This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 15 NATAA S A 2 16 NATAA R A 3 17 NATAA A A 4 18 NATAA R A 5 19 NATAA L A 6 20 NATAA S A 7 21 NATAA L A 8 22 NATRO P A 9 23 NATAA K A 10 24 NATAA Q A 11 25 NATAA L A 12 26 NATAA V A 13 27 NATAA L A 14 28 NATAA R A 15 29 NATAA Q A 16 30 NATAA S A 17 31 NATAA I A 18 32 NATAA V A 19 33 NATAA G A 20 34 NATAA A A 21 35 NATAA E A 22 36 NATAA V A 23 37 NATAA G A 24 38 NATAA V A 25 39 NATAA W A 26 40 NATAA T A 27 41 NATAA G A 28 42 NATAA E A 29 43 NATAA T A 30 44 NATAA I A 31 45 NATRO P A 32 46 NATAA V A 33 47 NATAA R A 34 48 NATAA T A 35 49 NATRO C A 36 50 NATAA F A 37 51 NATAA G A 38 52 NATRO P A 39 53 NATAA L A 40 54 NATAA I A 41 55 NATAA G A 42 56 NATAA Q A 43 57 NATAA Q A 44 58 NATAA S A 45 59 NATAA H A 46 60 NATAA S A 47 61 NATAA M A 48 62 NATAA E A 49 63 NATAA V A 50 64 NATAA A A 51 65 NATAA E A 52 66 NATAA W A 53 67 NATAA T A 54 68 NATAA D A 55 69 NATAA K A 56 70 NATAA A A 57 71 NATAA V A 58 72 NATAA N A 59 73 NATAA H A 60 74 NATAA I A 61 75 NATAA W A 62 76 NATAA K A 63 77 NATAA I A 64 78 NATAA Y A 65 79 NATAA H A 66 80 NATAA N A 67 81 NATAA G A 68 82 NATAA V A 69 83 NATAA L A 70 84 NATAA E A 71 85 NATAA F A 72 86 NATRO C A 73 87 NATAA I A 74 88 NATAA I A 75 89 NATAA T A 76 90 NATAA T A 77 91 NATAA D A 78 92 NATAA E A 79 93 NATAA N A 80 94 NATAA E A 81 95 NATRO C A 82 96 NATAA N A 83 97 NATAA W A 84 98 NATAA M A 85 99 NATAA M A 86 100 NATAA F A 87 101 NATAA V A 88 102 NATAA R A 89 103 NATAA K A 90 104 NATAA A A 91 105 NATAA R A 92 106 NATAA N A 93 107 NATAA R A 94 108 NATAA E A 95 109 NATAA E A 96 110 NATAA Q A 97 111 NATAA N A 98 112 NATAA L A 99 113 NATAA V A 100 114 NATAA A A 101 115 NATAA Y A 102 116 NATRO P A 103 117 NATAA H A 104 118 NATAA D A 105 119 NATAA G A 106 120 NATAA K A 107 121 NATAA I A 108 122 NATAA F A 109 123 NATAA F A 110 124 NATRO C A 111 125 NATAA T A 112 126 NATAA S A 113 127 NATAA Q A 114 128 NATAA D A 115 129 NATAA I A 116 130 NATRO P A 117 131 NATRO P A 118 132 NATAA E A 119 133 NATAA N A 120 134 NATAA E A 121 135 NATAA L A 122 136 NATAA L A 123 137 NATAA F A 124 138 NATAA Y A 125 139 NATAA Y A 126 140 NATAA S A 127 141 NATAA R A 128 142 NATAA D A 129 143 NATAA Y A 130 144 NATAA A A 131 145 NATAA Q A 132 146 NATAA Q A 133 147 NATAA I A 134 148 NATAA G A 135 149 NATAA V A 136 150 NATRO P A 137 151 NATAA E