# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 852 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.027 0.013 0.023 0.020 0.024 0.079 0.006 0.808 2 R 0.022 0.014 0.018 0.014 0.027 0.047 0.003 0.855 3 A 0.070 0.049 0.043 0.054 0.109 0.151 0.007 0.519 4 R 0.109 0.084 0.028 0.052 0.112 0.188 0.011 0.416 5 L 0.180 0.186 0.034 0.066 0.091 0.059 0.019 0.365 6 S 0.184 0.112 0.024 0.047 0.055 0.075 0.062 0.441 7 L 0.415 0.033 0.037 0.070 0.077 0.043 0.028 0.298 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 9 K 0.006 0.003 0.016 0.053 0.105 0.094 0.005 0.718 10 Q 0.226 0.007 0.050 0.047 0.051 0.089 0.017 0.511 11 L 0.287 0.009 0.129 0.114 0.160 0.075 0.009 0.217 12 V 0.048 0.003 0.362 0.278 0.214 0.028 0.002 0.065 13 L 0.003 0.002 0.137 0.135 0.160 0.019 0.001 0.543 14 R 0.002 0.003 0.220 0.254 0.423 0.016 0.001 0.081 15 Q 0.004 0.005 0.089 0.147 0.242 0.054 0.002 0.456 16 S 0.015 0.009 0.096 0.106 0.279 0.113 0.007 0.375 17 I 0.068 0.014 0.052 0.063 0.100 0.126 0.009 0.568 18 V 0.044 0.013 0.029 0.041 0.059 0.211 0.014 0.591 19 G 0.100 0.020 0.022 0.031 0.056 0.226 0.029 0.516 20 A 0.147 0.045 0.036 0.034 0.042 0.130 0.024 0.541 21 E 0.060 0.029 0.040 0.061 0.057 0.133 0.030 0.589 22 V 0.179 0.015 0.063 0.084 0.150 0.137 0.017 0.355 23 G 0.051 0.010 0.112 0.246 0.262 0.064 0.008 0.246 24 V 0.022 0.006 0.114 0.239 0.368 0.037 0.004 0.211 25 W 0.010 0.008 0.114 0.320 0.408 0.032 0.004 0.106 26 T 0.025 0.005 0.089 0.208 0.480 0.049 0.003 0.141 27 G 0.009 0.007 0.040 0.200 0.304 0.041 0.004 0.396 28 E 0.037 0.006 0.087 0.226 0.352 0.075 0.009 0.208 29 T 0.013 0.004 0.014 0.046 0.067 0.040 0.006 0.812 30 I 0.065 0.006 0.058 0.162 0.330 0.060 0.009 0.310 31 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.987 32 V 0.005 0.003 0.012 0.028 0.064 0.061 0.003 0.824 33 R 0.170 0.016 0.039 0.046 0.043 0.093 0.028 0.565 34 T 0.586 0.005 0.049 0.033 0.044 0.097 0.016 0.168 35 C 0.039 0.010 0.164 0.127 0.097 0.059 0.006 0.498 36 F 0.024 0.008 0.181 0.157 0.312 0.056 0.006 0.256 37 G 0.014 0.006 0.134 0.180 0.203 0.046 0.003 0.413 38 P 0.002 0.001 0.019 0.024 0.042 0.017 0.001 0.895 39 L 0.015 0.009 0.096 0.127 0.231 0.146 0.005 0.371 40 I 0.070 0.023 0.078 0.105 0.172 0.134 0.011 0.407 41 G 0.043 0.047 0.081 0.165 0.184 0.069 0.014 0.399 42 Q 0.148 0.023 0.082 0.115 0.182 0.108 0.011 0.332 43 Q 0.022 0.019 0.039 0.070 0.076 0.051 0.005 0.717 44 S 0.054 0.042 0.077 0.184 0.272 0.083 0.008 0.279 45 H 0.031 0.041 0.039 0.099 0.140 0.096 0.007 0.547 46 S 0.018 0.026 0.016 0.022 0.087 0.051 0.004 0.775 47 M 0.028 0.041 0.010 0.014 0.032 0.207 0.006 0.662 48 E 0.077 0.110 0.005 0.009 0.015 0.425 0.012 0.348 49 V 0.120 0.587 0.009 0.013 0.027 0.035 0.006 0.203 50 A 0.031 0.608 0.007 0.014 0.027 0.040 0.007 0.265 51 E 0.110 0.520 0.012 0.014 0.019 0.041 0.025 0.260 52 W 0.131 0.685 0.015 0.012 0.014 0.015 0.018 0.109 53 T 0.139 0.353 0.017 0.021 0.026 0.046 0.034 0.363 54 D 0.059 0.178 0.034 0.021 0.030 0.049 0.016 0.613 55 K 0.074 0.125 0.019 0.013 0.028 0.147 0.014 0.580 56 A 0.099 0.117 0.012 0.009 0.015 0.427 0.023 0.298 57 V 0.201 0.232 0.016 0.013 0.014 0.091 0.027 0.407 58 N 0.078 0.221 0.031 0.025 0.020 0.110 0.024 0.490 59 H 0.169 0.094 0.040 0.050 0.061 0.144 0.037 0.405 60 I 0.198 0.081 0.057 0.084 0.192 0.125 0.014 0.249 61 W 0.037 0.062 0.055 0.261 0.333 0.056 0.007 0.190 62 K 0.030 0.041 0.053 0.316 0.382 0.040 0.005 0.133 63 I 0.022 0.043 0.059 0.237 0.378 0.034 0.004 0.223 64 Y 0.012 0.045 0.046 0.346 0.433 0.024 0.004 0.089 65 H 0.023 0.058 0.041 0.227 0.306 0.054 0.012 0.279 66 N 0.038 0.037 0.033 0.094 0.164 0.076 0.028 0.531 67 G 0.213 0.020 0.021 0.058 0.054 0.094 0.088 0.452 68 V 0.212 0.007 0.041 0.034 0.040 0.253 0.033 0.381 69 L 0.024 0.006 0.053 0.087 0.081 0.121 0.012 0.616 70 E 0.050 0.007 0.080 0.166 0.247 0.126 0.007 0.317 71 F 0.034 0.004 0.178 0.222 0.293 0.060 0.005 0.203 72 C 0.013 0.003 0.131 0.261 0.423 0.034 0.002 0.134 73 I 0.003 0.003 0.091 0.375 0.415 0.014 0.001 0.099 74 I 0.003 0.003 0.056 0.237 0.508 0.031 0.001 0.160 75 T 0.019 0.005 0.075 0.184 0.381 0.073 0.004 0.258 76 T 0.029 0.005 0.032 0.074 0.145 0.326 0.006 0.382 77 D 0.048 0.007 0.015 0.030 0.053 0.098 0.007 0.743 78 E 0.029 0.011 0.014 0.012 0.022 0.184 0.005 0.723 79 N 0.035 0.014 0.006 0.008 0.014 0.608 0.013 0.303 80 E 0.224 0.082 0.016 0.014 0.018 0.193 0.019 0.434 81 C 0.034 0.266 0.043 0.033 0.033 0.128 0.013 0.450 82 N 0.091 0.079 0.031 0.033 0.053 0.237 0.025 0.451 83 W 0.070 0.182 0.052 0.042 0.069 0.120 0.008 0.457 84 M 0.065 0.226 0.036 0.080 0.208 0.186 0.009 0.191 85 M 0.070 0.384 0.060 0.124 0.132 0.092 0.011 0.128 86 F 0.040 0.573 0.038 0.074 0.124 0.029 0.007 0.115 87 V 0.030 0.532 0.081 0.113 0.148 0.020 0.010 0.065 88 R 0.026 0.602 0.037 0.099 0.117 0.019 0.012 0.090 89 K 0.103 0.352 0.055 0.065 0.144 0.035 0.042 0.203 90 A 0.220 0.211 0.047 0.046 0.072 0.104 0.044 0.256 91 R 0.250 0.118 0.039 0.027 0.033 0.137 0.054 0.342 92 N 0.142 0.129 0.033 0.024 0.030 0.201 0.030 0.410 93 R 0.019 0.027 0.010 0.004 0.009 0.027 0.005 0.899 94 E 0.029 0.042 0.008 0.007 0.011 0.376 0.012 0.515 95 E 0.327 0.056 0.011 0.008 0.014 0.357 0.025 0.201 96 Q 0.196 0.385 0.025 0.038 0.041 0.092 0.016 0.206 97 N 0.051 0.178 0.055 0.070 0.118 0.098 0.017 0.413 98 L 0.079 0.118 0.056 0.214 0.257 0.060 0.013 0.203 99 V 0.049 0.063 0.031 0.252 0.355 0.039 0.010 0.201 100 A 0.016 0.029 0.044 0.264 0.393 0.025 0.006 0.222 101 Y 0.021 0.019 0.035 0.360 0.317 0.033 0.004 0.210 102 P 0.002 0.002 0.006 0.056 0.055 0.012 0.001 0.865 103 H 0.013 0.006 0.020 0.092 0.228 0.141 0.008 0.493 104 D 0.064 0.005 0.012 0.029 0.034 0.120 0.030 0.706 105 G 0.154 0.010 0.023 0.065 0.029 0.129 0.068 0.522 106 K 0.334 0.001 0.029 0.033 0.058 0.335 0.013 0.198 107 I 0.046 0.002 0.055 0.210 0.255 0.155 0.003 0.273 108 F 0.006 0.001 0.061 0.382 0.506 0.021 0.001 0.022 109 F 0.003 0.001 0.060 0.293 0.551 0.014 0.001 0.078 110 C 0.001 0.001 0.062 0.342 0.573 0.005 0.001 0.015 111 T 0.003 0.002 0.088 0.304 0.556 0.017 0.001 0.030 112 S 0.007 0.004 0.072 0.242 0.506 0.029 0.002 0.139 113 Q 0.016 0.006 0.095 0.221 0.398 0.072 0.006 0.187 114 D 0.031 0.007 0.032 0.060 0.140 0.131 0.017 0.583 115 I 0.155 0.014 0.054 0.065 0.137 0.081 0.041 0.453 116 P 0.019 0.002 0.006 0.017 0.027 0.431 0.006 0.491 117 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 118 E 0.017 0.007 0.018 0.049 0.074 0.347 0.012 0.476 119 N 0.689 0.003 0.011 0.015 0.019 0.093 0.018 0.152 120 E 0.140 0.015 0.073 0.087 0.132 0.113 0.004 0.435 121 L 0.030 0.011 0.055 0.357 0.455 0.038 0.002 0.051 122 L 0.027 0.011 0.082 0.226 0.440 0.029 0.003 0.181 123 F 0.008 0.013 0.090 0.311 0.481 0.019 0.002 0.076 124 Y 0.010 0.035 0.052 0.262 0.373 0.035 0.003 0.229 125 Y 0.025 0.035 0.057 0.142 0.390 0.076 0.009 0.265 126 S 0.048 0.040 0.029 0.062 0.142 0.244 0.013 0.423 127 R 0.092 0.033 0.020 0.022 0.038 0.114 0.016 0.665 128 D 0.055 0.084 0.011 0.012 0.016 0.250 0.010 0.563 129 Y 0.103 0.175 0.015 0.011 0.032 0.136 0.011 0.517 130 A 0.057 0.391 0.011 0.014 0.035 0.133 0.008 0.351 131 Q 0.074 0.485 0.008 0.011 0.022 0.120 0.017 0.263 132 Q 0.106 0.730 0.006 0.007 0.007 0.023 0.013 0.109 133 I 0.140 0.684 0.011 0.014 0.015 0.012 0.027 0.097 134 G 0.273 0.209 0.022 0.024 0.026 0.022 0.134 0.291 135 V 0.303 0.076 0.104 0.047 0.060 0.043 0.024 0.342 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 137 E 0.002 0.002 0.005 0.010 0.025 0.036 0.001 0.919