# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 852 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.484 0.163 0.113 0.085 0.068 0.039 0.021 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 R 0.180 0.126 0.154 0.166 0.170 0.084 0.056 0.034 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 3 A 0.104 0.044 0.057 0.110 0.150 0.194 0.144 0.087 0.048 0.038 0.013 0.006 0.003 0.001 4 R 0.300 0.212 0.164 0.146 0.095 0.038 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.316 0.123 0.118 0.139 0.108 0.086 0.052 0.026 0.015 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 6 S 0.284 0.170 0.154 0.139 0.126 0.060 0.032 0.017 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 7 L 0.153 0.100 0.128 0.169 0.165 0.114 0.067 0.055 0.024 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 8 P 0.250 0.150 0.136 0.144 0.139 0.079 0.043 0.026 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 9 K 0.207 0.119 0.118 0.161 0.140 0.096 0.057 0.039 0.024 0.022 0.012 0.003 0.002 0.001 10 Q 0.103 0.103 0.114 0.162 0.190 0.113 0.083 0.046 0.042 0.025 0.011 0.005 0.001 0.001 11 L 0.031 0.016 0.026 0.054 0.077 0.137 0.133 0.165 0.117 0.115 0.074 0.030 0.020 0.005 12 V 0.048 0.052 0.067 0.130 0.148 0.123 0.123 0.108 0.083 0.048 0.034 0.024 0.008 0.005 13 L 0.015 0.007 0.011 0.021 0.034 0.070 0.090 0.167 0.159 0.190 0.125 0.071 0.032 0.007 14 R 0.045 0.056 0.071 0.112 0.143 0.127 0.111 0.123 0.090 0.056 0.034 0.019 0.008 0.004 15 Q 0.081 0.073 0.092 0.121 0.128 0.118 0.099 0.088 0.069 0.061 0.039 0.019 0.006 0.004 16 S 0.068 0.063 0.082 0.124 0.167 0.157 0.114 0.090 0.072 0.040 0.013 0.006 0.002 0.001 17 I 0.069 0.084 0.105 0.168 0.174 0.130 0.095 0.073 0.055 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 18 V 0.172 0.149 0.152 0.165 0.121 0.099 0.062 0.037 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 19 G 0.267 0.197 0.169 0.121 0.096 0.061 0.036 0.024 0.017 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 20 A 0.113 0.108 0.123 0.148 0.153 0.120 0.089 0.069 0.034 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 21 E 0.134 0.135 0.119 0.118 0.133 0.107 0.090 0.074 0.043 0.021 0.016 0.006 0.003 0.002 22 V 0.025 0.024 0.041 0.075 0.117 0.140 0.138 0.120 0.111 0.091 0.063 0.031 0.016 0.009 23 G 0.014 0.015 0.023 0.048 0.091 0.114 0.146 0.139 0.137 0.105 0.077 0.054 0.023 0.015 24 V 0.017 0.010 0.014 0.025 0.033 0.060 0.080 0.116 0.143 0.156 0.168 0.096 0.058 0.024 25 W 0.022 0.022 0.035 0.066 0.089 0.100 0.126 0.138 0.132 0.090 0.082 0.055 0.026 0.018 26 T 0.014 0.008 0.011 0.022 0.038 0.073 0.089 0.115 0.163 0.170 0.148 0.089 0.044 0.015 27 G 0.044 0.065 0.086 0.141 0.164 0.134 0.116 0.095 0.075 0.041 0.023 0.010 0.004 0.002 28 E 0.191 0.149 0.127 0.141 0.124 0.090 0.066 0.043 0.028 0.019 0.015 0.004 0.002 0.001 29 T 0.118 0.137 0.155 0.177 0.176 0.097 0.063 0.034 0.027 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 30 I 0.060 0.054 0.088 0.136 0.174 0.172 0.133 0.103 0.044 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 31 P 0.261 0.172 0.179 0.135 0.113 0.064 0.035 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 32 V 0.269 0.128 0.126 0.142 0.139 0.082 0.045 0.032 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 33 R 0.213 0.156 0.128 0.152 0.146 0.083 0.050 0.031 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 34 T 0.176 0.114 0.120 0.135 0.133 0.101 0.077 0.066 0.038 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 35 C 0.084 0.051 0.065 0.106 0.141 0.166 0.124 0.093 0.066 0.048 0.031 0.014 0.007 0.004 36 F 0.056 0.032 0.041 0.076 0.118 0.143 0.129 0.087 0.102 0.078 0.066 0.045 0.018 0.008 37 G 0.071 0.051 0.053 0.105 0.101 0.114 0.126 0.108 0.096 0.069 0.059 0.029 0.013 0.006 38 P 0.097 0.081 0.093 0.101 0.102 0.109 0.118 0.093 0.082 0.044 0.047 0.021 0.008 0.004 39 L 0.049 0.031 0.043 0.059 0.086 0.125 0.115 0.145 0.116 0.098 0.077 0.033 0.018 0.006 40 I 0.069 0.061 0.082 0.109 0.149 0.130 0.119 0.092 0.082 0.049 0.030 0.020 0.006 0.004 41 G 0.107 0.069 0.076 0.111 0.125 0.125 0.102 0.091 0.074 0.064 0.033 0.015 0.006 0.002 42 Q 0.197 0.177 0.149 0.147 0.120 0.075 0.055 0.035 0.023 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 43 Q 0.125 0.096 0.107 0.137 0.139 0.130 0.111 0.071 0.043 0.022 0.013 0.004 0.002 0.001 44 S 0.100 0.086 0.125 0.134 0.163 0.149 0.119 0.063 0.035 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 45 H 0.271 0.175 0.159 0.136 0.108 0.065 0.041 0.022 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 46 S 0.279 0.173 0.171 0.130 0.114 0.057 0.033 0.018 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 47 M 0.453 0.177 0.121 0.098 0.071 0.039 0.019 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 48 E 0.261 0.194 0.155 0.162 0.121 0.051 0.026 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 49 V 0.086 0.049 0.068 0.148 0.182 0.185 0.120 0.083 0.047 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 50 A 0.384 0.237 0.154 0.120 0.060 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.645 0.178 0.095 0.041 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 W 0.214 0.136 0.154 0.190 0.170 0.077 0.034 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 53 T 0.486 0.162 0.132 0.095 0.065 0.032 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.638 0.162 0.090 0.060 0.032 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.597 0.176 0.098 0.070 0.034 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 A 0.439 0.198 0.150 0.089 0.067 0.031 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 V 0.262 0.157 0.140 0.151 0.135 0.078 0.040 0.021 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 58 N 0.270 0.163 0.136 0.128 0.115 0.082 0.048 0.025 0.015 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 59 H 0.059 0.053 0.073 0.125 0.161 0.150 0.117 0.101 0.065 0.048 0.029 0.013 0.004 0.002 60 I 0.018 0.021 0.028 0.061 0.094 0.116 0.145 0.188 0.125 0.091 0.060 0.037 0.011 0.005 61 W 0.015 0.016 0.023 0.041 0.050 0.085 0.105 0.172 0.146 0.134 0.115 0.062 0.028 0.010 62 K 0.024 0.024 0.038 0.057 0.081 0.104 0.112 0.151 0.131 0.103 0.085 0.055 0.021 0.014 63 I 0.016 0.011 0.016 0.027 0.051 0.076 0.090 0.146 0.161 0.161 0.113 0.079 0.040 0.014 64 Y 0.022 0.032 0.051 0.112 0.137 0.160 0.149 0.118 0.094 0.063 0.033 0.018 0.008 0.004 65 H 0.086 0.099 0.113 0.158 0.163 0.122 0.088 0.053 0.059 0.029 0.018 0.007 0.002 0.002 66 N 0.101 0.122 0.149 0.179 0.152 0.108 0.077 0.048 0.034 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 67 G 0.255 0.246 0.184 0.115 0.077 0.053 0.031 0.020 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 68 V 0.093 0.123 0.143 0.165 0.191 0.113 0.066 0.049 0.030 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 69 L 0.052 0.066 0.085 0.135 0.167 0.141 0.126 0.095 0.059 0.040 0.022 0.007 0.004 0.002 70 E 0.027 0.037 0.049 0.078 0.115 0.138 0.141 0.137 0.115 0.079 0.047 0.020 0.010 0.007 71 F 0.005 0.004 0.008 0.017 0.032 0.054 0.079 0.116 0.141 0.160 0.177 0.121 0.054 0.031 72 C 0.003 0.004 0.007 0.016 0.027 0.043 0.075 0.119 0.143 0.143 0.167 0.138 0.072 0.044 73 I 0.003 0.002 0.003 0.006 0.009 0.021 0.041 0.093 0.139 0.174 0.205 0.172 0.088 0.043 74 I 0.004 0.006 0.011 0.023 0.046 0.065 0.097 0.217 0.172 0.136 0.106 0.057 0.036 0.024 75 T 0.011 0.009 0.011 0.022 0.040 0.074 0.074 0.098 0.132 0.170 0.165 0.111 0.056 0.026 76 T 0.065 0.100 0.135 0.208 0.167 0.111 0.091 0.042 0.043 0.018 0.012 0.005 0.001 0.001 77 D 0.153 0.157 0.120 0.160 0.134 0.104 0.064 0.036 0.043 0.014 0.011 0.002 0.001 0.001 78 E 0.179 0.247 0.191 0.158 0.096 0.060 0.035 0.017 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 79 N 0.359 0.304 0.175 0.074 0.041 0.021 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.215 0.174 0.221 0.113 0.131 0.075 0.036 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 81 C 0.060 0.060 0.074 0.142 0.223 0.152 0.114 0.089 0.040 0.030 0.009 0.003 0.002 0.001 82 N 0.060 0.076 0.078 0.126 0.145 0.135 0.126 0.111 0.066 0.042 0.021 0.009 0.004 0.002 83 W 0.017 0.020 0.034 0.068 0.117 0.141 0.138 0.124 0.113 0.093 0.066 0.043 0.014 0.012 84 M 0.010 0.007 0.012 0.023 0.034 0.063 0.101 0.103 0.148 0.141 0.158 0.125 0.053 0.023 85 M 0.013 0.013 0.024 0.044 0.052 0.080 0.115 0.149 0.166 0.120 0.109 0.063 0.031 0.022 86 F 0.004 0.003 0.005 0.009 0.020 0.037 0.055 0.146 0.162 0.172 0.176 0.120 0.064 0.026 87 V 0.006 0.006 0.009 0.018 0.034 0.060 0.089 0.160 0.148 0.165 0.129 0.093 0.061 0.022 88 R 0.028 0.040 0.055 0.099 0.127 0.119 0.133 0.107 0.097 0.082 0.054 0.033 0.012 0.012 89 K 0.034 0.039 0.062 0.098 0.142 0.154 0.138 0.110 0.098 0.062 0.037 0.017 0.006 0.004 90 A 0.038 0.042 0.047 0.101 0.142 0.157 0.146 0.129 0.105 0.054 0.023 0.009 0.005 0.002 91 R 0.064 0.093 0.117 0.180 0.170 0.135 0.108 0.061 0.039 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 92 N 0.332 0.175 0.181 0.104 0.085 0.052 0.032 0.018 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 93 R 0.253 0.145 0.159 0.135 0.132 0.078 0.044 0.025 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 94 E 0.201 0.134 0.126 0.156 0.171 0.087 0.051 0.032 0.021 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 95 E 0.133 0.094 0.114 0.154 0.165 0.115 0.081 0.063 0.039 0.028 0.009 0.004 0.001 0.001 96 Q 0.159 0.087 0.093 0.129 0.122 0.116 0.088 0.075 0.053 0.039 0.024 0.010 0.003 0.002 97 N 0.060 0.057 0.066 0.101 0.125 0.112 0.109 0.125 0.099 0.071 0.040 0.022 0.008 0.004 98 L 0.028 0.022 0.029 0.051 0.065 0.092 0.115 0.211 0.135 0.117 0.074 0.038 0.018 0.006 99 V 0.029 0.038 0.057 0.081 0.116 0.129 0.124 0.155 0.103 0.075 0.046 0.027 0.012 0.008 100 A 0.031 0.019 0.026 0.044 0.076 0.107 0.102 0.135 0.131 0.142 0.085 0.060 0.029 0.012 101 Y 0.034 0.051 0.083 0.174 0.173 0.143 0.134 0.076 0.065 0.034 0.018 0.010 0.004 0.003 102 P 0.043 0.052 0.069 0.139 0.144 0.180 0.125 0.084 0.084 0.042 0.025 0.009 0.003 0.002 103 H 0.121 0.162 0.170 0.178 0.136 0.100 0.057 0.035 0.023 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 104 D 0.243 0.259 0.173 0.129 0.084 0.044 0.028 0.021 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 105 G 0.110 0.166 0.171 0.145 0.147 0.109 0.068 0.038 0.024 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 106 K 0.034 0.050 0.073 0.115 0.185 0.172 0.145 0.104 0.063 0.031 0.017 0.006 0.004 0.002 107 I 0.010 0.009 0.017 0.037 0.076 0.127 0.161 0.135 0.146 0.115 0.081 0.044 0.027 0.014 108 F 0.007 0.006 0.012 0.029 0.061 0.081 0.120 0.126 0.139 0.130 0.130 0.093 0.040 0.027 109 F 0.006 0.004 0.005 0.010 0.013 0.027 0.047 0.085 0.138 0.164 0.212 0.153 0.093 0.041 110 C 0.009 0.007 0.012 0.025 0.043 0.055 0.087 0.159 0.173 0.149 0.103 0.105 0.043 0.029 111 T 0.003 0.003 0.004 0.010 0.020 0.041 0.061 0.175 0.191 0.209 0.154 0.072 0.043 0.014 112 S 0.010 0.020 0.029 0.083 0.132 0.147 0.121 0.121 0.158 0.111 0.037 0.020 0.007 0.006 113 Q 0.099 0.121 0.129 0.153 0.143 0.110 0.089 0.057 0.043 0.026 0.020 0.006 0.002 0.002 114 D 0.095 0.151 0.162 0.175 0.178 0.102 0.061 0.039 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 115 I 0.024 0.033 0.062 0.135 0.176 0.204 0.181 0.112 0.044 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 116 P 0.141 0.144 0.200 0.167 0.173 0.078 0.048 0.028 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 117 P 0.328 0.152 0.165 0.127 0.107 0.058 0.028 0.017 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 118 E 0.258 0.165 0.135 0.145 0.140 0.072 0.036 0.023 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 119 N 0.079 0.069 0.078 0.156 0.178 0.141 0.099 0.089 0.052 0.037 0.013 0.005 0.002 0.001 120 E 0.053 0.054 0.056 0.122 0.168 0.143 0.122 0.109 0.088 0.051 0.018 0.010 0.004 0.002 121 L 0.029 0.016 0.027 0.048 0.064 0.111 0.116 0.142 0.131 0.115 0.113 0.047 0.030 0.011 122 L 0.033 0.026 0.041 0.078 0.110 0.122 0.136 0.105 0.111 0.079 0.064 0.054 0.022 0.018 123 F 0.025 0.012 0.017 0.030 0.044 0.077 0.099 0.138 0.137 0.149 0.134 0.082 0.042 0.013 124 Y 0.058 0.057 0.064 0.115 0.136 0.117 0.124 0.123 0.098 0.046 0.035 0.016 0.007 0.004 125 Y 0.041 0.044 0.054 0.115 0.118 0.176 0.135 0.086 0.080 0.068 0.052 0.019 0.007 0.003 126 S 0.173 0.144 0.137 0.136 0.151 0.102 0.059 0.031 0.044 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 127 R 0.261 0.190 0.151 0.166 0.104 0.053 0.033 0.019 0.011 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 128 D 0.488 0.260 0.148 0.051 0.025 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 Y 0.155 0.100 0.138 0.148 0.195 0.126 0.066 0.038 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 130 A 0.298 0.179 0.142 0.150 0.117 0.049 0.033 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 131 Q 0.637 0.208 0.082 0.038 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 Q 0.376 0.187 0.154 0.114 0.092 0.039 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 I 0.200 0.093 0.124 0.167 0.173 0.117 0.067 0.037 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 134 G 0.578 0.185 0.104 0.062 0.039 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 V 0.357 0.118 0.134 0.154 0.122 0.060 0.028 0.012 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 136 P 0.554 0.174 0.111 0.078 0.046 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 E 0.597 0.180 0.108 0.054 0.031 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001