# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.5839 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.011 0.016 0.430 0.016 0.081 0.054 0.006 0.005 0.061 0.103 0.100 0.039 0.077 2 R 0.011 0.023 0.481 0.010 0.051 0.035 0.007 0.004 0.059 0.135 0.071 0.059 0.053 3 L 0.009 0.038 0.477 0.004 0.034 0.032 0.006 0.006 0.051 0.171 0.085 0.022 0.065 4 S 0.002 0.025 0.666 0.003 0.012 0.011 0.002 0.002 0.016 0.182 0.041 0.023 0.016 5 L 0.001 0.005 0.812 0.001 0.012 0.011 0.001 0.001 0.008 0.093 0.043 0.004 0.010 6 P 0.001 0.005 0.311 0.009 0.060 0.067 0.001 0.001 0.006 0.179 0.350 0.003 0.007 7 K 0.001 0.006 0.206 0.006 0.100 0.156 0.001 0.001 0.009 0.163 0.338 0.009 0.006 8 Q 0.004 0.011 0.250 0.004 0.154 0.297 0.002 0.002 0.025 0.095 0.085 0.015 0.055 9 L 0.022 0.035 0.148 0.013 0.070 0.337 0.009 0.010 0.061 0.052 0.061 0.122 0.058 10 V 0.069 0.022 0.111 0.013 0.051 0.293 0.021 0.013 0.060 0.023 0.044 0.051 0.229 11 L 0.088 0.012 0.145 0.058 0.034 0.207 0.011 0.007 0.031 0.033 0.047 0.239 0.089 12 R 0.068 0.010 0.164 0.020 0.075 0.219 0.005 0.002 0.022 0.041 0.100 0.056 0.219 13 Q 0.041 0.014 0.221 0.013 0.055 0.155 0.004 0.002 0.022 0.104 0.162 0.117 0.091 14 S 0.022 0.027 0.334 0.010 0.050 0.096 0.002 0.001 0.020 0.136 0.146 0.050 0.106 15 I 0.012 0.021 0.449 0.005 0.035 0.071 0.002 0.001 0.012 0.124 0.100 0.085 0.084 16 V 0.007 0.016 0.180 0.021 0.038 0.051 0.002 0.001 0.007 0.119 0.482 0.021 0.055 17 G 0.005 0.007 0.121 0.021 0.030 0.029 0.001 0.001 0.005 0.185 0.543 0.029 0.025 18 A 0.017 0.012 0.353 0.024 0.046 0.030 0.002 0.001 0.019 0.168 0.161 0.055 0.113 19 E 0.106 0.034 0.210 0.030 0.031 0.014 0.012 0.003 0.044 0.104 0.059 0.118 0.236 20 V 0.322 0.017 0.110 0.050 0.012 0.007 0.040 0.012 0.051 0.050 0.022 0.122 0.187 21 G 0.364 0.008 0.041 0.058 0.003 0.004 0.048 0.021 0.025 0.021 0.010 0.276 0.122 22 V 0.443 0.008 0.033 0.014 0.003 0.004 0.052 0.017 0.022 0.006 0.005 0.091 0.303 23 W 0.456 0.009 0.025 0.041 0.004 0.004 0.030 0.005 0.013 0.005 0.006 0.219 0.184 24 T 0.215 0.006 0.065 0.046 0.020 0.010 0.010 0.003 0.020 0.025 0.054 0.187 0.340 25 G 0.073 0.007 0.148 0.113 0.025 0.011 0.005 0.001 0.014 0.145 0.144 0.103 0.212 26 E 0.037 0.011 0.164 0.016 0.027 0.009 0.003 0.001 0.012 0.166 0.064 0.404 0.087 27 T 0.063 0.060 0.131 0.006 0.017 0.006 0.005 0.001 0.012 0.076 0.035 0.033 0.557 28 I 0.010 0.030 0.201 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.074 0.003 0.627 0.038 29 P 0.011 0.013 0.320 0.007 0.033 0.010 0.003 0.001 0.011 0.031 0.031 0.023 0.505 30 V 0.012 0.010 0.127 0.110 0.136 0.034 0.004 0.001 0.013 0.089 0.332 0.086 0.048 31 R 0.024 0.011 0.175 0.038 0.133 0.027 0.004 0.001 0.016 0.174 0.193 0.096 0.109 32 T 0.048 0.017 0.334 0.008 0.041 0.016 0.008 0.003 0.037 0.097 0.033 0.096 0.263 33 C 0.083 0.079 0.194 0.023 0.018 0.012 0.016 0.005 0.043 0.065 0.035 0.234 0.193 34 F 0.124 0.033 0.202 0.024 0.014 0.011 0.017 0.005 0.029 0.075 0.033 0.100 0.333 35 G 0.053 0.020 0.320 0.042 0.012 0.013 0.009 0.004 0.022 0.131 0.042 0.232 0.102 36 P 0.036 0.017 0.295 0.021 0.043 0.031 0.006 0.002 0.021 0.106 0.119 0.052 0.250 37 L 0.057 0.019 0.298 0.029 0.047 0.034 0.008 0.001 0.016 0.094 0.149 0.130 0.118 38 I 0.056 0.019 0.186 0.044 0.058 0.040 0.008 0.001 0.017 0.108 0.221 0.084 0.157 39 G 0.063 0.022 0.199 0.028 0.036 0.033 0.007 0.001 0.014 0.131 0.173 0.123 0.169 40 Q 0.061 0.024 0.246 0.019 0.025 0.036 0.008 0.002 0.018 0.108 0.062 0.198 0.193 41 Q 0.079 0.035 0.192 0.010 0.018 0.024 0.006 0.001 0.017 0.073 0.040 0.163 0.344 42 S 0.046 0.036 0.347 0.012 0.010 0.021 0.005 0.001 0.011 0.081 0.025 0.196 0.209 43 H 0.011 0.015 0.577 0.011 0.014 0.029 0.002 0.001 0.008 0.082 0.032 0.097 0.122 44 S 0.009 0.011 0.376 0.010 0.106 0.154 0.002 0.001 0.010 0.065 0.127 0.026 0.104 45 M 0.007 0.010 0.123 0.011 0.201 0.358 0.001 0.001 0.007 0.071 0.131 0.040 0.039 46 E 0.013 0.017 0.164 0.004 0.153 0.360 0.002 0.001 0.011 0.065 0.083 0.048 0.080 47 V 0.009 0.018 0.188 0.003 0.086 0.488 0.002 0.001 0.010 0.045 0.051 0.031 0.070 48 A 0.006 0.010 0.141 0.007 0.067 0.591 0.001 0.001 0.006 0.038 0.077 0.028 0.027 49 E 0.005 0.006 0.090 0.003 0.094 0.592 0.001 0.001 0.003 0.033 0.136 0.012 0.025 50 W 0.003 0.006 0.104 0.002 0.082 0.600 0.001 0.001 0.003 0.048 0.122 0.012 0.018 51 T 0.003 0.009 0.174 0.003 0.073 0.497 0.001 0.001 0.004 0.075 0.131 0.017 0.014 52 D 0.002 0.008 0.137 0.002 0.100 0.508 0.001 0.001 0.003 0.061 0.151 0.007 0.020 53 K 0.002 0.007 0.092 0.003 0.078 0.542 0.001 0.001 0.002 0.068 0.183 0.011 0.011 54 A 0.004 0.010 0.203 0.004 0.083 0.352 0.001 0.001 0.004 0.083 0.217 0.014 0.024 55 V 0.004 0.007 0.216 0.006 0.072 0.284 0.001 0.001 0.007 0.120 0.241 0.015 0.027 56 N 0.010 0.009 0.253 0.021 0.037 0.152 0.002 0.001 0.011 0.170 0.274 0.022 0.038 57 H 0.058 0.013 0.278 0.034 0.045 0.094 0.007 0.002 0.024 0.134 0.104 0.087 0.120 58 I 0.148 0.009 0.148 0.037 0.023 0.056 0.017 0.006 0.062 0.040 0.039 0.142 0.274 59 W 0.444 0.005 0.029 0.031 0.007 0.012 0.024 0.006 0.021 0.008 0.005 0.144 0.263 60 K 0.450 0.004 0.011 0.022 0.002 0.007 0.026 0.009 0.017 0.003 0.002 0.340 0.107 61 I 0.389 0.005 0.015 0.005 0.003 0.007 0.027 0.011 0.023 0.002 0.005 0.065 0.442 62 Y 0.333 0.018 0.063 0.040 0.009 0.013 0.015 0.006 0.023 0.016 0.030 0.233 0.200 63 H 0.052 0.006 0.120 0.036 0.024 0.019 0.004 0.001 0.011 0.111 0.306 0.116 0.193 64 N 0.002 0.001 0.010 0.025 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.065 0.875 0.008 0.007 65 G 0.005 0.004 0.063 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.145 0.726 0.026 0.011 66 V 0.047 0.026 0.347 0.012 0.006 0.001 0.004 0.001 0.010 0.138 0.028 0.099 0.280 67 L 0.160 0.034 0.164 0.037 0.004 0.001 0.012 0.001 0.023 0.048 0.007 0.174 0.335 68 E 0.334 0.005 0.052 0.101 0.003 0.001 0.051 0.010 0.037 0.014 0.004 0.176 0.211 69 F 0.535 0.001 0.010 0.027 0.001 0.001 0.115 0.014 0.019 0.002 0.001 0.118 0.156 70 C 0.709 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.084 0.018 0.013 0.001 0.001 0.067 0.093 71 I 0.614 0.003 0.009 0.014 0.001 0.001 0.052 0.016 0.014 0.002 0.001 0.151 0.124 72 I 0.267 0.007 0.099 0.016 0.003 0.002 0.030 0.008 0.063 0.015 0.008 0.103 0.380 73 T 0.035 0.013 0.358 0.015 0.018 0.009 0.009 0.005 0.072 0.114 0.094 0.125 0.133 74 T 0.006 0.018 0.368 0.009 0.016 0.008 0.002 0.001 0.025 0.265 0.219 0.020 0.044 75 D 0.002 0.017 0.410 0.003 0.019 0.012 0.001 0.001 0.005 0.345 0.142 0.026 0.018 76 E 0.002 0.021 0.145 0.005 0.063 0.066 0.001 0.001 0.003 0.197 0.458 0.011 0.029 77 N 0.003 0.024 0.195 0.006 0.052 0.075 0.001 0.001 0.003 0.146 0.462 0.014 0.018 78 E 0.005 0.016 0.223 0.006 0.078 0.277 0.001 0.001 0.005 0.195 0.141 0.022 0.032 79 C 0.013 0.017 0.200 0.011 0.051 0.403 0.001 0.001 0.007 0.101 0.108 0.031 0.053 80 N 0.074 0.026 0.095 0.014 0.068 0.397 0.007 0.002 0.006 0.053 0.075 0.098 0.085 81 W 0.099 0.007 0.054 0.014 0.061 0.500 0.006 0.003 0.009 0.020 0.040 0.029 0.158 82 M 0.095 0.004 0.042 0.027 0.044 0.620 0.004 0.003 0.006 0.018 0.027 0.073 0.037 83 M 0.076 0.003 0.027 0.011 0.064 0.670 0.006 0.002 0.008 0.010 0.036 0.029 0.060 84 F 0.103 0.004 0.034 0.005 0.047 0.592 0.011 0.004 0.017 0.010 0.063 0.038 0.073 85 V 0.103 0.012 0.079 0.016 0.047 0.490 0.010 0.006 0.023 0.028 0.060 0.044 0.081 86 R 0.020 0.014 0.204 0.008 0.099 0.407 0.004 0.004 0.018 0.058 0.078 0.057 0.030 87 K 0.002 0.007 0.171 0.002 0.133 0.322 0.001 0.001 0.009 0.046 0.277 0.002 0.027 88 A 0.001 0.007 0.240 0.002 0.092 0.257 0.001 0.001 0.005 0.155 0.221 0.014 0.004 89 R 0.001 0.011 0.336 0.001 0.062 0.133 0.001 0.001 0.005 0.246 0.195 0.003 0.007 90 N 0.001 0.009 0.551 0.001 0.023 0.066 0.001 0.001 0.003 0.269 0.072 0.003 0.003 91 R 0.001 0.009 0.238 0.001 0.131 0.369 0.001 0.001 0.003 0.147 0.092 0.003 0.005 92 E 0.001 0.007 0.123 0.003 0.252 0.420 0.001 0.001 0.005 0.057 0.120 0.004 0.008 93 E 0.001 0.006 0.072 0.002 0.278 0.505 0.001 0.001 0.006 0.049 0.061 0.006 0.012 94 Q 0.006 0.005 0.105 0.010 0.179 0.488 0.002 0.004 0.020 0.057 0.077 0.021 0.026 95 N 0.034 0.013 0.182 0.018 0.066 0.351 0.010 0.004 0.047 0.047 0.107 0.066 0.054 96 L 0.124 0.008 0.107 0.021 0.058 0.228 0.011 0.004 0.020 0.041 0.053 0.028 0.295 97 V 0.139 0.007 0.049 0.029 0.018 0.056 0.006 0.001 0.008 0.017 0.020 0.617 0.034 98 A 0.106 0.007 0.043 0.003 0.022 0.043 0.006 0.002 0.015 0.010 0.030 0.017 0.696 99 Y 0.134 0.034 0.097 0.034 0.012 0.027 0.006 0.002 0.011 0.034 0.029 0.518 0.060 100 P 0.052 0.021 0.161 0.004 0.048 0.022 0.003 0.001 0.010 0.049 0.073 0.045 0.512 101 H 0.008 0.006 0.095 0.029 0.025 0.008 0.001 0.001 0.004 0.139 0.551 0.082 0.051 102 D 0.001 0.001 0.031 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.836 0.011 0.007 103 G 0.006 0.004 0.193 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.275 0.424 0.020 0.036 104 K 0.066 0.026 0.276 0.022 0.004 0.001 0.007 0.001 0.019 0.143 0.020 0.264 0.149 105 I 0.403 0.008 0.021 0.006 0.001 0.001 0.047 0.005 0.016 0.004 0.001 0.058 0.431 106 F 0.617 0.001 0.003 0.039 0.001 0.001 0.114 0.021 0.011 0.001 0.001 0.147 0.045 107 F 0.762 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.083 0.015 0.004 0.001 0.001 0.035 0.083 108 C 0.686 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.075 0.008 0.008 0.001 0.001 0.125 0.073 109 T 0.388 0.001 0.013 0.011 0.003 0.001 0.020 0.003 0.023 0.003 0.003 0.199 0.334 110 S 0.295 0.003 0.043 0.050 0.006 0.001 0.007 0.001 0.010 0.023 0.007 0.149 0.406 111 Q 0.029 0.006 0.123 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.011 0.169 0.016 0.533 0.088 112 D 0.017 0.024 0.259 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.013 0.136 0.033 0.029 0.477 113 I 0.001 0.048 0.567 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.220 0.004 0.139 0.016 114 P 0.001 0.002 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.014 0.002 0.009 115 P 0.001 0.003 0.036 0.009 0.052 0.004 0.001 0.001 0.001 0.051 0.838 0.001 0.004 116 E 0.001 0.002 0.043 0.008 0.058 0.003 0.001 0.001 0.001 0.138 0.736 0.008 0.002 117 N 0.007 0.010 0.349 0.018 0.052 0.008 0.002 0.002 0.020 0.241 0.090 0.066 0.134 118 E 0.085 0.072 0.188 0.020 0.011 0.004 0.020 0.006 0.085 0.043 0.024 0.110 0.332 119 L 0.413 0.019 0.058 0.038 0.004 0.002 0.081 0.023 0.061 0.012 0.002 0.174 0.113 120 L 0.356 0.005 0.043 0.072 0.002 0.003 0.156 0.077 0.060 0.006 0.003 0.143 0.074 121 F 0.420 0.003 0.019 0.018 0.002 0.005 0.155 0.049 0.042 0.004 0.003 0.071 0.210 122 Y 0.435 0.008 0.035 0.022 0.003 0.008 0.068 0.017 0.038 0.006 0.008 0.240 0.113 123 Y 0.165 0.024 0.205 0.012 0.007 0.042 0.015 0.006 0.027 0.051 0.044 0.088 0.316 124 S 0.006 0.004 0.643 0.003 0.009 0.072 0.001 0.001 0.007 0.175 0.018 0.030 0.033 125 R 0.001 0.002 0.047 0.002 0.104 0.749 0.001 0.001 0.001 0.045 0.041 0.002 0.007 126 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 0.932 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.001 0.001 127 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.057 0.922 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.002 0.003 128 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 129 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 130 Q 0.003 0.001 0.007 0.001 0.032 0.915 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.002 0.006 131 I 0.003 0.002 0.032 0.003 0.025 0.507 0.001 0.001 0.002 0.044 0.367 0.013 0.002 132 G 0.001 0.003 0.088 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.002 0.092 0.786 0.001 0.005 133 V 0.001 0.006 0.884 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.081 0.009 0.010 0.002 134 P 0.001 0.021 0.857 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.012 0.061 0.022 0.001 0.013 135 E 0.001 0.014 0.573 0.005 0.090 0.044 0.001 0.001 0.017 0.161 0.081 0.008 0.006