# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 852 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.725 0.201 0.045 0.018 0.009 0.002 0.001 2 R 0.521 0.267 0.133 0.058 0.016 0.004 0.001 3 A 0.281 0.166 0.210 0.207 0.107 0.028 0.002 4 R 0.413 0.297 0.183 0.075 0.025 0.006 0.001 5 L 0.354 0.248 0.203 0.132 0.051 0.011 0.001 6 S 0.556 0.322 0.078 0.030 0.012 0.003 0.001 7 L 0.184 0.176 0.223 0.250 0.126 0.039 0.002 8 P 0.349 0.276 0.209 0.111 0.043 0.011 0.001 9 K 0.433 0.330 0.145 0.067 0.020 0.005 0.001 10 Q 0.202 0.315 0.248 0.154 0.061 0.017 0.002 11 L 0.031 0.048 0.087 0.211 0.360 0.238 0.025 12 V 0.039 0.164 0.253 0.289 0.168 0.078 0.009 13 L 0.022 0.044 0.071 0.147 0.280 0.356 0.080 14 R 0.036 0.108 0.190 0.258 0.252 0.138 0.018 15 Q 0.072 0.156 0.207 0.249 0.198 0.103 0.015 16 S 0.060 0.110 0.167 0.223 0.247 0.167 0.026 17 I 0.093 0.159 0.234 0.247 0.182 0.078 0.008 18 V 0.208 0.259 0.236 0.175 0.083 0.035 0.004 19 G 0.321 0.285 0.189 0.123 0.060 0.019 0.002 20 A 0.290 0.290 0.206 0.134 0.059 0.019 0.003 21 E 0.205 0.307 0.188 0.155 0.102 0.038 0.005 22 V 0.012 0.051 0.113 0.271 0.314 0.216 0.023 23 G 0.006 0.020 0.050 0.114 0.247 0.473 0.090 24 V 0.004 0.013 0.035 0.080 0.184 0.460 0.223 25 W 0.005 0.020 0.071 0.163 0.234 0.312 0.196 26 T 0.003 0.013 0.030 0.072 0.223 0.463 0.195 27 G 0.029 0.131 0.250 0.325 0.177 0.078 0.010 28 E 0.158 0.334 0.177 0.157 0.124 0.047 0.002 29 T 0.074 0.287 0.298 0.206 0.102 0.031 0.002 30 I 0.027 0.045 0.126 0.327 0.360 0.111 0.005 31 P 0.290 0.445 0.173 0.059 0.026 0.006 0.001 32 V 0.265 0.307 0.226 0.153 0.038 0.009 0.001 33 R 0.237 0.308 0.235 0.145 0.061 0.014 0.001 34 T 0.134 0.276 0.232 0.236 0.091 0.028 0.002 35 C 0.030 0.064 0.132 0.238 0.310 0.201 0.024 36 F 0.044 0.053 0.094 0.213 0.213 0.287 0.097 37 G 0.032 0.056 0.100 0.172 0.229 0.280 0.131 38 P 0.085 0.153 0.192 0.231 0.189 0.105 0.045 39 L 0.031 0.067 0.103 0.161 0.249 0.281 0.107 40 I 0.060 0.117 0.144 0.210 0.205 0.193 0.071 41 G 0.094 0.109 0.131 0.201 0.218 0.189 0.058 42 Q 0.135 0.224 0.211 0.190 0.144 0.081 0.014 43 Q 0.085 0.141 0.199 0.234 0.208 0.118 0.015 44 S 0.107 0.126 0.184 0.253 0.222 0.098 0.012 45 H 0.328 0.316 0.178 0.103 0.056 0.017 0.001 46 S 0.365 0.273 0.179 0.120 0.049 0.013 0.001 47 M 0.443 0.313 0.150 0.068 0.022 0.004 0.001 48 E 0.306 0.336 0.193 0.120 0.035 0.009 0.001 49 V 0.099 0.101 0.221 0.300 0.226 0.051 0.002 50 A 0.369 0.361 0.181 0.066 0.021 0.003 0.001 51 E 0.539 0.358 0.071 0.023 0.007 0.001 0.001 52 W 0.141 0.164 0.275 0.291 0.111 0.018 0.001 53 T 0.318 0.260 0.252 0.131 0.033 0.005 0.001 54 D 0.669 0.236 0.071 0.020 0.005 0.001 0.001 55 K 0.615 0.252 0.086 0.037 0.009 0.001 0.001 56 A 0.446 0.281 0.144 0.082 0.037 0.009 0.001 57 V 0.232 0.264 0.243 0.172 0.067 0.020 0.002 58 N 0.268 0.317 0.218 0.119 0.058 0.018 0.002 59 H 0.060 0.141 0.202 0.254 0.229 0.100 0.015 60 I 0.018 0.052 0.084 0.170 0.295 0.316 0.065 61 W 0.013 0.041 0.090 0.188 0.277 0.323 0.068 62 K 0.018 0.068 0.140 0.207 0.267 0.242 0.058 63 I 0.012 0.028 0.056 0.120 0.278 0.383 0.123 64 Y 0.015 0.038 0.072 0.160 0.267 0.348 0.101 65 H 0.069 0.173 0.294 0.263 0.129 0.062 0.010 66 N 0.146 0.207 0.260 0.241 0.101 0.040 0.004 67 G 0.372 0.301 0.145 0.094 0.063 0.022 0.002 68 V 0.222 0.284 0.189 0.156 0.100 0.043 0.006 69 L 0.078 0.169 0.218 0.240 0.199 0.085 0.011 70 E 0.040 0.135 0.211 0.267 0.214 0.116 0.017 71 F 0.009 0.024 0.046 0.109 0.311 0.407 0.093 72 C 0.006 0.018 0.044 0.106 0.222 0.446 0.158 73 I 0.003 0.009 0.019 0.039 0.130 0.492 0.309 74 I 0.016 0.053 0.129 0.233 0.256 0.216 0.098 75 T 0.014 0.036 0.077 0.149 0.298 0.351 0.074 76 T 0.129 0.233 0.259 0.216 0.116 0.043 0.004 77 D 0.425 0.323 0.136 0.072 0.031 0.013 0.001 78 E 0.402 0.265 0.157 0.111 0.047 0.015 0.002 79 N 0.394 0.260 0.159 0.104 0.058 0.022 0.003 80 E 0.265 0.295 0.191 0.132 0.076 0.035 0.006 81 C 0.118 0.150 0.176 0.197 0.212 0.123 0.023 82 N 0.055 0.117 0.170 0.214 0.230 0.170 0.044 83 W 0.020 0.038 0.074 0.117 0.217 0.338 0.196 84 M 0.007 0.008 0.013 0.031 0.102 0.380 0.459 85 M 0.009 0.018 0.035 0.069 0.142 0.322 0.405 86 F 0.003 0.006 0.012 0.028 0.077 0.287 0.586 87 V 0.004 0.007 0.012 0.030 0.102 0.361 0.484 88 R 0.017 0.048 0.081 0.126 0.250 0.316 0.162 89 K 0.036 0.102 0.148 0.214 0.231 0.204 0.064 90 A 0.039 0.064 0.099 0.179 0.273 0.290 0.057 91 R 0.085 0.143 0.229 0.257 0.198 0.081 0.008 92 N 0.380 0.310 0.160 0.094 0.042 0.013 0.001 93 R 0.500 0.281 0.120 0.064 0.027 0.007 0.001 94 E 0.539 0.258 0.109 0.064 0.021 0.008 0.001 95 E 0.331 0.215 0.205 0.152 0.071 0.023 0.002 96 Q 0.273 0.294 0.231 0.135 0.047 0.018 0.003 97 N 0.111 0.119 0.155 0.217 0.231 0.141 0.025 98 L 0.097 0.144 0.171 0.220 0.216 0.132 0.020 99 V 0.116 0.204 0.207 0.204 0.160 0.094 0.015 100 A 0.048 0.084 0.118 0.171 0.268 0.261 0.050 101 Y 0.052 0.123 0.206 0.278 0.221 0.106 0.015 102 P 0.077 0.140 0.216 0.261 0.211 0.086 0.010 103 H 0.203 0.271 0.249 0.178 0.075 0.022 0.002 104 D 0.383 0.379 0.144 0.061 0.025 0.008 0.001 105 G 0.196 0.296 0.192 0.197 0.090 0.027 0.003 106 K 0.017 0.090 0.228 0.352 0.213 0.092 0.008 107 I 0.003 0.006 0.011 0.037 0.162 0.576 0.204 108 F 0.003 0.017 0.066 0.192 0.256 0.351 0.116 109 F 0.002 0.006 0.016 0.043 0.138 0.474 0.320 110 C 0.003 0.015 0.065 0.126 0.226 0.328 0.237 111 T 0.002 0.008 0.017 0.045 0.154 0.501 0.273 112 S 0.032 0.118 0.223 0.266 0.227 0.116 0.018 113 Q 0.182 0.342 0.190 0.153 0.092 0.039 0.002 114 D 0.139 0.337 0.249 0.152 0.094 0.028 0.001 115 I 0.053 0.063 0.173 0.383 0.264 0.061 0.002 116 P 0.556 0.352 0.065 0.017 0.009 0.001 0.001 117 P 0.623 0.278 0.068 0.025 0.005 0.001 0.001 118 E 0.484 0.313 0.130 0.052 0.017 0.003 0.001 119 N 0.222 0.324 0.231 0.165 0.046 0.011 0.001 120 E 0.051 0.103 0.203 0.258 0.242 0.125 0.018 121 L 0.038 0.043 0.069 0.143 0.294 0.329 0.083 122 L 0.036 0.100 0.192 0.258 0.229 0.155 0.029 123 F 0.033 0.079 0.133 0.183 0.300 0.227 0.047 124 Y 0.031 0.088 0.151 0.224 0.265 0.194 0.047 125 Y 0.037 0.063 0.114 0.202 0.293 0.239 0.053 126 S 0.236 0.278 0.223 0.159 0.070 0.029 0.005 127 R 0.337 0.273 0.228 0.117 0.033 0.011 0.001 128 D 0.372 0.290 0.174 0.116 0.035 0.011 0.001 129 Y 0.147 0.121 0.183 0.262 0.207 0.076 0.004 130 A 0.307 0.227 0.217 0.165 0.067 0.017 0.001 131 Q 0.698 0.249 0.038 0.010 0.004 0.001 0.001 132 Q 0.561 0.268 0.099 0.053 0.016 0.003 0.001 133 I 0.382 0.201 0.192 0.143 0.066 0.014 0.001 134 G 0.655 0.243 0.072 0.021 0.007 0.002 0.001 135 V 0.526 0.206 0.140 0.087 0.032 0.008 0.001 136 P 0.673 0.204 0.074 0.032 0.012 0.004 0.001 137 E 0.666 0.180 0.078 0.048 0.019 0.008 0.001