 0.301 35 C 0.155 0.030 0.002 0.097 0.158 0.149 0.059 0.001 0.001 0.005 0.344 36 F 0.033 0.020 0.003 0.113 0.091 0.256 0.049 0.001 0.001 0.002 0.432 37 G 0.036 0.013 0.002 0.190 0.200 0.242 0.050 0.001 0.001 0.003 0.264 38 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.985 39 L 0.008 0.008 0.001 0.067 0.194 0.451 0.046 0.001 0.001 0.002 0.223 40 I 0.054 0.028 0.001 0.088 0.094 0.147 0.070 0.001 0.001 0.008 0.508 41 G 0.097 0.030 0.004 0.039 0.070 0.119 0.058 0.002 0.001 0.014 0.568 42 Q 0.259 0.040 0.004 0.073 0.171 0.152 0.073 0.001 0.001 0.005 0.221 43 Q 0.036 0.028 0.002 0.033 0.104 0.116 0.072 0.002 0.001 0.001 0.605 44 S 0.070 0.027 0.006 0.068 0.169 0.346 0.054 0.001 0.001 0.004 0.256 45 H 0.027 0.027 0.003 0.029 0.067 0.106 0.153 0.002 0.001 0.003 0.583 46 S 0.030 0.017 0.002 0.023 0.036 0.091 0.082 0.001 0.001 0.005 0.713 47 M 0.018 0.017 0.003 0.011 0.016 0.032 0.247 0.001 0.001 0.006 0.649 48 E 0.086 0.031 0.004 0.012 0.013 0.025 0.355 0.001 0.001 0.009 0.464 49 V 0.130 0.293 0.006 0.018 0.036 0.078 0.064 0.002 0.001 0.008 0.364 50 A 0.044 0.356 0.004 0.016 0.042 0.063 0.051 0.003 0.001 0.005 0.417 51 E 0.121 0.330 0.005 0.009 0.028 0.036 0.085 0.011 0.001 0.003 0.373 52 W 0.291 0.388 0.005 0.007 0.014 0.025 0.026 0.021 0.001 0.002 0.221 53 T 0.165 0.325 0.024 0.011 0.013 0.024 0.047 0.022 0.001 0.003 0.368 54 D 0.064 0.101 0.015 0.012 0.009 0.018 0.045 0.010 0.001 0.004 0.722 55 K 0.059 0.067 0.010 0.013 0.008 0.015 0.105 0.006 0.001 0.006 0.710 56 A 0.133 0.086 0.008 0.011 0.007 0.011 0.330 0.005 0.001 0.007 0.402 57 V 0.324 0.202 0.008 0.021 0.012 0.022 0.111 0.006 0.001 0.011 0.282 58 N 0.141 0.233 0.017 0.023 0.022 0.028 0.087 0.008 0.001 0.007 0.433 59 H 0.135 0.129 0.025 0.031 0.066 0.076 0.116 0.008 0.001 0.008 0.406 60 I 0.152 0.159 0.015 0.047 0.088 0.137 0.071 0.006 0.001 0.005 0.320 61 W 0.065 0.135 0.010 0.049 0.137 0.217 0.065 0.004 0.001 0.004 0.314 62 K 0.030 0.102 0.004 0.060 0.284 0.311 0.048 0.003 0.001 0.002 0.157 63 I 0.018 0.110 0.003 0.060 0.240 0.333 0.031 0.004 0.001 0.001 0.201 64 Y 0.022 0.069 0.001 0.060 0.301 0.418 0.019 0.002 0.001 0.001 0.105 65 H 0.027 0.102 0.002 0.043 0.279 0.270 0.071 0.004 0.001 0.002 0.199 66 N 0.052 0.070 0.003 0.036 0.106 0.164 0.083 0.008 0.001 0.007 0.472 67 G 0.159 0.022 0.008 0.032 0.060 0.099 0.091 0.012 0.001 0.048 0.468 68 V 0.328 0.005 0.059 0.029 0.027 0.033 0.175 0.003 0.001 0.009 0.333 69 L 0.046 0.003 0.006 0.048 0.079 0.093 0.136 0.002 0.001 0.008 0.579 70 E 0.039 0.003 0.005 0.119 0.154 0.248 0.077 0.001 0.001 0.004 0.351 71 F 0.021 0.002 0.001 0.198 0.215 0.274 0.051 0.001 0.001 0.002 0.236 72 C 0.012 0.002 0.001 0.210 0.237 0.399 0.023 0.001 0.001 0.002 0.116 73 I 0.005 0.002 0.001 0.222 0.266 0.403 0.019 0.001 0.001 0.002 0.080 74 I 0.004 0.002 0.001 0.134 0.294 0.469 0.019 0.001 0.001 0.001 0.077 75 T 0.006 0.004 0.001 0.133 0.149 0.267 0.085 0.001 0.001 0.003 0.351 76 T 0.019 0.005 0.001 0.114 0.104 0.227 0.209 0.001 0.001 0.010 0.311 77 D 0.059 0.004 0.001 0.040 0.029 0.061 0.157 0.001 0.001 0.020 0.627 78 E 0.022 0.003 0.001 0.010 0.005 0.011 0.160 0.001 0.001 0.005 0.784 79 N 0.044 0.006 0.002 0.011 0.008 0.015 0.512 0.001 0.001 0.016 0.386 80 E 0.330 0.026 0.005 0.013 0.007 0.015 0.168 0.002 0.001 0.021 0.412 81 C 0.111 0.074 0.011 0.018 0.013 0.026 0.152 0.002 0.001 0.010 0.582 82 N 0.068 0.062 0.008 0.015 0.020 0.029 0.292 0.002 0.001 0.012 0.490 83 W 0.080 0.163 0.007 0.024 0.025 0.048 0.118 0.002 0.001 0.006 0.528 84 M 0.028 0.443 0.004 0.027 0.047 0.094 0.111 0.002 0.001 0.003 0.240 85 M 0.043 0.595 0.002 0.024 0.058 0.056 0.080 0.003 0.001 0.003 0.136 86 F 0.040 0.763 0.002 0.016 0.030 0.035 0.012 0.005 0.001 0.001 0.096 87 V 0.038 0.796 0.005 0.029 0.037 0.044 0.008 0.005 0.001 0.001 0.037 88 R 0.035 0.716 0.007 0.023 0.051 0.040 0.012 0.011 0.001 0.002 0.102 89 K 0.103 0.436 0.012 0.036 0.030 0.058 0.016 0.052 0.001 0.002 0.254 90 A 0.214 0.343 0.033 0.040 0.025 0.045 0.049 0.053 0.001 0.002 0.195 91 R 0.157 0.185 0.039 0.051 0.029 0.036 0.076 0.033 0.001 0.008 0.387 92 N 0.094 0.115 0.072 0.037 0.021 0.033 0.143 0.018 0.001 0.005 0.462 93 R 0.063 0.022 0.006 0.020 0.008 0.018 0.031 0.004 0.001 0.012 0.817 94 E 0.039 0.030 0.012 0.016 0.014 0.025 0.489 0.003 0.001 0.019 0.355 95 E 0.454 0.031 0.010 0.014 0.010 0.016 0.260 0.003 0.001 0.023 0.178 96 Q 0.268 0.202 0.015 0.037 0.116 0.111 0.103 0.004 0.001 0.010 0.134 97 N 0.069 0.096 0.017 0.054 0.142 0.170 0.098 0.005 0.001 0.009 0.340 98 L 0.082 0.037 0.011 0.052 0.239 0.403 0.025 0.003 0.001 0.003 0.146 99 V 0.019 0.016 0.002 0.037 0.323 0.469 0.030 0.001 0.001 0.001 0.100 100 A 0.007 0.015 0.002 0.033 0.224 0.447 0.025 0.002 0.001 0.001 0.243 101 Y 0.008 0.005 0.001 0.032 0.333 0.559 0.009 0.001 0.001 0.001 0.053 102 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.017 0.016 0.001 0.001 0.001 0.954 103 H 0.005 0.002 0.001 0.016 0.156 0.416 0.059 0.001 0.001 0.001 0.345 104 D 0.066 0.003 0.001 0.018 0.052 0.087 0.071 0.001 0.001 0.022 0.681 105 G 0.248 0.003 0.006 0.013 0.033 0.035 0.151 0.001 0.001 0.015 0.496 106 K 0.217 0.002 0.003 0.019 0.072 0.071 0.218 0.001 0.001 0.005 0.392 107 I 0.038 0.003 0.002 0.037 0.261 0.323 0.073 0.001 0.001 0.002 0.261 108 F 0.009 0.001 0.001 0.071 0.264 0.605 0.013 0.001 0.001 0.001 0.036 109 F 0.005 0.003 0.001 0.095 0.334 0.488 0.013 0.001 0.001 0.001 0.062 110 C 0.001 0.003 0.001 0.070 0.421 0.472 0.007 0.001 0.001 0.001 0.024 111 T 0.001 0.008 0.001 0.046 0.403 0.504 0.008 0.001 0.001 0.001 0.029 112 S 0.005 0.018 0.001 0.047 0.277 0.543 0.020 0.001 0.001 0.002 0.089 113 Q 0.030 0.031 0.001 0.034 0.281 0.393 0.068 0.001 0.001 0.007 0.154 114 D 0.175 0.022 0.005 0.026 0.041 0.150 0.057 0.006 0.001 0.012 0.508 115 I 0.294 0.015 0.018 0.026 0.083 0.164 0.067 0.001 0.001 0.005 0.327 116 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.952 117 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.998 118 E 0.012 0.001 0.001 0.015 0.088 0.298 0.048 0.001 0.001 0.002 0.536 119 N 0.782 0.002 0.001 0.011 0.029 0.047 0.021 0.001 0.001 0.004 0.104 120 E 0.081 0.009 0.001 0.021 0.048 0.046 0.108 0.001 0.001 0.002 0.684 121 L 0.036 0.006 0.001 0.055 0.427 0.395 0.022 0.001 0.001 0.002 0.056 122 L 0.011 0.007 0.001 0.069 0.269 0.502 0.024 0.001 0.001 0.001 0.116 123 F 0.008 0.003 0.001 0.034 0.332 0.573 0.010 0.001 0.001 0.001 0.039 124 Y 0.006 0.009 0.001 0.027 0.384 0.422 0.020 0.001 0.001 0.001 0.131 125 Y 0.001 0.009 0.001 0.022 0.349 0.514 0.021 0.001 0.001 0.001 0.082 126 S 0.008 0.012 0.001 0.023 0.145 0.391 0.142 0.001 0.001 0.003 0.275 127 R 0.083 0.020 0.003 0.023 0.035 0.078 0.154 0.001 0.001 0.021 0.581 128 D 0.049 0.042 0.005 0.012 0.016 0.037 0.317 0.001 0.001 0.011 0.509 129 Y 0.107 0.118 0.006 0.016 0.024 0.059 0.137 0.002 0.001 0.010 0.521 130 A 0.081 0.302 0.005 0.011 0.028 0.053 0.109 0.003 0.001 0.006 0.401 131 Q 0.137 0.386 0.004 0.007 0.029 0.036 0.104 0.008 0.001 0.005 0.283 132 Q 0.245 0.525 0.004 0.004 0.015 0.019 0.026 0.016 0.001 0.002 0.144 133 I 0.214 0.458 0.011 0.006 0.017 0.028 0.026 0.030 0.001 0.004 0.207 134 G 0.249 0.116 0.047 0.012 0.010 0.022 0.025 0.050 0.001 0.011 0.460 135 V 0.254 0.040 0.142 0.019 0.016 0.026 0.078 0.009 0.001 0.002 0.413 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.982 137 E 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.054 0.001 0.001 0.001 0.934