# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1060 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.043 0.020 0.002 0.021 0.017 0.026 0.149 0.001 0.001 0.005 0.716 2 R 0.094 0.039 0.005 0.023 0.024 0.043 0.093 0.001 0.001 0.005 0.672 3 A 0.071 0.069 0.006 0.047 0.046 0.070 0.198 0.002 0.001 0.004 0.487 4 R 0.087 0.102 0.005 0.046 0.063 0.108 0.115 0.005 0.001 0.005 0.463 5 L 0.176 0.154 0.019 0.058 0.085 0.178 0.052 0.009 0.001 0.008 0.261 6 S 0.138 0.047 0.017 0.056 0.049 0.089 0.060 0.014 0.001 0.006 0.525 7 L 0.194 0.019 0.033 0.026 0.121 0.113 0.044 0.006 0.001 0.003 0.441 8 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.984 9 K 0.013 0.001 0.002 0.051 0.105 0.222 0.085 0.001 0.001 0.001 0.521 10 Q 0.070 0.001 0.001 0.052 0.036 0.052 0.119 0.001 0.001 0.008 0.660 11 L 0.168 0.004 0.006 0.204 0.144 0.168 0.055 0.001 0.001 0.004 0.246 12 V 0.009 0.003 0.002 0.299 0.160 0.181 0.087 0.001 0.001 0.001 0.258 13 L 0.004 0.002 0.001 0.183 0.206 0.343 0.027 0.001 0.001 0.001 0.232 14 R 0.004 0.003 0.001 0.251 0.209 0.376 0.032 0.001 0.001 0.002 0.122 15 Q 0.006 0.002 0.001 0.080 0.096 0.177 0.065 0.001 0.001 0.003 0.570 16 S 0.022 0.005 0.003 0.090 0.154 0.293 0.085 0.001 0.001 0.006 0.341 17 I 0.033 0.005 0.004 0.052 0.061 0.102 0.137 0.001 0.001 0.007 0.598 18 V 0.017 0.007 0.002 0.030 0.028 0.051 0.199 0.001 0.001 0.006 0.660 19 G 0.077 0.008 0.004 0.023 0.046 0.082 0.201 0.001 0.001 0.029 0.529 20 A 0.329 0.034 0.012 0.021 0.034 0.038 0.096 0.002 0.001 0.026 0.408 21 E 0.086 0.031 0.006 0.033 0.034 0.050 0.193 0.001 0.001 0.010 0.555 22 V 0.155 0.028 0.012 0.068 0.098 0.111 0.162 0.002 0.001 0.012 0.353 23 G 0.065 0.030 0.004 0.063 0.225 0.305 0.069 0.002 0.001 0.006 0.231 24 V 0.022 0.020 0.010 0.125 0.233 0.340 0.055 0.001 0.001 0.002 0.191 25 W 0.008 0.018 0.001 0.128 0.258 0.406 0.040 0.001 0.001 0.001 0.138 26 T 0.011 0.013 0.001 0.073 0.304 0.456 0.022 0.001 0.001 0.002 0.116 27 G 0.024 0.019 0.004 0.137 0.138 0.434 0.038 0.001 0.001 0.004 0.200 28 E 0.053 0.012 0.004 0.084 0.131 0.307 0.154 0.001 0.001 0.006 0.249 29 T 0.051 0.004 0.003 0.038 0.031 0.061 0.074 0.001 0.001 0.004 0.733 30 I 0.209 0.008 0.016 0.041 0.132 0.195 0.046 0.002 0.001 0.005 0.346 31 P 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.966 32 V 0.027 0.001 0.002 0.067 0.038 0.079 0.097 0.001 0.001 0.001 0.687 33 R 0.099 0.004 0.002 0.076 0.056 0.096 0.120 0.001 0.001 0.020 0.527 34 T 0.331 0.005 0.005 0.078 0.060 0.082 0.091 0.001 0.001 0.008 0.340 35 C 0.056 0.007 0.006 0.276 0.055 0.090 0.085 0.001 0.001 0.002 0.422 36 F 0.016 0.008 0.007 0.307 0.144 0.287 0.044 0.001 0.001 0.003 0.184 37 G 0.009 0.006 0.001 0.236 0.190 0.257 0.059 0.001 0.001 0.003 0.238 38 P 0.001 0.001 0.001 0.030 0.013 0.030 0.012 0.001 0.001 0.001 0.913 39 L 0.012 0.005 0.001 0.101 0.126 0.300 0.063 0.001 0.001 0.002 0.389 40 I 0.081 0.039 0.003 0.107 0.086 0.146 0.118 0.001 0.001 0.009 0.409 41 G 0.055 0.057 0.003 0.113 0.121 0.247 0.061 0.002 0.001 0.005 0.336 42 Q 0.100 0.060 0.010 0.065 0.178 0.191 0.079 0.003 0.001 0.006 0.309 43 Q 0.053 0.049 0.003 0.035 0.098 0.149 0.048 0.003 0.001 0.003 0.559 44 S 0.056 0.057 0.009 0.042 0.172 0.284 0.061 0.005 0.001 0.004 0.311 45 H 0.054 0.054 0.007 0.028 0.071 0.116 0.131 0.004 0.001 0.004 0.531 46 S 0.041 0.033 0.005 0.020 0.027 0.047 0.114 0.001 0.001 0.004 0.706 47 M 0.034 0.037 0.005 0.010 0.016 0.027 0.265 0.001 0.001 0.007 0.597 48 E 0.053 0.059 0.002 0.007 0.011 0.016 0.538 0.001 0.001 0.007 0.305 49 V 0.121 0.339 0.008 0.012 0.031 0.051 0.127 0.004 0.001 0.006 0.302 50 A 0.039 0.726 0.009 0.006 0.025 0.040 0.037 0.004 0.001 0.002 0.111 51 E 0.066 0.628 0.004 0.007 0.016 0.030 0.032 0.008 0.001 0.002 0.208 52 W 0.170 0.526 0.007 0.007 0.024 0.042 0.022 0.017 0.001 0.002 0.183 53 T 0.132 0.426 0.011 0.008 0.038 0.052 0.041 0.025 0.001 0.002 0.265 54 D 0.077 0.232 0.029 0.007 0.018 0.028 0.064 0.017 0.001 0.004 0.525 55 K 0.146 0.243 0.044 0.009 0.021 0.037 0.102 0.015 0.001 0.008 0.375 56 A 0.103 0.167 0.023 0.007 0.012 0.015 0.234 0.008 0.001 0.010 0.421 57 V 0.152 0.166 0.028 0.008 0.016 0.024 0.100 0.006 0.001 0.009 0.491 58 N 0.092 0.144 0.021 0.014 0.021 0.030 0.146 0.005 0.001 0.010 0.516 59 H 0.184 0.185 0.017 0.013 0.027 0.027 0.115 0.005 0.001 0.007 0.419 60 I 0.092 0.232 0.011 0.025 0.041 0.061 0.091 0.004 0.001 0.004 0.439 61 W 0.055 0.180 0.009 0.040 0.113 0.185 0.097 0.004 0.001 0.004 0.313 62 K 0.054 0.158 0.007 0.036 0.122 0.164 0.076 0.004 0.001 0.004 0.376 63 I 0.091 0.178 0.011 0.033 0.132 0.203 0.034 0.006 0.001 0.003 0.309 64 Y 0.067 0.173 0.012 0.053 0.138 0.258 0.043 0.009 0.001 0.003 0.244 65 H 0.075 0.129 0.010 0.047 0.131 0.208 0.065 0.011 0.001 0.005 0.319 66 N 0.107 0.078 0.015 0.049 0.083 0.133 0.063 0.011 0.001 0.009 0.452 67 G 0.175 0.031 0.019 0.030 0.058 0.088 0.128 0.007 0.001 0.020 0.445 68 V 0.142 0.012 0.022 0.043 0.042 0.043 0.277 0.002 0.001 0.017 0.400 69 L 0.056 0.012 0.009 0.069 0.074 0.100 0.146 0.001 0.001 0.010 0.523 70 E 0.029 0.008 0.005 0.079 0.088 0.172 0.196 0.001 0.001 0.009 0.412 71 F 0.069 0.008 0.003 0.211 0.107 0.150 0.119 0.001 0.001 0.005 0.328 72 C 0.034 0.013 0.004 0.214 0.174 0.244 0.046 0.001 0.001 0.003 0.268 73 I 0.012 0.011 0.002 0.292 0.218 0.232 0.039 0.001 0.001 0.002 0.192 74 I 0.014 0.008 0.003 0.213 0.178 0.293 0.056 0.001 0.001 0.004 0.230 75 T 0.013 0.009 0.002 0.170 0.100 0.193 0.137 0.001 0.001 0.004 0.371 76 T 0.010 0.005 0.001 0.075 0.043 0.074 0.359 0.001 0.001 0.008 0.424 77 D 0.104 0.009 0.006 0.042 0.028 0.043 0.170 0.002 0.001 0.031 0.565 78 E 0.043 0.019 0.005 0.023 0.008 0.016 0.358 0.001 0.001 0.020 0.507 79 N 0.064 0.014 0.005 0.014 0.008 0.013 0.549 0.001 0.001 0.019 0.314 80 E 0.284 0.098 0.017 0.014 0.019 0.024 0.169 0.004 0.001 0.025 0.346 81 C 0.059 0.154 0.014 0.020 0.034 0.039 0.191 0.003 0.001 0.012 0.474 82 N 0.097 0.058 0.007 0.015 0.042 0.045 0.161 0.003 0.001 0.007 0.565 83 W 0.068 0.134 0.010 0.032 0.048 0.057 0.111 0.002 0.001 0.004 0.535 84 M 0.019 0.148 0.005 0.083 0.163 0.289 0.140 0.001 0.001 0.003 0.149 85 M 0.027 0.151 0.005 0.077 0.200 0.272 0.117 0.002 0.001 0.003 0.146 86 F 0.017 0.325 0.006 0.096 0.197 0.203 0.031 0.003 0.001 0.001 0.119 87 V 0.016 0.390 0.006 0.067 0.134 0.264 0.015 0.003 0.001 0.001 0.103 88 R 0.027 0.284 0.003 0.088 0.157 0.252 0.022 0.008 0.001 0.001 0.158 89 K 0.085 0.173 0.006 0.036 0.111 0.204 0.039 0.014 0.001 0.003 0.328 90 A 0.121 0.153 0.037 0.038 0.083 0.141 0.072 0.024 0.001 0.006 0.325 91 R 0.087 0.105 0.036 0.018 0.034 0.061 0.157 0.017 0.001 0.006 0.479 92 N 0.096 0.082 0.028 0.028 0.075 0.085 0.155 0.014 0.001 0.010 0.426 93 R 0.021 0.024 0.003 0.005 0.007 0.009 0.030 0.002 0.001 0.003 0.896 94 E 0.024 0.027 0.009 0.009 0.016 0.031 0.462 0.001 0.001 0.028 0.392 95 E 0.383 0.030 0.010 0.011 0.014 0.016 0.239 0.002 0.001 0.035 0.260 96 Q 0.070 0.223 0.016 0.026 0.070 0.062 0.223 0.003 0.001 0.013 0.295 97 N 0.064 0.106 0.017 0.032 0.138 0.122 0.103 0.004 0.001 0.010 0.404 98 L 0.075 0.123 0.009 0.058 0.191 0.280 0.033 0.005 0.001 0.004 0.220 99 V 0.016 0.035 0.004 0.077 0.321 0.362 0.033 0.002 0.001 0.002 0.148 100 A 0.008 0.014 0.005 0.048 0.291 0.452 0.016 0.002 0.001 0.002 0.163 101 Y 0.006 0.005 0.004 0.023 0.413 0.408 0.013 0.001 0.001 0.002 0.125 102 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.046 0.146 0.005 0.001 0.001 0.001 0.795 103 H 0.007 0.001 0.002 0.028 0.090 0.278 0.124 0.001 0.001 0.002 0.468 104 D 0.140 0.001 0.002 0.016 0.023 0.037 0.083 0.001 0.001 0.017 0.680 105 G 0.192 0.001 0.003 0.015 0.012 0.014 0.095 0.001 0.001 0.021 0.648 106 K 0.362 0.001 0.005 0.022 0.046 0.033 0.244 0.001 0.001 0.019 0.268 107 I 0.087 0.002 0.002 0.072 0.202 0.222 0.076 0.001 0.001 0.002 0.335 108 F 0.001 0.001 0.001 0.058 0.319 0.587 0.014 0.001 0.001 0.001 0.019 109 F 0.001 0.001 0.001 0.114 0.266 0.564 0.012 0.001 0.001 0.001 0.042 110 C 0.001 0.002 0.001 0.159 0.285 0.496 0.010 0.001 0.001 0.001 0.046 111 T 0.002 0.003 0.001 0.166 0.249 0.522 0.012 0.001 0.001 0.001 0.045 112 S 0.003 0.005 0.001 0.124 0.222 0.496 0.026 0.001 0.001 0.001 0.122 113 Q 0.009 0.010 0.001 0.066 0.243 0.458 0.054 0.001 0.001 0.003 0.155 114 D 0.065 0.010 0.011 0.031 0.068 0.151 0.077 0.007 0.001 0.019 0.562 115 I 0.294 0.010 0.038 0.052 0.029 0.113 0.056 0.004 0.001 0.005 0.399 116 P 0.002 0.001 0.001 0.012 0.006 0.003 0.128 0.001 0.001 0.001 0.847 117 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 118 E 0.018 0.001 0.002 0.030 0.026 0.153 0.267 0.001 0.001 0.016 0.486 119 N 0.803 0.002 0.002 0.005 0.011 0.015 0.060 0.001 0.001 0.021 0.081 120 E 0.144 0.018 0.003 0.078 0.035 0.049 0.099 0.001 0.001 0.002 0.571 121 L 0.042 0.009 0.007 0.160 0.316 0.339 0.028 0.001 0.001 0.002 0.096 122 L 0.012 0.016 0.001 0.224 0.200 0.279 0.039 0.001 0.001 0.001 0.227 123 F 0.006 0.009 0.001 0.252 0.282 0.299 0.018 0.001 0.001 0.001 0.131 124 Y 0.010 0.010 0.003 0.176 0.228 0.328 0.040 0.001 0.001 0.002 0.202 125 Y 0.011 0.010 0.002 0.091 0.135 0.244 0.126 0.001 0.001 0.004 0.376 126 S 0.019 0.009 0.003 0.052 0.075 0.171 0.271 0.001 0.001 0.007 0.391 127 R 0.054 0.014 0.003 0.021 0.018 0.046 0.195 0.001 0.001 0.011 0.637 128 D 0.031 0.023 0.002 0.008 0.006 0.010 0.392 0.001 0.001 0.008 0.519 129 Y 0.086 0.056 0.002 0.007 0.005 0.010 0.243 0.001 0.001 0.008 0.581 130 A 0.063 0.339 0.005 0.008 0.009 0.025 0.182 0.003 0.001 0.008 0.357 131 Q 0.097 0.478 0.011 0.011 0.018 0.026 0.117 0.008 0.001 0.005 0.228 132 Q 0.123 0.682 0.007 0.005 0.008 0.010 0.011 0.016 0.001 0.001 0.137 133 I 0.141 0.632 0.020 0.014 0.015 0.021 0.012 0.025 0.001 0.002 0.117 134 G 0.250 0.149 0.022 0.024 0.025 0.044 0.037 0.082 0.001 0.004 0.363 135 V 0.199 0.075 0.223 0.023 0.041 0.024 0.035 0.020 0.001 0.004 0.355 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 137 E 0.006 0.001 0.001 0.017 0.019 0.052 0.064 0.001 0.001 0.001 0.841