# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 852 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.087 0.140 0.076 0.029 0.167 0.033 0.047 0.216 0.092 0.075 0.039 2 R 0.156 0.102 0.026 0.009 0.220 0.015 0.033 0.212 0.105 0.076 0.045 3 A 0.106 0.126 0.029 0.009 0.212 0.017 0.033 0.226 0.151 0.051 0.040 4 R 0.104 0.082 0.031 0.012 0.172 0.028 0.070 0.224 0.150 0.083 0.043 5 L 0.065 0.267 0.076 0.021 0.165 0.023 0.071 0.108 0.092 0.080 0.032 6 S 0.114 0.124 0.107 0.034 0.163 0.024 0.040 0.050 0.067 0.213 0.067 7 L 0.045 0.447 0.259 0.011 0.153 0.007 0.012 0.015 0.019 0.022 0.011 8 P 0.162 0.319 0.150 0.010 0.251 0.008 0.015 0.021 0.026 0.014 0.024 9 K 0.041 0.145 0.042 0.016 0.100 0.059 0.197 0.155 0.186 0.038 0.020 10 Q 0.189 0.119 0.015 0.008 0.302 0.012 0.089 0.044 0.041 0.108 0.073 11 L 0.267 0.064 0.005 0.001 0.623 0.002 0.004 0.006 0.004 0.006 0.019 12 V 0.174 0.076 0.004 0.001 0.713 0.004 0.008 0.005 0.001 0.002 0.012 13 L 0.398 0.055 0.005 0.002 0.472 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.056 14 R 0.208 0.159 0.044 0.020 0.432 0.015 0.010 0.008 0.004 0.019 0.081 15 Q 0.206 0.216 0.049 0.013 0.364 0.011 0.014 0.015 0.014 0.039 0.058 16 S 0.139 0.240 0.132 0.024 0.290 0.016 0.022 0.034 0.023 0.034 0.045 17 I 0.162 0.120 0.071 0.037 0.212 0.035 0.058 0.125 0.078 0.051 0.052 18 V 0.041 0.218 0.094 0.118 0.086 0.097 0.112 0.107 0.059 0.047 0.023 19 G 0.073 0.045 0.095 0.213 0.067 0.059 0.029 0.058 0.043 0.235 0.083 20 A 0.040 0.106 0.102 0.058 0.092 0.037 0.064 0.224 0.147 0.100 0.029 21 E 0.112 0.104 0.077 0.046 0.118 0.044 0.058 0.108 0.070 0.184 0.079 22 V 0.074 0.236 0.121 0.051 0.158 0.030 0.040 0.073 0.065 0.100 0.051 23 G 0.116 0.231 0.075 0.025 0.281 0.021 0.029 0.072 0.047 0.057 0.047 24 V 0.253 0.130 0.033 0.008 0.375 0.010 0.017 0.052 0.036 0.029 0.055 25 W 0.206 0.101 0.049 0.036 0.208 0.073 0.072 0.083 0.042 0.061 0.070 26 T 0.075 0.228 0.097 0.090 0.139 0.053 0.053 0.085 0.082 0.056 0.041 27 G 0.037 0.038 0.052 0.094 0.032 0.038 0.036 0.076 0.164 0.377 0.056 28 E 0.036 0.316 0.134 0.014 0.214 0.008 0.028 0.072 0.087 0.069 0.022 29 T 0.139 0.146 0.030 0.006 0.242 0.008 0.028 0.055 0.084 0.199 0.063 30 I 0.047 0.389 0.279 0.013 0.169 0.008 0.012 0.024 0.029 0.019 0.012 31 P 0.043 0.257 0.445 0.022 0.096 0.030 0.024 0.046 0.025 0.005 0.006 32 V 0.006 0.072 0.016 0.008 0.012 0.020 0.264 0.290 0.287 0.019 0.005 33 R 0.016 0.014 0.012 0.008 0.011 0.006 0.011 0.037 0.031 0.717 0.137 34 T 0.034 0.561 0.084 0.003 0.239 0.003 0.007 0.015 0.009 0.026 0.020 35 C 0.273 0.121 0.019 0.005 0.412 0.017 0.024 0.021 0.014 0.024 0.070 36 F 0.216 0.179 0.052 0.049 0.267 0.026 0.018 0.020 0.019 0.035 0.119 37 G 0.145 0.261 0.099 0.019 0.392 0.012 0.010 0.017 0.008 0.014 0.022 38 P 0.177 0.259 0.097 0.011 0.340 0.012 0.011 0.027 0.021 0.014 0.031 39 L 0.328 0.076 0.038 0.031 0.268 0.043 0.054 0.030 0.021 0.038 0.074 40 I 0.057 0.121 0.059 0.178 0.088 0.123 0.150 0.058 0.070 0.061 0.034 41 G 0.048 0.107 0.148 0.269 0.056 0.040 0.018 0.038 0.049 0.160 0.067 42 Q 0.096 0.270 0.050 0.008 0.446 0.005 0.010 0.029 0.026 0.031 0.028 43 Q 0.297 0.136 0.018 0.005 0.322 0.010 0.018 0.038 0.026 0.023 0.106 44 S 0.117 0.216 0.094 0.048 0.202 0.068 0.065 0.047 0.024 0.049 0.070 45 H 0.051 0.409 0.289 0.028 0.120 0.014 0.009 0.024 0.013 0.025 0.018 46 S 0.054 0.092 0.037 0.009 0.093 0.010 0.015 0.335 0.259 0.073 0.023 47 M 0.011 0.029 0.014 0.003 0.027 0.009 0.034 0.593 0.251 0.023 0.005 48 E 0.029 0.028 0.010 0.003 0.037 0.005 0.029 0.592 0.151 0.098 0.017 49 V 0.047 0.037 0.010 0.007 0.054 0.008 0.024 0.498 0.193 0.092 0.028 50 A 0.013 0.031 0.019 0.010 0.024 0.020 0.034 0.583 0.205 0.052 0.009 51 E 0.021 0.055 0.023 0.006 0.051 0.009 0.060 0.475 0.163 0.123 0.015 52 W 0.062 0.117 0.061 0.009 0.132 0.011 0.052 0.286 0.122 0.117 0.031 53 T 0.057 0.250 0.103 0.016 0.134 0.016 0.036 0.194 0.079 0.078 0.036 54 D 0.079 0.175 0.081 0.015 0.154 0.017 0.037 0.232 0.098 0.073 0.039 55 K 0.025 0.077 0.033 0.011 0.046 0.022 0.077 0.416 0.200 0.076 0.018 56 A 0.065 0.077 0.050 0.018 0.091 0.018 0.043 0.303 0.105 0.181 0.050 57 V 0.054 0.109 0.040 0.017 0.112 0.020 0.035 0.349 0.137 0.095 0.031 58 N 0.055 0.079 0.045 0.025 0.078 0.035 0.055 0.344 0.113 0.129 0.042 59 H 0.082 0.133 0.051 0.014 0.149 0.017 0.037 0.280 0.085 0.117 0.035 60 I 0.154 0.073 0.014 0.007 0.190 0.010 0.021 0.344 0.102 0.046 0.038 61 W 0.113 0.107 0.022 0.007 0.252 0.017 0.027 0.307 0.100 0.025 0.023 62 K 0.154 0.115 0.025 0.005 0.375 0.010 0.028 0.185 0.043 0.027 0.034 63 I 0.226 0.112 0.016 0.006 0.314 0.009 0.031 0.149 0.040 0.043 0.055 64 Y 0.114 0.157 0.082 0.025 0.187 0.027 0.050 0.179 0.072 0.054 0.052 65 H 0.080 0.088 0.115 0.066 0.107 0.072 0.117 0.199 0.072 0.046 0.038 66 N 0.020 0.236 0.106 0.151 0.043 0.084 0.159 0.086 0.067 0.036 0.011 67 G 0.036 0.021 0.047 0.109 0.024 0.033 0.015 0.021 0.028 0.522 0.146 68 V 0.095 0.353 0.115 0.010 0.266 0.007 0.014 0.028 0.028 0.048 0.036 69 L 0.195 0.175 0.038 0.010 0.303 0.033 0.048 0.041 0.034 0.042 0.081 70 E 0.211 0.186 0.028 0.016 0.398 0.019 0.047 0.020 0.016 0.017 0.043 71 F 0.185 0.104 0.012 0.003 0.660 0.005 0.008 0.005 0.003 0.004 0.013 72 C 0.272 0.055 0.004 0.001 0.649 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.013 73 I 0.285 0.104 0.010 0.003 0.508 0.004 0.003 0.004 0.002 0.008 0.069 74 I 0.225 0.152 0.057 0.016 0.421 0.013 0.012 0.010 0.004 0.018 0.072 75 T 0.155 0.156 0.058 0.028 0.215 0.022 0.043 0.081 0.075 0.099 0.070 76 T 0.074 0.220 0.114 0.059 0.155 0.047 0.053 0.081 0.054 0.103 0.040 77 D 0.120 0.218 0.106 0.025 0.286 0.016 0.017 0.066 0.043 0.061 0.043 78 E 0.050 0.077 0.030 0.019 0.074 0.045 0.078 0.303 0.202 0.090 0.033 79 N 0.056 0.109 0.091 0.037 0.097 0.034 0.061 0.259 0.092 0.127 0.038 80 E 0.059 0.065 0.031 0.016 0.079 0.014 0.030 0.365 0.128 0.173 0.041 81 C 0.052 0.105 0.045 0.022 0.083 0.028 0.029 0.417 0.117 0.074 0.028 82 N 0.043 0.081 0.047 0.014 0.077 0.020 0.028 0.530 0.077 0.062 0.022 83 W 0.027 0.024 0.006 0.002 0.031 0.003 0.011 0.744 0.104 0.038 0.009 84 M 0.028 0.015 0.003 0.001 0.043 0.003 0.005 0.810 0.079 0.008 0.006 85 M 0.015 0.012 0.002 0.001 0.038 0.004 0.013 0.838 0.068 0.006 0.003 86 F 0.060 0.013 0.003 0.001 0.062 0.003 0.023 0.763 0.051 0.010 0.010 87 V 0.036 0.028 0.008 0.006 0.055 0.011 0.037 0.673 0.108 0.024 0.014 88 R 0.044 0.045 0.018 0.007 0.072 0.010 0.040 0.499 0.209 0.035 0.020 89 K 0.035 0.066 0.030 0.008 0.065 0.017 0.114 0.352 0.168 0.112 0.033 90 A 0.079 0.173 0.062 0.011 0.138 0.015 0.100 0.204 0.075 0.107 0.036 91 R 0.063 0.134 0.062 0.025 0.097 0.038 0.063 0.084 0.078 0.287 0.070 92 N 0.103 0.291 0.236 0.008 0.303 0.003 0.003 0.018 0.008 0.011 0.016 93 R 0.007 0.017 0.004 0.002 0.013 0.015 0.050 0.490 0.383 0.016 0.003 94 E 0.025 0.032 0.026 0.013 0.042 0.015 0.066 0.385 0.166 0.211 0.019 95 E 0.115 0.052 0.013 0.006 0.129 0.008 0.020 0.296 0.119 0.181 0.063 96 Q 0.111 0.111 0.029 0.011 0.187 0.030 0.060 0.252 0.078 0.084 0.046 97 N 0.184 0.122 0.023 0.012 0.279 0.023 0.048 0.134 0.059 0.066 0.051 98 L 0.231 0.117 0.020 0.007 0.492 0.012 0.023 0.035 0.019 0.021 0.024 99 V 0.222 0.119 0.018 0.005 0.538 0.006 0.013 0.016 0.007 0.012 0.043 100 A 0.247 0.145 0.026 0.007 0.469 0.005 0.007 0.005 0.004 0.021 0.063 101 Y 0.171 0.242 0.080 0.015 0.436 0.007 0.007 0.004 0.002 0.007 0.029 102 P 0.169 0.139 0.210 0.101 0.119 0.053 0.052 0.040 0.032 0.026 0.060 103 H 0.023 0.024 0.054 0.202 0.023 0.158 0.260 0.118 0.089 0.033 0.016 104 D 0.044 0.060 0.073 0.309 0.047 0.101 0.039 0.031 0.055 0.201 0.040 105 G 0.040 0.049 0.031 0.069 0.052 0.061 0.053 0.031 0.050 0.477 0.085 106 K 0.186 0.162 0.016 0.003 0.548 0.005 0.025 0.009 0.008 0.018 0.020 107 I 0.251 0.049 0.002 0.001 0.680 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 108 F 0.238 0.058 0.003 0.002 0.676 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 109 F 0.363 0.038 0.003 0.001 0.566 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 110 C 0.305 0.119 0.019 0.011 0.388 0.013 0.008 0.003 0.002 0.020 0.113 111 T 0.218 0.201 0.050 0.016 0.300 0.010 0.013 0.011 0.016 0.040 0.124 112 S 0.154 0.171 0.068 0.037 0.191 0.028 0.026 0.037 0.104 0.098 0.087 113 Q 0.043 0.373 0.094 0.024 0.188 0.030 0.064 0.033 0.077 0.047 0.027 114 D 0.141 0.087 0.036 0.013 0.191 0.012 0.038 0.034 0.060 0.284 0.104 115 I 0.046 0.428 0.257 0.015 0.178 0.007 0.010 0.007 0.018 0.023 0.010 116 P 0.018 0.203 0.701 0.012 0.050 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 117 P 0.008 0.085 0.024 0.008 0.019 0.017 0.216 0.268 0.345 0.006 0.003 118 E 0.020 0.013 0.008 0.007 0.011 0.012 0.031 0.039 0.050 0.713 0.096 119 N 0.059 0.444 0.050 0.003 0.308 0.007 0.021 0.020 0.013 0.042 0.033 120 E 0.297 0.055 0.003 0.001 0.581 0.004 0.009 0.009 0.005 0.007 0.030 121 L 0.223 0.109 0.010 0.004 0.602 0.006 0.006 0.007 0.004 0.004 0.024 122 L 0.291 0.066 0.005 0.002 0.591 0.004 0.005 0.006 0.002 0.003 0.027 123 F 0.259 0.147 0.022 0.007 0.427 0.006 0.005 0.011 0.006 0.016 0.092 124 Y 0.214 0.146 0.053 0.023 0.301 0.028 0.043 0.028 0.014 0.056 0.095 125 Y 0.082 0.254 0.142 0.045 0.167 0.031 0.043 0.054 0.048 0.092 0.043 126 S 0.100 0.244 0.135 0.036 0.189 0.021 0.017 0.074 0.055 0.086 0.042 127 R 0.025 0.076 0.033 0.013 0.057 0.023 0.047 0.392 0.258 0.061 0.014 128 D 0.031 0.061 0.027 0.009 0.060 0.012 0.037 0.484 0.167 0.092 0.020 129 Y 0.026 0.030 0.012 0.004 0.037 0.005 0.015 0.544 0.228 0.079 0.018 130 A 0.018 0.032 0.010 0.004 0.035 0.014 0.030 0.639 0.173 0.037 0.008 131 Q 0.016 0.079 0.027 0.004 0.032 0.008 0.044 0.560 0.174 0.047 0.009 132 Q 0.040 0.020 0.017 0.007 0.040 0.016 0.056 0.400 0.123 0.217 0.064 133 I 0.011 0.669 0.128 0.014 0.060 0.012 0.036 0.036 0.016 0.014 0.005 134 G 0.038 0.025 0.045 0.069 0.026 0.028 0.022 0.037 0.029 0.439 0.242 135 V 0.043 0.469 0.226 0.014 0.182 0.003 0.005 0.016 0.012 0.018 0.011 136 P 0.094 0.282 0.111 0.023 0.195 0.041 0.034 0.079 0.053 0.034 0.052 137 E 0.104 0.177 0.128 0.043 0.184 0.031 0.061 0.113 0.077 0.046 0.035