# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1060 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.069 0.145 0.003 0.025 0.038 0.066 0.071 0.008 0.001 0.058 0.516 2 R 0.083 0.067 0.008 0.028 0.079 0.088 0.091 0.011 0.002 0.085 0.459 3 A 0.117 0.043 0.008 0.025 0.082 0.132 0.072 0.013 0.002 0.048 0.458 4 R 0.130 0.008 0.002 0.020 0.061 0.075 0.076 0.006 0.001 0.041 0.579 5 L 0.023 0.006 0.002 0.033 0.070 0.093 0.096 0.002 0.001 0.023 0.653 6 S 0.011 0.007 0.002 0.020 0.047 0.064 0.117 0.001 0.001 0.021 0.710 7 L 0.052 0.017 0.004 0.020 0.063 0.075 0.164 0.005 0.001 0.049 0.551 8 P 0.114 0.013 0.001 0.020 0.029 0.051 0.137 0.003 0.001 0.074 0.559 9 K 0.033 0.016 0.001 0.067 0.046 0.066 0.129 0.001 0.001 0.040 0.602 10 Q 0.006 0.009 0.001 0.107 0.062 0.188 0.085 0.001 0.001 0.027 0.515 11 L 0.005 0.007 0.001 0.135 0.158 0.292 0.063 0.001 0.001 0.053 0.286 12 V 0.005 0.005 0.001 0.187 0.248 0.285 0.051 0.001 0.001 0.058 0.159 13 L 0.013 0.012 0.001 0.139 0.219 0.214 0.056 0.002 0.001 0.051 0.292 14 R 0.052 0.016 0.001 0.192 0.162 0.185 0.064 0.003 0.001 0.058 0.264 15 Q 0.029 0.020 0.002 0.106 0.090 0.162 0.107 0.002 0.001 0.035 0.445 16 S 0.087 0.050 0.003 0.052 0.056 0.096 0.101 0.008 0.001 0.050 0.497 17 I 0.271 0.024 0.007 0.042 0.047 0.065 0.111 0.012 0.003 0.090 0.328 18 V 0.079 0.024 0.003 0.017 0.016 0.017 0.155 0.004 0.001 0.045 0.641 19 G 0.148 0.024 0.003 0.027 0.019 0.032 0.083 0.009 0.001 0.060 0.594 20 A 0.070 0.015 0.001 0.025 0.040 0.051 0.147 0.004 0.001 0.046 0.601 21 E 0.014 0.022 0.001 0.049 0.063 0.120 0.091 0.002 0.001 0.039 0.597 22 V 0.010 0.007 0.001 0.073 0.170 0.181 0.115 0.002 0.001 0.127 0.314 23 G 0.011 0.014 0.001 0.096 0.191 0.293 0.077 0.002 0.001 0.096 0.218 24 V 0.020 0.023 0.001 0.110 0.192 0.137 0.068 0.001 0.001 0.068 0.378 25 W 0.025 0.009 0.002 0.110 0.202 0.255 0.061 0.003 0.001 0.110 0.222 26 T 0.062 0.017 0.002 0.059 0.090 0.187 0.105 0.004 0.001 0.060 0.413 27 G 0.101 0.009 0.002 0.075 0.070 0.105 0.092 0.004 0.001 0.062 0.479 28 E 0.018 0.006 0.002 0.091 0.072 0.087 0.121 0.002 0.001 0.028 0.574 29 T 0.014 0.013 0.002 0.036 0.033 0.061 0.140 0.002 0.001 0.026 0.673 30 I 0.119 0.012 0.003 0.026 0.051 0.055 0.159 0.008 0.001 0.102 0.464 31 P 0.161 0.013 0.003 0.036 0.030 0.034 0.122 0.004 0.001 0.090 0.506 32 V 0.054 0.015 0.002 0.043 0.032 0.044 0.102 0.002 0.001 0.029 0.677 33 R 0.016 0.007 0.001 0.053 0.062 0.158 0.102 0.002 0.001 0.032 0.568 34 T 0.006 0.006 0.001 0.118 0.138 0.231 0.099 0.001 0.001 0.049 0.350 35 C 0.003 0.003 0.001 0.112 0.218 0.416 0.064 0.001 0.001 0.026 0.158 36 F 0.009 0.017 0.001 0.110 0.296 0.165 0.064 0.001 0.001 0.041 0.295 37 G 0.033 0.017 0.002 0.125 0.251 0.287 0.050 0.003 0.001 0.058 0.174 38 P 0.029 0.022 0.001 0.053 0.079 0.140 0.095 0.002 0.001 0.057 0.521 39 L 0.101 0.053 0.002 0.053 0.104 0.165 0.061 0.005 0.001 0.059 0.397 40 I 0.038 0.024 0.001 0.031 0.098 0.140 0.099 0.003 0.001 0.070 0.496 41 G 0.013 0.025 0.001 0.057 0.109 0.208 0.073 0.002 0.001 0.083 0.429 42 Q 0.015 0.014 0.001 0.053 0.171 0.218 0.073 0.002 0.001 0.077 0.376 43 Q 0.017 0.029 0.003 0.051 0.158 0.135 0.102 0.002 0.001 0.061 0.441 44 S 0.042 0.049 0.003 0.050 0.094 0.113 0.111 0.004 0.001 0.058 0.475 45 H 0.106 0.264 0.002 0.018 0.046 0.069 0.077 0.006 0.001 0.031 0.380 46 S 0.107 0.494 0.001 0.008 0.020 0.030 0.037 0.006 0.001 0.028 0.268 47 M 0.052 0.587 0.003 0.007 0.021 0.029 0.036 0.006 0.001 0.038 0.219 48 E 0.081 0.571 0.004 0.006 0.017 0.032 0.027 0.010 0.001 0.057 0.195 49 V 0.145 0.198 0.006 0.009 0.033 0.034 0.054 0.014 0.003 0.214 0.291 50 A 0.051 0.270 0.012 0.017 0.046 0.038 0.076 0.005 0.005 0.102 0.378 51 E 0.064 0.302 0.006 0.011 0.025 0.035 0.052 0.007 0.003 0.049 0.444 52 W 0.100 0.311 0.007 0.007 0.020 0.022 0.046 0.015 0.004 0.053 0.415 53 T 0.135 0.290 0.006 0.007 0.012 0.017 0.064 0.009 0.004 0.065 0.391 54 D 0.138 0.188 0.009 0.010 0.009 0.015 0.086 0.009 0.005 0.108 0.425 55 K 0.087 0.137 0.012 0.010 0.010 0.009 0.097 0.010 0.006 0.075 0.548 56 A 0.175 0.180 0.010 0.010 0.009 0.013 0.077 0.013 0.006 0.066 0.441 57 V 0.108 0.132 0.005 0.011 0.013 0.016 0.089 0.008 0.002 0.056 0.561 58 N 0.042 0.158 0.006 0.022 0.025 0.039 0.095 0.006 0.002 0.057 0.549 59 H 0.062 0.211 0.006 0.027 0.037 0.069 0.090 0.010 0.002 0.065 0.421 60 I 0.055 0.270 0.005 0.035 0.065 0.078 0.076 0.011 0.002 0.053 0.349 61 W 0.042 0.148 0.003 0.062 0.103 0.147 0.076 0.007 0.001 0.082 0.327 62 K 0.025 0.058 0.005 0.080 0.140 0.196 0.065 0.005 0.002 0.119 0.306 63 I 0.035 0.038 0.012 0.079 0.147 0.174 0.089 0.006 0.004 0.103 0.313 64 Y 0.133 0.021 0.016 0.064 0.101 0.132 0.085 0.011 0.006 0.081 0.351 65 H 0.178 0.013 0.003 0.038 0.055 0.075 0.075 0.007 0.002 0.035 0.519 66 N 0.050 0.008 0.002 0.027 0.032 0.050 0.134 0.003 0.001 0.034 0.661 67 G 0.023 0.008 0.002 0.032 0.043 0.061 0.157 0.002 0.001 0.026 0.645 68 V 0.060 0.009 0.001 0.034 0.043 0.094 0.134 0.005 0.001 0.050 0.569 69 L 0.031 0.007 0.001 0.043 0.099 0.128 0.144 0.002 0.001 0.044 0.501 70 E 0.004 0.004 0.001 0.096 0.135 0.176 0.087 0.001 0.001 0.043 0.455 71 F 0.003 0.002 0.001 0.179 0.183 0.379 0.040 0.001 0.001 0.063 0.152 72 C 0.002 0.001 0.001 0.150 0.214 0.307 0.060 0.001 0.001 0.078 0.189 73 I 0.005 0.003 0.001 0.225 0.262 0.229 0.037 0.001 0.001 0.057 0.182 74 I 0.031 0.005 0.001 0.199 0.145 0.183 0.080 0.002 0.001 0.077 0.278 75 T 0.035 0.010 0.001 0.078 0.060 0.087 0.112 0.002 0.001 0.061 0.556 76 T 0.076 0.014 0.001 0.050 0.027 0.038 0.125 0.003 0.001 0.082 0.582 77 D 0.115 0.031 0.003 0.032 0.021 0.033 0.156 0.005 0.001 0.080 0.524 78 E 0.046 0.021 0.001 0.015 0.014 0.017 0.106 0.004 0.001 0.050 0.726 79 N 0.098 0.066 0.002 0.026 0.027 0.035 0.095 0.005 0.001 0.092 0.553 80 E 0.022 0.189 0.002 0.025 0.031 0.038 0.123 0.003 0.001 0.045 0.520 81 C 0.017 0.411 0.003 0.021 0.050 0.055 0.076 0.005 0.001 0.068 0.294 82 N 0.048 0.719 0.003 0.008 0.031 0.041 0.017 0.009 0.001 0.058 0.065 83 W 0.029 0.779 0.003 0.008 0.029 0.021 0.016 0.003 0.001 0.049 0.062 84 M 0.021 0.598 0.008 0.020 0.047 0.065 0.029 0.005 0.002 0.098 0.105 85 M 0.036 0.512 0.015 0.029 0.053 0.078 0.032 0.008 0.006 0.114 0.117 86 F 0.044 0.299 0.013 0.022 0.072 0.078 0.047 0.012 0.006 0.161 0.248 87 V 0.099 0.223 0.023 0.028 0.057 0.051 0.064 0.022 0.012 0.170 0.251 88 R 0.202 0.117 0.011 0.032 0.035 0.044 0.052 0.023 0.007 0.148 0.330 89 K 0.095 0.033 0.003 0.024 0.014 0.013 0.079 0.007 0.003 0.090 0.640 90 A 0.024 0.039 0.007 0.032 0.014 0.020 0.201 0.005 0.005 0.057 0.597 91 R 0.016 0.036 0.003 0.007 0.004 0.004 0.083 0.006 0.002 0.033 0.806 92 N 0.476 0.192 0.006 0.007 0.006 0.006 0.034 0.026 0.005 0.099 0.143 93 R 0.114 0.038 0.004 0.009 0.005 0.005 0.122 0.006 0.002 0.171 0.524 94 E 0.057 0.148 0.012 0.027 0.010 0.013 0.102 0.006 0.003 0.172 0.450 95 E 0.177 0.107 0.009 0.023 0.018 0.031 0.102 0.015 0.004 0.073 0.441 96 Q 0.054 0.090 0.014 0.041 0.090 0.094 0.093 0.007 0.002 0.050 0.465 97 N 0.032 0.012 0.002 0.035 0.088 0.367 0.077 0.007 0.001 0.044 0.335 98 L 0.015 0.009 0.002 0.072 0.307 0.215 0.072 0.002 0.001 0.039 0.268 99 V 0.005 0.003 0.001 0.117 0.261 0.274 0.077 0.001 0.001 0.026 0.235 100 A 0.005 0.003 0.002 0.070 0.200 0.260 0.071 0.001 0.001 0.026 0.361 101 Y 0.077 0.003 0.004 0.049 0.146 0.253 0.081 0.005 0.002 0.055 0.326 102 P 0.216 0.003 0.003 0.026 0.064 0.072 0.074 0.003 0.001 0.040 0.499 103 H 0.065 0.002 0.001 0.018 0.010 0.016 0.133 0.001 0.001 0.023 0.733 104 D 0.004 0.002 0.001 0.016 0.010 0.027 0.175 0.001 0.001 0.039 0.726 105 G 0.001 0.002 0.001 0.066 0.065 0.099 0.191 0.001 0.001 0.076 0.500 106 K 0.001 0.002 0.001 0.190 0.146 0.428 0.030 0.001 0.001 0.092 0.111 107 I 0.001 0.001 0.001 0.200 0.223 0.268 0.018 0.001 0.001 0.236 0.053 108 F 0.001 0.001 0.001 0.509 0.158 0.156 0.015 0.001 0.001 0.132 0.028 109 F 0.001 0.005 0.001 0.601 0.133 0.139 0.015 0.001 0.001 0.065 0.040 110 C 0.010 0.015 0.001 0.218 0.261 0.303 0.029 0.001 0.001 0.069 0.091 111 T 0.084 0.029 0.003 0.066 0.134 0.357 0.083 0.005 0.001 0.068 0.169 112 S 0.193 0.006 0.002 0.070 0.075 0.170 0.077 0.005 0.001 0.090 0.311 113 Q 0.016 0.001 0.002 0.116 0.083 0.070 0.075 0.001 0.001 0.029 0.605 114 D 0.005 0.001 0.002 0.048 0.034 0.061 0.183 0.001 0.001 0.016 0.647 115 I 0.022 0.002 0.002 0.009 0.024 0.019 0.133 0.004 0.001 0.020 0.764 116 P 0.642 0.006 0.001 0.009 0.010 0.012 0.103 0.006 0.001 0.046 0.165 117 P 0.037 0.008 0.001 0.018 0.008 0.011 0.123 0.001 0.001 0.019 0.776 118 E 0.008 0.009 0.001 0.076 0.029 0.065 0.149 0.001 0.001 0.034 0.629 119 N 0.006 0.002 0.001 0.130 0.067 0.383 0.113 0.001 0.001 0.084 0.214 120 E 0.001 0.001 0.001 0.243 0.230 0.207 0.073 0.001 0.001 0.063 0.181 121 L 0.001 0.001 0.001 0.409 0.229 0.289 0.015 0.001 0.001 0.027 0.030 122 L 0.001 0.001 0.001 0.452 0.226 0.189 0.019 0.001 0.001 0.030 0.082 123 F 0.003 0.004 0.001 0.414 0.235 0.210 0.022 0.001 0.001 0.019 0.091 124 Y 0.028 0.011 0.001 0.225 0.139 0.253 0.066 0.003 0.001 0.053 0.220 125 Y 0.050 0.052 0.002 0.097 0.084 0.096 0.095 0.005 0.001 0.040 0.478 126 S 0.131 0.258 0.002 0.044 0.036 0.045 0.072 0.010 0.001 0.033 0.369 127 R 0.086 0.420 0.004 0.024 0.023 0.028 0.060 0.010 0.002 0.040 0.304 128 D 0.084 0.506 0.003 0.009 0.014 0.020 0.048 0.011 0.001 0.043 0.261 129 Y 0.213 0.478 0.008 0.006 0.011 0.013 0.032 0.015 0.003 0.067 0.156 130 A 0.323 0.134 0.030 0.011 0.033 0.033 0.058 0.016 0.010 0.077 0.275 131 Q 0.360 0.041 0.006 0.006 0.018 0.042 0.047 0.014 0.003 0.029 0.434 132 Q 0.192 0.005 0.001 0.007 0.027 0.039 0.058 0.006 0.001 0.028 0.635 133 I 0.015 0.001 0.001 0.010 0.033 0.036 0.143 0.001 0.001 0.015 0.743 134 G 0.014 0.002 0.001 0.010 0.023 0.045 0.083 0.001 0.001 0.012 0.810 135 V 0.055 0.003 0.001 0.006 0.029 0.026 0.124 0.002 0.001 0.020 0.735 136 P 0.062 0.006 0.001 0.016 0.026 0.030 0.132 0.001 0.001 0.029 0.697 137 E 0.028 0.008 0.001 0.021 0.016 0.030 0.109 0.001 0.001 0.027 0.761