# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1060 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.013 0.558 0.007 0.037 0.051 0.001 0.001 0.011 0.197 0.055 0.028 0.037 2 R 0.006 0.020 0.290 0.009 0.180 0.182 0.001 0.001 0.012 0.077 0.114 0.016 0.093 3 A 0.013 0.022 0.175 0.013 0.239 0.241 0.004 0.001 0.023 0.036 0.109 0.039 0.085 4 R 0.020 0.024 0.154 0.016 0.269 0.169 0.007 0.002 0.021 0.042 0.091 0.061 0.123 5 L 0.015 0.021 0.245 0.012 0.084 0.093 0.004 0.001 0.018 0.107 0.183 0.075 0.142 6 S 0.007 0.021 0.430 0.011 0.018 0.027 0.001 0.001 0.015 0.186 0.147 0.065 0.071 7 L 0.002 0.017 0.644 0.003 0.010 0.006 0.001 0.001 0.010 0.200 0.040 0.033 0.034 8 P 0.001 0.004 0.843 0.007 0.009 0.002 0.001 0.001 0.008 0.060 0.017 0.011 0.037 9 K 0.003 0.007 0.441 0.085 0.089 0.014 0.002 0.001 0.045 0.149 0.099 0.042 0.025 10 Q 0.016 0.008 0.275 0.074 0.086 0.018 0.023 0.009 0.097 0.100 0.107 0.037 0.149 11 L 0.120 0.010 0.132 0.020 0.016 0.008 0.104 0.091 0.252 0.022 0.006 0.081 0.139 12 V 0.258 0.005 0.024 0.003 0.001 0.003 0.101 0.163 0.268 0.003 0.001 0.124 0.046 13 L 0.161 0.009 0.044 0.009 0.002 0.003 0.123 0.168 0.230 0.004 0.002 0.031 0.215 14 R 0.056 0.006 0.228 0.120 0.004 0.010 0.052 0.029 0.196 0.026 0.014 0.200 0.060 15 Q 0.032 0.011 0.293 0.027 0.025 0.025 0.019 0.010 0.134 0.108 0.052 0.042 0.224 16 S 0.022 0.023 0.305 0.022 0.050 0.055 0.009 0.004 0.054 0.151 0.107 0.102 0.097 17 I 0.019 0.032 0.284 0.010 0.084 0.062 0.004 0.002 0.016 0.138 0.157 0.078 0.114 18 V 0.010 0.026 0.265 0.025 0.085 0.053 0.002 0.001 0.008 0.124 0.295 0.032 0.074 19 G 0.008 0.009 0.276 0.010 0.054 0.025 0.001 0.001 0.005 0.208 0.320 0.053 0.030 20 A 0.012 0.014 0.247 0.026 0.056 0.025 0.001 0.001 0.007 0.222 0.303 0.019 0.068 21 E 0.025 0.016 0.191 0.022 0.024 0.018 0.003 0.001 0.010 0.267 0.259 0.127 0.037 22 V 0.106 0.016 0.270 0.033 0.013 0.011 0.013 0.006 0.023 0.074 0.075 0.035 0.325 23 G 0.253 0.014 0.078 0.023 0.007 0.011 0.036 0.010 0.024 0.028 0.016 0.428 0.073 24 V 0.573 0.006 0.018 0.005 0.002 0.004 0.039 0.016 0.019 0.004 0.003 0.048 0.263 25 W 0.516 0.007 0.023 0.038 0.004 0.008 0.057 0.017 0.019 0.006 0.004 0.212 0.090 26 T 0.314 0.007 0.063 0.051 0.010 0.015 0.049 0.010 0.049 0.021 0.029 0.147 0.235 27 G 0.147 0.010 0.167 0.056 0.031 0.011 0.021 0.003 0.030 0.078 0.083 0.092 0.272 28 E 0.052 0.012 0.197 0.018 0.017 0.005 0.006 0.001 0.023 0.123 0.052 0.400 0.094 29 T 0.018 0.034 0.293 0.005 0.010 0.003 0.003 0.001 0.015 0.074 0.037 0.036 0.470 30 I 0.004 0.030 0.688 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.095 0.006 0.123 0.031 31 P 0.001 0.002 0.859 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.056 0.006 0.019 0.044 32 V 0.001 0.007 0.090 0.032 0.224 0.010 0.001 0.001 0.006 0.093 0.513 0.007 0.016 33 R 0.002 0.006 0.171 0.018 0.077 0.005 0.001 0.001 0.006 0.168 0.514 0.020 0.013 34 T 0.022 0.020 0.521 0.012 0.051 0.007 0.011 0.004 0.041 0.095 0.019 0.041 0.156 35 C 0.099 0.035 0.114 0.006 0.005 0.008 0.072 0.032 0.157 0.022 0.008 0.345 0.097 36 F 0.263 0.026 0.076 0.028 0.002 0.004 0.047 0.042 0.085 0.010 0.010 0.041 0.365 37 G 0.064 0.006 0.120 0.047 0.002 0.004 0.012 0.007 0.025 0.032 0.004 0.652 0.025 38 P 0.041 0.006 0.111 0.007 0.004 0.005 0.010 0.004 0.030 0.027 0.015 0.012 0.726 39 L 0.073 0.011 0.128 0.080 0.026 0.025 0.014 0.006 0.044 0.060 0.064 0.427 0.041 40 I 0.070 0.011 0.136 0.073 0.034 0.024 0.009 0.004 0.041 0.087 0.260 0.037 0.213 41 G 0.050 0.008 0.290 0.032 0.041 0.027 0.007 0.001 0.013 0.148 0.155 0.107 0.123 42 Q 0.109 0.018 0.207 0.010 0.022 0.051 0.018 0.006 0.057 0.069 0.031 0.269 0.133 43 Q 0.098 0.036 0.137 0.008 0.011 0.055 0.025 0.006 0.028 0.040 0.025 0.048 0.483 44 S 0.060 0.022 0.373 0.041 0.006 0.056 0.007 0.002 0.024 0.074 0.024 0.254 0.057 45 H 0.009 0.004 0.609 0.005 0.008 0.062 0.001 0.001 0.014 0.093 0.020 0.034 0.140 46 S 0.003 0.004 0.185 0.009 0.059 0.474 0.001 0.001 0.005 0.041 0.155 0.008 0.056 47 M 0.005 0.004 0.064 0.007 0.137 0.650 0.001 0.001 0.003 0.035 0.053 0.026 0.015 48 E 0.010 0.005 0.048 0.003 0.104 0.690 0.001 0.001 0.003 0.018 0.025 0.010 0.084 49 V 0.008 0.008 0.056 0.005 0.084 0.710 0.001 0.001 0.004 0.012 0.041 0.015 0.055 50 A 0.005 0.003 0.051 0.005 0.049 0.761 0.001 0.001 0.003 0.013 0.070 0.019 0.020 51 E 0.006 0.003 0.038 0.004 0.063 0.710 0.001 0.001 0.003 0.020 0.115 0.008 0.030 52 W 0.007 0.007 0.119 0.006 0.042 0.555 0.001 0.001 0.003 0.061 0.139 0.025 0.033 53 T 0.005 0.009 0.273 0.005 0.038 0.370 0.001 0.001 0.004 0.086 0.146 0.023 0.039 54 D 0.003 0.011 0.312 0.004 0.061 0.310 0.001 0.001 0.005 0.084 0.150 0.021 0.038 55 K 0.002 0.016 0.304 0.005 0.068 0.267 0.001 0.001 0.006 0.081 0.190 0.016 0.045 56 A 0.002 0.012 0.369 0.007 0.076 0.216 0.001 0.001 0.005 0.095 0.157 0.026 0.034 57 V 0.002 0.009 0.196 0.007 0.089 0.213 0.001 0.001 0.006 0.100 0.333 0.012 0.033 58 N 0.003 0.009 0.219 0.010 0.056 0.161 0.001 0.001 0.006 0.140 0.341 0.024 0.031 59 H 0.013 0.017 0.310 0.014 0.060 0.196 0.002 0.001 0.012 0.133 0.111 0.059 0.073 60 I 0.047 0.023 0.233 0.029 0.033 0.163 0.008 0.003 0.034 0.061 0.098 0.052 0.216 61 W 0.121 0.016 0.161 0.049 0.029 0.131 0.018 0.006 0.034 0.043 0.062 0.183 0.147 62 K 0.225 0.013 0.079 0.028 0.021 0.118 0.038 0.011 0.031 0.027 0.027 0.179 0.202 63 I 0.325 0.015 0.044 0.019 0.017 0.082 0.056 0.016 0.025 0.014 0.021 0.122 0.245 64 Y 0.308 0.020 0.088 0.041 0.020 0.070 0.028 0.015 0.030 0.024 0.039 0.167 0.152 65 H 0.116 0.017 0.187 0.033 0.028 0.066 0.010 0.005 0.022 0.089 0.133 0.138 0.157 66 N 0.018 0.012 0.205 0.022 0.023 0.036 0.002 0.001 0.012 0.146 0.399 0.039 0.086 67 G 0.007 0.012 0.245 0.014 0.020 0.019 0.001 0.001 0.007 0.258 0.348 0.034 0.035 68 V 0.008 0.013 0.512 0.013 0.018 0.011 0.001 0.001 0.012 0.241 0.065 0.050 0.057 69 L 0.010 0.016 0.415 0.036 0.037 0.024 0.002 0.001 0.027 0.198 0.100 0.034 0.100 70 E 0.026 0.011 0.292 0.126 0.044 0.031 0.012 0.006 0.056 0.112 0.117 0.065 0.101 71 F 0.126 0.013 0.134 0.039 0.024 0.024 0.093 0.051 0.121 0.047 0.025 0.131 0.171 72 C 0.353 0.008 0.038 0.007 0.005 0.009 0.130 0.120 0.124 0.007 0.004 0.076 0.118 73 I 0.287 0.010 0.046 0.014 0.004 0.009 0.139 0.142 0.110 0.008 0.006 0.128 0.094 74 I 0.128 0.015 0.196 0.039 0.009 0.015 0.065 0.063 0.129 0.039 0.030 0.124 0.148 75 T 0.027 0.021 0.360 0.027 0.020 0.026 0.014 0.012 0.070 0.163 0.104 0.040 0.117 76 T 0.005 0.011 0.491 0.013 0.023 0.023 0.002 0.001 0.023 0.228 0.112 0.043 0.026 77 D 0.002 0.012 0.245 0.004 0.130 0.069 0.001 0.001 0.006 0.212 0.288 0.008 0.024 78 E 0.001 0.012 0.177 0.005 0.133 0.097 0.001 0.001 0.003 0.133 0.420 0.006 0.011 79 N 0.002 0.019 0.240 0.003 0.095 0.114 0.001 0.001 0.005 0.243 0.251 0.013 0.014 80 E 0.002 0.024 0.283 0.003 0.039 0.225 0.001 0.001 0.004 0.233 0.158 0.006 0.023 81 C 0.003 0.030 0.249 0.006 0.034 0.392 0.001 0.001 0.006 0.171 0.076 0.020 0.013 82 N 0.007 0.015 0.236 0.006 0.041 0.468 0.001 0.001 0.006 0.098 0.077 0.014 0.033 83 W 0.007 0.007 0.061 0.007 0.039 0.768 0.001 0.001 0.004 0.022 0.059 0.005 0.019 84 M 0.014 0.007 0.030 0.007 0.047 0.814 0.002 0.001 0.004 0.014 0.030 0.015 0.017 85 M 0.017 0.006 0.015 0.005 0.054 0.785 0.003 0.002 0.006 0.014 0.042 0.011 0.041 86 F 0.022 0.005 0.012 0.004 0.033 0.824 0.003 0.002 0.003 0.006 0.054 0.017 0.013 87 V 0.036 0.015 0.027 0.008 0.033 0.757 0.006 0.006 0.009 0.017 0.047 0.011 0.028 88 R 0.017 0.007 0.065 0.013 0.103 0.541 0.002 0.001 0.007 0.043 0.154 0.031 0.017 89 K 0.004 0.004 0.068 0.006 0.086 0.391 0.001 0.001 0.008 0.042 0.362 0.006 0.022 90 A 0.003 0.012 0.264 0.004 0.083 0.252 0.001 0.001 0.009 0.135 0.203 0.013 0.019 91 R 0.001 0.046 0.446 0.002 0.026 0.111 0.001 0.001 0.011 0.263 0.070 0.010 0.015 92 N 0.001 0.002 0.894 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.074 0.006 0.004 0.007 93 R 0.001 0.002 0.049 0.002 0.144 0.171 0.001 0.001 0.001 0.034 0.595 0.001 0.002 94 E 0.001 0.002 0.066 0.002 0.176 0.083 0.001 0.001 0.001 0.084 0.579 0.003 0.003 95 E 0.004 0.005 0.258 0.005 0.346 0.152 0.001 0.001 0.004 0.071 0.061 0.005 0.087 96 Q 0.019 0.024 0.179 0.027 0.083 0.194 0.004 0.002 0.035 0.092 0.118 0.137 0.086 97 N 0.070 0.013 0.158 0.018 0.037 0.084 0.007 0.003 0.037 0.035 0.112 0.053 0.372 98 L 0.210 0.008 0.149 0.037 0.013 0.051 0.019 0.006 0.029 0.030 0.040 0.295 0.111 99 V 0.341 0.010 0.052 0.011 0.004 0.019 0.044 0.006 0.020 0.015 0.013 0.227 0.236 100 A 0.331 0.016 0.070 0.025 0.004 0.011 0.029 0.006 0.019 0.014 0.013 0.108 0.354 101 Y 0.084 0.009 0.212 0.030 0.004 0.005 0.005 0.002 0.022 0.032 0.011 0.433 0.151 102 P 0.011 0.006 0.197 0.009 0.008 0.003 0.002 0.001 0.007 0.055 0.159 0.022 0.521 103 H 0.003 0.005 0.072 0.019 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.182 0.633 0.060 0.011 104 D 0.001 0.002 0.032 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.306 0.636 0.007 0.008 105 G 0.006 0.007 0.170 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.493 0.253 0.018 0.033 106 K 0.084 0.020 0.225 0.040 0.003 0.001 0.014 0.002 0.026 0.087 0.024 0.335 0.138 107 I 0.479 0.002 0.008 0.006 0.001 0.001 0.067 0.008 0.013 0.001 0.001 0.020 0.395 108 F 0.675 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.082 0.013 0.007 0.001 0.001 0.194 0.017 109 F 0.659 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.144 0.014 0.005 0.001 0.001 0.045 0.130 110 C 0.692 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 0.084 0.016 0.015 0.001 0.001 0.106 0.059 111 T 0.402 0.003 0.036 0.045 0.003 0.004 0.069 0.023 0.119 0.012 0.007 0.143 0.133 112 S 0.198 0.008 0.142 0.058 0.042 0.004 0.034 0.005 0.040 0.051 0.050 0.084 0.284 113 Q 0.043 0.010 0.230 0.021 0.039 0.004 0.008 0.001 0.029 0.184 0.092 0.260 0.080 114 D 0.013 0.024 0.403 0.004 0.018 0.002 0.002 0.001 0.019 0.122 0.064 0.038 0.293 115 I 0.001 0.069 0.657 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.214 0.005 0.032 0.011 116 P 0.001 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 0.008 117 P 0.001 0.001 0.019 0.005 0.212 0.024 0.001 0.001 0.001 0.024 0.712 0.001 0.002 118 E 0.001 0.001 0.008 0.003 0.048 0.009 0.001 0.001 0.001 0.032 0.898 0.001 0.001 119 N 0.009 0.008 0.389 0.005 0.220 0.061 0.001 0.001 0.008 0.086 0.037 0.018 0.158 120 E 0.080 0.051 0.162 0.009 0.016 0.082 0.027 0.005 0.058 0.027 0.007 0.181 0.295 121 L 0.224 0.022 0.020 0.011 0.004 0.034 0.072 0.010 0.030 0.004 0.008 0.304 0.257 122 L 0.484 0.006 0.020 0.039 0.004 0.045 0.055 0.011 0.016 0.004 0.009 0.214 0.093 123 F 0.557 0.005 0.027 0.015 0.004 0.034 0.025 0.006 0.012 0.009 0.008 0.123 0.175 124 Y 0.183 0.008 0.138 0.024 0.013 0.125 0.015 0.003 0.015 0.036 0.058 0.148 0.235 125 Y 0.079 0.018 0.166 0.024 0.044 0.166 0.005 0.002 0.013 0.099 0.182 0.072 0.131 126 S 0.015 0.008 0.397 0.010 0.022 0.131 0.001 0.001 0.005 0.174 0.137 0.047 0.052 127 R 0.003 0.007 0.234 0.004 0.067 0.334 0.001 0.001 0.003 0.187 0.132 0.011 0.019 128 D 0.003 0.010 0.177 0.002 0.083 0.468 0.001 0.001 0.003 0.104 0.112 0.008 0.030 129 Y 0.002 0.005 0.067 0.003 0.130 0.651 0.001 0.001 0.002 0.028 0.080 0.004 0.027 130 A 0.001 0.003 0.037 0.003 0.184 0.637 0.001 0.001 0.001 0.015 0.102 0.004 0.012 131 Q 0.001 0.003 0.029 0.002 0.207 0.640 0.001 0.001 0.002 0.014 0.092 0.003 0.008 132 Q 0.002 0.008 0.048 0.002 0.193 0.575 0.001 0.001 0.003 0.021 0.125 0.007 0.014 133 I 0.002 0.011 0.099 0.005 0.093 0.248 0.001 0.001 0.005 0.075 0.435 0.013 0.014 134 G 0.001 0.010 0.224 0.003 0.028 0.046 0.001 0.001 0.005 0.160 0.498 0.013 0.011 135 V 0.001 0.018 0.741 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.006 0.168 0.024 0.016 0.015 136 P 0.001 0.012 0.888 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.065 0.006 0.004 0.014 137 E 0.001 0.008 0.829 0.002 0.028 0.011 0.001 0.001 0.008 0.077 0.019 0.010 0.008