# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1060 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.447 0.182 0.128 0.083 0.058 0.046 0.029 0.011 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 2 R 0.205 0.140 0.130 0.152 0.140 0.105 0.058 0.034 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 3 A 0.121 0.073 0.073 0.130 0.165 0.139 0.113 0.091 0.044 0.027 0.013 0.007 0.003 0.001 4 R 0.190 0.137 0.143 0.155 0.143 0.091 0.060 0.038 0.025 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 5 L 0.288 0.148 0.131 0.121 0.108 0.078 0.050 0.034 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 6 S 0.343 0.190 0.129 0.112 0.081 0.061 0.045 0.016 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 7 L 0.135 0.108 0.117 0.163 0.165 0.146 0.072 0.045 0.026 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 8 P 0.196 0.148 0.158 0.143 0.129 0.086 0.060 0.032 0.029 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 9 K 0.147 0.125 0.135 0.157 0.129 0.111 0.072 0.050 0.036 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 10 Q 0.088 0.102 0.093 0.141 0.163 0.148 0.095 0.066 0.051 0.026 0.015 0.007 0.003 0.002 11 L 0.019 0.014 0.022 0.032 0.057 0.091 0.121 0.144 0.139 0.135 0.107 0.070 0.041 0.009 12 V 0.045 0.047 0.062 0.092 0.127 0.128 0.125 0.140 0.091 0.057 0.046 0.022 0.008 0.009 13 L 0.013 0.008 0.012 0.019 0.030 0.050 0.071 0.099 0.161 0.171 0.160 0.122 0.063 0.019 14 R 0.035 0.042 0.053 0.084 0.114 0.121 0.132 0.138 0.101 0.070 0.066 0.025 0.011 0.010 15 Q 0.059 0.059 0.075 0.099 0.115 0.116 0.108 0.104 0.091 0.071 0.058 0.026 0.012 0.008 16 S 0.058 0.074 0.075 0.123 0.154 0.142 0.116 0.106 0.068 0.044 0.023 0.009 0.005 0.003 17 I 0.077 0.087 0.101 0.137 0.161 0.136 0.107 0.082 0.054 0.030 0.016 0.007 0.003 0.002 18 V 0.118 0.140 0.143 0.163 0.144 0.105 0.072 0.053 0.034 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 19 G 0.201 0.204 0.149 0.154 0.107 0.076 0.049 0.025 0.019 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 20 A 0.116 0.136 0.145 0.174 0.132 0.115 0.080 0.050 0.025 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 21 E 0.178 0.151 0.146 0.129 0.123 0.093 0.077 0.038 0.034 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 22 V 0.024 0.023 0.030 0.059 0.096 0.148 0.147 0.151 0.122 0.097 0.044 0.033 0.021 0.005 23 G 0.017 0.018 0.029 0.057 0.110 0.123 0.156 0.163 0.118 0.092 0.057 0.036 0.014 0.011 24 V 0.018 0.009 0.013 0.019 0.033 0.047 0.076 0.097 0.153 0.170 0.162 0.123 0.059 0.021 25 W 0.032 0.035 0.041 0.062 0.090 0.101 0.119 0.149 0.113 0.085 0.091 0.045 0.021 0.018 26 T 0.010 0.009 0.011 0.023 0.050 0.074 0.122 0.140 0.167 0.147 0.126 0.065 0.036 0.018 27 G 0.023 0.045 0.054 0.109 0.144 0.151 0.145 0.136 0.094 0.052 0.027 0.010 0.005 0.004 28 E 0.188 0.129 0.121 0.123 0.111 0.110 0.079 0.052 0.038 0.024 0.016 0.004 0.002 0.001 29 T 0.105 0.139 0.141 0.175 0.153 0.128 0.070 0.040 0.029 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 30 I 0.058 0.062 0.067 0.131 0.183 0.180 0.123 0.101 0.050 0.024 0.010 0.007 0.003 0.001 31 P 0.226 0.213 0.185 0.145 0.089 0.062 0.037 0.017 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 32 V 0.170 0.137 0.140 0.159 0.132 0.107 0.064 0.040 0.027 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 33 R 0.076 0.103 0.128 0.161 0.172 0.131 0.101 0.055 0.039 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 34 T 0.079 0.074 0.089 0.108 0.136 0.147 0.107 0.084 0.077 0.051 0.025 0.013 0.007 0.003 35 C 0.028 0.020 0.024 0.047 0.084 0.109 0.154 0.172 0.116 0.106 0.062 0.044 0.024 0.009 36 F 0.011 0.007 0.011 0.017 0.031 0.053 0.073 0.107 0.152 0.145 0.154 0.142 0.069 0.030 37 G 0.017 0.013 0.016 0.025 0.039 0.059 0.086 0.120 0.142 0.160 0.126 0.119 0.049 0.028 38 P 0.028 0.026 0.028 0.041 0.063 0.073 0.105 0.114 0.127 0.113 0.148 0.071 0.032 0.031 39 L 0.015 0.013 0.019 0.026 0.049 0.077 0.101 0.128 0.154 0.148 0.136 0.069 0.045 0.019 40 I 0.021 0.028 0.039 0.074 0.124 0.129 0.151 0.150 0.104 0.086 0.051 0.024 0.011 0.009 41 G 0.040 0.043 0.050 0.079 0.107 0.125 0.118 0.124 0.118 0.095 0.050 0.031 0.014 0.006 42 Q 0.123 0.106 0.123 0.136 0.138 0.111 0.094 0.074 0.044 0.027 0.016 0.005 0.002 0.002 43 Q 0.112 0.094 0.111 0.135 0.161 0.124 0.091 0.072 0.046 0.028 0.014 0.007 0.003 0.002 44 S 0.126 0.095 0.087 0.118 0.148 0.126 0.108 0.087 0.051 0.030 0.015 0.006 0.003 0.001 45 H 0.179 0.131 0.141 0.161 0.137 0.096 0.066 0.043 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 46 S 0.300 0.166 0.136 0.106 0.097 0.070 0.061 0.024 0.022 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 47 M 0.322 0.157 0.132 0.126 0.097 0.073 0.043 0.023 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 48 E 0.245 0.178 0.142 0.151 0.123 0.079 0.042 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 49 V 0.093 0.076 0.077 0.139 0.181 0.152 0.114 0.083 0.050 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 50 A 0.338 0.192 0.155 0.116 0.083 0.051 0.035 0.013 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 51 E 0.518 0.214 0.101 0.059 0.039 0.037 0.019 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 W 0.166 0.144 0.143 0.181 0.158 0.113 0.053 0.023 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 53 T 0.353 0.168 0.141 0.123 0.104 0.051 0.037 0.010 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.541 0.186 0.115 0.064 0.039 0.029 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.494 0.175 0.113 0.089 0.063 0.032 0.021 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 56 A 0.355 0.178 0.146 0.106 0.085 0.059 0.042 0.012 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 57 V 0.247 0.151 0.148 0.147 0.129 0.083 0.051 0.020 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 58 N 0.479 0.190 0.109 0.070 0.051 0.044 0.028 0.009 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 59 H 0.129 0.107 0.118 0.156 0.159 0.140 0.080 0.052 0.027 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 60 I 0.071 0.057 0.070 0.124 0.174 0.143 0.118 0.096 0.068 0.042 0.019 0.012 0.005 0.002 61 W 0.067 0.053 0.070 0.108 0.133 0.134 0.115 0.107 0.088 0.057 0.034 0.022 0.008 0.003 62 K 0.187 0.122 0.108 0.110 0.116 0.108 0.081 0.058 0.044 0.027 0.026 0.007 0.003 0.002 63 I 0.050 0.040 0.055 0.083 0.123 0.135 0.127 0.125 0.093 0.071 0.045 0.030 0.017 0.006 64 Y 0.056 0.057 0.066 0.113 0.150 0.144 0.126 0.117 0.074 0.046 0.026 0.013 0.007 0.004 65 H 0.116 0.106 0.108 0.152 0.150 0.125 0.087 0.071 0.040 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 66 N 0.228 0.167 0.149 0.126 0.109 0.078 0.063 0.031 0.025 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 67 G 0.140 0.139 0.154 0.164 0.134 0.112 0.068 0.041 0.024 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 68 V 0.147 0.146 0.149 0.156 0.127 0.097 0.078 0.039 0.034 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 69 L 0.032 0.061 0.069 0.136 0.153 0.158 0.130 0.109 0.070 0.042 0.021 0.012 0.005 0.003 70 E 0.031 0.060 0.071 0.098 0.129 0.140 0.125 0.107 0.107 0.061 0.045 0.015 0.005 0.006 71 F 0.003 0.005 0.010 0.018 0.040 0.059 0.098 0.137 0.165 0.177 0.126 0.091 0.051 0.021 72 C 0.001 0.002 0.003 0.006 0.014 0.028 0.054 0.095 0.156 0.160 0.208 0.135 0.087 0.051 73 I 0.001 0.002 0.003 0.005 0.008 0.017 0.036 0.066 0.144 0.211 0.188 0.183 0.099 0.037 74 I 0.005 0.010 0.013 0.025 0.041 0.060 0.098 0.138 0.143 0.132 0.152 0.089 0.047 0.047 75 T 0.004 0.008 0.010 0.021 0.037 0.067 0.090 0.133 0.179 0.154 0.122 0.089 0.061 0.025 76 T 0.016 0.054 0.063 0.150 0.163 0.156 0.143 0.134 0.057 0.033 0.018 0.007 0.004 0.004 77 D 0.146 0.166 0.163 0.153 0.110 0.100 0.068 0.036 0.031 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 78 E 0.274 0.196 0.252 0.100 0.063 0.044 0.035 0.013 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 79 N 0.171 0.180 0.151 0.162 0.119 0.095 0.066 0.025 0.018 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 80 E 0.099 0.132 0.101 0.160 0.159 0.145 0.098 0.054 0.029 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 81 C 0.070 0.065 0.072 0.113 0.151 0.142 0.135 0.113 0.063 0.039 0.020 0.010 0.005 0.002 82 N 0.066 0.063 0.087 0.105 0.133 0.126 0.117 0.120 0.081 0.048 0.030 0.015 0.005 0.003 83 W 0.022 0.017 0.024 0.051 0.092 0.112 0.136 0.153 0.141 0.109 0.069 0.042 0.021 0.012 84 M 0.016 0.015 0.020 0.038 0.060 0.092 0.124 0.145 0.143 0.133 0.086 0.071 0.042 0.015 85 M 0.051 0.048 0.053 0.074 0.108 0.109 0.139 0.125 0.100 0.080 0.052 0.035 0.015 0.011 86 F 0.010 0.013 0.017 0.030 0.056 0.090 0.131 0.154 0.163 0.127 0.104 0.057 0.031 0.015 87 V 0.009 0.011 0.015 0.032 0.061 0.110 0.166 0.189 0.137 0.095 0.098 0.035 0.028 0.013 88 R 0.063 0.113 0.119 0.165 0.156 0.130 0.095 0.063 0.047 0.026 0.012 0.007 0.003 0.002 89 K 0.090 0.099 0.114 0.149 0.170 0.141 0.088 0.070 0.040 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 90 A 0.048 0.051 0.060 0.123 0.170 0.175 0.146 0.114 0.057 0.029 0.014 0.007 0.004 0.002 91 R 0.075 0.087 0.108 0.164 0.209 0.153 0.099 0.060 0.029 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 92 N 0.485 0.199 0.136 0.069 0.047 0.028 0.018 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 93 R 0.306 0.176 0.169 0.128 0.088 0.071 0.031 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 94 E 0.290 0.161 0.116 0.124 0.118 0.082 0.064 0.017 0.015 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 95 E 0.171 0.128 0.107 0.128 0.139 0.135 0.085 0.053 0.029 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 96 Q 0.284 0.147 0.115 0.106 0.105 0.088 0.061 0.034 0.028 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 97 N 0.071 0.059 0.073 0.110 0.140 0.141 0.106 0.098 0.078 0.055 0.032 0.022 0.011 0.004 98 L 0.063 0.051 0.064 0.099 0.135 0.128 0.129 0.117 0.077 0.059 0.043 0.021 0.009 0.005 99 V 0.065 0.056 0.078 0.103 0.132 0.120 0.118 0.113 0.085 0.062 0.037 0.018 0.008 0.005 100 A 0.061 0.044 0.046 0.077 0.106 0.127 0.127 0.134 0.100 0.074 0.055 0.027 0.016 0.006 101 Y 0.071 0.092 0.101 0.150 0.186 0.134 0.096 0.080 0.041 0.024 0.013 0.007 0.003 0.002 102 P 0.101 0.138 0.124 0.172 0.159 0.116 0.079 0.050 0.033 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 103 H 0.143 0.170 0.188 0.195 0.122 0.087 0.046 0.025 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 104 D 0.313 0.205 0.186 0.108 0.066 0.048 0.043 0.010 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 105 G 0.054 0.108 0.135 0.187 0.159 0.154 0.089 0.058 0.033 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 106 K 0.015 0.029 0.036 0.090 0.157 0.166 0.177 0.151 0.089 0.052 0.017 0.013 0.006 0.003 107 I 0.004 0.004 0.008 0.013 0.032 0.059 0.124 0.150 0.194 0.168 0.126 0.071 0.034 0.013 108 F 0.003 0.003 0.005 0.010 0.024 0.040 0.074 0.122 0.163 0.158 0.168 0.129 0.064 0.040 109 F 0.002 0.002 0.002 0.004 0.007 0.013 0.023 0.041 0.110 0.180 0.191 0.234 0.136 0.057 110 C 0.006 0.008 0.009 0.016 0.028 0.045 0.078 0.127 0.146 0.161 0.151 0.109 0.065 0.051 111 T 0.002 0.002 0.003 0.008 0.022 0.044 0.099 0.139 0.178 0.174 0.175 0.079 0.044 0.030 112 S 0.004 0.012 0.018 0.047 0.082 0.126 0.167 0.187 0.151 0.098 0.056 0.024 0.016 0.010 113 Q 0.070 0.096 0.116 0.148 0.142 0.132 0.103 0.073 0.059 0.030 0.022 0.006 0.002 0.002 114 D 0.081 0.166 0.182 0.195 0.147 0.117 0.047 0.031 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 115 I 0.049 0.061 0.067 0.132 0.212 0.188 0.129 0.100 0.037 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 116 P 0.182 0.224 0.208 0.174 0.100 0.057 0.030 0.011 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 117 P 0.363 0.201 0.134 0.113 0.073 0.063 0.029 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 118 E 0.210 0.168 0.263 0.119 0.087 0.065 0.046 0.015 0.019 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 119 N 0.059 0.067 0.086 0.126 0.172 0.173 0.124 0.078 0.057 0.033 0.013 0.007 0.004 0.001 120 E 0.033 0.032 0.035 0.070 0.110 0.138 0.169 0.158 0.104 0.074 0.039 0.021 0.011 0.005 121 L 0.010 0.006 0.010 0.017 0.038 0.054 0.090 0.122 0.144 0.154 0.159 0.118 0.055 0.022 122 L 0.010 0.010 0.014 0.024 0.037 0.060 0.068 0.118 0.164 0.158 0.125 0.123 0.056 0.032 123 F 0.011 0.009 0.011 0.020 0.036 0.049 0.098 0.126 0.126 0.165 0.178 0.095 0.050 0.027 124 Y 0.022 0.036 0.045 0.070 0.093 0.119 0.125 0.135 0.131 0.089 0.070 0.032 0.018 0.014 125 Y 0.012 0.017 0.026 0.054 0.108 0.139 0.163 0.179 0.116 0.085 0.057 0.024 0.013 0.007 126 S 0.056 0.100 0.129 0.149 0.152 0.136 0.106 0.067 0.060 0.026 0.014 0.003 0.001 0.001 127 R 0.216 0.158 0.169 0.164 0.108 0.086 0.043 0.027 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 128 D 0.391 0.181 0.216 0.093 0.055 0.027 0.018 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 129 Y 0.156 0.119 0.123 0.153 0.173 0.112 0.082 0.045 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 130 A 0.380 0.195 0.139 0.111 0.079 0.041 0.033 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 131 Q 0.655 0.186 0.061 0.036 0.022 0.020 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 Q 0.305 0.170 0.140 0.130 0.105 0.077 0.044 0.014 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 133 I 0.218 0.127 0.130 0.157 0.161 0.100 0.056 0.028 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 134 G 0.550 0.163 0.109 0.069 0.044 0.031 0.018 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 135 V 0.322 0.141 0.120 0.126 0.114 0.081 0.047 0.022 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 136 P 0.261 0.130 0.127 0.129 0.130 0.087 0.064 0.030 0.021 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 137 E 0.289 0.143 0.140 0.130 0.105 0.077 0.049 0.029 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001