# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1060 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.077 0.186 0.016 0.034 0.061 0.082 0.065 0.480 2 R 0.085 0.055 0.048 0.063 0.103 0.092 0.165 0.390 3 A 0.081 0.038 0.047 0.106 0.112 0.085 0.075 0.457 4 R 0.098 0.010 0.038 0.038 0.087 0.095 0.054 0.579 5 L 0.019 0.007 0.037 0.043 0.072 0.122 0.028 0.672 6 S 0.031 0.004 0.025 0.029 0.050 0.122 0.029 0.709 7 L 0.116 0.013 0.028 0.040 0.031 0.111 0.046 0.614 8 P 0.159 0.015 0.022 0.016 0.030 0.089 0.056 0.613 9 K 0.010 0.009 0.098 0.035 0.069 0.133 0.066 0.579 10 Q 0.004 0.008 0.179 0.121 0.236 0.087 0.065 0.301 11 L 0.004 0.004 0.158 0.162 0.233 0.065 0.022 0.351 12 V 0.006 0.007 0.358 0.216 0.221 0.033 0.069 0.090 13 L 0.018 0.007 0.188 0.141 0.195 0.061 0.062 0.328 14 R 0.040 0.015 0.231 0.132 0.206 0.064 0.062 0.251 15 Q 0.037 0.011 0.093 0.085 0.103 0.101 0.043 0.527 16 S 0.071 0.021 0.059 0.077 0.138 0.097 0.067 0.469 17 I 0.140 0.014 0.047 0.041 0.064 0.119 0.112 0.462 18 V 0.086 0.010 0.019 0.027 0.032 0.110 0.037 0.680 19 G 0.142 0.015 0.014 0.013 0.026 0.107 0.050 0.632 20 A 0.032 0.022 0.018 0.032 0.054 0.132 0.039 0.673 21 E 0.026 0.029 0.026 0.035 0.096 0.121 0.076 0.591 22 V 0.004 0.010 0.060 0.142 0.221 0.096 0.086 0.381 23 G 0.008 0.025 0.172 0.233 0.343 0.043 0.070 0.105 24 V 0.025 0.011 0.086 0.202 0.295 0.053 0.042 0.286 25 W 0.016 0.003 0.186 0.169 0.246 0.067 0.135 0.177 26 T 0.055 0.012 0.104 0.143 0.203 0.075 0.105 0.303 27 G 0.062 0.002 0.038 0.027 0.049 0.104 0.060 0.657 28 E 0.015 0.007 0.086 0.146 0.108 0.153 0.055 0.429 29 T 0.014 0.001 0.007 0.017 0.026 0.100 0.013 0.823 30 I 0.136 0.004 0.022 0.053 0.033 0.119 0.067 0.567 31 P 0.216 0.010 0.017 0.019 0.028 0.084 0.054 0.572 32 V 0.026 0.003 0.019 0.010 0.019 0.111 0.016 0.795 33 R 0.023 0.009 0.022 0.042 0.072 0.133 0.041 0.657 34 T 0.011 0.003 0.037 0.095 0.153 0.113 0.027 0.560 35 C 0.012 0.009 0.121 0.124 0.280 0.084 0.050 0.322 36 F 0.018 0.005 0.074 0.116 0.130 0.098 0.049 0.510 37 G 0.086 0.015 0.098 0.125 0.181 0.073 0.172 0.249 38 P 0.047 0.011 0.081 0.123 0.177 0.085 0.061 0.413 39 L 0.063 0.009 0.076 0.056 0.182 0.091 0.057 0.467 40 I 0.018 0.007 0.076 0.128 0.130 0.135 0.056 0.448 41 G 0.023 0.011 0.063 0.075 0.190 0.102 0.060 0.476 42 Q 0.020 0.017 0.084 0.178 0.157 0.103 0.089 0.352 43 Q 0.015 0.008 0.030 0.061 0.070 0.116 0.036 0.662 44 S 0.026 0.050 0.048 0.076 0.100 0.110 0.076 0.514 45 H 0.134 0.414 0.015 0.019 0.030 0.048 0.089 0.250 46 S 0.107 0.574 0.006 0.016 0.012 0.036 0.072 0.177 47 M 0.044 0.577 0.010 0.019 0.026 0.038 0.077 0.208 48 E 0.096 0.554 0.020 0.016 0.046 0.029 0.105 0.135 49 V 0.172 0.124 0.020 0.026 0.037 0.057 0.383 0.180 50 A 0.038 0.197 0.027 0.058 0.057 0.104 0.155 0.364 51 E 0.099 0.182 0.010 0.009 0.030 0.062 0.035 0.573 52 W 0.104 0.290 0.013 0.030 0.019 0.075 0.112 0.357 53 T 0.138 0.178 0.013 0.017 0.020 0.086 0.070 0.478 54 D 0.221 0.053 0.015 0.010 0.016 0.076 0.145 0.464 55 K 0.053 0.049 0.015 0.017 0.015 0.102 0.063 0.685 56 A 0.228 0.077 0.013 0.008 0.017 0.084 0.055 0.518 57 V 0.098 0.088 0.011 0.017 0.016 0.104 0.069 0.597 58 N 0.053 0.075 0.019 0.019 0.037 0.107 0.052 0.638 59 H 0.080 0.165 0.043 0.053 0.110 0.085 0.076 0.387 60 I 0.059 0.130 0.053 0.087 0.146 0.086 0.082 0.357 61 W 0.031 0.114 0.047 0.152 0.239 0.065 0.082 0.269 62 K 0.026 0.051 0.079 0.182 0.307 0.051 0.114 0.190 63 I 0.033 0.029 0.086 0.249 0.221 0.056 0.087 0.239 64 Y 0.096 0.024 0.078 0.132 0.174 0.072 0.087 0.337 65 H 0.139 0.017 0.036 0.068 0.086 0.080 0.049 0.524 66 N 0.060 0.008 0.019 0.027 0.046 0.112 0.037 0.692 67 G 0.029 0.006 0.022 0.030 0.044 0.126 0.032 0.712 68 V 0.092 0.018 0.025 0.044 0.063 0.125 0.062 0.571 69 L 0.034 0.017 0.045 0.058 0.101 0.131 0.057 0.558 70 E 0.004 0.010 0.123 0.103 0.249 0.096 0.055 0.359 71 F 0.002 0.005 0.225 0.158 0.371 0.044 0.062 0.134 72 C 0.001 0.004 0.369 0.256 0.230 0.026 0.046 0.068 73 I 0.004 0.006 0.336 0.230 0.250 0.030 0.046 0.098 74 I 0.015 0.008 0.301 0.166 0.197 0.058 0.051 0.204 75 T 0.026 0.006 0.166 0.088 0.135 0.117 0.082 0.380 76 T 0.075 0.022 0.112 0.052 0.071 0.152 0.117 0.400 77 D 0.335 0.058 0.020 0.013 0.019 0.097 0.097 0.361 78 E 0.081 0.047 0.017 0.014 0.017 0.133 0.103 0.589 79 N 0.036 0.079 0.025 0.021 0.037 0.136 0.063 0.605 80 E 0.055 0.103 0.016 0.023 0.039 0.126 0.066 0.571 81 C 0.034 0.168 0.031 0.047 0.058 0.123 0.075 0.465 82 N 0.052 0.525 0.021 0.038 0.078 0.045 0.090 0.151 83 W 0.055 0.286 0.039 0.048 0.113 0.072 0.146 0.241 84 M 0.018 0.198 0.084 0.143 0.199 0.056 0.137 0.165 85 M 0.026 0.147 0.111 0.112 0.286 0.047 0.105 0.166 86 F 0.044 0.106 0.139 0.146 0.174 0.070 0.122 0.200 87 V 0.077 0.090 0.097 0.100 0.130 0.107 0.104 0.293 88 R 0.117 0.123 0.079 0.035 0.090 0.089 0.128 0.337 89 K 0.091 0.028 0.040 0.025 0.037 0.134 0.086 0.559 90 A 0.012 0.019 0.036 0.021 0.048 0.221 0.081 0.563 91 R 0.010 0.050 0.031 0.009 0.022 0.129 0.026 0.723 92 N 0.359 0.255 0.004 0.004 0.005 0.043 0.174 0.157 93 R 0.085 0.181 0.008 0.007 0.006 0.113 0.220 0.380 94 E 0.048 0.166 0.029 0.008 0.024 0.093 0.172 0.460 95 E 0.131 0.101 0.031 0.023 0.060 0.097 0.190 0.368 96 Q 0.033 0.040 0.066 0.075 0.119 0.139 0.130 0.399 97 N 0.010 0.015 0.049 0.073 0.249 0.108 0.098 0.398 98 L 0.006 0.004 0.055 0.152 0.371 0.065 0.056 0.291 99 V 0.002 0.001 0.063 0.322 0.404 0.041 0.025 0.142 100 A 0.003 0.001 0.087 0.219 0.300 0.055 0.027 0.309 101 Y 0.096 0.001 0.086 0.136 0.195 0.071 0.157 0.258 102 P 0.217 0.001 0.017 0.039 0.040 0.088 0.030 0.569 103 H 0.031 0.001 0.009 0.007 0.025 0.113 0.009 0.805 104 D 0.003 0.001 0.003 0.023 0.028 0.137 0.011 0.794 105 G 0.002 0.002 0.027 0.160 0.356 0.102 0.035 0.316 106 K 0.002 0.004 0.102 0.300 0.488 0.021 0.035 0.049 107 I 0.001 0.001 0.033 0.317 0.287 0.045 0.018 0.300 108 F 0.001 0.001 0.134 0.497 0.309 0.008 0.032 0.017 109 F 0.007 0.004 0.055 0.401 0.407 0.014 0.036 0.076 110 C 0.013 0.005 0.153 0.439 0.210 0.026 0.054 0.100 111 T 0.172 0.008 0.058 0.156 0.160 0.071 0.043 0.334 112 S 0.130 0.005 0.040 0.058 0.113 0.077 0.051 0.526 113 Q 0.015 0.001 0.043 0.036 0.070 0.115 0.015 0.704 114 D 0.004 0.001 0.008 0.016 0.023 0.084 0.013 0.851 115 I 0.027 0.001 0.019 0.030 0.023 0.106 0.037 0.756 116 P 0.467 0.009 0.014 0.014 0.018 0.054 0.072 0.352 117 P 0.093 0.004 0.014 0.006 0.013 0.101 0.021 0.748 118 E 0.033 0.005 0.015 0.011 0.032 0.116 0.025 0.763 119 N 0.008 0.009 0.073 0.177 0.349 0.090 0.096 0.199 120 E 0.009 0.005 0.076 0.125 0.424 0.059 0.027 0.274 121 L 0.004 0.005 0.108 0.280 0.429 0.038 0.028 0.108 122 L 0.003 0.003 0.145 0.272 0.341 0.045 0.046 0.146 123 F 0.009 0.006 0.083 0.336 0.329 0.042 0.060 0.134 124 Y 0.040 0.018 0.085 0.155 0.174 0.087 0.107 0.333 125 Y 0.046 0.052 0.046 0.082 0.088 0.099 0.078 0.509 126 S 0.136 0.320 0.010 0.025 0.033 0.078 0.095 0.302 127 R 0.059 0.369 0.007 0.021 0.025 0.068 0.069 0.382 128 D 0.088 0.430 0.008 0.020 0.024 0.038 0.130 0.263 129 Y 0.241 0.280 0.011 0.023 0.033 0.045 0.129 0.237 130 A 0.158 0.059 0.041 0.053 0.052 0.078 0.186 0.373 131 Q 0.334 0.017 0.010 0.017 0.030 0.045 0.048 0.500 132 Q 0.193 0.004 0.010 0.010 0.022 0.069 0.032 0.661 133 I 0.009 0.002 0.031 0.020 0.037 0.127 0.016 0.758 134 G 0.015 0.001 0.007 0.010 0.015 0.101 0.008 0.842 135 V 0.080 0.003 0.012 0.034 0.019 0.115 0.026 0.711 136 P 0.082 0.005 0.026 0.016 0.026 0.100 0.027 0.719 137 E 0.048 0.006 0.026 0.015 0.025 0.104 0.032 0.744