# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1060 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.788 0.138 0.058 0.012 0.003 0.001 0.001 2 R 0.440 0.245 0.182 0.090 0.034 0.009 0.001 3 A 0.273 0.200 0.190 0.185 0.112 0.038 0.002 4 R 0.366 0.261 0.197 0.113 0.049 0.013 0.001 5 L 0.460 0.258 0.145 0.100 0.029 0.007 0.001 6 S 0.622 0.247 0.095 0.025 0.008 0.002 0.001 7 L 0.201 0.183 0.208 0.246 0.130 0.030 0.001 8 P 0.438 0.286 0.175 0.076 0.019 0.006 0.001 9 K 0.431 0.311 0.143 0.079 0.029 0.006 0.001 10 Q 0.288 0.322 0.225 0.118 0.035 0.011 0.001 11 L 0.042 0.072 0.122 0.260 0.323 0.169 0.012 12 V 0.088 0.208 0.297 0.250 0.113 0.039 0.005 13 L 0.044 0.059 0.090 0.189 0.328 0.254 0.037 14 R 0.110 0.199 0.227 0.247 0.143 0.063 0.010 15 Q 0.198 0.248 0.225 0.168 0.101 0.052 0.010 16 S 0.157 0.162 0.185 0.222 0.173 0.090 0.012 17 I 0.230 0.231 0.202 0.177 0.101 0.052 0.007 18 V 0.278 0.270 0.204 0.141 0.072 0.031 0.004 19 G 0.295 0.264 0.190 0.129 0.080 0.036 0.006 20 A 0.159 0.212 0.209 0.242 0.114 0.051 0.012 21 E 0.270 0.272 0.231 0.128 0.057 0.034 0.007 22 V 0.030 0.067 0.107 0.227 0.316 0.216 0.037 23 G 0.019 0.036 0.087 0.148 0.268 0.318 0.124 24 V 0.009 0.018 0.034 0.052 0.111 0.503 0.273 25 W 0.019 0.046 0.126 0.271 0.257 0.209 0.070 26 T 0.009 0.017 0.031 0.076 0.277 0.432 0.158 27 G 0.036 0.113 0.227 0.271 0.217 0.111 0.024 28 E 0.140 0.335 0.224 0.189 0.073 0.035 0.004 29 T 0.082 0.280 0.273 0.219 0.114 0.031 0.001 30 I 0.028 0.045 0.108 0.325 0.377 0.113 0.005 31 P 0.254 0.404 0.223 0.089 0.024 0.005 0.001 32 V 0.268 0.378 0.168 0.133 0.042 0.010 0.001 33 R 0.225 0.266 0.272 0.156 0.062 0.018 0.001 34 T 0.136 0.261 0.262 0.212 0.094 0.032 0.003 35 C 0.028 0.065 0.119 0.220 0.322 0.218 0.029 36 F 0.029 0.054 0.086 0.149 0.204 0.370 0.108 37 G 0.044 0.075 0.104 0.188 0.251 0.249 0.089 38 P 0.104 0.213 0.217 0.239 0.127 0.068 0.032 39 L 0.053 0.069 0.094 0.157 0.251 0.273 0.102 40 I 0.097 0.135 0.152 0.208 0.182 0.166 0.059 41 G 0.121 0.146 0.160 0.204 0.199 0.137 0.033 42 Q 0.186 0.226 0.209 0.190 0.115 0.063 0.012 43 Q 0.176 0.171 0.174 0.186 0.163 0.111 0.018 44 S 0.194 0.193 0.204 0.187 0.127 0.081 0.015 45 H 0.249 0.245 0.169 0.159 0.106 0.060 0.012 46 S 0.212 0.214 0.235 0.199 0.098 0.038 0.006 47 M 0.323 0.300 0.196 0.117 0.043 0.019 0.003 48 E 0.103 0.192 0.293 0.233 0.136 0.039 0.003 49 V 0.042 0.046 0.086 0.215 0.400 0.199 0.012 50 A 0.170 0.322 0.269 0.172 0.054 0.012 0.001 51 E 0.369 0.409 0.143 0.057 0.016 0.004 0.001 52 W 0.137 0.154 0.217 0.287 0.162 0.041 0.002 53 T 0.311 0.264 0.210 0.152 0.048 0.013 0.001 54 D 0.580 0.270 0.102 0.035 0.010 0.002 0.001 55 K 0.465 0.280 0.145 0.073 0.029 0.008 0.001 56 A 0.268 0.243 0.210 0.156 0.086 0.035 0.003 57 V 0.282 0.287 0.189 0.155 0.064 0.020 0.002 58 N 0.351 0.313 0.165 0.108 0.045 0.017 0.002 59 H 0.079 0.115 0.170 0.242 0.253 0.124 0.017 60 I 0.061 0.103 0.155 0.213 0.228 0.190 0.050 61 W 0.044 0.090 0.146 0.228 0.261 0.184 0.047 62 K 0.095 0.202 0.226 0.229 0.142 0.079 0.026 63 I 0.037 0.058 0.095 0.165 0.263 0.299 0.084 64 Y 0.045 0.061 0.100 0.172 0.267 0.275 0.080 65 H 0.060 0.137 0.179 0.255 0.203 0.139 0.027 66 N 0.157 0.277 0.253 0.162 0.091 0.050 0.010 67 G 0.045 0.115 0.165 0.256 0.243 0.148 0.029 68 V 0.056 0.209 0.221 0.228 0.147 0.102 0.037 69 L 0.014 0.069 0.139 0.276 0.293 0.172 0.037 70 E 0.011 0.066 0.204 0.312 0.257 0.129 0.022 71 F 0.001 0.004 0.014 0.060 0.273 0.507 0.141 72 C 0.001 0.001 0.003 0.008 0.044 0.413 0.531 73 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.028 0.364 0.599 74 I 0.002 0.011 0.034 0.130 0.200 0.315 0.308 75 T 0.001 0.004 0.015 0.063 0.213 0.456 0.246 76 T 0.019 0.067 0.151 0.223 0.254 0.215 0.070 77 D 0.155 0.261 0.219 0.186 0.108 0.059 0.012 78 E 0.366 0.306 0.175 0.091 0.041 0.018 0.003 79 N 0.262 0.268 0.181 0.145 0.088 0.049 0.009 80 E 0.096 0.162 0.180 0.218 0.197 0.121 0.026 81 C 0.035 0.076 0.133 0.205 0.269 0.221 0.063 82 N 0.011 0.029 0.052 0.092 0.169 0.371 0.276 83 W 0.004 0.008 0.019 0.048 0.118 0.341 0.462 84 M 0.002 0.003 0.009 0.023 0.099 0.333 0.530 85 M 0.004 0.012 0.035 0.077 0.161 0.295 0.417 86 F 0.001 0.002 0.006 0.016 0.070 0.351 0.554 87 V 0.001 0.002 0.008 0.027 0.133 0.465 0.363 88 R 0.012 0.081 0.157 0.265 0.240 0.181 0.064 89 K 0.022 0.115 0.224 0.279 0.212 0.128 0.020 90 A 0.017 0.033 0.073 0.197 0.361 0.292 0.027 91 R 0.096 0.220 0.244 0.273 0.125 0.039 0.003 92 N 0.448 0.307 0.148 0.066 0.025 0.006 0.001 93 R 0.475 0.262 0.161 0.072 0.023 0.006 0.001 94 E 0.558 0.272 0.117 0.039 0.009 0.004 0.001 95 E 0.195 0.238 0.233 0.192 0.109 0.031 0.002 96 Q 0.179 0.254 0.233 0.194 0.099 0.036 0.004 97 N 0.052 0.070 0.113 0.190 0.284 0.246 0.045 98 L 0.067 0.119 0.176 0.240 0.220 0.154 0.025 99 V 0.072 0.177 0.234 0.250 0.166 0.084 0.017 100 A 0.042 0.061 0.101 0.172 0.263 0.313 0.048 101 Y 0.055 0.110 0.175 0.269 0.238 0.137 0.017 102 P 0.099 0.196 0.239 0.249 0.155 0.056 0.005 103 H 0.253 0.324 0.223 0.129 0.054 0.015 0.002 104 D 0.332 0.356 0.187 0.087 0.024 0.012 0.002 105 G 0.145 0.262 0.258 0.183 0.111 0.038 0.004 106 K 0.014 0.074 0.189 0.330 0.276 0.104 0.013 107 I 0.001 0.003 0.007 0.026 0.146 0.625 0.192 108 F 0.002 0.006 0.024 0.064 0.149 0.425 0.331 109 F 0.001 0.003 0.006 0.016 0.060 0.383 0.531 110 C 0.003 0.012 0.042 0.134 0.243 0.305 0.262 111 T 0.002 0.005 0.013 0.038 0.170 0.491 0.281 112 S 0.012 0.056 0.169 0.263 0.282 0.187 0.031 113 Q 0.091 0.288 0.246 0.220 0.097 0.054 0.004 114 D 0.084 0.269 0.288 0.204 0.115 0.039 0.001 115 I 0.040 0.065 0.160 0.374 0.287 0.073 0.002 116 P 0.352 0.417 0.155 0.059 0.014 0.002 0.001 117 P 0.526 0.319 0.102 0.041 0.010 0.002 0.001 118 E 0.482 0.270 0.178 0.053 0.013 0.004 0.001 119 N 0.074 0.188 0.299 0.263 0.137 0.037 0.002 120 E 0.023 0.073 0.170 0.251 0.319 0.147 0.018 121 L 0.006 0.014 0.027 0.058 0.163 0.557 0.175 122 L 0.024 0.070 0.143 0.259 0.247 0.191 0.066 123 F 0.016 0.038 0.053 0.110 0.234 0.381 0.168 124 Y 0.029 0.065 0.127 0.207 0.254 0.238 0.079 125 Y 0.031 0.058 0.113 0.229 0.275 0.236 0.058 126 S 0.118 0.206 0.224 0.204 0.153 0.083 0.012 127 R 0.294 0.258 0.203 0.155 0.061 0.026 0.004 128 D 0.478 0.292 0.149 0.054 0.019 0.007 0.001 129 Y 0.177 0.155 0.174 0.237 0.178 0.074 0.005 130 A 0.298 0.237 0.209 0.168 0.066 0.019 0.002 131 Q 0.593 0.266 0.098 0.032 0.008 0.003 0.001 132 Q 0.324 0.258 0.176 0.149 0.074 0.017 0.001 133 I 0.230 0.219 0.196 0.201 0.114 0.038 0.002 134 G 0.495 0.288 0.136 0.058 0.018 0.005 0.001 135 V 0.411 0.250 0.157 0.128 0.046 0.008 0.001 136 P 0.529 0.262 0.110 0.069 0.024 0.006 0.001 137 E 0.657 0.184 0.102 0.042 0.012 0.003 0.001