# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1060 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.447 0.147 0.072 0.103 0.065 0.044 0.054 0.031 0.020 0.012 0.007 2 R 0.086 0.078 0.060 0.157 0.153 0.122 0.141 0.084 0.060 0.035 0.023 3 A 0.094 0.064 0.053 0.086 0.094 0.087 0.146 0.132 0.110 0.081 0.054 4 R 0.050 0.092 0.102 0.199 0.165 0.124 0.122 0.065 0.043 0.026 0.012 5 L 0.070 0.062 0.100 0.137 0.130 0.126 0.153 0.094 0.065 0.042 0.021 6 S 0.190 0.229 0.132 0.204 0.107 0.054 0.039 0.020 0.012 0.008 0.004 7 L 0.044 0.056 0.036 0.070 0.087 0.106 0.191 0.145 0.121 0.091 0.054 8 P 0.279 0.215 0.086 0.158 0.103 0.060 0.045 0.025 0.015 0.010 0.005 9 K 0.221 0.171 0.122 0.179 0.108 0.076 0.066 0.031 0.016 0.007 0.003 10 Q 0.186 0.151 0.089 0.219 0.142 0.085 0.068 0.032 0.016 0.008 0.004 11 L 0.007 0.004 0.008 0.011 0.019 0.041 0.111 0.140 0.234 0.228 0.197 12 V 0.018 0.085 0.130 0.301 0.227 0.114 0.067 0.031 0.016 0.008 0.004 13 L 0.002 0.002 0.013 0.010 0.019 0.034 0.086 0.125 0.216 0.252 0.240 14 R 0.017 0.030 0.062 0.143 0.167 0.162 0.168 0.104 0.074 0.048 0.024 15 Q 0.041 0.050 0.090 0.143 0.121 0.134 0.178 0.101 0.075 0.047 0.021 16 S 0.044 0.040 0.062 0.094 0.098 0.118 0.152 0.116 0.113 0.093 0.069 17 I 0.061 0.066 0.036 0.078 0.081 0.113 0.196 0.122 0.113 0.089 0.044 18 V 0.196 0.163 0.085 0.175 0.114 0.078 0.074 0.047 0.034 0.022 0.013 19 G 0.265 0.229 0.069 0.134 0.088 0.067 0.062 0.035 0.023 0.016 0.011 20 A 0.133 0.111 0.040 0.144 0.142 0.110 0.121 0.085 0.053 0.036 0.026 21 E 0.258 0.160 0.054 0.142 0.111 0.083 0.074 0.053 0.031 0.023 0.011 22 V 0.016 0.024 0.017 0.059 0.070 0.134 0.195 0.148 0.165 0.118 0.056 23 G 0.028 0.040 0.024 0.082 0.093 0.107 0.164 0.129 0.138 0.106 0.088 24 V 0.007 0.005 0.012 0.020 0.031 0.048 0.098 0.128 0.213 0.223 0.215 25 W 0.011 0.026 0.030 0.085 0.114 0.144 0.170 0.131 0.126 0.100 0.064 26 T 0.003 0.006 0.008 0.021 0.034 0.037 0.098 0.163 0.210 0.200 0.220 27 G 0.064 0.056 0.037 0.127 0.163 0.156 0.163 0.092 0.068 0.048 0.027 28 E 0.210 0.120 0.104 0.199 0.123 0.081 0.080 0.040 0.025 0.012 0.006 29 T 0.173 0.200 0.052 0.195 0.124 0.093 0.088 0.038 0.020 0.011 0.007 30 I 0.009 0.007 0.004 0.006 0.009 0.013 0.041 0.059 0.174 0.234 0.443 31 P 0.196 0.388 0.098 0.192 0.084 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 32 V 0.173 0.161 0.092 0.195 0.116 0.089 0.066 0.041 0.033 0.022 0.012 33 R 0.313 0.125 0.031 0.112 0.095 0.091 0.097 0.063 0.036 0.023 0.015 34 T 0.078 0.104 0.067 0.188 0.132 0.130 0.118 0.078 0.052 0.037 0.016 35 C 0.018 0.026 0.032 0.062 0.069 0.193 0.214 0.128 0.127 0.096 0.036 36 F 0.038 0.043 0.035 0.083 0.073 0.083 0.154 0.136 0.161 0.115 0.080 37 G 0.031 0.025 0.027 0.052 0.060 0.082 0.153 0.146 0.173 0.143 0.106 38 P 0.076 0.085 0.082 0.188 0.165 0.111 0.106 0.073 0.055 0.035 0.024 39 L 0.024 0.021 0.021 0.048 0.067 0.087 0.160 0.195 0.156 0.132 0.089 40 I 0.053 0.066 0.039 0.141 0.142 0.095 0.138 0.139 0.087 0.059 0.041 41 G 0.100 0.051 0.037 0.071 0.071 0.083 0.148 0.123 0.137 0.114 0.066 42 Q 0.082 0.090 0.075 0.181 0.155 0.119 0.125 0.071 0.052 0.030 0.019 43 Q 0.120 0.087 0.073 0.125 0.118 0.098 0.146 0.097 0.068 0.045 0.024 44 S 0.099 0.087 0.058 0.101 0.103 0.098 0.143 0.102 0.092 0.071 0.046 45 H 0.096 0.243 0.094 0.160 0.111 0.088 0.097 0.048 0.034 0.021 0.009 46 S 0.221 0.137 0.090 0.177 0.124 0.095 0.083 0.035 0.022 0.011 0.005 47 M 0.548 0.115 0.111 0.107 0.054 0.027 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 48 E 0.049 0.108 0.117 0.226 0.167 0.123 0.117 0.053 0.023 0.012 0.005 49 V 0.003 0.005 0.013 0.016 0.031 0.065 0.159 0.168 0.222 0.203 0.116 50 A 0.047 0.053 0.268 0.210 0.166 0.109 0.091 0.033 0.014 0.007 0.002 51 E 0.021 0.059 0.574 0.213 0.079 0.030 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 52 W 0.006 0.011 0.030 0.029 0.046 0.118 0.219 0.165 0.166 0.145 0.066 53 T 0.078 0.082 0.070 0.128 0.125 0.120 0.184 0.109 0.060 0.033 0.012 54 D 0.189 0.131 0.407 0.155 0.062 0.027 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 55 K 0.141 0.094 0.166 0.176 0.142 0.105 0.100 0.043 0.019 0.010 0.005 56 A 0.104 0.118 0.050 0.085 0.078 0.097 0.163 0.126 0.087 0.065 0.027 57 V 0.065 0.092 0.082 0.147 0.147 0.151 0.149 0.080 0.048 0.027 0.013 58 N 0.262 0.165 0.224 0.179 0.084 0.037 0.025 0.013 0.006 0.004 0.002 59 H 0.045 0.033 0.038 0.075 0.093 0.145 0.212 0.134 0.112 0.074 0.038 60 I 0.042 0.062 0.040 0.095 0.099 0.103 0.156 0.133 0.122 0.096 0.053 61 W 0.009 0.012 0.022 0.050 0.072 0.139 0.205 0.152 0.158 0.123 0.058 62 K 0.075 0.100 0.169 0.225 0.155 0.100 0.084 0.042 0.026 0.016 0.008 63 I 0.011 0.011 0.019 0.039 0.054 0.096 0.185 0.170 0.177 0.145 0.093 64 Y 0.013 0.019 0.019 0.048 0.060 0.091 0.152 0.146 0.179 0.164 0.109 65 H 0.041 0.042 0.044 0.080 0.091 0.125 0.192 0.122 0.124 0.090 0.050 66 N 0.175 0.178 0.122 0.202 0.126 0.070 0.058 0.030 0.019 0.012 0.008 67 G 0.193 0.086 0.033 0.086 0.083 0.092 0.142 0.098 0.083 0.066 0.038 68 V 0.187 0.216 0.039 0.145 0.098 0.083 0.084 0.057 0.042 0.031 0.018 69 L 0.065 0.082 0.041 0.140 0.151 0.147 0.146 0.093 0.064 0.043 0.028 70 E 0.138 0.106 0.076 0.166 0.141 0.108 0.106 0.072 0.042 0.028 0.015 71 F 0.005 0.012 0.013 0.040 0.052 0.122 0.217 0.145 0.193 0.141 0.060 72 C 0.002 0.004 0.005 0.014 0.021 0.040 0.086 0.105 0.226 0.248 0.248 73 I 0.003 0.004 0.009 0.016 0.028 0.049 0.096 0.125 0.212 0.250 0.208 74 I 0.006 0.010 0.023 0.043 0.062 0.101 0.158 0.150 0.180 0.167 0.100 75 T 0.003 0.003 0.006 0.015 0.026 0.039 0.102 0.175 0.227 0.210 0.193 76 T 0.036 0.048 0.037 0.097 0.101 0.110 0.173 0.132 0.123 0.088 0.056 77 D 0.106 0.180 0.096 0.209 0.137 0.092 0.083 0.041 0.029 0.015 0.011 78 E 0.367 0.161 0.050 0.137 0.097 0.063 0.055 0.033 0.017 0.011 0.008 79 N 0.318 0.164 0.046 0.106 0.077 0.065 0.079 0.054 0.040 0.029 0.020 80 E 0.106 0.124 0.052 0.151 0.140 0.121 0.128 0.075 0.049 0.031 0.023 81 C 0.055 0.047 0.045 0.085 0.092 0.117 0.155 0.115 0.121 0.093 0.073 82 N 0.035 0.054 0.058 0.106 0.106 0.109 0.155 0.117 0.120 0.082 0.058 83 W 0.008 0.014 0.019 0.054 0.077 0.088 0.163 0.163 0.178 0.135 0.102 84 M 0.005 0.007 0.013 0.028 0.040 0.056 0.107 0.142 0.201 0.212 0.190 85 M 0.006 0.012 0.022 0.056 0.081 0.106 0.185 0.177 0.162 0.119 0.071 86 F 0.003 0.005 0.012 0.023 0.035 0.039 0.096 0.161 0.215 0.210 0.200 87 V 0.002 0.003 0.007 0.013 0.022 0.030 0.077 0.124 0.221 0.235 0.265 88 R 0.017 0.023 0.047 0.084 0.102 0.127 0.193 0.124 0.135 0.095 0.051 89 K 0.029 0.036 0.064 0.122 0.139 0.141 0.194 0.120 0.082 0.045 0.028 90 A 0.071 0.066 0.067 0.089 0.083 0.080 0.137 0.112 0.121 0.097 0.076 91 R 0.054 0.046 0.036 0.088 0.104 0.118 0.224 0.128 0.099 0.064 0.039 92 N 0.185 0.318 0.163 0.162 0.072 0.041 0.027 0.012 0.009 0.006 0.003 93 R 0.177 0.175 0.086 0.177 0.138 0.090 0.077 0.041 0.021 0.012 0.007 94 E 0.477 0.190 0.058 0.100 0.057 0.037 0.035 0.022 0.013 0.008 0.004 95 E 0.119 0.073 0.058 0.129 0.127 0.123 0.151 0.096 0.063 0.038 0.022 96 Q 0.066 0.099 0.112 0.191 0.157 0.119 0.112 0.068 0.039 0.023 0.012 97 N 0.018 0.021 0.042 0.059 0.071 0.090 0.155 0.144 0.172 0.141 0.089 98 L 0.017 0.026 0.056 0.091 0.104 0.125 0.178 0.140 0.123 0.091 0.049 99 V 0.038 0.068 0.125 0.218 0.170 0.120 0.109 0.066 0.044 0.029 0.014 100 A 0.022 0.016 0.031 0.042 0.058 0.088 0.153 0.158 0.169 0.152 0.110 101 Y 0.039 0.040 0.033 0.087 0.097 0.116 0.189 0.142 0.121 0.086 0.048 102 P 0.096 0.098 0.071 0.112 0.100 0.092 0.137 0.093 0.086 0.069 0.046 103 H 0.192 0.243 0.079 0.165 0.117 0.072 0.063 0.030 0.019 0.012 0.008 104 D 0.402 0.159 0.037 0.115 0.082 0.059 0.059 0.036 0.025 0.016 0.010 105 G 0.251 0.114 0.039 0.121 0.101 0.087 0.114 0.075 0.050 0.031 0.017 106 K 0.026 0.063 0.036 0.165 0.168 0.164 0.161 0.090 0.064 0.040 0.023 107 I 0.001 0.002 0.004 0.005 0.009 0.019 0.049 0.083 0.230 0.286 0.312 108 F 0.003 0.009 0.013 0.058 0.102 0.135 0.196 0.154 0.144 0.102 0.086 109 F 0.001 0.002 0.008 0.008 0.014 0.019 0.052 0.108 0.210 0.267 0.312 110 C 0.003 0.006 0.013 0.043 0.077 0.107 0.160 0.156 0.172 0.150 0.113 111 T 0.002 0.003 0.007 0.014 0.021 0.032 0.093 0.142 0.244 0.230 0.214 112 S 0.020 0.027 0.032 0.099 0.135 0.159 0.193 0.113 0.102 0.076 0.044 113 Q 0.081 0.081 0.087 0.159 0.133 0.130 0.156 0.078 0.053 0.028 0.014 114 D 0.168 0.183 0.066 0.191 0.122 0.088 0.090 0.044 0.026 0.014 0.009 115 I 0.016 0.011 0.007 0.012 0.019 0.031 0.091 0.104 0.194 0.211 0.304 116 P 0.134 0.541 0.106 0.133 0.053 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 117 P 0.241 0.247 0.069 0.175 0.106 0.068 0.047 0.023 0.014 0.007 0.004 118 E 0.819 0.097 0.012 0.031 0.014 0.009 0.008 0.005 0.003 0.002 0.001 119 N 0.113 0.100 0.046 0.176 0.129 0.126 0.144 0.077 0.051 0.026 0.011 120 E 0.013 0.033 0.060 0.117 0.128 0.182 0.168 0.116 0.085 0.067 0.030 121 L 0.002 0.006 0.015 0.020 0.029 0.086 0.170 0.159 0.228 0.202 0.084 122 L 0.010 0.025 0.054 0.104 0.107 0.133 0.190 0.147 0.116 0.080 0.035 123 F 0.012 0.008 0.026 0.039 0.049 0.076 0.157 0.177 0.187 0.175 0.093 124 Y 0.029 0.037 0.064 0.130 0.135 0.135 0.169 0.125 0.083 0.062 0.030 125 Y 0.008 0.010 0.014 0.023 0.037 0.061 0.156 0.206 0.203 0.182 0.100 126 S 0.059 0.111 0.074 0.148 0.125 0.122 0.148 0.083 0.066 0.044 0.021 127 R 0.229 0.105 0.112 0.158 0.125 0.089 0.097 0.040 0.025 0.012 0.007 128 D 0.373 0.189 0.102 0.139 0.079 0.046 0.039 0.018 0.009 0.005 0.003 129 Y 0.027 0.043 0.029 0.063 0.070 0.111 0.197 0.137 0.148 0.116 0.061 130 A 0.115 0.082 0.062 0.116 0.122 0.131 0.167 0.091 0.057 0.039 0.019 131 Q 0.151 0.182 0.310 0.216 0.080 0.032 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 132 Q 0.085 0.095 0.093 0.140 0.128 0.125 0.150 0.088 0.048 0.032 0.016 133 I 0.078 0.058 0.038 0.096 0.103 0.109 0.168 0.139 0.103 0.072 0.037 134 G 0.276 0.240 0.175 0.160 0.070 0.035 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 135 V 0.082 0.099 0.126 0.154 0.135 0.118 0.122 0.073 0.045 0.029 0.018 136 P 0.314 0.223 0.075 0.113 0.080 0.054 0.062 0.038 0.022 0.012 0.007 137 E 0.406 0.159 0.064 0.121 0.083 0.053 0.054 0.030 0.017 0.008 0.005