# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1060 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.239 0.144 0.192 0.209 0.076 0.037 0.052 0.019 0.020 0.010 0.002 2 R 0.244 0.258 0.220 0.118 0.061 0.030 0.035 0.005 0.027 0.002 0.001 3 A 0.273 0.284 0.282 0.060 0.041 0.025 0.011 0.002 0.017 0.002 0.002 4 R 0.245 0.326 0.228 0.105 0.027 0.030 0.013 0.001 0.023 0.001 0.002 5 L 0.160 0.350 0.232 0.111 0.060 0.025 0.030 0.003 0.025 0.002 0.003 6 S 0.100 0.227 0.271 0.128 0.057 0.068 0.092 0.018 0.028 0.006 0.005 7 L 0.011 0.335 0.406 0.005 0.055 0.014 0.005 0.001 0.165 0.003 0.001 8 P 0.052 0.007 0.858 0.006 0.003 0.028 0.002 0.001 0.004 0.004 0.037 9 K 0.325 0.129 0.387 0.080 0.029 0.016 0.012 0.005 0.013 0.002 0.003 10 Q 0.122 0.271 0.310 0.105 0.045 0.045 0.069 0.010 0.021 0.002 0.002 11 L 0.016 0.592 0.267 0.018 0.064 0.023 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 12 V 0.012 0.554 0.315 0.005 0.032 0.064 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 13 L 0.013 0.418 0.368 0.010 0.012 0.160 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 14 R 0.055 0.588 0.166 0.022 0.083 0.050 0.005 0.001 0.027 0.002 0.001 15 Q 0.111 0.313 0.340 0.045 0.078 0.062 0.013 0.002 0.028 0.003 0.003 16 S 0.123 0.315 0.243 0.064 0.139 0.045 0.019 0.006 0.038 0.005 0.002 17 I 0.267 0.277 0.272 0.053 0.049 0.029 0.004 0.001 0.043 0.002 0.002 18 V 0.320 0.207 0.229 0.174 0.008 0.016 0.024 0.001 0.019 0.001 0.003 19 G 0.039 0.014 0.051 0.023 0.125 0.015 0.081 0.364 0.010 0.277 0.001 20 A 0.275 0.099 0.349 0.161 0.047 0.007 0.024 0.009 0.010 0.013 0.005 21 E 0.114 0.095 0.228 0.115 0.080 0.094 0.087 0.119 0.021 0.041 0.006 22 V 0.091 0.407 0.256 0.142 0.048 0.011 0.019 0.001 0.023 0.001 0.001 23 G 0.052 0.087 0.205 0.021 0.266 0.038 0.036 0.153 0.009 0.128 0.005 24 V 0.064 0.619 0.220 0.024 0.036 0.020 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 25 W 0.063 0.557 0.198 0.032 0.078 0.028 0.004 0.001 0.036 0.001 0.002 26 T 0.086 0.363 0.291 0.086 0.076 0.027 0.025 0.002 0.038 0.003 0.003 27 G 0.116 0.071 0.143 0.055 0.162 0.026 0.115 0.191 0.015 0.101 0.006 28 E 0.172 0.361 0.295 0.067 0.048 0.016 0.012 0.001 0.024 0.002 0.002 29 T 0.162 0.249 0.344 0.130 0.020 0.055 0.017 0.001 0.017 0.001 0.005 30 I 0.034 0.518 0.287 0.006 0.036 0.018 0.005 0.001 0.096 0.001 0.001 31 P 0.047 0.019 0.838 0.004 0.005 0.052 0.002 0.001 0.010 0.005 0.017 32 V 0.256 0.084 0.467 0.116 0.021 0.017 0.015 0.003 0.010 0.004 0.007 33 R 0.023 0.021 0.069 0.047 0.060 0.041 0.219 0.466 0.007 0.046 0.001 34 T 0.040 0.382 0.406 0.067 0.046 0.036 0.008 0.002 0.012 0.001 0.001 35 C 0.081 0.374 0.333 0.097 0.019 0.073 0.005 0.001 0.015 0.001 0.002 36 F 0.058 0.565 0.147 0.133 0.029 0.027 0.007 0.001 0.033 0.001 0.001 37 G 0.029 0.149 0.261 0.008 0.359 0.038 0.015 0.012 0.064 0.062 0.002 38 P 0.339 0.032 0.527 0.024 0.029 0.018 0.003 0.002 0.004 0.008 0.015 39 L 0.221 0.326 0.194 0.108 0.042 0.045 0.013 0.002 0.046 0.001 0.001 40 I 0.132 0.482 0.205 0.069 0.032 0.011 0.031 0.001 0.036 0.001 0.001 41 G 0.026 0.032 0.117 0.015 0.276 0.022 0.046 0.244 0.005 0.215 0.002 42 Q 0.070 0.544 0.244 0.036 0.045 0.035 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 43 Q 0.041 0.576 0.265 0.020 0.031 0.043 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 44 S 0.104 0.404 0.264 0.065 0.066 0.060 0.009 0.002 0.022 0.003 0.002 45 H 0.091 0.250 0.325 0.083 0.103 0.067 0.025 0.004 0.044 0.007 0.002 46 S 0.544 0.089 0.217 0.063 0.024 0.030 0.013 0.003 0.012 0.004 0.002 47 M 0.759 0.060 0.081 0.074 0.008 0.008 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 48 E 0.703 0.085 0.066 0.102 0.009 0.018 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 49 V 0.745 0.088 0.079 0.054 0.012 0.007 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 50 A 0.802 0.056 0.086 0.028 0.005 0.009 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 51 E 0.668 0.057 0.051 0.174 0.021 0.009 0.011 0.002 0.006 0.001 0.001 52 W 0.503 0.090 0.141 0.151 0.032 0.026 0.027 0.007 0.019 0.003 0.001 53 T 0.454 0.145 0.182 0.153 0.018 0.016 0.013 0.002 0.016 0.001 0.001 54 D 0.438 0.085 0.167 0.157 0.030 0.051 0.039 0.009 0.014 0.007 0.002 55 K 0.513 0.121 0.147 0.160 0.018 0.017 0.009 0.002 0.012 0.001 0.001 56 A 0.428 0.145 0.223 0.077 0.023 0.036 0.028 0.004 0.030 0.004 0.002 57 V 0.611 0.071 0.135 0.141 0.010 0.008 0.013 0.001 0.006 0.001 0.001 58 N 0.222 0.069 0.107 0.198 0.051 0.027 0.215 0.086 0.011 0.013 0.001 59 H 0.148 0.240 0.321 0.123 0.070 0.044 0.028 0.007 0.017 0.002 0.001 60 I 0.226 0.288 0.298 0.124 0.015 0.029 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 61 W 0.197 0.377 0.183 0.113 0.073 0.031 0.010 0.002 0.013 0.001 0.001 62 K 0.102 0.562 0.129 0.028 0.131 0.020 0.008 0.001 0.019 0.001 0.001 63 I 0.058 0.678 0.157 0.017 0.044 0.025 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 64 Y 0.093 0.530 0.230 0.037 0.039 0.036 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 65 H 0.154 0.364 0.181 0.107 0.085 0.041 0.017 0.003 0.040 0.007 0.002 66 N 0.099 0.148 0.159 0.261 0.038 0.026 0.225 0.009 0.026 0.006 0.003 67 G 0.048 0.021 0.059 0.024 0.102 0.007 0.103 0.445 0.005 0.185 0.001 68 V 0.107 0.236 0.346 0.186 0.026 0.039 0.038 0.003 0.016 0.002 0.001 69 L 0.106 0.336 0.411 0.068 0.035 0.024 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 70 E 0.184 0.386 0.211 0.117 0.046 0.023 0.016 0.002 0.012 0.001 0.001 71 F 0.015 0.570 0.136 0.031 0.218 0.011 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 72 C 0.012 0.720 0.153 0.008 0.066 0.025 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 73 I 0.012 0.764 0.148 0.008 0.025 0.026 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 74 I 0.045 0.485 0.248 0.032 0.058 0.081 0.013 0.001 0.033 0.002 0.001 75 T 0.164 0.289 0.190 0.082 0.185 0.033 0.016 0.005 0.025 0.008 0.002 76 T 0.224 0.314 0.199 0.100 0.072 0.034 0.018 0.003 0.031 0.004 0.002 77 D 0.357 0.116 0.192 0.152 0.056 0.052 0.028 0.005 0.031 0.007 0.003 78 E 0.707 0.053 0.075 0.121 0.011 0.008 0.013 0.002 0.007 0.002 0.001 79 N 0.351 0.069 0.087 0.357 0.032 0.030 0.046 0.011 0.013 0.005 0.001 80 E 0.401 0.087 0.123 0.252 0.022 0.015 0.073 0.006 0.017 0.003 0.001 81 C 0.373 0.060 0.159 0.132 0.058 0.015 0.093 0.061 0.009 0.038 0.001 82 N 0.418 0.073 0.191 0.122 0.044 0.060 0.038 0.020 0.020 0.012 0.001 83 W 0.783 0.041 0.077 0.077 0.009 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 84 M 0.857 0.067 0.038 0.017 0.006 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 85 M 0.751 0.168 0.033 0.013 0.018 0.004 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 86 F 0.624 0.162 0.113 0.027 0.031 0.024 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 87 V 0.549 0.269 0.083 0.046 0.012 0.014 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 88 R 0.507 0.079 0.159 0.114 0.029 0.055 0.031 0.005 0.012 0.006 0.003 89 K 0.359 0.100 0.059 0.358 0.038 0.018 0.040 0.008 0.017 0.002 0.001 90 A 0.366 0.139 0.178 0.142 0.052 0.021 0.060 0.014 0.018 0.008 0.002 91 R 0.268 0.142 0.184 0.272 0.038 0.035 0.030 0.005 0.018 0.005 0.003 92 N 0.077 0.162 0.358 0.077 0.082 0.058 0.052 0.007 0.108 0.016 0.002 93 R 0.709 0.016 0.176 0.062 0.006 0.007 0.006 0.002 0.003 0.005 0.008 94 E 0.320 0.054 0.093 0.325 0.028 0.026 0.107 0.031 0.010 0.004 0.001 95 E 0.268 0.208 0.250 0.168 0.026 0.028 0.033 0.003 0.014 0.001 0.001 96 Q 0.274 0.316 0.231 0.118 0.024 0.012 0.013 0.001 0.011 0.001 0.001 97 N 0.110 0.289 0.269 0.118 0.076 0.064 0.046 0.007 0.018 0.002 0.001 98 L 0.051 0.563 0.235 0.038 0.071 0.025 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 99 V 0.043 0.705 0.175 0.017 0.023 0.018 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 100 A 0.028 0.578 0.224 0.021 0.061 0.053 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 101 Y 0.009 0.516 0.237 0.004 0.073 0.034 0.002 0.001 0.124 0.001 0.001 102 P 0.304 0.029 0.558 0.021 0.014 0.027 0.003 0.001 0.006 0.013 0.025 103 H 0.264 0.080 0.071 0.467 0.028 0.021 0.032 0.012 0.019 0.005 0.001 104 D 0.017 0.028 0.035 0.292 0.030 0.005 0.545 0.028 0.013 0.006 0.001 105 G 0.005 0.010 0.043 0.007 0.068 0.003 0.136 0.584 0.002 0.141 0.001 106 K 0.019 0.440 0.409 0.048 0.024 0.038 0.014 0.001 0.006 0.001 0.001 107 I 0.004 0.696 0.245 0.008 0.020 0.020 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 108 F 0.009 0.812 0.079 0.005 0.074 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 109 F 0.001 0.776 0.076 0.002 0.122 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 110 C 0.002 0.806 0.050 0.002 0.109 0.012 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 111 T 0.013 0.607 0.204 0.008 0.097 0.029 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 112 S 0.110 0.414 0.235 0.083 0.063 0.042 0.016 0.001 0.029 0.002 0.004 113 Q 0.218 0.405 0.132 0.082 0.084 0.009 0.031 0.003 0.029 0.003 0.002 114 D 0.081 0.148 0.208 0.195 0.031 0.105 0.196 0.006 0.021 0.002 0.006 115 I 0.052 0.424 0.389 0.019 0.026 0.021 0.017 0.001 0.049 0.001 0.001 116 P 0.003 0.019 0.823 0.001 0.009 0.045 0.001 0.001 0.078 0.020 0.002 117 P 0.262 0.001 0.605 0.026 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 118 E 0.126 0.021 0.036 0.111 0.019 0.010 0.177 0.481 0.006 0.011 0.001 119 N 0.066 0.132 0.267 0.425 0.046 0.031 0.022 0.004 0.007 0.001 0.001 120 E 0.061 0.498 0.316 0.061 0.021 0.022 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 121 L 0.032 0.676 0.175 0.036 0.048 0.020 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 122 L 0.010 0.763 0.094 0.008 0.091 0.018 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 123 F 0.010 0.813 0.078 0.004 0.074 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 124 Y 0.049 0.344 0.317 0.025 0.032 0.177 0.015 0.001 0.038 0.001 0.002 125 Y 0.133 0.297 0.171 0.183 0.123 0.035 0.019 0.003 0.029 0.006 0.001 126 S 0.190 0.164 0.220 0.097 0.086 0.052 0.097 0.020 0.037 0.035 0.002 127 R 0.588 0.075 0.165 0.103 0.026 0.011 0.014 0.003 0.008 0.004 0.002 128 D 0.664 0.054 0.091 0.119 0.016 0.021 0.019 0.005 0.008 0.003 0.001 129 Y 0.757 0.037 0.043 0.133 0.009 0.007 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 130 A 0.870 0.028 0.044 0.035 0.004 0.006 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 131 Q 0.808 0.040 0.043 0.078 0.009 0.005 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 132 Q 0.695 0.067 0.096 0.094 0.009 0.011 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 133 I 0.364 0.075 0.147 0.347 0.005 0.006 0.040 0.001 0.012 0.001 0.002 134 G 0.024 0.007 0.043 0.025 0.031 0.017 0.225 0.533 0.003 0.091 0.001 135 V 0.013 0.259 0.566 0.005 0.035 0.014 0.003 0.001 0.101 0.003 0.001 136 P 0.049 0.003 0.839 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 0.002 0.003 0.060 137 E 0.273 0.148 0.357 0.087 0.034 0.043 0.016 0.013 0.023 0.004 0.003