# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1060 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.112 0.082 0.128 0.131 0.004 0.119 0.008 0.014 0.018 0.009 0.103 0.081 0.157 0.002 0.012 0.020 2 R 0.050 0.068 0.102 0.262 0.004 0.054 0.005 0.005 0.012 0.002 0.168 0.099 0.140 0.003 0.004 0.022 3 A 0.027 0.069 0.180 0.245 0.014 0.076 0.019 0.005 0.005 0.002 0.026 0.141 0.161 0.010 0.007 0.013 4 R 0.008 0.085 0.161 0.251 0.040 0.064 0.074 0.013 0.004 0.001 0.019 0.020 0.189 0.032 0.014 0.025 5 L 0.012 0.063 0.103 0.503 0.007 0.042 0.011 0.047 0.010 0.003 0.020 0.014 0.093 0.004 0.040 0.028 6 S 0.029 0.084 0.237 0.347 0.010 0.033 0.009 0.005 0.054 0.006 0.008 0.009 0.030 0.003 0.003 0.133 7 L 0.163 0.039 0.216 0.442 0.014 0.049 0.007 0.009 0.004 0.002 0.013 0.006 0.020 0.001 0.004 0.011 8 P 0.014 0.119 0.205 0.239 0.024 0.305 0.011 0.016 0.006 0.005 0.018 0.011 0.014 0.004 0.002 0.007 9 K 0.011 0.155 0.025 0.649 0.002 0.054 0.001 0.026 0.005 0.001 0.049 0.008 0.007 0.001 0.004 0.002 10 Q 0.010 0.136 0.107 0.686 0.001 0.014 0.001 0.001 0.015 0.001 0.003 0.016 0.002 0.001 0.001 0.007 11 L 0.033 0.008 0.263 0.677 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 12 V 0.001 0.010 0.186 0.777 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.008 0.011 0.919 0.023 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 R 0.001 0.044 0.012 0.795 0.026 0.092 0.001 0.016 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.004 0.056 0.017 0.770 0.009 0.077 0.001 0.023 0.010 0.004 0.019 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 16 S 0.028 0.087 0.045 0.298 0.040 0.365 0.003 0.007 0.025 0.014 0.029 0.042 0.012 0.001 0.001 0.005 17 I 0.012 0.049 0.026 0.057 0.551 0.044 0.050 0.011 0.002 0.002 0.136 0.012 0.009 0.037 0.001 0.002 18 V 0.003 0.089 0.030 0.080 0.014 0.030 0.006 0.477 0.003 0.003 0.022 0.063 0.012 0.003 0.162 0.003 19 G 0.007 0.028 0.048 0.041 0.027 0.032 0.060 0.011 0.305 0.121 0.025 0.020 0.031 0.015 0.008 0.220 20 A 0.567 0.027 0.053 0.074 0.003 0.025 0.005 0.064 0.009 0.004 0.049 0.024 0.039 0.001 0.047 0.009 21 E 0.021 0.102 0.207 0.073 0.053 0.118 0.083 0.007 0.075 0.074 0.032 0.044 0.022 0.060 0.002 0.029 22 V 0.122 0.086 0.111 0.546 0.001 0.006 0.001 0.059 0.002 0.001 0.012 0.008 0.011 0.001 0.034 0.003 23 G 0.009 0.008 0.287 0.476 0.003 0.075 0.003 0.001 0.034 0.049 0.005 0.012 0.014 0.001 0.001 0.022 24 V 0.065 0.030 0.109 0.708 0.016 0.022 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 25 W 0.001 0.019 0.023 0.576 0.287 0.055 0.009 0.006 0.001 0.002 0.003 0.008 0.004 0.008 0.001 0.001 26 T 0.004 0.049 0.034 0.436 0.026 0.206 0.006 0.150 0.006 0.002 0.030 0.008 0.020 0.002 0.019 0.003 27 G 0.005 0.074 0.023 0.305 0.017 0.108 0.007 0.020 0.174 0.059 0.116 0.040 0.027 0.002 0.003 0.020 28 E 0.180 0.125 0.059 0.388 0.004 0.026 0.003 0.011 0.012 0.006 0.044 0.071 0.049 0.001 0.007 0.014 29 T 0.019 0.090 0.390 0.346 0.007 0.032 0.003 0.002 0.012 0.001 0.004 0.018 0.020 0.001 0.001 0.054 30 I 0.022 0.028 0.442 0.394 0.022 0.032 0.011 0.003 0.001 0.001 0.009 0.004 0.020 0.001 0.002 0.008 31 P 0.001 0.017 0.027 0.033 0.495 0.286 0.064 0.011 0.001 0.003 0.010 0.004 0.007 0.040 0.001 0.001 32 V 0.003 0.035 0.005 0.078 0.005 0.024 0.002 0.471 0.004 0.001 0.293 0.009 0.011 0.002 0.057 0.002 33 R 0.006 0.078 0.023 0.055 0.003 0.013 0.004 0.005 0.426 0.070 0.019 0.228 0.008 0.002 0.004 0.054 34 T 0.592 0.019 0.204 0.110 0.002 0.006 0.003 0.003 0.004 0.001 0.005 0.007 0.015 0.001 0.005 0.023 35 C 0.023 0.023 0.596 0.124 0.032 0.117 0.028 0.003 0.003 0.006 0.006 0.007 0.013 0.007 0.001 0.010 36 F 0.011 0.208 0.137 0.569 0.002 0.016 0.001 0.028 0.002 0.001 0.006 0.004 0.007 0.001 0.005 0.003 37 G 0.006 0.013 0.029 0.801 0.011 0.076 0.002 0.004 0.019 0.016 0.007 0.004 0.009 0.001 0.001 0.004 38 P 0.033 0.051 0.166 0.632 0.014 0.049 0.001 0.006 0.002 0.001 0.024 0.007 0.010 0.001 0.001 0.002 39 L 0.003 0.018 0.018 0.293 0.456 0.131 0.024 0.005 0.002 0.003 0.011 0.013 0.003 0.019 0.001 0.001 40 I 0.004 0.135 0.062 0.470 0.004 0.021 0.002 0.227 0.002 0.001 0.009 0.008 0.008 0.001 0.045 0.002 41 G 0.006 0.022 0.029 0.448 0.009 0.041 0.003 0.003 0.200 0.152 0.016 0.010 0.017 0.001 0.001 0.044 42 Q 0.303 0.040 0.099 0.466 0.007 0.020 0.001 0.004 0.002 0.001 0.021 0.013 0.017 0.001 0.001 0.004 43 Q 0.006 0.043 0.151 0.438 0.009 0.281 0.003 0.004 0.004 0.003 0.010 0.024 0.016 0.001 0.001 0.007 44 S 0.006 0.177 0.103 0.590 0.006 0.060 0.003 0.009 0.002 0.001 0.015 0.008 0.014 0.001 0.001 0.005 45 H 0.006 0.033 0.014 0.145 0.004 0.690 0.002 0.005 0.003 0.005 0.033 0.029 0.026 0.001 0.001 0.002 46 S 0.007 0.016 0.015 0.023 0.002 0.129 0.001 0.003 0.001 0.001 0.703 0.038 0.060 0.001 0.001 0.001 47 M 0.004 0.034 0.011 0.040 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.211 0.620 0.057 0.001 0.002 0.001 48 E 0.002 0.023 0.039 0.028 0.001 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.021 0.348 0.470 0.002 0.012 0.021 49 V 0.001 0.002 0.014 0.011 0.001 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.019 0.900 0.001 0.004 0.008 50 A 0.002 0.015 0.016 0.019 0.001 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.027 0.041 0.826 0.008 0.004 0.013 51 E 0.004 0.012 0.018 0.060 0.001 0.017 0.005 0.002 0.003 0.001 0.020 0.030 0.763 0.009 0.013 0.042 52 W 0.009 0.016 0.117 0.034 0.002 0.017 0.029 0.002 0.003 0.001 0.016 0.024 0.609 0.034 0.015 0.075 53 T 0.018 0.026 0.069 0.034 0.002 0.057 0.013 0.007 0.001 0.001 0.026 0.023 0.641 0.010 0.039 0.035 54 D 0.014 0.035 0.045 0.035 0.004 0.085 0.015 0.004 0.006 0.002 0.092 0.041 0.522 0.018 0.014 0.067 55 K 0.048 0.079 0.068 0.057 0.003 0.031 0.014 0.009 0.004 0.001 0.142 0.128 0.324 0.012 0.039 0.040 56 A 0.011 0.038 0.111 0.027 0.011 0.080 0.078 0.004 0.005 0.003 0.036 0.129 0.357 0.038 0.019 0.052 57 V 0.017 0.027 0.082 0.041 0.005 0.043 0.031 0.023 0.002 0.001 0.099 0.037 0.477 0.017 0.071 0.028 58 N 0.014 0.091 0.074 0.064 0.002 0.052 0.013 0.012 0.026 0.007 0.056 0.152 0.310 0.007 0.025 0.094 59 H 0.088 0.032 0.102 0.111 0.003 0.044 0.016 0.004 0.011 0.002 0.062 0.052 0.388 0.011 0.012 0.061 60 I 0.041 0.055 0.309 0.163 0.002 0.062 0.011 0.005 0.004 0.001 0.033 0.058 0.211 0.008 0.011 0.026 61 W 0.013 0.095 0.171 0.395 0.001 0.030 0.007 0.003 0.004 0.001 0.011 0.028 0.211 0.002 0.007 0.020 62 K 0.011 0.018 0.112 0.552 0.006 0.036 0.006 0.002 0.002 0.001 0.011 0.009 0.213 0.003 0.002 0.016 63 I 0.011 0.029 0.126 0.509 0.022 0.071 0.010 0.008 0.002 0.001 0.017 0.012 0.161 0.007 0.003 0.010 64 Y 0.004 0.055 0.075 0.411 0.143 0.098 0.040 0.020 0.004 0.004 0.017 0.017 0.078 0.017 0.008 0.008 65 H 0.004 0.028 0.017 0.086 0.432 0.039 0.156 0.038 0.004 0.004 0.027 0.006 0.023 0.118 0.008 0.008 66 N 0.014 0.036 0.030 0.082 0.008 0.031 0.005 0.469 0.019 0.008 0.027 0.014 0.019 0.002 0.222 0.015 67 G 0.040 0.053 0.047 0.060 0.004 0.023 0.007 0.006 0.303 0.204 0.036 0.031 0.031 0.003 0.005 0.149 68 V 0.612 0.090 0.065 0.051 0.004 0.053 0.005 0.006 0.006 0.002 0.022 0.036 0.028 0.002 0.006 0.012 69 L 0.033 0.068 0.322 0.115 0.005 0.243 0.009 0.012 0.006 0.003 0.088 0.033 0.036 0.005 0.005 0.014 70 E 0.014 0.414 0.223 0.249 0.001 0.021 0.003 0.004 0.004 0.001 0.009 0.031 0.009 0.001 0.004 0.010 71 F 0.023 0.031 0.151 0.717 0.001 0.020 0.003 0.001 0.004 0.001 0.006 0.007 0.018 0.001 0.001 0.016 72 C 0.013 0.015 0.553 0.347 0.005 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.001 0.001 0.004 73 I 0.004 0.032 0.055 0.851 0.008 0.030 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 74 I 0.002 0.043 0.020 0.555 0.013 0.318 0.002 0.006 0.003 0.001 0.009 0.010 0.012 0.001 0.001 0.003 75 T 0.010 0.095 0.034 0.397 0.045 0.173 0.007 0.023 0.007 0.003 0.156 0.018 0.022 0.004 0.002 0.005 76 T 0.013 0.219 0.037 0.114 0.013 0.237 0.005 0.037 0.010 0.005 0.066 0.185 0.039 0.002 0.012 0.006 77 D 0.014 0.054 0.051 0.040 0.043 0.154 0.034 0.012 0.016 0.008 0.239 0.072 0.198 0.021 0.010 0.034 78 E 0.035 0.091 0.065 0.036 0.012 0.033 0.023 0.053 0.004 0.002 0.201 0.202 0.119 0.021 0.082 0.021 79 N 0.012 0.052 0.101 0.019 0.011 0.049 0.138 0.012 0.025 0.014 0.039 0.182 0.166 0.045 0.049 0.086 80 E 0.080 0.036 0.146 0.043 0.008 0.032 0.066 0.041 0.011 0.004 0.059 0.028 0.236 0.018 0.118 0.075 81 C 0.056 0.073 0.165 0.091 0.001 0.076 0.012 0.022 0.027 0.039 0.050 0.102 0.196 0.005 0.027 0.060 82 N 0.077 0.031 0.045 0.068 0.002 0.219 0.006 0.003 0.011 0.007 0.109 0.070 0.329 0.003 0.003 0.016 83 W 0.041 0.050 0.058 0.175 0.001 0.038 0.002 0.003 0.003 0.001 0.267 0.099 0.249 0.003 0.003 0.008 84 M 0.007 0.067 0.117 0.196 0.002 0.026 0.013 0.001 0.002 0.001 0.009 0.266 0.273 0.009 0.005 0.007 85 M 0.002 0.009 0.061 0.214 0.002 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.650 0.002 0.009 0.012 86 F 0.003 0.018 0.068 0.342 0.009 0.031 0.015 0.004 0.005 0.001 0.010 0.013 0.410 0.010 0.003 0.059 87 V 0.013 0.020 0.066 0.225 0.029 0.076 0.042 0.016 0.003 0.003 0.013 0.014 0.422 0.036 0.013 0.012 88 R 0.006 0.072 0.056 0.140 0.037 0.148 0.031 0.050 0.008 0.007 0.062 0.015 0.277 0.031 0.025 0.035 89 K 0.030 0.089 0.033 0.154 0.012 0.072 0.020 0.032 0.026 0.012 0.147 0.092 0.175 0.021 0.027 0.058 90 A 0.070 0.047 0.108 0.049 0.024 0.063 0.071 0.013 0.016 0.009 0.077 0.107 0.216 0.031 0.046 0.053 91 R 0.028 0.171 0.250 0.128 0.008 0.017 0.024 0.025 0.006 0.005 0.052 0.048 0.134 0.007 0.035 0.062 92 N 0.021 0.012 0.032 0.018 0.027 0.476 0.067 0.005 0.011 0.023 0.019 0.062 0.177 0.028 0.005 0.016 93 R 0.012 0.011 0.013 0.012 0.001 0.010 0.003 0.025 0.001 0.001 0.769 0.016 0.105 0.002 0.016 0.003 94 E 0.004 0.092 0.012 0.023 0.001 0.009 0.004 0.002 0.043 0.004 0.015 0.723 0.035 0.002 0.005 0.027 95 E 0.073 0.012 0.179 0.041 0.003 0.015 0.072 0.002 0.003 0.001 0.019 0.023 0.485 0.012 0.026 0.034 96 Q 0.010 0.110 0.503 0.136 0.001 0.021 0.006 0.008 0.002 0.001 0.007 0.018 0.117 0.004 0.012 0.046 97 N 0.036 0.034 0.162 0.431 0.001 0.155 0.007 0.001 0.012 0.002 0.010 0.009 0.084 0.003 0.003 0.051 98 L 0.024 0.082 0.295 0.538 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.022 0.001 0.001 0.010 99 V 0.007 0.032 0.084 0.833 0.005 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.003 100 A 0.002 0.035 0.162 0.782 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 101 Y 0.003 0.013 0.035 0.498 0.097 0.336 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 102 P 0.004 0.019 0.005 0.039 0.230 0.474 0.004 0.045 0.001 0.001 0.171 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 103 H 0.002 0.172 0.003 0.034 0.240 0.015 0.032 0.082 0.022 0.006 0.260 0.090 0.001 0.035 0.005 0.002 104 D 0.017 0.046 0.033 0.018 0.001 0.007 0.005 0.231 0.027 0.008 0.004 0.040 0.005 0.001 0.549 0.008 105 G 0.025 0.054 0.195 0.042 0.001 0.007 0.003 0.003 0.246 0.038 0.010 0.003 0.010 0.001 0.002 0.360 106 K 0.697 0.048 0.091 0.158 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 107 I 0.008 0.002 0.852 0.126 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 F 0.001 0.008 0.073 0.916 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 C 0.001 0.005 0.008 0.962 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 T 0.001 0.005 0.001 0.867 0.026 0.095 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.001 0.194 0.006 0.657 0.024 0.088 0.001 0.009 0.006 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.003 0.054 0.010 0.877 0.002 0.016 0.001 0.013 0.004 0.004 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.008 0.075 0.116 0.716 0.011 0.037 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 115 I 0.026 0.033 0.281 0.574 0.035 0.022 0.003 0.003 0.001 0.001 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 116 P 0.001 0.002 0.008 0.005 0.929 0.028 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 117 P 0.001 0.003 0.001 0.012 0.001 0.029 0.001 0.870 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 118 E 0.001 0.098 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.765 0.026 0.009 0.080 0.001 0.001 0.001 0.008 119 N 0.948 0.005 0.014 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 E 0.002 0.001 0.977 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 L 0.002 0.049 0.049 0.895 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 L 0.001 0.002 0.006 0.985 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 F 0.001 0.004 0.043 0.856 0.039 0.049 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 124 Y 0.001 0.028 0.005 0.498 0.085 0.346 0.001 0.018 0.002 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 Y 0.003 0.187 0.004 0.355 0.006 0.161 0.001 0.055 0.006 0.006 0.166 0.040 0.005 0.001 0.003 0.001 126 S 0.009 0.061 0.008 0.042 0.005 0.479 0.002 0.007 0.021 0.019 0.091 0.225 0.024 0.001 0.002 0.005 127 R 0.022 0.038 0.023 0.033 0.002 0.021 0.002 0.004 0.001 0.001 0.651 0.077 0.115 0.002 0.003 0.005 128 D 0.004 0.033 0.025 0.014 0.002 0.076 0.005 0.002 0.002 0.001 0.054 0.561 0.204 0.005 0.004 0.008 129 Y 0.004 0.008 0.024 0.011 0.001 0.011 0.014 0.001 0.001 0.001 0.134 0.051 0.707 0.011 0.013 0.010 130 A 0.001 0.013 0.017 0.010 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.025 0.219 0.654 0.003 0.023 0.014 131 Q 0.002 0.003 0.012 0.012 0.001 0.010 0.009 0.001 0.002 0.001 0.006 0.015 0.883 0.005 0.007 0.034 132 Q 0.004 0.004 0.015 0.007 0.020 0.004 0.114 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.157 0.637 0.002 0.020 133 I 0.004 0.011 0.038 0.014 0.001 0.003 0.004 0.080 0.001 0.001 0.003 0.005 0.108 0.005 0.712 0.010 134 G 0.002 0.008 0.048 0.027 0.001 0.003 0.002 0.001 0.055 0.009 0.001 0.001 0.019 0.002 0.002 0.820 135 V 0.855 0.007 0.046 0.023 0.006 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.018 0.003 0.003 0.009 136 P 0.011 0.049 0.318 0.053 0.074 0.304 0.033 0.043 0.002 0.004 0.032 0.015 0.032 0.016 0.009 0.005 137 E 0.009 0.186 0.030 0.273 0.018 0.093 0.010 0.097 0.018 0.006 0.164 0.038 0.022 0.003 0.020 0.012