# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1060 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.080 0.137 0.062 0.032 0.128 0.032 0.050 0.184 0.104 0.136 0.054 2 R 0.123 0.153 0.038 0.014 0.226 0.016 0.032 0.140 0.095 0.106 0.056 3 A 0.167 0.168 0.038 0.013 0.301 0.016 0.030 0.108 0.067 0.051 0.041 4 R 0.178 0.100 0.040 0.025 0.211 0.043 0.059 0.110 0.082 0.092 0.061 5 L 0.101 0.204 0.083 0.039 0.230 0.037 0.062 0.069 0.059 0.072 0.044 6 S 0.117 0.170 0.143 0.082 0.176 0.021 0.034 0.042 0.040 0.122 0.053 7 L 0.049 0.348 0.339 0.031 0.132 0.008 0.019 0.015 0.018 0.018 0.025 8 P 0.107 0.341 0.229 0.024 0.186 0.010 0.012 0.019 0.023 0.013 0.035 9 K 0.036 0.170 0.050 0.029 0.087 0.079 0.278 0.118 0.112 0.028 0.015 10 Q 0.225 0.074 0.026 0.010 0.270 0.016 0.036 0.030 0.036 0.190 0.088 11 L 0.168 0.185 0.005 0.001 0.608 0.002 0.004 0.004 0.003 0.005 0.014 12 V 0.198 0.113 0.018 0.001 0.636 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.024 13 L 0.400 0.103 0.020 0.007 0.348 0.008 0.006 0.008 0.006 0.016 0.079 14 R 0.116 0.270 0.095 0.020 0.355 0.026 0.026 0.021 0.015 0.013 0.043 15 Q 0.180 0.184 0.065 0.015 0.262 0.019 0.032 0.060 0.047 0.061 0.076 16 S 0.109 0.262 0.111 0.012 0.310 0.009 0.021 0.047 0.035 0.031 0.053 17 I 0.166 0.121 0.051 0.023 0.207 0.029 0.053 0.126 0.094 0.073 0.058 18 V 0.039 0.197 0.125 0.079 0.083 0.079 0.118 0.099 0.076 0.076 0.029 19 G 0.068 0.053 0.099 0.208 0.056 0.047 0.021 0.053 0.053 0.232 0.111 20 A 0.042 0.186 0.100 0.053 0.093 0.052 0.083 0.156 0.112 0.097 0.028 21 E 0.108 0.054 0.044 0.041 0.086 0.044 0.045 0.085 0.079 0.296 0.117 22 V 0.085 0.241 0.074 0.060 0.197 0.038 0.041 0.081 0.065 0.078 0.038 23 G 0.136 0.154 0.128 0.064 0.277 0.024 0.019 0.059 0.040 0.058 0.041 24 V 0.240 0.113 0.030 0.010 0.362 0.012 0.033 0.089 0.046 0.031 0.034 25 W 0.204 0.101 0.059 0.039 0.215 0.048 0.063 0.065 0.028 0.087 0.091 26 T 0.075 0.337 0.142 0.070 0.183 0.032 0.025 0.042 0.024 0.030 0.039 27 G 0.099 0.076 0.046 0.085 0.095 0.069 0.048 0.117 0.123 0.169 0.073 28 E 0.072 0.289 0.101 0.017 0.250 0.017 0.038 0.076 0.073 0.041 0.026 29 T 0.207 0.100 0.034 0.008 0.232 0.010 0.042 0.053 0.042 0.185 0.087 30 I 0.062 0.420 0.219 0.015 0.205 0.005 0.010 0.013 0.010 0.012 0.029 31 P 0.036 0.258 0.472 0.094 0.074 0.011 0.006 0.017 0.015 0.006 0.011 32 V 0.007 0.120 0.069 0.028 0.022 0.049 0.474 0.132 0.085 0.009 0.005 33 R 0.024 0.013 0.017 0.015 0.013 0.010 0.012 0.017 0.028 0.692 0.159 34 T 0.066 0.435 0.016 0.003 0.398 0.004 0.007 0.014 0.012 0.025 0.021 35 C 0.255 0.099 0.018 0.003 0.536 0.006 0.010 0.015 0.011 0.016 0.031 36 F 0.234 0.103 0.047 0.064 0.271 0.033 0.039 0.037 0.038 0.066 0.068 37 G 0.058 0.248 0.318 0.094 0.212 0.013 0.008 0.011 0.009 0.010 0.019 38 P 0.169 0.152 0.045 0.011 0.277 0.013 0.054 0.105 0.069 0.050 0.055 39 L 0.211 0.106 0.044 0.021 0.256 0.028 0.056 0.064 0.040 0.080 0.094 40 I 0.074 0.153 0.081 0.134 0.127 0.109 0.097 0.062 0.045 0.075 0.043 41 G 0.071 0.075 0.157 0.274 0.087 0.051 0.020 0.040 0.041 0.123 0.061 42 Q 0.140 0.169 0.030 0.011 0.346 0.019 0.046 0.094 0.067 0.045 0.032 43 Q 0.248 0.163 0.031 0.004 0.377 0.005 0.015 0.031 0.015 0.029 0.081 44 S 0.143 0.206 0.104 0.023 0.213 0.030 0.032 0.048 0.022 0.060 0.119 45 H 0.041 0.426 0.279 0.032 0.102 0.016 0.014 0.028 0.013 0.026 0.024 46 S 0.073 0.117 0.030 0.010 0.095 0.010 0.014 0.346 0.191 0.083 0.031 47 M 0.006 0.046 0.015 0.003 0.016 0.009 0.020 0.604 0.249 0.027 0.004 48 E 0.020 0.027 0.008 0.002 0.023 0.004 0.029 0.687 0.116 0.073 0.011 49 V 0.032 0.048 0.012 0.004 0.058 0.009 0.011 0.595 0.153 0.066 0.012 50 A 0.011 0.014 0.007 0.007 0.016 0.021 0.045 0.671 0.173 0.028 0.008 51 E 0.018 0.027 0.014 0.004 0.031 0.009 0.084 0.589 0.116 0.097 0.011 52 W 0.053 0.090 0.037 0.009 0.083 0.012 0.049 0.364 0.103 0.170 0.029 53 T 0.072 0.188 0.058 0.025 0.110 0.027 0.042 0.247 0.101 0.084 0.046 54 D 0.081 0.090 0.041 0.018 0.117 0.019 0.038 0.297 0.132 0.112 0.054 55 K 0.035 0.076 0.039 0.012 0.080 0.021 0.069 0.386 0.155 0.106 0.022 56 A 0.101 0.093 0.048 0.017 0.106 0.021 0.046 0.250 0.108 0.156 0.054 57 V 0.049 0.162 0.051 0.025 0.108 0.027 0.048 0.296 0.141 0.066 0.027 58 N 0.067 0.055 0.036 0.029 0.068 0.043 0.051 0.257 0.134 0.197 0.063 59 H 0.099 0.144 0.038 0.015 0.190 0.019 0.039 0.207 0.094 0.114 0.041 60 I 0.182 0.091 0.029 0.014 0.224 0.022 0.035 0.205 0.078 0.076 0.044 61 W 0.163 0.137 0.039 0.020 0.263 0.027 0.031 0.170 0.070 0.040 0.041 62 K 0.167 0.134 0.035 0.010 0.381 0.013 0.027 0.122 0.041 0.030 0.040 63 I 0.228 0.112 0.018 0.004 0.438 0.006 0.020 0.084 0.024 0.028 0.036 64 Y 0.264 0.107 0.050 0.014 0.258 0.016 0.040 0.101 0.031 0.038 0.080 65 H 0.077 0.108 0.084 0.099 0.121 0.111 0.066 0.142 0.058 0.072 0.060 66 N 0.023 0.180 0.110 0.232 0.052 0.099 0.101 0.077 0.045 0.060 0.020 67 G 0.028 0.034 0.067 0.130 0.023 0.042 0.026 0.047 0.051 0.446 0.107 68 V 0.154 0.206 0.071 0.014 0.269 0.014 0.024 0.046 0.050 0.088 0.064 69 L 0.196 0.167 0.039 0.022 0.307 0.035 0.038 0.061 0.056 0.041 0.038 70 E 0.198 0.077 0.042 0.051 0.196 0.087 0.094 0.057 0.046 0.088 0.062 71 F 0.196 0.129 0.015 0.006 0.570 0.008 0.009 0.013 0.008 0.018 0.027 72 C 0.313 0.084 0.009 0.002 0.544 0.003 0.004 0.006 0.003 0.007 0.025 73 I 0.140 0.216 0.075 0.004 0.454 0.007 0.007 0.008 0.005 0.006 0.078 74 I 0.226 0.230 0.054 0.005 0.355 0.005 0.007 0.016 0.008 0.014 0.081 75 T 0.140 0.182 0.051 0.017 0.162 0.026 0.050 0.101 0.089 0.120 0.061 76 T 0.038 0.357 0.216 0.038 0.137 0.026 0.037 0.060 0.036 0.032 0.021 77 D 0.123 0.103 0.060 0.041 0.148 0.021 0.028 0.221 0.118 0.084 0.054 78 E 0.015 0.031 0.021 0.010 0.038 0.021 0.052 0.373 0.349 0.074 0.014 79 N 0.057 0.088 0.039 0.017 0.068 0.025 0.090 0.300 0.110 0.170 0.036 80 E 0.061 0.098 0.048 0.036 0.070 0.026 0.036 0.185 0.095 0.261 0.084 81 C 0.040 0.123 0.098 0.096 0.075 0.061 0.039 0.249 0.091 0.089 0.039 82 N 0.060 0.113 0.051 0.017 0.083 0.018 0.024 0.414 0.116 0.079 0.025 83 W 0.032 0.018 0.007 0.003 0.045 0.004 0.010 0.552 0.251 0.065 0.013 84 M 0.045 0.039 0.010 0.006 0.067 0.009 0.013 0.667 0.113 0.020 0.011 85 M 0.043 0.071 0.023 0.005 0.113 0.007 0.036 0.596 0.072 0.018 0.016 86 F 0.128 0.023 0.008 0.006 0.063 0.005 0.047 0.571 0.060 0.070 0.020 87 V 0.060 0.108 0.031 0.020 0.125 0.028 0.057 0.359 0.124 0.061 0.027 88 R 0.048 0.064 0.031 0.022 0.080 0.029 0.069 0.386 0.170 0.071 0.031 89 K 0.046 0.067 0.036 0.015 0.080 0.023 0.060 0.279 0.173 0.176 0.045 90 A 0.076 0.134 0.038 0.015 0.146 0.015 0.059 0.179 0.123 0.163 0.052 91 R 0.050 0.131 0.069 0.042 0.098 0.046 0.074 0.109 0.088 0.238 0.056 92 N 0.133 0.231 0.120 0.011 0.430 0.003 0.003 0.018 0.010 0.011 0.028 93 R 0.010 0.018 0.008 0.004 0.020 0.013 0.028 0.311 0.542 0.041 0.006 94 E 0.049 0.050 0.021 0.008 0.064 0.018 0.091 0.281 0.168 0.221 0.029 95 E 0.128 0.087 0.015 0.006 0.179 0.007 0.013 0.213 0.163 0.143 0.045 96 Q 0.123 0.089 0.032 0.030 0.149 0.062 0.081 0.230 0.098 0.067 0.038 97 N 0.238 0.081 0.025 0.019 0.266 0.027 0.034 0.115 0.054 0.088 0.054 98 L 0.218 0.091 0.016 0.012 0.406 0.021 0.033 0.090 0.038 0.045 0.030 99 V 0.216 0.150 0.046 0.006 0.444 0.009 0.015 0.046 0.016 0.014 0.039 100 A 0.194 0.202 0.061 0.007 0.358 0.007 0.015 0.033 0.015 0.023 0.085 101 Y 0.102 0.323 0.194 0.011 0.282 0.005 0.007 0.018 0.009 0.010 0.037 102 P 0.198 0.149 0.075 0.027 0.151 0.038 0.069 0.138 0.072 0.040 0.044 103 H 0.033 0.081 0.094 0.145 0.046 0.169 0.126 0.110 0.088 0.083 0.025 104 D 0.017 0.071 0.107 0.440 0.024 0.094 0.103 0.043 0.031 0.049 0.021 105 G 0.023 0.024 0.055 0.121 0.013 0.056 0.032 0.024 0.036 0.498 0.117 106 K 0.081 0.379 0.026 0.005 0.412 0.011 0.016 0.009 0.009 0.024 0.029 107 I 0.331 0.053 0.001 0.001 0.599 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 108 F 0.144 0.077 0.004 0.001 0.763 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 109 F 0.357 0.038 0.006 0.001 0.565 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 110 C 0.324 0.113 0.018 0.013 0.379 0.020 0.015 0.009 0.006 0.021 0.082 111 T 0.121 0.282 0.107 0.011 0.357 0.010 0.008 0.008 0.007 0.010 0.078 112 S 0.207 0.185 0.027 0.016 0.232 0.021 0.021 0.069 0.093 0.061 0.068 113 Q 0.062 0.212 0.077 0.028 0.177 0.037 0.094 0.094 0.146 0.042 0.030 114 D 0.117 0.065 0.035 0.015 0.131 0.017 0.066 0.054 0.081 0.357 0.062 115 I 0.085 0.334 0.212 0.042 0.194 0.008 0.018 0.016 0.021 0.041 0.030 116 P 0.011 0.211 0.577 0.141 0.030 0.007 0.003 0.005 0.009 0.003 0.003 117 P 0.003 0.032 0.028 0.021 0.007 0.037 0.715 0.111 0.040 0.003 0.002 118 E 0.021 0.007 0.013 0.012 0.007 0.012 0.016 0.015 0.023 0.739 0.136 119 N 0.042 0.528 0.013 0.003 0.357 0.006 0.009 0.010 0.007 0.014 0.012 120 E 0.294 0.046 0.005 0.001 0.608 0.004 0.004 0.006 0.003 0.009 0.021 121 L 0.253 0.059 0.002 0.001 0.667 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 122 L 0.273 0.060 0.008 0.001 0.617 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.030 123 F 0.252 0.118 0.025 0.002 0.482 0.004 0.004 0.005 0.003 0.006 0.098 124 Y 0.250 0.118 0.033 0.016 0.290 0.020 0.026 0.027 0.017 0.053 0.149 125 Y 0.088 0.209 0.093 0.045 0.176 0.053 0.054 0.056 0.049 0.111 0.064 126 S 0.113 0.208 0.110 0.062 0.191 0.026 0.023 0.069 0.055 0.089 0.053 127 R 0.029 0.063 0.048 0.031 0.051 0.048 0.057 0.304 0.228 0.118 0.023 128 D 0.057 0.137 0.044 0.013 0.090 0.017 0.032 0.344 0.114 0.123 0.030 129 Y 0.024 0.036 0.011 0.004 0.037 0.006 0.009 0.520 0.264 0.075 0.015 130 A 0.017 0.023 0.007 0.005 0.031 0.010 0.022 0.680 0.173 0.024 0.008 131 Q 0.020 0.020 0.015 0.005 0.028 0.013 0.042 0.588 0.149 0.108 0.013 132 Q 0.039 0.037 0.027 0.016 0.051 0.037 0.108 0.403 0.110 0.144 0.028 133 I 0.018 0.552 0.149 0.041 0.076 0.022 0.039 0.043 0.024 0.025 0.011 134 G 0.051 0.030 0.045 0.086 0.028 0.023 0.021 0.039 0.042 0.456 0.178 135 V 0.054 0.371 0.300 0.024 0.156 0.006 0.009 0.019 0.016 0.025 0.021 136 P 0.077 0.326 0.138 0.029 0.153 0.025 0.045 0.080 0.060 0.034 0.034 137 E 0.075 0.206 0.084 0.025 0.154 0.034 0.078 0.136 0.112 0.055 0.040