# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1060 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.058 0.046 0.024 0.021 0.036 0.099 0.011 0.705 2 R 0.081 0.048 0.027 0.024 0.039 0.067 0.011 0.703 3 A 0.075 0.111 0.055 0.068 0.094 0.128 0.010 0.460 4 R 0.097 0.175 0.032 0.071 0.098 0.142 0.013 0.371 5 L 0.186 0.252 0.047 0.071 0.106 0.044 0.020 0.274 6 S 0.122 0.101 0.040 0.033 0.063 0.042 0.026 0.573 7 L 0.111 0.035 0.058 0.072 0.084 0.056 0.015 0.568 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.991 9 K 0.016 0.002 0.023 0.060 0.086 0.041 0.002 0.772 10 Q 0.069 0.004 0.069 0.046 0.079 0.057 0.004 0.673 11 L 0.088 0.007 0.125 0.198 0.277 0.031 0.004 0.270 12 V 0.028 0.006 0.283 0.234 0.297 0.037 0.002 0.113 13 L 0.008 0.003 0.155 0.268 0.283 0.016 0.001 0.266 14 R 0.003 0.003 0.135 0.284 0.437 0.024 0.001 0.114 15 Q 0.007 0.002 0.063 0.147 0.288 0.047 0.002 0.445 16 S 0.017 0.005 0.049 0.169 0.299 0.112 0.006 0.344 17 I 0.050 0.004 0.017 0.044 0.081 0.069 0.008 0.726 18 V 0.040 0.007 0.014 0.033 0.056 0.239 0.009 0.602 19 G 0.088 0.010 0.015 0.026 0.051 0.216 0.018 0.577 20 A 0.177 0.018 0.024 0.038 0.054 0.109 0.027 0.552 21 E 0.104 0.016 0.045 0.046 0.060 0.239 0.015 0.476 22 V 0.056 0.016 0.064 0.126 0.197 0.061 0.007 0.473 23 G 0.021 0.016 0.094 0.218 0.416 0.054 0.003 0.177 24 V 0.020 0.011 0.094 0.347 0.330 0.027 0.001 0.171 25 W 0.006 0.021 0.134 0.245 0.438 0.025 0.001 0.131 26 T 0.009 0.013 0.059 0.252 0.499 0.023 0.002 0.143 27 G 0.016 0.026 0.055 0.163 0.344 0.032 0.006 0.358 28 E 0.068 0.022 0.047 0.217 0.260 0.089 0.013 0.284 29 T 0.070 0.019 0.026 0.057 0.122 0.062 0.012 0.632 30 I 0.072 0.032 0.066 0.183 0.320 0.052 0.010 0.265 31 P 0.002 0.001 0.002 0.003 0.010 0.005 0.001 0.976 32 V 0.015 0.006 0.014 0.029 0.068 0.032 0.002 0.834 33 R 0.121 0.027 0.085 0.079 0.156 0.052 0.013 0.467 34 T 0.243 0.021 0.073 0.070 0.071 0.069 0.014 0.440 35 C 0.055 0.027 0.250 0.106 0.129 0.056 0.006 0.370 36 F 0.027 0.020 0.280 0.111 0.229 0.040 0.004 0.287 37 G 0.024 0.014 0.319 0.163 0.192 0.052 0.002 0.234 38 P 0.001 0.001 0.009 0.003 0.009 0.004 0.001 0.973 39 L 0.017 0.009 0.110 0.133 0.299 0.111 0.003 0.317 40 I 0.067 0.023 0.104 0.107 0.225 0.055 0.007 0.411 41 G 0.054 0.038 0.071 0.105 0.201 0.037 0.010 0.483 42 Q 0.110 0.044 0.074 0.112 0.150 0.098 0.011 0.402 43 Q 0.068 0.046 0.044 0.070 0.124 0.048 0.008 0.593 44 S 0.049 0.079 0.062 0.148 0.311 0.046 0.010 0.297 45 H 0.048 0.058 0.038 0.051 0.096 0.095 0.007 0.607 46 S 0.034 0.041 0.014 0.019 0.038 0.074 0.007 0.774 47 M 0.058 0.058 0.018 0.019 0.036 0.144 0.011 0.657 48 E 0.074 0.074 0.008 0.009 0.013 0.477 0.011 0.335 49 V 0.118 0.434 0.026 0.026 0.050 0.069 0.010 0.266 50 A 0.044 0.587 0.032 0.015 0.034 0.051 0.006 0.230 51 E 0.087 0.456 0.013 0.012 0.022 0.068 0.017 0.325 52 W 0.187 0.502 0.016 0.010 0.022 0.026 0.025 0.212 53 T 0.083 0.530 0.022 0.018 0.020 0.058 0.026 0.243 54 D 0.085 0.254 0.023 0.016 0.019 0.047 0.028 0.528 55 K 0.137 0.272 0.039 0.017 0.019 0.082 0.023 0.410 56 A 0.104 0.251 0.023 0.018 0.021 0.243 0.023 0.318 57 V 0.179 0.284 0.028 0.019 0.027 0.062 0.026 0.377 58 N 0.082 0.257 0.053 0.019 0.024 0.070 0.021 0.474 59 H 0.142 0.171 0.055 0.043 0.047 0.079 0.028 0.433 60 I 0.129 0.198 0.075 0.061 0.099 0.087 0.020 0.332 61 W 0.045 0.127 0.064 0.182 0.212 0.051 0.009 0.311 62 K 0.047 0.112 0.083 0.168 0.225 0.074 0.009 0.283 63 I 0.057 0.102 0.074 0.200 0.226 0.042 0.007 0.292 64 Y 0.025 0.131 0.079 0.198 0.365 0.028 0.007 0.167 65 H 0.040 0.104 0.052 0.183 0.278 0.054 0.009 0.281 66 N 0.053 0.075 0.041 0.102 0.168 0.056 0.019 0.485 67 G 0.133 0.038 0.047 0.059 0.100 0.073 0.036 0.514 68 V 0.139 0.015 0.042 0.041 0.047 0.276 0.023 0.418 69 L 0.045 0.016 0.056 0.071 0.083 0.082 0.007 0.638 70 E 0.034 0.019 0.088 0.058 0.109 0.162 0.007 0.524 71 F 0.100 0.023 0.167 0.102 0.161 0.105 0.009 0.333 72 C 0.062 0.025 0.331 0.096 0.216 0.053 0.008 0.210 73 I 0.022 0.014 0.350 0.210 0.181 0.058 0.002 0.162 74 I 0.007 0.012 0.217 0.179 0.244 0.055 0.002 0.284 75 T 0.016 0.016 0.183 0.099 0.222 0.074 0.003 0.388 76 T 0.018 0.021 0.081 0.049 0.107 0.320 0.009 0.394 77 D 0.079 0.016 0.023 0.018 0.032 0.097 0.014 0.721 78 E 0.076 0.039 0.032 0.011 0.021 0.175 0.017 0.630 79 N 0.086 0.043 0.010 0.008 0.012 0.569 0.019 0.253 80 E 0.330 0.144 0.022 0.009 0.017 0.119 0.041 0.318 81 C 0.113 0.235 0.050 0.015 0.027 0.102 0.020 0.437 82 N 0.054 0.136 0.031 0.022 0.023 0.229 0.010 0.495 83 W 0.054 0.283 0.029 0.016 0.034 0.116 0.008 0.460 84 M 0.033 0.470 0.029 0.031 0.067 0.101 0.008 0.261 85 M 0.043 0.625 0.043 0.040 0.039 0.078 0.006 0.126 86 F 0.034 0.813 0.038 0.012 0.021 0.009 0.005 0.066 87 V 0.022 0.850 0.038 0.015 0.033 0.006 0.004 0.032 88 R 0.031 0.703 0.023 0.037 0.068 0.015 0.015 0.107 89 K 0.120 0.522 0.033 0.026 0.047 0.024 0.040 0.188 90 A 0.159 0.307 0.050 0.034 0.042 0.056 0.075 0.276 91 R 0.149 0.190 0.069 0.035 0.037 0.081 0.051 0.389 92 N 0.089 0.156 0.111 0.066 0.056 0.139 0.024 0.360 93 R 0.026 0.049 0.025 0.015 0.020 0.075 0.007 0.783 94 E 0.036 0.040 0.015 0.013 0.019 0.418 0.014 0.445 95 E 0.413 0.069 0.020 0.016 0.018 0.121 0.051 0.293 96 Q 0.134 0.247 0.062 0.073 0.068 0.141 0.023 0.251 97 N 0.063 0.136 0.049 0.104 0.133 0.123 0.018 0.374 98 L 0.094 0.068 0.051 0.235 0.335 0.025 0.013 0.179 99 V 0.034 0.032 0.053 0.300 0.317 0.049 0.006 0.209 100 A 0.009 0.010 0.033 0.281 0.362 0.011 0.002 0.292 101 Y 0.008 0.006 0.039 0.219 0.377 0.026 0.002 0.323 102 P 0.001 0.001 0.002 0.008 0.021 0.001 0.001 0.968 103 H 0.013 0.003 0.024 0.100 0.257 0.115 0.003 0.485 104 D 0.049 0.001 0.010 0.022 0.034 0.068 0.005 0.811 105 G 0.132 0.002 0.012 0.017 0.028 0.092 0.024 0.693 106 K 0.220 0.002 0.033 0.029 0.027 0.476 0.013 0.201 107 I 0.041 0.003 0.117 0.135 0.167 0.076 0.004 0.457 108 F 0.005 0.002 0.147 0.282 0.475 0.033 0.001 0.056 109 F 0.005 0.002 0.247 0.279 0.363 0.016 0.001 0.088 110 C 0.002 0.002 0.273 0.228 0.436 0.012 0.001 0.047 111 T 0.004 0.003 0.260 0.233 0.394 0.031 0.001 0.074 112 S 0.006 0.005 0.137 0.254 0.385 0.032 0.003 0.179 113 Q 0.026 0.007 0.134 0.153 0.275 0.080 0.009 0.317 114 D 0.091 0.005 0.049 0.068 0.135 0.078 0.021 0.554 115 I 0.132 0.008 0.085 0.093 0.202 0.077 0.021 0.383 116 P 0.005 0.001 0.004 0.006 0.013 0.034 0.001 0.937 117 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 118 E 0.013 0.001 0.021 0.015 0.045 0.104 0.003 0.798 119 N 0.644 0.002 0.008 0.020 0.017 0.064 0.009 0.235 120 E 0.300 0.034 0.058 0.045 0.072 0.084 0.014 0.393 121 L 0.091 0.030 0.121 0.260 0.272 0.057 0.007 0.163 122 L 0.045 0.029 0.180 0.209 0.304 0.046 0.005 0.181 123 F 0.015 0.019 0.130 0.309 0.352 0.023 0.002 0.152 124 Y 0.007 0.017 0.095 0.205 0.339 0.056 0.002 0.279 125 Y 0.019 0.022 0.065 0.148 0.278 0.113 0.005 0.351 126 S 0.033 0.030 0.053 0.092 0.235 0.148 0.010 0.397 127 R 0.053 0.028 0.024 0.036 0.061 0.130 0.009 0.660 128 D 0.043 0.045 0.015 0.017 0.030 0.182 0.011 0.657 129 Y 0.119 0.134 0.019 0.019 0.044 0.173 0.016 0.475 130 A 0.073 0.248 0.017 0.020 0.041 0.176 0.012 0.413 131 Q 0.122 0.364 0.017 0.026 0.043 0.129 0.021 0.276 132 Q 0.248 0.395 0.024 0.016 0.023 0.034 0.029 0.232 133 I 0.116 0.448 0.056 0.034 0.033 0.033 0.032 0.248 134 G 0.132 0.132 0.044 0.028 0.053 0.039 0.051 0.520 135 V 0.160 0.038 0.101 0.045 0.052 0.073 0.013 0.517 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 137 E 0.018 0.004 0.025 0.035 0.076 0.094 0.002 0.746