# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 852 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.274 0.159 0.192 0.140 0.087 0.049 0.055 0.010 0.023 0.009 0.001 2 R 0.331 0.231 0.184 0.106 0.059 0.043 0.018 0.003 0.022 0.002 0.001 3 A 0.329 0.268 0.226 0.072 0.043 0.031 0.010 0.001 0.016 0.002 0.001 4 R 0.285 0.316 0.201 0.085 0.046 0.034 0.009 0.002 0.020 0.001 0.001 5 L 0.240 0.269 0.257 0.126 0.032 0.032 0.019 0.001 0.020 0.001 0.002 6 S 0.098 0.224 0.244 0.141 0.098 0.060 0.060 0.017 0.046 0.011 0.001 7 L 0.013 0.380 0.420 0.004 0.044 0.013 0.003 0.001 0.121 0.001 0.001 8 P 0.060 0.008 0.866 0.005 0.002 0.017 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 9 K 0.347 0.112 0.375 0.084 0.033 0.016 0.009 0.011 0.007 0.003 0.004 10 Q 0.122 0.229 0.305 0.141 0.058 0.045 0.043 0.011 0.041 0.003 0.003 11 L 0.015 0.728 0.160 0.019 0.051 0.009 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 12 V 0.015 0.701 0.208 0.006 0.030 0.024 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 13 L 0.015 0.419 0.463 0.014 0.016 0.045 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 14 R 0.025 0.612 0.198 0.016 0.081 0.029 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 15 Q 0.066 0.382 0.349 0.031 0.083 0.050 0.007 0.002 0.027 0.003 0.001 16 S 0.078 0.369 0.307 0.040 0.122 0.032 0.011 0.004 0.028 0.008 0.001 17 I 0.264 0.304 0.225 0.058 0.073 0.042 0.007 0.002 0.019 0.004 0.002 18 V 0.206 0.182 0.288 0.210 0.031 0.027 0.026 0.001 0.023 0.003 0.002 19 G 0.058 0.019 0.052 0.030 0.119 0.013 0.094 0.397 0.008 0.209 0.001 20 A 0.173 0.183 0.403 0.137 0.051 0.013 0.021 0.002 0.013 0.005 0.001 21 E 0.086 0.151 0.227 0.094 0.124 0.049 0.113 0.096 0.022 0.037 0.001 22 V 0.047 0.569 0.213 0.072 0.060 0.014 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 23 G 0.032 0.203 0.156 0.015 0.431 0.026 0.023 0.057 0.010 0.044 0.001 24 V 0.024 0.760 0.132 0.005 0.052 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 25 W 0.051 0.608 0.171 0.021 0.052 0.061 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 26 T 0.065 0.498 0.158 0.085 0.132 0.027 0.013 0.001 0.018 0.002 0.001 27 G 0.088 0.122 0.153 0.048 0.291 0.026 0.058 0.127 0.016 0.070 0.001 28 E 0.119 0.448 0.241 0.053 0.079 0.024 0.013 0.002 0.019 0.002 0.001 29 T 0.127 0.208 0.324 0.120 0.028 0.119 0.026 0.004 0.038 0.002 0.004 30 I 0.022 0.557 0.218 0.004 0.052 0.014 0.002 0.001 0.130 0.001 0.001 31 P 0.167 0.009 0.748 0.014 0.003 0.035 0.002 0.001 0.004 0.001 0.019 32 V 0.392 0.131 0.190 0.211 0.029 0.015 0.017 0.003 0.009 0.001 0.002 33 R 0.028 0.007 0.025 0.031 0.076 0.013 0.210 0.527 0.007 0.076 0.001 34 T 0.044 0.547 0.194 0.075 0.088 0.013 0.017 0.002 0.020 0.002 0.001 35 C 0.062 0.450 0.305 0.033 0.039 0.083 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 36 F 0.052 0.614 0.170 0.058 0.039 0.043 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 37 G 0.033 0.214 0.228 0.005 0.410 0.015 0.005 0.002 0.045 0.043 0.001 38 P 0.297 0.012 0.626 0.015 0.007 0.017 0.002 0.001 0.003 0.001 0.017 39 L 0.256 0.232 0.283 0.120 0.028 0.032 0.016 0.004 0.024 0.003 0.001 40 I 0.228 0.310 0.226 0.151 0.041 0.015 0.011 0.001 0.017 0.001 0.001 41 G 0.046 0.018 0.078 0.013 0.182 0.011 0.089 0.405 0.005 0.153 0.001 42 Q 0.145 0.411 0.274 0.043 0.061 0.043 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 43 Q 0.108 0.425 0.247 0.039 0.019 0.107 0.006 0.001 0.047 0.001 0.001 44 S 0.119 0.344 0.221 0.176 0.068 0.044 0.006 0.002 0.018 0.001 0.001 45 H 0.059 0.247 0.331 0.071 0.146 0.055 0.018 0.002 0.063 0.007 0.001 46 S 0.812 0.014 0.117 0.025 0.007 0.012 0.003 0.001 0.003 0.001 0.004 47 M 0.901 0.015 0.029 0.033 0.007 0.005 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 48 E 0.815 0.035 0.040 0.079 0.008 0.013 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 49 V 0.804 0.073 0.067 0.021 0.006 0.013 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 50 A 0.869 0.016 0.052 0.038 0.004 0.014 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 51 E 0.750 0.038 0.038 0.133 0.009 0.013 0.012 0.002 0.005 0.001 0.001 52 W 0.543 0.049 0.074 0.227 0.018 0.025 0.038 0.010 0.013 0.002 0.001 53 T 0.407 0.101 0.159 0.217 0.019 0.026 0.042 0.004 0.023 0.002 0.001 54 D 0.372 0.065 0.177 0.203 0.024 0.054 0.066 0.010 0.023 0.004 0.001 55 K 0.620 0.076 0.130 0.120 0.018 0.017 0.009 0.003 0.006 0.002 0.001 56 A 0.451 0.082 0.133 0.209 0.028 0.042 0.029 0.007 0.012 0.005 0.001 57 V 0.435 0.170 0.140 0.145 0.034 0.020 0.029 0.003 0.019 0.004 0.001 58 N 0.237 0.086 0.144 0.228 0.048 0.040 0.163 0.024 0.021 0.007 0.001 59 H 0.104 0.314 0.180 0.173 0.105 0.033 0.056 0.014 0.018 0.004 0.001 60 I 0.095 0.518 0.247 0.045 0.046 0.024 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 61 W 0.059 0.598 0.195 0.024 0.083 0.023 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 62 K 0.018 0.835 0.045 0.005 0.081 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 63 I 0.025 0.807 0.097 0.006 0.032 0.024 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 64 Y 0.060 0.667 0.127 0.019 0.070 0.034 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 65 H 0.107 0.444 0.139 0.049 0.108 0.056 0.025 0.003 0.064 0.004 0.001 66 N 0.106 0.071 0.248 0.297 0.028 0.037 0.176 0.008 0.024 0.004 0.002 67 G 0.007 0.003 0.009 0.009 0.031 0.002 0.086 0.721 0.001 0.129 0.001 68 V 0.072 0.261 0.446 0.100 0.064 0.019 0.015 0.002 0.016 0.004 0.001 69 L 0.095 0.236 0.445 0.092 0.046 0.037 0.021 0.004 0.014 0.004 0.005 70 E 0.033 0.648 0.187 0.028 0.074 0.011 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 71 F 0.008 0.805 0.093 0.007 0.060 0.013 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 72 C 0.005 0.791 0.129 0.004 0.034 0.020 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 73 I 0.007 0.830 0.104 0.004 0.029 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 74 I 0.029 0.316 0.364 0.018 0.052 0.125 0.007 0.001 0.085 0.002 0.002 75 T 0.275 0.305 0.155 0.073 0.131 0.028 0.008 0.004 0.013 0.008 0.001 76 T 0.183 0.227 0.199 0.184 0.099 0.040 0.024 0.007 0.026 0.012 0.001 77 D 0.191 0.139 0.281 0.094 0.080 0.073 0.052 0.010 0.062 0.016 0.002 78 E 0.774 0.018 0.109 0.068 0.005 0.007 0.007 0.004 0.003 0.004 0.002 79 N 0.245 0.044 0.065 0.461 0.016 0.036 0.098 0.019 0.011 0.003 0.001 80 E 0.184 0.062 0.088 0.374 0.034 0.025 0.189 0.021 0.015 0.006 0.001 81 C 0.342 0.047 0.114 0.084 0.086 0.012 0.081 0.077 0.007 0.149 0.001 82 N 0.327 0.059 0.216 0.171 0.052 0.116 0.028 0.005 0.021 0.004 0.001 83 W 0.879 0.026 0.026 0.045 0.008 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 84 M 0.906 0.025 0.018 0.035 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 85 M 0.920 0.024 0.022 0.014 0.007 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 86 F 0.898 0.024 0.020 0.033 0.003 0.015 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 87 V 0.651 0.084 0.121 0.087 0.005 0.017 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 88 R 0.658 0.019 0.101 0.130 0.009 0.027 0.044 0.002 0.008 0.001 0.001 89 K 0.473 0.073 0.065 0.280 0.025 0.019 0.044 0.012 0.007 0.002 0.001 90 A 0.372 0.140 0.201 0.176 0.046 0.018 0.023 0.007 0.012 0.004 0.001 91 R 0.221 0.227 0.206 0.210 0.045 0.043 0.022 0.005 0.018 0.004 0.001 92 N 0.025 0.136 0.322 0.043 0.046 0.115 0.046 0.002 0.259 0.005 0.001 93 R 0.865 0.004 0.088 0.026 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 94 E 0.410 0.038 0.048 0.394 0.015 0.017 0.050 0.018 0.007 0.002 0.001 95 E 0.256 0.202 0.111 0.286 0.027 0.039 0.051 0.006 0.019 0.001 0.002 96 Q 0.251 0.407 0.199 0.077 0.027 0.010 0.012 0.001 0.015 0.001 0.001 97 N 0.123 0.251 0.334 0.111 0.068 0.050 0.026 0.004 0.032 0.001 0.001 98 L 0.052 0.590 0.214 0.046 0.044 0.026 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 99 V 0.029 0.766 0.151 0.008 0.023 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 100 A 0.031 0.594 0.258 0.013 0.053 0.026 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 101 Y 0.016 0.530 0.273 0.005 0.057 0.044 0.002 0.001 0.071 0.001 0.001 102 P 0.281 0.045 0.591 0.021 0.009 0.033 0.002 0.001 0.008 0.002 0.006 103 H 0.327 0.192 0.077 0.281 0.045 0.017 0.029 0.013 0.012 0.007 0.001 104 D 0.021 0.028 0.048 0.394 0.025 0.015 0.423 0.025 0.015 0.005 0.001 105 G 0.012 0.008 0.021 0.016 0.038 0.002 0.159 0.658 0.002 0.085 0.001 106 K 0.023 0.430 0.368 0.070 0.045 0.024 0.018 0.002 0.018 0.001 0.001 107 I 0.006 0.710 0.237 0.007 0.018 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 108 F 0.005 0.829 0.085 0.003 0.057 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 109 F 0.004 0.869 0.057 0.002 0.048 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 110 C 0.010 0.811 0.083 0.004 0.056 0.019 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 111 T 0.021 0.691 0.103 0.011 0.129 0.026 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 112 S 0.079 0.417 0.246 0.043 0.124 0.040 0.015 0.003 0.027 0.004 0.001 113 Q 0.106 0.515 0.161 0.053 0.097 0.019 0.019 0.004 0.023 0.002 0.001 114 D 0.079 0.164 0.308 0.148 0.031 0.148 0.060 0.007 0.049 0.002 0.005 115 I 0.027 0.566 0.276 0.017 0.034 0.017 0.002 0.001 0.059 0.001 0.001 116 P 0.014 0.019 0.908 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.034 0.002 0.004 117 P 0.325 0.003 0.587 0.020 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.050 118 E 0.165 0.018 0.070 0.126 0.047 0.012 0.125 0.397 0.009 0.030 0.001 119 N 0.140 0.186 0.318 0.207 0.066 0.021 0.029 0.012 0.016 0.004 0.001 120 E 0.118 0.419 0.344 0.038 0.027 0.028 0.007 0.001 0.015 0.001 0.002 121 L 0.106 0.560 0.225 0.027 0.028 0.036 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 122 L 0.029 0.793 0.079 0.012 0.063 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 123 F 0.057 0.640 0.162 0.012 0.064 0.038 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 124 Y 0.169 0.278 0.255 0.055 0.039 0.122 0.014 0.002 0.064 0.001 0.001 125 Y 0.276 0.191 0.153 0.205 0.060 0.057 0.029 0.005 0.019 0.005 0.001 126 S 0.240 0.108 0.152 0.156 0.123 0.053 0.094 0.020 0.027 0.026 0.001 127 R 0.574 0.082 0.143 0.099 0.035 0.023 0.021 0.005 0.011 0.005 0.001 128 D 0.452 0.058 0.127 0.231 0.026 0.050 0.031 0.006 0.015 0.004 0.001 129 Y 0.640 0.076 0.082 0.131 0.024 0.022 0.009 0.001 0.011 0.002 0.001 130 A 0.817 0.027 0.065 0.058 0.008 0.011 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 131 Q 0.783 0.032 0.062 0.079 0.010 0.010 0.014 0.003 0.005 0.002 0.001 132 Q 0.576 0.074 0.089 0.195 0.015 0.014 0.021 0.004 0.011 0.001 0.001 133 I 0.248 0.136 0.266 0.296 0.013 0.009 0.019 0.001 0.012 0.001 0.001 134 G 0.038 0.011 0.065 0.024 0.061 0.018 0.131 0.479 0.007 0.166 0.001 135 V 0.018 0.430 0.402 0.004 0.051 0.011 0.001 0.001 0.080 0.001 0.001 136 P 0.178 0.006 0.708 0.015 0.002 0.027 0.002 0.001 0.002 0.001 0.059 137 E 0.268 0.192 0.204 0.118 0.067 0.032 0.035 0.047 0.026 0.007 0.001